下载掌阅APP，畅读海量书库
立即打开
1898年9月初的几周，北京的政治气氛如同一个摇摆不定的天平。理论上，改革计划是受慈禧太后恩准后才由光绪皇帝实行的。尽管她退居颐和园，但光绪每隔几日就要觐见她，并汇报国家事务的进展。在改革计划展开之初，她曾宽宏大量地表示支持光绪：“苟可致富强者，儿自为之，吾不内制也。”
但实际上她疑心光绪企图通过推行改革来遏制她的权力。早在变法之初，她就通过两个行动以削弱光绪的权力和加强自己的力量。首先是撤去翁同龢的职务，使光绪失去了这位经验丰富的、对政治敏感和具有很高威信的年长政治家可能给变法带来的帮助。在翁同龢被撤职后，光绪不得不依靠那些不了解政府实际情况的青年激进分子。第二步是太后委任荣禄为直隶总督，以保证即将到来的摊牌取得军队支持。此外，她还依靠那批因光绪变法而被动摇地位的大臣和官吏。比较来看，光绪的地位确实是软弱的。他的周围是一群激进的理想主义者，年轻而又缺乏经验。他们不知道如何把理想变为现实，他们疏远和激怒了中立派，因而失去了大部分支持。最糟糕的还在于光绪手中没有任何军事力量。
在保守派的反扑日益逼近、不祥之声日盛一日时，光绪和他的改革家不顾一切地暗中寻找军事领导人的支持。他们找到了袁世凯——荣禄的部下，也是以前维新团体强学会的成员之一。9月16日，光绪召见他并授予新的荣誉，光绪对袁世凯的寄望公开地写在诏书中：
责成（指袁世凯）专办练兵事务，所有应办事宜，着随时具奏，当此时局艰难，修明武备，实为第一要务。袁世凯惟当勉益加勉，切实讲求训练，俾成劲旅。
光绪的意图变得越来越清楚，保守派则更不含糊，就在光绪提升袁的第二天，保守派监察御史杨崇伊率领一群官员去颐和园请求慈禧归位训政。事情清晰地演变为一场政变和反政变之争。胜败取决于哪一方先动手。碰巧，改革家要求袁世凯使用他的新军迫使保守派就范，并阻止慈禧发动政变。
可是，袁世凯出卖他们，结果是愤怒的慈禧太后9月19日从颐和园返宫，剥夺了光绪的一切权力。两天后，即9月21日，以光绪名义颁诏宣布慈禧太后决定归位训政；因为光绪有病，难以负担亲政的使命。同时，康有为一伙被宣布为“首倡邪说，惑世诬民，而宵小之徒”，
并命令逮捕他们。康有为和梁启超在外国人的帮助下逃跑了，而六位变法领导人被杀害，许多变法支持者遭监禁、放逐或受到控告，标志了这场变法运动全面失败。维新变法前后持续103天（6月11日至9月21日）。
张元济在回忆录中说，有不少人在1898年9月中旬已预感到一场危机不可避免。但由于他也只是在激进改革者核心的“外围”
，未参与他们秘密的政治策划，他对改革者与袁世凯交涉及袁世凯叛变全然无知。直到9月21日下午他才听说慈禧太后已归位训政。那天早晨，他仍像往常一样值班工作。日本著名改革家和有威望的老政治家伊藤博文（1841―1909）刚到北京访问，张元济安排通艺学堂的学生于9月21日早晨到日本公使馆官邸拜见这位著名的日本政治家。伊藤已经知道发生了政变，就在中国的士大夫都还不清楚发生了什么时，他故意对张元济暗示：
一个国家要变法，不是一件容易的事，一定要经过许多挫折才会成功的。诸位有志爱国，望善自保重。
张元济对此并不理解。直到听说慈禧太后已发动政变，才知道伊藤的话是暗示百日维新已失败。
在太后盛怒之下，北京城已是一个对变法者非常危险的地方。张元济在1898年9月23日（这天也是慈禧正式庆贺垂帘的日子）写给汪康年的极有价值的信最能说明首都的事态，也能揭示张元济本人对这一危机的看法，这封信写道：
……康于初五日出京，初六日奉命拿问，（先至樵野处搜拿半日，怪极！）仅获其弟，在南海馆被获。此事因由，非一言所能尽，亦不忍为诸公言之。康固非平正人，然风气之开，不可谓非彼力。现闻尚未弋获，将来必有株连。事变之来，且更有不可意想者。自来变法，莫不如是。惟望新堂勿为所摇夺耳……。阅后祈火之，再迟一二日或当在沪上相见也。
