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1898年10月，张元济被革职时，已因为通艺学堂的成绩而被认为是成功的新派教育家，他对西学的涉猎以及对新式学堂的行政管理能力也很闻名。李鸿章是他在总理衙门时的上司，很赏识他的才干，
当听说张元济被革职后，就对他私下表示了关心，建议他到上海后去找盛宣怀（1844―1916）
。盛宣怀是李鸿章的幕僚，也是一位非常成功的企业家。至1898年，他已拥有船舶公司、电报局、棉布厂和一个兴旺的钢铁企业。他还建立两所现代学堂，一所在天津，一所在上海。两所学堂的经费都是依靠自己经商的利润，但同时也为他提供不少受过现代训练的人才。在上海的学堂就是南洋公学，张元济在这里工作了四年。
南洋公学建立于1896年，校址在上海徐家汇（即今日上海交通大学），和张元济的通艺学堂同时。其时，总理衙门鼓励和倡议开办一大批私立学堂。公学的总办名叫何梅生——一个对现代教育知之甚少的旧学者。他之所以被选中主要是因为他是盛宣怀的表兄弟。张元济被指定负责新设立的译书院。由于中国在不少现代学科方面都缺乏基本书籍，译书院对于那时各种较大的学堂来说，都有现实的需要。南洋公学成立了中国第一所现代师范学院，并在1897年出版全国首创的模仿欧洲教科书的基本教材。在京师大学堂建立之前，南洋公学被公认为中国设备最完善、人才最鼎盛的高等学府。
张元济接管译书院之后，开始组织翻译重要的政治、技术和社会学方面的著作。南洋公学出版的图书中，最有名的是严复翻译的亚当斯密的《原富》
。从前几章可以看出，严复和张元济是好朋友。在戊戌变法期间，严复在天津的《国闻报》最为同情和支持维新派，曾多次报道通艺学堂。事实上，严复的侄子在学堂任总教习。当光绪皇帝召严复到北京时，严复就下榻在通艺学堂。他曾对学生作过一次演讲。
到戊戌维新失败时，严复几乎已完成《原富》的译述工作。
他常常和张元济讨论他的翻译工作和想法，特别对这本书寄予厚望：“……此书（指《原富》）系要书，留心时务、讲求经济者所不可不读。”
后来，张元济花了两千元为南洋公学买下了这部手稿，并在1901—1902年出版。它成为公学学生的必读书籍。张元济还负责编了一个综合术语表作为书的附录，因为他认为这可以方便读者检视。
由于译书院是新成立的，因此缺乏各种基本的条例和规则。张元济和严复在1899—1902年间的通信中常常就下列各种问题交换看法：每月付给译者的报酬，如何合理安排工作分量，按什么标准选定译书，词典的使用，整理者和校对员的工作职责，等等。似乎中国许多翻译工作指导原则的基础就是在这两位先驱者的通信中确立的，因为他们的决定，包括严复关于译者税权的建议，首先被张元济所接受，后来被商务印书馆——中国最大的出版机构广泛采用，接着又被其他出版机构模仿和采用。
约在张元济进入南洋公学一年之后，总办何梅生突然因病去世，由张元济接任总办。他在课程方面实施一些变化，使其更现代化和更适合这一时期中国的迫切需要。他的学生回忆当年他们必读的新书
有：严复译《原富》、张之洞《劝学篇》、郑观应《盛世危言》。它们取代了传统书籍如《史记》《汉书》和《资治通鉴》。值得注意的是，很长时期以来这些传统的古典历史教科书一直被视为智慧的源泉，所谓“以古为鉴，可知兴替”，古代的例子被认为是提供给明智的政治家的最好的指导。何况，张元济本人是一位埋头于古代典籍的传统学者。事实上他对旧史学有相当浓厚的兴趣（这将在以后的章节中讨论）。在学生的课程中删去旧的历史书而代之以新的社会科学书籍，表明了他没有让自己的个人偏爱影响实际的判断，也显示了他尽管是一个传统的儒家学者，但同时也是不抱成见和开明的。
20世纪50年代，他的学生在一次座谈会上回忆称他是一个要求严格的教师，对学生要求甚高，但他也尝试采用比较新的教育方式，并常常接见学生，关心他们的课余阅读，和他们详细讨论这些书的内容。他也是一个仔细的管理者和非常注意细节的纪律维持者。晚上学生就寝后，他常常提着油灯巡查整个校园。
他在南洋公学最重要的创新是成立“特班”。公学由小学、预科和商科组成，还有一个师范学校。学生较为年轻。而“特班”是专门为那些已受过旧学训练的学者开设的，当年应试者有数十人，先笔试后口试，而绝大部分学生都已获得科第。
张元济已感到儒家学者也应当有机会学习一些切合实际的西学知识。在戊戌维新期间，他也和许多人一样建议废除科举考试和建立新式学堂，以此作为使中国走向现代化的最重要的一步。所有这些建议和努力都因为西太后的政变而付之东流。张元济创设“特班”是与他的教育改革思想相联系的。现在，由于他无法阻止有才能的学者把他们的时间花费在旧学中，他至少能使他们进入特班以学习一些现代知识。顺便提一句，加入这批学者，使公学生色不少。借用他学生的话来说，“谁能胜任教育这批骄傲的‘举人’和‘秀才’呢？”除了蔡元培这个现代中国最著名和最受尊重的教育家，
没有其他人能成为他们的教师。蔡元培从1892年以来一直任翰林院编修，尽管他未曾积极参加戊戌维新运动，但对接踵而来的失败感到非常失望。由于厌恶官场生活，他辞职返回家乡从事推进新式教育的工作。1901年，像张元济一样，蔡元培决定到上海这座大都市来扩大眼界。由于他俩之间的亲密友谊，很可能他是接受张的邀请而来担任“特班”教习，尽管这一点未能见之于任何的记载。南洋公学特班训练了一大批有名的学者，包括黄炎培——20世纪30年代的著名教育活动家和胡仁源——后来的北京大学校长。
同时为准备新的教学笔记、教科书、刊物和补充阅读材料，张元济开始接触上海的印刷商。他找到一家简陋的印刷所“商务印书馆”。经理夏瑞芳是一位精干和相当耿直的人。他原是一个识字不多的排字工，勤勉和决心使他和同伴办起一家小印刷厂。尽管他们有不同的背景和社会地位，张元济和这位“商务印书馆”的老板成了好朋友。张元济辞去南洋公学职务，并在1903年正式进入商务印书馆。根据一些资料，张元济辞职主要是因为他与福开森——盛宣怀所信赖的私人顾问和公学的学监——意见不合。根据他学生的观察，一致认为“福开森同张先生不大对头”，一个明显的事实是“尽管福开森那时候是学监，……却在自己的信纸上就写PRESIDENT，PRESIDENT就是校长了”。
张元济则简单地提及“福开森和我意见不合”。
他的儿子和他亲密的助手从不同的观点解释：福开森赞成全盘美国化的教育体系，而张反对这样干。
无论辞职的背后是何种原因，他放弃了在一所已经建立起来并享有一定威信的大学的领导地位，似乎是冒险的一步。这是一个提供机会给他以实现通过教育和启迪民智来拯救国家的理想的地方，更可能是他放弃南洋公学的职位而进入简陋的商务印书馆（以下简称“商务”）从事出版事业时，已经估计到能够采用一种不合传统却又更为有效的方式来实现更深远的目标。