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“三元模式”是我国加入世界贸易组织特定背景下建立起来的，该模式对于保护地理标志和实现与国际接轨起到积极作用，但是其弊端突出，“地理标志”定义逻辑混乱，认定和保护制度设计扭曲，彼此缺乏配合支持。
目前，我国对地理标志的“三元模式”各有侧重，这种多头保护模式有效推动了我国地理标志事业的发展，但实践中由于“三元模式”相互独立，导致地理标志保护重叠，造成了地理标志保护的权利纠纷和执法冲突，不利于在国际上持续提升我国地理标志的整体竞争力。
表1-1 地理标志保护“三元模式”
续表
在“三元模式”下，由于地理标志保护模式不统一，地理标志出现了管理混乱的问题，主要表现为类型多样、标志不统一以及多头申报。
第一，类型多样。“三元模式”下，地理标志商标通过集体商标或证明商标方式注册，具体表现为“地理标志证明商标”“地理标志集体商标”，再加上“地理标志产品保护”“农产品地理标志”，理论上在认定上同时存在四种类型“地理标志”。虽然各个“地理标志”保护的目的都在于增强产品的竞争力，但立法上类型不统一导致市场认知混乱，不同的申请与保护体系、多个业务主管部门使普通申请人无法辨别各个地理标志类型之间的关系，为保护地理标志造成困扰。
第二，标志不统一。“三元模式”下长期存在三种不同地理标志专用标志，造成市场混乱。多年以来，我国多种地理标志专用标志并存使用，该情形不仅不利于市场消费者对相关产品的准确识别，也提高了部分生产者的运营管理成本，同时还增大了地理标志监管执法的工作难度。在2019年以前，我国地理标志保护方式有三种，“三元模式”下地理标志分别由原国家工商行政管理总局、原国家质量监督检验检疫总局、原农业部三个部门进行不同的注册、登记和管理，对应的地理标志专用标志为地理标志（GI）、国家地理标志保护产品（PGI）、农产品地理标志（AGI），而这三种标志各自又有不同的标注制度。直至2020年4月3日，国家知识产权局的《地理标志专用标志使用管理办法（试行）》中公布了最新的地理标志专用标志官方标志（GI），并宣布废止原来的相关专用标志，进一步推动了地理标志商标和地理标志保护产品的专用标志统一。然而，目前仍然存在地理标志商标和地理标志保护产品使用的“中华人民共和国地理标志”和农产品地理标志使用的“中华人民共和国农业农村部农产品地理标志”两种地理标志专用标志。
第三，多头申报。由于“三元模式”相互独立，申请条件、申请程序和审查标准存在差异，同一种产品可以多头申报不同类型的地理标志，增加了申请成本。各地为了加强地理标志保护，通常追求多头申报，造成社会资源浪费。地理标志的多头申报行为既造成了地理标志注册人及社会公众困惑与混淆，也不利于对地理标志的培育和保护。例如，“荔浦芋”同时申报了地理标志保护产品、地理标志证明商标和农产品地理标志；“金田淮山”既为地理标志证明商标，也是农产品地理标志；“阳朔金桔”于2006年获地理标志产品保护，2009年又获地理标志证明商标保护。此外，以不同的名称多头申请不同类型地理标志的情形同样存在。例如，2011年3月，梧州市人民政府获得了“六堡茶”地理标志产品保护；2018年7月23日，梧州市茶产业发展办公室又以“梧州六堡茶”申请注册地理标志证明商标，随后“梧州六堡茶 WUZHOU LIU-PAO TEA”地理标志证明商标注册公告；而广西茶叶协会以“广西六堡茶”登记农产品地理标志，在2020年“广西六堡茶”被批准注册为农产品地理标志登记产品，保护范围为广西产茶的12个市48个县（市、区）539个乡镇（街道）。多个名称进行不同申报，这就造成了地理标志的多头申请、多头管理，体系混乱。因此，对于“三元模式”并行的地理标志管理制度，各个地方要结合本地实际情况与发展特色，选择符合本地发展规划的地理标志保护类型进行申请，避免烦琐的重复申报。
