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研究张元济在未加入商务前的经历，一定要提一下他短暂地介入1900年8月流产的自立会起义的外围活动。这次起义是由曾经参加戊戌维新的青年学者唐才常（1867―1900）组织的。他的支持者来自中国社会的同一阶层，即戊戌维新的最热心的倡导者——开明的士绅阶层。自立会与被放逐的改良派首领康有为和梁启超有直接联系。他俩在“勤王”口号下在海外华人团体中募捐大量钱财。现在他们允诺财政上给予自立会武装起义以必要的支持。1898年以来试图用和平改良的愿望，证明是毫无成果的，1900年他们打算通过武装起义和得到秘密会社的帮助来实现自己的目标。目标就是要推翻西太后而使光绪皇帝复位，以便领导中国走上拯救国家的现代化道路。
1900年夏天对于推翻西太后的计划似乎特别合适。中国政府从未如此软弱和混乱。义和团运动受到西太后的鼓励，企图驱逐洋人，使首都地区陷入大混乱。她接着下令驱逐一切洋人，又命义和团占领使馆区，从而导致八国联军入侵。尽管西太后已向外国宣战，但直接负责中国最富饶的东南各省行政的地方总督则称太后的宣战诏书为“假诏书”，不执行中央命令，并各自同外国领事签订地方和平协议。这一史无前例的做法被称为“东南互保”。它有效地把义和团运动局限在中国北部。当时张元济已是在野之身，与政府的唯一联系是与盛宣怀的个人交情。6月17日八国联军攻陷大沽口的翌日，他急忙上书盛宣怀，认为“现在事变更急，断非寻常举动所能挽回”，建议“速兴各省有识督抚联络，亟定大计，以维持东南大局”。
他显然和其他有识之士一样，不再寄望于朝廷。而朝廷因外国军队进京被迫仓皇出逃，清朝的政治权威降到最低点。自立会起义的时机似乎已经成熟。
起义者计划在汉口和长江流域的城市举事。他们招募各种秘密会社的斗士作为支持者，还在上海建立总部作为未来政府的中心。上海总部是在“中国议会”的名义下组织的，实际上这是一个前线组织，试图寻求外国势力的支持和认可，用以给自立会带来声望和法律保障。议会于1900年7月26日至30日在上海外国租界的一个私人花园——愚园召开，约八十人参加，其中绝大部分是经历过百日维新的著名的学者或地方士绅。容闳（1828―1912）是中国第一批留美学生的领队，被选为主席；严复为副主席；张元济也参加了议会的两次会议。张在第一次会议上被选为委员
，在第二次会议上被容闳提名为财政掌管人，但他拒绝担当这个职位。
张元济卷入议会活动是可以预料的。作为一个早期维新派，作为一名著名地方士绅以及容闳和严复两人的密友，他必然会被邀请加入议会。议会的总目标是崇高的，又是含糊的。其五点宣言提倡：
一、不承认慈禧太后的满清政府；
二、平内乱（指义和团）；
三、联合外交；
四、保全中国自主；
五、推广中国未来之文明进化。
张元济从未解释过为什么他拒绝掌管“中国议会”财政的职位。是由于对议会未来前途缺乏信心，还是因为忙于南洋公学的行政和教育呢？没有任何确切的答案。但当我们试图勾画1900年中期的背景时，可以说张元济对议会的主要目标寄予很大的同情。容闳在宣言中声称要建立一个立宪政府以及一个与西方密切合作和友好的中国，很符合这一时期自由知识分子的理想。我们无法证明议会成员对唐才常与秘密会社之间密切的军事合作究竟了解多少。
结果自立会起义流产了。逃亡海外的康梁并未提供所允诺的大量经费。在起义计划日期确定之前，起义的细节已被湖广总督张之洞获悉。此时他牢牢地控制着战略重镇汉口地区，起义很快遭到镇压，起义主要领袖被杀。由于他们大多来自受人尊敬的士绅家庭，又是爱国的年轻人，因此他们悲剧性的结局为文官所哀叹，甚至连负责下达执行死刑命令的张之洞也深深地为他们的命运而感到惋惜。
作为动乱地区的总督，张之洞对形势了如指掌。在镇压叛乱并根本扫除秘密会社之后，他对上海的“中国议会”成员采取宽大的态度。他为这些稳健中庸的改革者、自立会的支持者写了一本小册子，并在知名的议会成员和可疑的士绅同情者中散发了500本。其中，他清楚地表示并不想追究此事，但严厉地警告他们，任何以改革和进步的名义所进行的政治颠覆都会带来难以预见的剧变和毁灭。因为大多数重要的士绅领袖在他们家乡拥有可观的土地或其他财产，所以张之洞的话颇为见效。