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沙眼衣原体（CT）用免疫荧光法可分为12个血清型，即A～K加B 6 型，A、B、B 6 、C型称眼型，主要引起沙眼，D～K型称眼－泌尿生殖型，可引起成人及新生儿包涵体结膜炎（副沙眼）、男性及女性生殖器官炎症、非细菌性膀胱炎、胃肠炎、心肌炎及新生儿肺炎、中耳炎、鼻咽炎和女婴阴道炎。
所有沙眼衣原体感染均可趋向于持续性、慢性和不显性的形式。CT主要是人类沙眼和生殖系统感染的病原，偶可引起新生儿、小婴儿和成人免疫抑制者的肺部感染。分娩时胎儿通过CT感染的宫颈可出现新生儿包涵体性结膜炎和新生儿肺炎。CT主要经直接接触感染，使易感的无纤毛立方柱状或移行的上皮细胞（如结膜、后鼻咽部、尿道、子宫内膜和直肠黏膜）发生感染。常引起上皮细胞的淋巴细胞浸润性急性炎症反应。一次感染不能产生防止再感染的免疫力。
活动性CT感染妇女分娩的婴儿有10%～20%出现肺炎。出生时CT可直接感染鼻咽部，以后下行至肺引起肺炎，也可由感染结膜的CT经鼻泪管下行到鼻咽部，再到下呼吸道。大多数CT感染表现为轻度上呼吸道症状，而症状类似流行性感冒，而肺炎症状相对较轻，某些患者表现为急性起病伴一过性的肺炎症状和体征，但大多数起病缓慢。上呼吸道症状可自行消退，咳嗽伴下呼吸道症状感染体征可在首发症状后数日或数周出现，使本病有一个双病程的表现。CT肺炎有非常特征性的表现，常见于6个月以内的婴儿，往往发生在1～3个月龄，通常在生后2～4周发病。但目前已经发现有生后2周即发病者。常起病隐匿，大多数无发热，起始症状通常是鼻炎，伴鼻腔黏液分泌物和鼻塞。随后发展为断续的咳嗽、也可表现为持续性咳嗽、呼吸急促，听诊可闻及湿啰音，喘息较少见。一些CT肺炎病例主要表现为呼吸增快和阵发性单声咳嗽。有时呼吸增快为唯一线索，约半数患儿可有急性包涵体结膜炎，可同时有中耳炎、心肌炎和胸腔积液。
与成熟儿比较，极低出生体重儿的CT肺炎更严重，甚至是致死性的，需要长期辅以机械通气，易产生慢性肺部疾病，从免疫力低下的CT下呼吸道感染患者体内，可在感染后相当一段时间仍能分离到CT，现发现毛细支气管炎患者CT感染比例较多，CT是启动抑或加重了毛细支气管炎症状尚待研究。已发现新生儿CT感染后，在学龄期发展为哮喘。对婴幼儿CT感染7～8年再进行肺功能测试，发现大多数表现为阻塞性肺功能异常。CT与慢性肺部疾病间的关系有待阐明。
CT肺炎患儿外周血的白细胞总数正常或升高，嗜酸性粒细胞计数增多，超过400/μl。
CT感染的诊断为从结膜或鼻咽部等病损部位取材涂片或刮片（取材要带柱状上皮细胞，而不是分泌物）发现CT或通过血清学检查确诊。新生儿沙眼衣原体肺炎可同时取眼结膜刮屑物培养和（或）涂片直接荧光法检测沙眼衣原体。经吉姆萨染色能确定患者有否特殊的胞质内包涵体，其阳性率分别为：婴儿中可高达90%，成人包涵体结膜炎为50%，但在活动性沙眼患者中仅有10%～30%。对轻症患者做细胞检查无帮助。
早在20世纪60年代已经开展了CT的组织细胞培养，采用组织培养进行病原分离是衣原体感染诊断的金标准。一般都是将传代细胞悬液接种在底部放有玻片的培养瓶中，待细胞长成单层后，将待分离的标本种入。经在CO 2 温箱中孵育并进行适当干预后再用异硫氰酸荧光素标记的CT特异性单克隆抗体进行鉴定。常用来观察细胞内形成特异的包涵体及其数目、CT感染细胞占细胞总数的百分率或折算成使50%的组织细胞出现感染病变的CT量（TCID50）等指标。研究发现，因为取材木杆中的可溶性物质可能对细胞培养有毒性作用。用以取样的拭子应该是塑料或金属杆，如果在24h内不可能将标本接种在细胞上，应保存在4℃或置－70℃储存待用。用有抗生素的培养基作为衣原体转运培养基能最大限度地提高衣原体的阳性率和减少其他细菌过度生长。培养CT最常用的细胞为用亚胺环己酮处理的Mc-Coy或Hela细胞。离心法能促进衣原体吸附到细胞上。培养48～72h用CT种特异性免疫荧光单克隆抗体和姬姆萨或碘染色可查到胞浆内包涵体。
血清抗体水平的测定是目前应用最广泛的诊断衣原体感染的依据。
1．衣原体微量免疫荧光法（MIF）