第一，“三元模式”下地理标志保护主体存在区别。地理标志商标的申请主体是“当地的不以赢利为目的团体、协会或者其他组织，一般为社会团体法人、事业单位法人”，其中地理标志集体商标申请主体限于团体、协会等集体性组织
，并且地理标志商标申请主体须具有监督商品特定品质的能力，地理标志所标示地区的人民政府或者行业主管部门授权申请人申请注册并监督管理该地理标志；地理标志保护产品的申请主体是“产地范围的县级以上人民政府或者其指定的具有代表性的社会团体、保护申请机构”；
农产品地理标志的申请主体为县级以上地方人民政府根据条件择优确定的农民专业合作经济组织、行业协会等组织，该申请主体要具有监督和管理农产品地理标志及其产品的能力，同时具有为地理标志农产品生产、加工、营销提供指导服务的能力，以及具有独立承担民事责任的能力。
几种申请主体的区别在于：企业仅能作为地理标志保护产品的申请主体，不能作为其他类型地理标志申请主体，另外实践中出现大量地方政府作为地理标志保护产品申请主体的情形；地理标志集体商标申请主体只限于团体、协会等集体性组织，且申请时需要提供该集体组织成员的名称和地址，申请成功后使用人只能是该集体组织的成员，其他类型地理标志使用人不限于特定成员；农民专业合作经济组织可以作为主体申请地理标志保护产品和农产品地理标志，但不能申请地理标志商标。
第二，“三元模式”下地理标志保护客体存在交叉和区别，主要体现为地理标志商标法保护模式下没有限定具体保护对象；而地理标志产品保护模式下保护对象限于种植、养殖产品、工业品、手工艺品等，是指产自特定地域，所具有的质量、声誉或其他特性本质上取决于该产地的自然因素和人文因素，并经审核批准以地理名称进行命名的产品，包括来自本地区的种植、养殖产品，以及原材料全部来自本地区或部分来自其他地区并在本地区按照特定工艺生产和加工的产品；
农产品地理标志保护模式下保护对象仅限于农产品，该农产品是指农业初级产品，即在农业活动中获得的动植物、微生物及其产品，并且农产品申请地理标志登记须符合下列条件：农产品地理标志的称谓由特定的地理区域名称和农产品通用名称构成、该产品具有独特的品质特性或者特定的生产方式、该产品的品质特色主要取决于特定区域的自然生态环境和人文历史因素、该产品有限定的生产区域范围、该产品的产地环境和产品质量必须符合国家强制性技术规范要求。
在原工商系统的“地理标志商标法模式”、原质检系统的“地理标志产品保护模式”、原农业部的“农产品地理标志保护模式”所构成的“三元模式”下，多套地理标志保护制度并行存在，往往易出现权利冲突，突出表现为地理标志与商标之间的权利冲突。
第一，在先地名商标与在后地理标志商标注册冲突。在先地名商标主要包括两类：一是由于历史原因，1993年《商标法》第一次修正以前，大量地名被注册为普通商标且继续有效；二是1993年修法后县级以上行政区划地名除有其他含义外，禁止作为普通商标注册，但出现“县级以下地名地理标志的保护缺失”的情况
，大量县级以下地名或风景名胜地名被注册为商标，在先地名商标成为地理标志商标注册的障碍。例如，“六堡”原本是梧州市苍梧县一个下辖镇的名称，同时构成了六堡茶产品名称。2011年，国家批准对六堡茶实施地理标志产品保护；2012年，“六堡茶”被四川一家企业在“茶”部分核定使用商品上注册为商标，致使梧州六堡茶多年来无法申请地理标志商标。2016年，六堡茶国家标准发布实施；2017年，广西老来瘦六堡茶有限公司向原国家工商行政管理总局商标局提出了撤销第11666678号“六堡茶”注册商标的申请。在该次申请中提到，“六堡”属于广西壮族自治区梧州市下的一个乡镇地名，构成了“六堡茶”名称的主要部分。申请人提交相关证据称，近年来六堡茶产业繁荣发展，六堡茶已经成为社会各界人士都统一认可的茶的通用名称。2018年，由于“六堡茶”被认定为通用名称，相关商标被撤销。原国家工商行政管理总局商标局依据“中华人民共和国国家标准GB/T32719.4-2016”，认为“六堡茶”应被归入黑茶种类，成为法定的商品通用名称。