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在抗日战争中，中国共产党应该处于什么地位，怎样发挥作用，是中国共产党抗战思想的重要部分。瓦窑堡会议提出了党的领导权的问题：“共产党应该以自己积极的彻底的正确的反日反汉奸反卖国贼的言论与行动，去取得自己在反日战线中的领导权。也只有在共产党的领导之下，反日运动，才能得到彻底的胜利。反日战线中的广大民众，应该满足他们的基本利益的要求（农民的土地要求，工人，兵士，贫民，知识分子等改良生活待遇的要求），只有满足了他们的要求，才能动员广大的群众走进反日的阵地上去，才能使反日运动得到持久性，才能使运动走到彻底的胜利。也只有如此，才能取得党在反日运动中的领导权。”
在洛川会议上，再次提出了领导权问题：“在统一战线中，是无产阶级领导资产阶级呢，还是资产阶级领导无产阶级？是国民党吸引共产党呢，还是共产党吸引国民党？在当前的具体的政治任务中，这个问题即是说：把国民党提高到共产党所主张的抗日救国十大纲领和全面抗战呢，还是把共产党降低到国民党的地主资产阶级专政和片面抗战？”
根据抗日民族统一战线的实际，中国共产党逐步确立了实现对抗日民族统一战线的领导的思想。
其一，充分发挥共产党员在抗日民族统一战线中的作用，以共产党员的先锋模范作用影响、吸引、团结、带领广大民众投身于抗日民族解放战争之中，并将自己的政治主张变成民众的思想和行动。洛川会议号召：“共产党员及其所领导的民众和武装力量，应该最积极的站在斗争的最前线，应该使自己成为全国抗战的核心，应该用极大力量发展抗日的群众运动。不放松一刻工夫一个机会去宣传群众、组织群众、武装群众，只要真能组织千百万群众进入抗日民族统一战线，抗日战争的胜利是无疑义的。”
毛泽东在《中国共产党在民族战争中的地位》一文中指出：“共产党员应在民族战争中表现其高度的积极性；而这种积极性，应使之具体地表现于各方面，即应在各方面起其先锋的模范的作用。”由于中国抗日民族统一战线中存在不团结、不巩固的情况，因此，“共产党员不能不自觉地担负起团结全国人民克服各种不良现象的重大的责任”，“共产党员的先锋作用和模范作用是十分重要的。共产党员在八路军和新四军中，应该成为英勇作战的模范，执行命令的模范，遵守纪律的模范，政治工作的模范和内部团结统一的模范”。
其二，坚持在抗日民族统一战线中的独立自主的原则。中国共产党鉴于大革命时期的经验教训，提出了独立自主的原则。“独立自主，就是指无产阶级的独立性，他有自己独立的政策、独立的思想。”
中国共产党是以马克思主义为指导思想的无产阶级政党，有着自己独立的政治纲领和阶级利益，在民族矛盾成为主要矛盾的民族革命战争时期，政党和阶级的利益“必须服从于抗日战争的利益，而不能违反抗日战争的利益。但是阶级和阶级斗争的存在是一个事实；有些人否认这种事实，否认阶级斗争的存在，这是错误的。企图否认阶级斗争存在的理论是完全错误的理论。我们不是否认它，而是调节它。我们提倡的互助互让政策，不但适用于党派关系，也适用于阶级关系”。
因此，在坚持统一战线的同时，中国共产党始终坚持独立自主的原则，坚持在八路军、新四军中设立政治委员和政治机关，以坚持党对军队的绝对领导，坚持设立自己的军队总指挥机关，坚持独立自主地开展游击战。
在上海、太原失陷以后，中国共产党再次强调统一战线中的独立自主原则，毛泽东特别严肃地指出：“为了坚持抗战和争取最后胜利，为了变片面抗战为全面抗战，必须坚持抗日民族统一战线的路线，必须扩大和巩固统一战线。任何破裂国共两党的统一战线的主张是不许可的。‘左’倾关门主义仍然要防止。但是在同时，在一切统一战线工作中必须密切地联系到独立自主的原则。我们和国民党及其他任何派别的统一战线，是在实行一定纲领这个基础上面的统一战线。离开了这个基础，就没有任何的统一战线，这样的合作就变成无原则的行动，就是投降主义的表现了。因此，‘统一战线中的独立自主’这个原则的说明、实践和坚持，是把抗日民族革命战争引向胜利之途的中心一环。”
所以，党必须“坚持民族统一战线才能克服困难，战胜敌人，建设新中国，这是毫无疑问的。但是在同时，必须保持加入统一战线中的任何党派在思想上、政治上和组织上的独立性，不论是国民党也好，共产党也好，其他党派也好，都是这样”。
毛泽东还从党和阶级利益的角度说明了坚持统一战线和保持独立自主的关系，指出：“用长期合作支持长期战争，就是说使阶级斗争服从于今天抗日的民族斗争，这是统一战线的根本原则。在此原则下，保存党派和阶级的独立性，保存统一战线中的独立自主；不是因合作和统一而牺牲党派和阶级的必要权利，而是相反，坚持党派和阶级的一定限度的权利；这才有利于合作，也才有所谓合作。否则就是将合作变成了混一，必然牺牲统一战线。在民族斗争中，阶级斗争是以民族斗争的形式出现的，这种形式，表现了两者的一致性。一方面，阶级的政治经济要求在一定的历史时期内以不破裂合作为条件；又一方面，一切阶级斗争的要求都应以民族斗争的需要（为着抗日）为出发点。这样便把统一战线中的统一性和独立性、民族斗争和阶级斗争，一致起来了。”
总之，独立自主的原则是中国共产党在抗日民族统一战线中必须坚持的重要思想，反映了党在民族革命战争中，把民族利益和阶级利益高度统一起来的政治智慧和战略高度。正因为党坚持了独立自主的原则，才在国民党顽固派破坏统一战线、数次掀起反共高潮的斗争中取得胜利，并且在抗日战争中不断发展壮大，最终领导全国人民取得新民主主义革命的胜利。