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张元济主张通过现代教育来实施根本的改革，不久就碰上一个绝好的实现机会。光绪在6月11日颁布的《明定国是诏》中，提出一项特别重要的改革——建立一所新的帝国大学的方案，“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办……以期人才辈出，共济时艰”
。建议这所新大学堂的大门应向所有愿意学习现代知识者敞开。内阁委任翰林院编修、皇帝老师孙家鼐为管学大臣。孙氏负责管理大学堂事务和招聘管理人员教师，他邀请张元济出任大学堂总办。
这对于在通艺学堂工作中表现出色而闻名的张元济来说，似乎是一个好机会。他既是一位能干的管理人员，又是一位勇于献身的教育家。但那儿没有懂得现代知识和管理高等学堂的人做他的助手。1898年7月21日（六月初三）天津《国闻报》
记述：“北京创设大学堂，所有总办提调，应由管学大臣奏派。……总办一员，刑部主事张元济，稽查功课。提调五员：翰林院侍讲黄绍箕、翰林院编修朱祖谋、翰林院编修余诚格……”
然而，张元济很快拒绝出任这一职位，据一位专门研究京师大学堂史的历史学者认为，
张元济拒绝是由于在职员选拔的基本原则上与孙家鼐发生分歧，张元济坚持学堂职员应当辞去各自的官职，以专心致志于学堂事业。以今天的标准来看这是完全合理的要求，但在清末中国却几乎是行不通的。孙家鼐要物色适当人才来为新学堂服务，已经非常困难，要劝说所有职员放弃他们原有的官职，而新创办尚无名气的大学堂，显然是办不到的。
在一封私人信函中，张元济又揭示了他放弃这一表面看来非常适合他的总办职务的另一个原因：
大学堂事，寿州（孙家鼐）派弟充总办，业已奏准。因其所用之人多非同志，极力辞退。此事亦恐变为官事，步官书局之后尘。可叹！可叹！
张元济敏锐地看出官僚政治烦琐和拖拉的作风，以及妨碍所有正式规章制度实行的那种惰性。在信中述及的官书局，即强学会上海分会，它的维新报刊《时务报》，本来在梁启超编辑下广泛流传并具有相当影响，但在孙家鼐的主持下变成一份官方的报纸，由于它的财政被控制，编辑只能负责印行，它原有的影响力很快丧失殆尽，仅仅成了政府宣传的喉舌。
根据这些记载所提供的理由，张元济拒绝出任总办很显然不是因为大学堂职员不能在其他政府部门中任职，而是因为张元济具有机敏的政治眼光，正确地预见自己无论如何不能真正地在京师大学堂取得教育上的成就。尽管有光绪的特许，但在孙家鼐这位中间派的领导下，京师大学堂最多只能是一个展品。因此张元济对大学堂没有任何幻想，而清政府管辖下的京师大学堂的发展历史证明张元济是正确的。
张元济对京师大学堂采取谨慎和不介入的态度，而另一方面却对新政表示出异乎寻常的热情。1898年8月2日，清政府终于成立一个新的铁路矿务总局，正式认可这一新兴部门，表明它在经济中的重要性。该局试图集中控制全国各省，其范围和权力类似一个国家部门。它的成员由八位章京组成，其中四位满人和四位汉人。所有成员都由总理衙门推荐，张元济是被推荐给这个新部门的四位汉族章京之一。他没有在铁路矿务总局待多久，因为很快就在9月慈禧太后发动的政变中受处分。因此在这一特定的部门内探讨他的贡献是不可能的。然而，他在1898年9月18日上奏议论如何选拔铁路矿务总局的人才。因为9月8日光绪颁诏要求新建立的铁路矿务总局、农工商总局雇用一些从其他旧部中裁撤下来的官员，光绪无疑希望此举能够满足在他裁撤旧部时失去官职的那批冗官。但张元济认为此举对于改革的重大计划是一个很大的损害，他上奏劝告光绪收回成命，奏折简直大胆鲁莽。他明白无误地指出：
京师设立矿路农工商总局，为各行省表率，造端伊始，宏巨艰难，襄事各员，非得讲求有素、才识卓著者，断难胜任，现裁各署，其实缺候补各员，大都衰庸猥滥者多，部胥市侩杂出其间，能通晓中国旧学者尚难得一，若令备员充任，从事新政，岂不贻误国是，腾笑远人？若专为位置闲员地步，则何如不裁之为愈。
张元济对光绪皇帝激烈批评后，接着提出一项关于应当选用何种人才领导这新部门的建议：
应请明降诏旨，凡新设额缺，令中外大员不拘资格，切实保荐素习矿路农工商学之人，送部引见，候旨派充。
最后，他还评价自己在新部中作为一个章京的情况：
再臣现在矿路局当差，只因该局设立总理衙门之内，可以就近清厘案牍，将来另设衙署，臣力断难兼顾，必当辞退，臣为此言，并不敢稍存私见，合并陈明。
这一奏折揭示了张元济思想和原则的两个倾向。首先，他信任经过实践训练和具有现代知识的人，这也与他一向办通艺学堂的主旨相符合。他总是把现代实践教育看作拯救中国之路，因为它能使有才能者脱颖而出。那些从六部出身的文官，不管他们级别多高和有怎样的从政经历，似乎都很难完成使中国现代化的任务。其次，他明显地提出官员不能一身兼任一个以上职务，正根据这一原则，他拒绝京师大学堂总办的职务，现在又提出将来要辞去铁路矿务总局的职务。显然张元济是一个原则性极强的人。