同时，从申请人提供的相关证据材料可以看出，“六堡茶”已成为茶行业普遍通用的名称且商标注册人并未对其相关商标进行积极维权，导致茶行业内涌现出大量以“六堡茶”命名的公司。因此，根据《商标法》第49条及《商标法实施条例》第65条的规定，原国家工商行政管理总局商标局决定：撤销隆昌县木星食品厂第11666678号第30类“六堡茶”商标在“茶”商品上的注册。随后梧州市茶产业发展办公室以“梧州六堡茶”作为地理标志证明商标注册申请，其间经历被异议而无效，但最终于2021年5月14日获得核准注册。2022年，梧州六堡茶公用品牌价值已达到37.64亿元，居广西茶叶类第一位。又如，广西贵港市覃塘区盛产毛尖茶，“覃塘”曾为镇名。1996年，广西壮族自治区人民政府批准设立覃塘管理区，2003年3月经国务院批准成立县级行政区，即贵港市覃塘区，故1996年“覃塘”被区内企业广西贵港市覃塘富伟茶业有限公司在第30类茶叶上注册了普通商标。为避免与在先地名商标冲突，贵港市覃塘区农业技术推广中心于2018年以“贵港覃塘毛尖”注册地理标志证明商标，但是仍然因存在在先地名商标被驳回。
第二，在先地名商标与地理标志保护产品冲突。典型如“东阿阿胶案”和“金华火腿案”出现地名注册商标和地理标志保护产品（当时为“原产地域产品”）之间的严重冲突。在“东阿阿胶案”
中，2002年2月，原国家质量监督检验检疫总局发布公告称东阿阿胶等一批生产企业的原产地保护申请通过，至此“东阿阿胶”被认定为原产地保护标记获得保护。在公告发布后，东阿阿胶集团认为其所享有“东阿阿胶”商标专用权受到了侵犯，指出“东阿阿胶”是该集团的注册商标，将“东阿阿胶”作为原产地标记保护并不合理。就东阿阿胶而言，虽然其产品来源于东阿县，但东阿阿胶本身具有的品质并不取决于东阿县的自然环境和人文历史因素，而是由东阿阿胶集团独特的生产工艺与良好的运营方式打造而成。东阿阿胶集团认为，从东阿阿胶的生产过程中可以看出，原材料驴皮的质量、生产用水的质量和生产工艺是保证东阿阿胶的产品质量突出的重要元素，尤其是生产工艺。原材料与用水可以通过现代化生产程序严格控制，但东阿阿胶的生产工艺繁复，其中包含熬胶、晾胶等上百道复杂工序，所以独特的生产工艺是东阿阿胶保持品质的关键成因。自1978年始，东阿阿胶集团开始进行商标布局，在第5类“阿胶”上申请注册了“东阿”“东阿阿胶”“东阿阿胶集团”等商标并沿用至今，一直以来不断创新生产工艺，结合传统经验推陈出新，同时还注重企业知识产权保护与现代市场营销管理，才在阿胶消费市场中树立起了东阿阿胶集团的良好企业形象，并打造出了闻名中外的“东阿”“东阿阿胶”品牌。因此，东阿阿胶集团在异议书中提出，“东阿阿胶”原产地标识和“东阿阿胶”商标在本质上都发挥着区分商品来源的作用，标明了东阿阿胶的特定来源，如今“东阿阿胶”原产地标识的主体和“东阿阿胶”商标权利主体却不一致，将“东阿阿胶”作为原产地标识保护并将其他阿胶企业的“福牌”“东阿镇牌”等注册商标共同纳入东阿阿胶原产地标识保护的范围，该做法将会导致“东阿阿胶”在先注册商标与“东阿阿胶”原产地标识发生冲突。在“金华火腿案”
中，1979年10月，浙江省浦江县食品公司经过申请获得“金华火腿”注册商标。随后浙江省食品公司出于统一经营、统一调拨、统一核算的需要，申请将该注册商标转移至名下。1983年3月，“金华火腿”归于浙江省食品公司所有。之后，浙江省食品公司改名，注册商标所有权人为今日位于浙江杭州的浙江省食品有限公司。2001年，原国家质量监督检验检疫总局正式批准“金华火腿”为原产地域产品。2003年4月，浙江永康四路火腿一厂在核定使用的第29类商品（香肠、火腿等）上申请注册了“真方宗”商标。2003年6月，金华火腿行业协会将浙江永康四路火腿一厂评定第一届“金华火腿明星企业”，随后原国家质量监督检验检疫总局发布2003年第87号公告称，其已通过浙江永康四路火腿一厂等五十多家企业提出的专用标志使用申请，将在审核完毕后进行登记，并颁发《金华火腿原产地域产品专用标志使用证书》。在之后的生产中，获得证书的企业可以依据相关规定使用“金华火腿”原产地域产品专用标志。2003年7月，浙江省食品有限公司作为“金华火腿”注册商标权人函告浙江永康四路火腿一厂的产品销售商，让其立即停止销售侵害注册商标专用权的产品，否则将采取法律行动。后浙江省食品有限公司将浙江永康四路火腿一厂及其产品销售商诉至法院。虽然浙江省食品有限公司的诉讼请求并未得到支持，但其以持有“金华火腿”注册商标为由，对于被授予使用原产地域产品“金华火腿”的企业发动诉讼和举报，对产业发展造成了致命打击。
