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张元济在1895年至1896年的初期改革运动中究竟扮演了怎样的角色呢？他与一大批强学会成员保持密切的接触，这一点是很清楚的。他们经常聚会，讨论时局，研究如何进行改革，但张元济强调他们没有成立任何正式团体。他曾记述自己在甲午战争时期的经历：
这就是甲午中日战争，结果我们被日本打败。大家从睡梦中醒过来，觉得不能不改革了。丙申年前后
，我们一部分京官常常在陶然亭聚会，谈论朝政。参加的一共有数十人，当时并没有会的名称，只是每隔几天聚会谈谈而已。在一起聚会的人我现在记得有文廷式……那时候康有为还不在北京。
在一系列有关1898年维新运动的诗跋中，他提供了这些事实的细节：
到者多一时名下，然毫无组织，其中亦有奔走权门者。党会二字当时视如蛇蝎，闻见既歧，趋向各异，未几星散。
从上述两则材料中，可以清楚地看出张元济与那些志趣相投的学人曾频繁地参与政治性聚会。正像石约翰（John E.Schrecker）所指出：年轻学人在权力中心外组织起来向政府施加压力，要求改革，这种活动恰是按照优良的清议传统而行。
甲午战争的惨败使这批青年人和底层士大夫深信中国必须改革。他们最初要使国家强盛的真诚愿望渐渐地掺入了取得更多的政治权力的要求。然而掌握着权力的保守派高级官员拒绝改革。这样清议派便无可避免地成为政治上的反对势力。因此，清政府才严厉禁止任何派系的活动，也开始禁止学会组织。这一点可以解释张元济为什么尽管与这批人保持着密切关系，但始终未加入强学会。他们举行聚会的地点是松筠庵，坐落在北京城外西南，清议派选择这里可能是因为这个地点不引人注意。由于陶然亭就在山顶，此处可将整个城市尽收眼底，有一种激励人心的意义。松筠庵是为了纪念反对蒙古人统治的明朝爱国者而建造的，因此对于学者就更有特殊的历史和民族意义。恰巧1894年康有为也选择了这一地点组织“公车上书”。后来，不同时期的革命者如孙中山和李大钊（1889―1927）也把陶然亭作为他们各种秘密政治集会的地点。
对强学会的禁令给予改革者一个打击，但这个禁令并未能减弱他们的精神力量，他们甚至设法创办一个“官书局”，经费就是来自强学会上海分会的余款，而组织学会、建立学校和创办报刊的浪潮正在不断扩展。一方面，学会表面上是组织学者一起学习理论和实用知识的团体，但追求政治改革是他们的最终目标；另一方面，学校成为他们宣传改革思想的重要基地，也是培养新生力量的训练中心。报刊是传播变革和改良思想的工具，以利于为改革者制造舆论和时机。1895年，由于面对外国的侵略势力，学会、学校和报纸蓬勃发展。签订《马关条约》之后的岁月里，他们亲眼看见帝国主义列强争夺租借地，孤立无援的中国败于日本，使列强更虎视眈眈，争先恐后要求筑路、采矿、建立海军基地和港口，乃至划分势力范围。法国和英国在云南和广西发生冲突，而俄国、德国和英国又在山东和辽东对抗，给东北带来一系列危机。中国面临被瓜分的危险，国家主权遭到有史以来最大的威胁。一连串民族危机动摇国家的根基，激励着有良心的学者去寻找解救之路。在强学会被查禁之后，至少有七十三个社团迅速创立和发展起来
。其中有许多社团创办自己的出版物，有一些还办起了自己的学校。
张元济是这群企图通过类似活动来寻找救国之路的人物之一，他看到了西方富强的基础在于现代知识的优越性，同时代的改革者仅仅对学习西方军事和一些诸如采矿、造船等实用技艺感兴趣，而且强调“中学为体”，但张元济比他们前进了一步，了解了西方一些学科，如地理、农业、商业、自然科学、天文和技术等学科的优越性。他不但认为应当有更多中国人去学习所有这些科目，而且自己身体力行尝试学习其中一些知识。由于当时西方译著非常少，他决定自己学英语。对于一个埋头于传统经典的成功学者来说，这是极其具有革命性的一步。他早在1896年就在一位家庭教师的辅导下开始学习英语，此后着手成立一个小社团，并建立一个现代学堂。
