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戊戌政变、光绪皇帝被监禁、“六君子”被处决，以及清廷的大规模追捕维新余党，使改良主义分子无法在国内公开活动。康有为和梁启超被政治放逐，只能在海外为变法和“勤皇”继续鼓动。
他们俩成为西太后通缉名单中的首犯。同时，光绪的许多变法措施被废除。人们谨慎地避免谈论“变法”。
政变后不久，张元济决定离开北京去上海。以后的两年中，他所干的一切颇能代表具有政治理想而身处窘境的士绅阶层。起初，他企图保持一种低调形象，重新开始他所热衷的用现代教育救国的工作。两年后的1900年，义和团运动和清廷的盲目排外主义使他感到痛苦和震动。八国联军入京和中国全面崩溃的危险已迫在眉睫，时局呼唤着他去从事激烈的行动。大概在1900年，张元济像许多学者一样，开始认真考虑立宪政府的优点（可能是在修复光绪的变法），同时因为慈禧太后的政府本身劣迹重重，甚至像张元济那样温和的改革家也产生了用暴力来推翻它的想法。在这一段短时期里，众多改革家都支持自立会起义。