衣原体微量免疫荧光法（MIF）是衣原体最敏感的血清学检测方法，最常作为回顾性诊断。该试验先用鸡胚或组织细胞培养衣原体，并进一步纯化抗原，将浓缩的抗原悬液加在一块载玻片上，按特定模式用抗原进行微量滴样。将患者的血清进行系列倍比稀释后加在抗原上，然后用间接免疫荧光方法测定每一种衣原体的特异抗原抗体反应。通用的诊断标准是：①急性期和恢复期的两次血清抗体滴度相差4倍，或单次血清标本的IgM抗体滴度≥1∶16和（或）单次血清标本的IgG抗体滴度＞1∶512为急性衣原体感染。②IgM滴度＞1∶16且1∶16＜IgG＜1∶512为既往有衣原体感染。③单次或双次血清抗体滴度＜1∶16为从未感染过衣原体。
2．补体结合试验
可检测患者血清中的衣原体补体结合抗体，恢复期血清抗体效价较急性期增高4倍以上有确诊意义。
3．酶联免疫吸附法（ELISA）
可用于血清中CT抗体的检测，由于衣原体种间有交叉反应，不主张单独应用该方法检测血清标本。
微量免疫荧光法（MIF）检查衣原体类抗体是目前国际上标准的且最常用的衣原体血清学诊断方法，由于可检测出患儿血清中存在的高水平的非母体IgM抗体，尤其适用于新生儿和婴儿沙眼衣原体肺炎的诊断。由于不同的衣原体种间可能存在着血清学交叉反应，血清标本应同时检测三种衣原体的抗体并比较抗体滴度，以滴度最高的作为感染的衣原体种，但是不能广泛采用这种检查法。新生儿肺炎患者IgM增高，而结膜炎患儿则无IgM抗体增高。
分子生物学方法正成为诊断CT感染的主要技术手段之一，采用荧光定量聚合酶链反应技术和巢式聚合酶链反应技术是诊断CT感染的新途径，可早期快速、特异地检测出标本中的CT核酸。
胸片和肺CT表现为肺气肿伴间质或肺泡浸润影，多为间质浸润和肺过度充气，也可见支气管肺炎或网状、结节样阴影，偶见肺不张。
根据患儿的年龄、相对特异的临床症状以及X线非特异性征象，并有赖于从结膜或鼻咽部等分离到CT或通过血清学检查等实验室手段确定诊断。
（1）RSV肺炎：多见于婴幼儿，大多数病例伴有中高热，持续4～10天，初期咳嗽、鼻塞，常出现气促、呼吸困难和喘憋，肺部听诊多有细小或粗、中啰音。少数重症病例可并发心力衰竭。胸片多数有小点片状阴影，可有不同程度的肺气肿。
（2）粟粒性肺结核：多见于婴幼儿初染后6个月内，特别是3个月内，起病可急可缓，缓者只有低热和结核中毒症状，多数急性起病，症状以高热和严重中毒症状为主，常无明显的呼吸道症状，肺部缺乏阳性体征，但X线检查变化明显，可见在浓密的网状阴影上密度均匀一致的粟粒结节，婴幼儿病灶周围反应显著及易于融合，点状阴影边缘模糊，大小不一而呈雪花状，病变急剧进展可形成空洞。
（3）白色念珠菌肺炎：多发生在早产儿、新生儿、营养不良儿童、先天性免疫功能缺陷及长期应用抗生素、激素以及静脉高营养患者，常表现为低热、咳嗽、气促、发绀、精神萎靡或烦躁不安，胸部体征包括叩诊浊音和听诊呼吸音增强，可有管音和中小水泡音。X线检查有点状阴影、大片实变，少数有胸腔积液和心包积液，同时有口腔鹅口疮，皮肤或消化道等部位的真菌病。可同时与大肠埃希菌、葡萄球菌等共同致病。
治疗药物主要为红霉素，新生儿和婴儿的用量为红霉素每日40mg/kg，疗程2～3周，或琥乙红霉素每日40～50mg/kg，分4次口服，连续14日；如果对红霉素不能耐受，度过新生儿期的小婴儿应立即口服磺胺类药物，可用磺胺恶唑每日100mg/kg，疗程2～3周；有报道应用阿莫西林、多西环素治疗，疗程1～2周；或有报道用氧氟沙星，疗程1周。但国内目前不主张此类药物用于小儿。
现发现，红霉素疗程太短或剂量太小，常使全身不适、咳嗽等症状持续数日。单用红霉素治疗的失败率是10%～20%，一些婴儿需要第2个疗程的治疗。有研究发现阿奇霉素短疗程20mg/（kg·d），每日顿服连续3日与红霉素连续应用14日的疗效是相同的。此外，要强调呼吸道管理和对症支持治疗也很重要。
由于局部治疗不能消灭鼻咽部的衣原体，不主张对包涵体结膜炎进行局部治疗，这种婴儿仍有发生肺炎或反复发生结膜炎的危险。对CT引起的小婴儿结膜炎或肺炎均可用红霉素治疗10～14日，红霉素用量为每日50mg/kg，分4次口服。
对确诊为衣原体感染患儿的母亲（及其性伴）也应进行确定诊断和治疗。