1896年6月8日他给密友汪康年的信中，讨论学习英语和新学科的兴趣：“今之自强之道，自以兴学为先。科举不改，转移难望，吾辈不操尺寸，惟有以身先之，逢人说法。能醒悟一人，即能救一人。……英文已习数月，仅识数千字，而尚难贯通。”
值得注意的是张元济采用的方法和手段不像康有为、梁启超那样带有政治性。他只是试图以自己为榜样去劝告别人，而不是依靠群众性的组织、宣传和运动；他试图通过建立现代学校和学习外语作为解决使中国走向现代化这一问题的基础，但这无疑是一个相当缓慢的进程。他仅希望维持一个低调的状态，以免使学校引起保守派的任何怀疑和猜忌。在他看来，强学会的例子是前车之鉴——虽然强学会最初很令人注目，但因为引起保守派的反对，所有努力瞬间付诸东流。1897年1月16日他给汪康年的信是这样写的：“学习英文尚无所得，弟亦不觉其难，现同志日益。愿来学者已有二十余人。明年
拟于天津聘一教习。……学舍亦已赁妥……酌定章程数十条。”
这个学校就简单地命名“西学堂”，学生大都是在京的政府官员或士绅官员家庭的子弟，
初期教授英语、天文和地理，当英语达到一定程度后，就可以选择不同的课程，如军事、农业、商业、矿物学或一般科技，或者让他们学习另一些外国语，如法语、俄语、德语或日语。
尽管西学堂表面上是学术性的，但救亡这一终极目标却不会被忘掉。张元济的政治设想是明显的，而又不裸露痕迹，它以一种建设性而非批判性的方式表达，以便减少保守势力的猜忌。起初，西学堂也以一个学术性社团的面貌出现，以“强学小会”或者“自强研究小社”为名。那时期在澳门出版的报纸上，康有为的弟弟康广仁
把学会的口号制订为“发愤时难，绸缪世用”，并特别强调寻求实用知识和学习外语。
值得注意的是当时报刊不断使用“强学小会”名称时，张元济总是简单地称之为“西学堂”。相比之下，西学堂这个名称的政治色彩较弱，因此不会对保守势力构成威胁。“学校”只是传播知识，而“学会”往往意味着集会活动并有特殊政治目的。“强学”一名，无论如何总意味着与保守势力对抗。强学会没有多久就被查禁，显然是不符合慈禧太后的要求。事实上，张元济给汪康年的信就提到建立学校而非组织政治团体的理由：“强学覆辙不远，一切概从静晦，想不致有意外也。”
由于澳门报纸由康广仁掌握，他把张元济的学堂称为“强学小会”，也许是为了替康有为领导的激进改革派作宣传。
尽管学堂有这一别名，张元济仍然得到总理衙门的赞助、认可和支持。总理衙门众多任务之一就是鼓励和监督全国的新式学校。虽然清政府对于政治改革的必要性认识不足，犹豫不决，但对于现代知识和西学的需要却不能不面对。1895年1月，圣旨鼓励官员和士绅筹集他们自己的资金用来创办现代学堂。但政府在全国施行推广现代教育的方针上却缺乏连续性。于是像张元济那样热情的教育改革家只有负起实质推行的责任。正由于清政府对现代学校没有全面的计划和基本的政策，张元济不得不通过请愿和交涉使他的学生和下属能获得较重要的地位和职务晋升的机会。
1897年9月，张元济为其现代学堂找到一个坚实的立足点。他把“西学堂”的名字改为“通艺学堂”，这样就把广泛的西学目标变为更专门的目标。学堂章程对选择这个新校名作了如下的解释：
国子之教，六艺是职。艺可从政，渊源圣门。故此学堂，名曰“通艺”。
这个名称与现代实用课程十分贴切，却又不违背传统儒学信条，选定了这个新校名之后，张元济就呈文总理衙门。
他的主要目的是为了得到官方的认可，使学堂能得到社会地位和政府有限的资助。他要求通艺学堂能享受政府官办译学堂和公署的同等待遇。因为只有这样，他的学生才可能获得总理衙门的课考资格，以便他们得到正式的官方职位——通常是从事外交工作或从事种种现代化的计划。显然良好的就业机会对有事业心和有能力的年轻人进入通艺学堂是一种鼓励。
就在同一份呈文中，张元济为了鼓励学堂的教师，还设想一个让教师获得晋升的计划：经过三年良好的教育工作后，凡已有官职的教师可以提升一级，无官职的教师经过六年的勤恳工作后，将获得任地方官的合格候选人资格。张元济提到这个计划是模仿政府在俄罗斯语言局实行的方案。然而呈文还说明要选择一些既懂外文又通晓现代科目的教师并非易事。早在1897年，张元济就写信给在上海的朋友汪康年，请他在当地物色一位有相当地位的人来学堂任“总教习”，并允诺每年薪金为五百元，尽管当时筹措经费还有很大困难。
