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明太祖定都南京的重要理由，是受经济环境的限制。第一因为江浙富饶为全国冠，所谓“财赋出于东南，而金陵为其会”
。定都于此，可省转运的劳费。第二是吴王时代所奠定的宫阙，不愿轻易弃去。且若另建都邑，则又须重加一层劳费。第三从龙将相都是江淮子弟，不愿轻去乡土。洪武元年（1368年）四月取汴梁后，他曾亲到汴梁去视察，觉得虽然地位适中，可是四面受敌，形势还不及南京。
而在事实上则西北未定，为转饷屯军计，不能不有一个军事上的后方重镇以便策应。于是仿成周两京之制，以应天（金陵）为南京，开封（汴梁）为北京。洪武二年（1369年）八月陕西平，九月以临濠（安徽凤阳）为中都。事前曾和群臣集议建都之地：
上召诸老臣问以建都之地，或言关中险固，金陵天府之国。或言洛阳天地之中，四方朝贡，道里适均。汴梁亦宋之旧京。又言北平元之宫室完备，就之可省民力。上曰：所言皆善，惟时有不同耳。长安、洛阳、汴京实周、秦、汉、魏、唐、宋所建国。但平定之初，民力未苏息，朕若建都于彼，供给力役悉资江南，重劳其民。若就北平，要之宫室不能无更，亦未易也。今建业长江天堑，龙蟠虎踞，江南形胜之地，真足以立国。临濠则前江后淮，以险可恃，以水可漕，朕欲以为中都。何如？群臣称善。至是始命有司建置城池宫阙，如京师之制焉。
在营建中都时，刘基曾持反对的论调，以为凤阳虽帝乡，非建都之地。
洪武八年（1375年）四月罢营中都。
洪武十一年（1378年）诏以南京为京师。
太祖对于建都问题，已经踌躇了十年，到这时才决定。可是为着要控制北边，仍时有迁都的雄心。选定的地点仍是长安、洛阳和北平。当时献议都长安的有胡子祺：
洪武九年监察御史胡子祺上书请都关中，帝称善。遣皇太子巡视陕西，后以太子薨，不果。
他的理由是：“天下形胜地可都者四：河东地势高，控制西北，尧尝都之，然其地苦寒。汴梁襟带河、淮，宋尝都之，然其地平旷，无险可凭。洛阳周公卜之，周、汉迁之，然嵩、邙非有殽函、终南之阻，涧、瀍、伊、洛非有泾、渭、灞、浐之雄。夫据百二山河之胜，可以耸诸侯之望，举天下莫关中若也。”
皇太子巡视陕西在洪武二十四年（1391年）。则太祖在洪武十一年（1378年）定都南京以后，仍有都长安之意。皇太子巡视的结果，主张定都洛阳：
太祖以江南地薄，颇有迁都之意。八月命皇太子往视关洛。皇太子志欲定都洛阳，归而献地图。明年四月以疾薨。
郑晓记此事始末，指出迁都的用意，在控制西北：
国朝定鼎金陵，本兴王之地。然江南形势终不能控制西北，故高皇时已有都汴、都关中之意，……以东宫薨而中止。
《明史》记：
太子还，献陕西地图，遂病，病中上言经略建都事。
是则假使懿文不早死，也许在洪武时已经迁都到洛阳或长安了。又议建都北平：
逮平陕西，欲置都关中。后以西北重地，非自将不可。议建都于燕。以鲍频力谏而止。
何孟春记鲍频谏都北平事说：
太祖平一天下，有北都意。尝御谨身殿，亲策问群臣曰：“北平建都可以控制边塞，比南京何如？”修撰鲍频对曰：“元主起自沙漠，立国在燕，今百年，地气天运已尽，不可因也。南京兴王之地，言殿已完，不必改图。《传》曰：‘在德不在险也。’”
明太祖晚年之想迁都，次要的原因，是南京新宫风水不好。顾炎武记：
南京新宫吴元年作。初大内填燕尾湖为之，地势中下，南高而北卑，高皇帝后悔之。二十五年《祭光禄寺灶神文》曰：“朕经营天下数十年，事事按古有绪。维宫城前昂后洼，形势不称，本欲迁都。今朕年老，精力已倦。又天下新定，不欲劳民。且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”
由此看来，从洪武初年到洪武二十四年（1391年）这一时期中，明太祖虽然以南京做国都，可是为了控制北边的国防关系，仍时有迁都的企图。迁都北边最大的困难是漕运艰难，北边硗瘠，如一迁都，则人口必骤然增加，本地粮食不能自给，必须仰给东南，烦费不资。次之重新创建城地宫阙，财力和人力也耗费过多。懿文太子死后，这老皇帝失去勇气，从此就不再谈迁都了。