除了包括对康有为难得和直率的批评外，该信更为难能可贵的是表明了张元济尽管在逆境之中，仍真诚地寄希望于变法。从这封信也可以看到他个人在维新运动中的角色，尽管他预言“必有株连”，一大群变法同情者将被牵连进去，但并不为自己的命运特别担忧。他的“当在沪上相见”是一种他对自己不会遭到监禁、放逐或杀害的乐观预言。他认为自己会被革职和逐出京都，只有在这样危急时刻他才能在上海看到汪康年。这封写在危机之中的信，也间接地证明他只是在变法者核心的外围。不然怎会知道自己受到的处分会较轻呢？
事情发展正如张元济所预言，他的远见是令人赞叹的。在9月28日“六君子”被杀后，另一些较温和有威望的著名变法者不是被监禁，就是被流放。慈禧太后甚至仍未忘记她的宿敌翁同龢和文廷式，并对这些已被褫夺官职和失宠官员再加以新的惩罚。按照张元济的回忆，一些朋友曾劝他逃跑，但他拒绝了。因为他知道一旦逃跑，那么惩罚就会落到年迈的母亲或直系亲属头上。他不但没有逃跑，反而每天到总理衙门继续工作，并特意留下行踪以便被逮捕。他在一首《杂咏》中回忆了1898年秋天那些担心厄运降临的日子里的心情：
满朝钩党任株连，
有罪难逃心自安。
分作累囚候明诏，
敢虚晨夕误衙班。
预料之中的惩罚在1898年10月10日终于到来了，张元济和两个低品维新人士一起，受到革职永不叙用的惩罚。
张元济认为惩罚较轻是因为在百日维新期间他始终给人一种低调印象。他也认为犯有这样明显的罪证（在保守派的眼里）——9月9日的长篇奏折——而能逃过御史的打击，是十分幸运的，相信一定是光绪皇帝亲自帮助他减轻处罚。他解释道：
九月二十三日余与王锡蕃、李岳瑞同拜革职永不叙用之命。越数日谒廖仲山师，师时值枢廷，语余是日王李处分既定。德宗特逾枢臣，张某亦尝上书妄图国事，应并案办理。盖隐有保全之意。余封奏语涉狂妄。设有人弹劾，必膺严谴，即幸而漏网，余亦不能乞假出京。
无论张元济受到从宽处罚的背后原因是什么，事实上他再也不能从政了，也失去了继续逗留在北京的任何理由。他很有兴趣长期在上海工作，也许因为上海是一座世界性的都市，有许多西方思想正是通过上海而传入内地。他一向从上海为通艺学堂买到许多世界地图、科学图表和西方书籍；他还试图在上海聘请英文教习。这个城市也是一个迅速发展、充满机会的城市。他预言与汪康年“当在沪上相见”是不难理解的。
离开北京前，张元济做的最后一件事是正式关闭通艺学堂，天津《国闻报》在“通艺罢学”的通栏标题下作了报道：“北京向有通艺学堂，由已革刑部主事张元济创办。此学堂已经开设两年有余，堂中洋文书籍、图书以及仪器等件，亦均小有规模。自张主政罢官之后，此学堂遂无人接办。肄业各学生因八股取士已复旧制，亦各意存观望，纷纷告退。张主政因将学堂中所有书籍、器具及积存余款开列清单，呈请管学大臣孙中堂将通艺学堂归并于大学堂，闻日前已由管学大臣派人接收，然从前肄业各京官，则均已风流云散，不知去向。”
这一插曲可以解释张元济认真负责的个性和有条不紊的行事作风。即使在最不稳定的时候，他也不像其他许多变法者那样仓皇出逃。学堂是他脑力劳动的产物，他把对中国可能产生的启蒙的崇高愿望寄托于像通艺学堂那样的教育机构。因此，即使面对个人的革职和失败，他仍试图以一种很好的方式把它保留下来，将它委托给同情变法并在政变后幸存下来的孙家鼐。尽管张元济最初曾拒绝在京师大学堂里工作，但现在他正确地看到必须这样做，才能挽救在通艺学堂中所干的事业。他这样做十分正确，因为京师大学堂在百日维新中幸存下来。慈禧太后未干预它。而京师大学堂就是北京大学的前身。