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为了打好这场战争，杨广做了长达数年的准备。
第一项准备工作是开凿永济渠，沟通洛阳与涿郡。
大运河虽然在大业元年就已经开工建设，但永济渠段直到大业四年才开始开凿。之所以选在那个时候，是因为当时杨广听了裴矩的建议，打算北巡涿郡，接受高元的朝见。但如今高元拒绝来朝，那永济渠的意义就不再是用于北巡了，而是转运兵马粮草，为征讨高句丽服务。
第二项准备工作是打造战舰，为渡海做准备。
高句丽不同于突厥和吐谷浑等国，它是一个沿海国家，海岸线很长，除了陆上与隋朝接壤外，还与隋朝隔海相望，因而隋军可以从海上发起进攻，与陆军相配合，两面夹击平壤城。
为此，杨广命前幽州总管元弘嗣前往东莱海口（在今山东烟台）监造战船，数量为三百艘。元弘嗣是有名的酷吏，为人残暴不仁，他为早日完成任务以讨好杨广，督工极为严苛，强迫造船的木工昼夜劳作，一刻也不能停，结果木工们因为立在海水中时间过长，腰身以下都生出了蛆，死者十之三四。
因此可以说，攻打高句丽的战船是隋朝工匠们用生命造出来的。
第三项工作是征调军队和物资，集中至涿郡。
此次征讨高句丽，杨广将以涿郡为大本营，故而需要将军队、粮草、作战器具等调至涿郡附近。为此，他在数月之内连续下了多道诏令。
其一，命天下兵马无论距离远近，全部集中到涿郡待命。这意味着杨广将调动全国军队，以举国之力东征高句丽。
其二，在常规部队之外，再征发江淮以南水手一万人、弩手三万人，岭南排镩（ cuān ）手三万人，也全部集中至涿郡。水手、弩手、排镩手都是特种作战部队，其中水手适合水战，因为隋军将士大多为北方人，不习水性，所以需要从江淮以南征发；弩手则适合步战，尤其是阵地战，因为弩的射程比较远，杀伤力强，命中率高，但相较于弓，弩箭的装填时间比较长，对使用者有一定要求，而江淮地区的弩手天下闻名，号称精锐；最后的排镩手也适合步战，镩类似于长矛，对使用者的要求比较高。以上三个兵种都不在府兵之列，因而需要单独征发。
其三，敕命河南、淮南、江南等地打造戎车五万乘，由当地士兵送至高阳（今河北高阳），以装载衣甲幔幕等物；同时征发河南、河北民夫，以运送军需。
其四，征发江淮以南民夫及船只，运送黎阳、洛口等粮仓的米到涿郡。
这些诏令一出，隋朝各地的官吏、百姓纷纷忙碌起来，大运河上运送兵甲器械的船只数不胜数，绵延千余里；南北道路上往来的行人昼夜不绝，日常达数十万。一时间，整个隋朝都动了起来，全部的人力、物力都在向涿郡集中，一场规模空前的大战即将爆发。
各项准备工作正紧锣密鼓地进行着，而另一边，杨广也于大业七年二月自江都出发，沿大运河北上涿郡。
与杨广一同出发的，还有后妃、王公、文武官员、僧众道士、西域各部族首领等，共计有数万人。
这么多随行人员，不可能都乘船，相当一部分人只能在运河两岸徒步随船行进，而从江都到涿郡数千里地，一路下来受累受冻，真是苦不堪言，以至于有十分之一二的人都死在了半道。
可能有人会问，明明是去打仗，杨广为什么要带这么多“闲杂人等”？
这是因为杨广把东征高句丽当作了一次出巡。在他眼里，这和北巡突厥、西巡河右没有什么区别，只是排场更大、军队数量更多而已。所以打仗只是一个方面，宣扬大隋国威才是主要的。