总体来看，第一种冲突是依托商标法保护地理标志模式先天固有的冲突，第二种冲突是“三元模式”下不同模式之间后天的冲突。为了解决当前各个模式之间的冲突局面，统一地理标志保护模式，针对地理标志进行专门立法不失为有效之举。
“三元模式”是我国特有的地理标志保护模式，三个模式遵循的法律依据各不相同，对于地理标志的保护力度不一。
第一，“三元模式”各自的法律效力位阶不一。地理标志商标法模式依据的《商标法》属于全国人大制定的法律，其效力高于行政法规、地方性法规、规章等。而地理标志产品保护模式依据的《地理标志产品保护规定》《地理标志产品保护办法》与农产品地理标志保护模式依据的《农产品地理标志管理办法》属于部门规章，法律位阶较低。
第二，“三元模式”各自对待地理标志权利性质不一。地理标志商标注册成功后被赋予商标专用权，适用《商标法》建构的权利义务体系及其救济途径，如《商标法实施条例》第4条中规定：“以地理标志作为证明商标注册的，其商品符合使用该地理标志条件的自然人、法人或者其他组织可以要求使用该证明商标，控制该证明商标的组织应当允许。以地理标志作为集体商标注册的，其商品符合使用该地理标志条件的自然人、法人或者其他组织，可以要求参加以该地理标志作为集体商标注册的团体、协会或者其他组织，该团体、协会或者其他组织应当依据其章程接纳为会员；不要求参加以该地理标志作为集体商标注册的团体、协会或者其他组织的，也可以正当使用该地理标志，该团体、协会或者其他组织无权禁止。”而地理标志保护产品和农产品地理标志均未赋予地理标志主体特定权利，属于以行政手段建立的管理体系。
第三，“三元模式”各自的法律保护手段不一。地理标志商标可以适用《商标法》以及《刑法》中关于商标的民事、行政和刑事法律手段予以保护。其受保护力度最强，能够有效打击假冒、侵权等行为。例如，在“上海菲桐贸易有限公司、诸葛某假冒注册商标案”
中，公诉机关上海市浦东新区人民检察院指控：“BORDEAUX”系波尔多葡萄酒行业联合会在我国注册的地理标志集体商标，核定使用商品为第33类葡萄酒，且在有效期内。2019年2月，被告人诸葛某在未取得许可的情况下委托他人设计、生产带有“BORDEAUX”标识的标贴并贴于其灌装的葡萄酒瓶身，后通过上海菲桐贸易有限公司对外进行销售。2019年3月21日至23日，上海菲桐贸易有限公司在参加第100届全国糖酒商品交易会时被当场查获，除在交易会现场查获涉案葡萄酒52箱（每箱6瓶）外，上海市浦东新区知识产权局在上海菲桐贸易有限公司位于上海市松江区的仓库内查获1608箱。经查，上海菲桐贸易有限公司假冒“BORDEAUX”注册商标的非法经营额达24万余元。法院认为，上海菲桐贸易有限公司的行为符合假冒注册商标情形。根据上海菲桐贸易有限公司关于假冒商品的平均定价，其待销售的假冒商品的非法经营数额达24万余元，属情节严重，其行为构成假冒注册商标罪。被告人诸葛某作为该公司直接负责的主管人员，亦应以假冒注册商标罪追究其刑事责任。本案系通过刑事司法保护地理标志集体商标的典型案例，涉案地理标志集体商标系在我国合法注册的商标，受我国《刑法》保护。而另两种模式中，地理标志保护产品和农产品地理标志仅得以部门规章规定的行政处罚手段进行保护，尚未建立体系化的保护手段。
目前“三元模式”中“地理标志商标法保护模式”具有立法层级最高、制度建设最为成熟、保护范围最为全面、社会公众最为熟悉等优势，但是该模式忽视了地理标志是一种独立的知识产权客体，在知识产权强国建设实践中其弊端日益凸显。