经过长时间的寻觅，张元济终于发现一位合适的人选，每年要付出两千元的巨额报酬：“敝馆教习已请定，系由严又陵经手，由伦敦聘来，每岁修金二千两。……弟本不欲办，且经费并未充裕。”
这封信的日期是1898年1月13日，可见寻找合适教习人选的工作几乎持续一年之久。事实上，当张元济提交呈文时，学堂还没有找到这位总教习。光绪的批复
十分令人鼓舞，允准所请各项，并称赞学堂在“外交事关紧要，尤需合适人才”之际，起到“认真造就各项人才，注意时事”的作用。于是，通艺学堂享有与政府所办译学馆同样的地位，持有其推荐书之师生皆可参加总理衙门的考试，成为他们将来进入政府机构的敲门砖。
张元济从1892年成功通过殿试到1898年戊戌政变，一直担任刑部主事和总理衙门章京，两者之中，后者明显地给了他许多挑战和机会，他在那里也花去了大部分工作时间。在此期间给汪康年的28封信中，他经常提到总理衙门的工作，特别是有关租界争议的外交问题和种种见闻，而没有一次谈到刑部的工作。在甲午战争后，张元济的主要精力放在把西方知识和现代教育传入中国上。在给汪康年的信中几乎没有一封不涉及这一主题。通艺学堂创办之后，张元济不断写信到上海，要求朋友为他代购世界地图、一般科学教科书、天文图识、百鸟图识、植物图识和日本语法书等，还要求得到所有上海书店的各种有关图书目录。当他注意到学生要通晓时事时，他又写信给上海的朋友，要求得到进步的改革报刊，包括《湘学报》等。
从他的通信和为通艺学堂事呈文总理衙门的语气中可以看到，他把学堂视为自己最重要的功绩和成就，并引以为豪。他对这所旨在训练现代技艺人员和见闻广博的外交人员的学堂寄予很高的期望——这两种人才在渐进的“救国”事业中都将起一定的作用。他成功地创立这所提供广泛和实用课程的学校，并进而成功地吸引一批受过良好教育的年轻人作为学生。学堂那颇有政治和激进色彩的别名“强学小会”却用得很少。甚至御史杨崇伊——强学会宿敌——的儿子也成为通艺学堂的学生。
这些事实说明：在非官方控制的状况下从事介绍西学并非不可能，何况慈禧太后及其幕僚也不是对中国的需要全然无知。只有当改革足以成为官方权力机构的威胁时，才会招致迅速地禁制。而像张元济那样默默无闻、低调地从事教育事业的，不但会得到默许，甚至还会受到鼓励。张元济曾写信给汪康年鼓励他在上海也创办一所类似的学校，指出对中国的进步而言，这是最有成效的办法。
诚然，张元济因为他对现代科学和教育的知识与热情而闻名，同时，年轻的光绪皇帝也感到为了使中国繁荣，他自己也需要通晓现代知识。
光绪颁旨给总理衙门，要求介绍一些“新书”，有时也指定要看哪些专题。
由于张元济是芸芸章京中唯一既懂得英文又读过许多“新书”的人，因此为皇帝找书的任务就交给他了。接受这一特殊任务，张元济无疑是非常高兴的。他在半个世纪后的1952年的回忆中，把这一情节生动地写在一首诗中：
天禄石渠非所眷，
喜从海客听瀛谈。
丹毫不厌频挥翰，
诏进新书日再三。
诗的下面是作者所写的一段解释：“德宗喜读新书，尝以朱笔开列书单，交总署购进，署中均以委余。时都中书店新书极缺，余因以箧中所有，并向知友乞假，凑集进呈，寒俭可哂。”
作为一个实例，张元济提到皇帝曾特别问到黄遵宪（1848―1905）有关日本历史和宪政的四十册著作《日本国志》
。这本书在1898年的维新时期非常流行，因为许多中国改革家都期望以日本为榜样，从中找寻各种救国之道。经过颇长时间的查找，张元济终于得到这本书，并把它呈献给皇帝。
张元济很可能满足于默默无闻的工作：扩大通艺学堂和继续为皇帝提供新书。但迅速变化的国内外政治形势，不久就把激进的改革者推到历史舞台上。年轻的光绪皇帝目睹中国的衰弱而感到苦恼，渴望一试自己的力量，以反对独揽大权的慈禧太后和包围着她的保守派官员，于是决定接受激进派的建议，推行一系列全面的改革纲领。张元济也深深地被卷入1898年的事件，时代的潮流将他从奉行了多年的稳健派行列中拉了出来。