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当少年康熙皇帝智擒权臣鳌拜，开始亲政，逐步将国家大权掌握在自己手中之时，清王朝的统治虽然在中原地区初步稳定下来，但广阔的南方边疆，却仍然潜伏着巨大的危机。其中，以吴三桂为首的“三藩”势力，凭借其在清初平定南明过程中建立的赫赫战功，割据一方，拥兵自重，俨然成为“国中之国”，对清朝的中央集权构成了严重威胁。如何解决三藩问题，成为康熙皇帝亲政后面临的第一个、也是最为严峻的挑战。平定三藩之乱，不仅巩固了清王朝在南方的统治，也进一步彰显了康熙皇帝卓越的军事才能和政治魄力。
所谓“三藩”，指的是清初受封在南方的三位汉藩王：镇守云南的平西王吴三桂、镇守广东的平南王尚可喜（其子尚之信袭爵后反叛）和镇守福建的靖南王耿精忠。这三位藩王，在清军入关和统一南方的战争中，都曾为清朝立下汗马功劳，因此被清廷授予王爵，并允许其在各自的藩地内拥有较大的军事、政治和财政权力。
然而，随着时间的推移，三藩势力日益膨胀，逐渐成为尾大不掉之势。他们拥兵自重，横征暴敛，俨然是独立的王国，不听从中央号令，甚至与朝廷分庭抗礼。特别是吴三桂，其势力最为强大，野心也最大，早已不满足于偏安一隅。三藩的存在，不仅严重削弱了清朝的中央集权，也给地方百姓带来了沉重的负担，成为清王朝急需解决的心腹大患。
康熙皇帝亲政后，对三藩问题给予了高度关注。他深知，三藩问题不解决，国家就难以真正实现统一和安定。经过与朝中大臣的反复商议和权衡利弊，康熙十二年（公元一六七三年），年仅二十岁的康熙皇帝力排众议，毅然做出了“撤藩”的决定，下令削夺三藩的权力，将其迁往关外。
康熙皇帝的撤藩之举，无疑是捅了马蜂窝。吴三桂等人本就心怀不满，见朝廷要剥夺其权力，便以“反清复明”为幌子，公然举兵反叛。吴三桂首先在云南起兵，自称“天下都招讨兵马大元帅”，并迅速攻占贵州、湖南等地。随后，广东的尚之信和福建的耿精忠也相继反叛，响应吴三桂。一时间，南方数省烽烟四起，叛军声势浩大，清王朝的统治面临着入关以来最为严峻的考验。
面对突如其来的叛乱，年轻的康熙皇帝临危不乱，沉着应战。他首先稳定内部，争取汉族官僚和士大夫的支持，强调撤藩是为了“与天下更始，以极万年之治”。他果断罢黜了主张妥协退让的官员，任命有能力的将领主持平叛军事。在战略上，他采取了先重点打击吴三桂主力，争取分化瓦解其他叛军的策略。
战争初期，由于叛军准备充分，加之一些地方官员的动摇和投降，清军一度处于不利地位，战局十分艰难。吴三桂的军队甚至一度打到了长江北岸，严重威胁清朝的腹心地区。在国家危亡的关键时刻，康熙皇帝展现出非凡的胆略和坚韧的意志。他亲自调兵遣将，筹措粮饷，鼓励士气，坚决不向叛军妥协。他善于用人，不拘一格，提拔了一批有能力的将领，如康亲王杰书、安亲王岳乐、图海、周培公等，他们在平叛战争中都发挥了重要作用。
经过数年的艰苦鏖战，战争的形势逐渐发生了逆转。清军在装备和训练上毕竟占据优势，加之康熙皇帝正确的战略指挥和后方相对稳定的支持，逐渐掌握了战场的主动权。康熙十五年（公元一六七六年），福建的耿精忠和广东的尚之信在清军的强大攻势和政治分化下，先后投降。这使得吴三桂陷入了孤立无援的境地。
康熙十七年（公元一六七八年），吴三桂在湖南衡州（今衡阳）匆忙称帝，国号“周”，但不久便病死。他的孙子吴世璠继位后，无力回天。清军乘胜追击，步步紧逼。康熙二十年（公元一六八一年），清军攻克昆明，吴世璠自杀，历时八年之久的三藩之乱最终被平定。
平定三藩之乱，是康熙皇帝一生中最为重大的武功之一。这场战争的胜利，对于清王朝具有极其重要的意义。首先，它彻底消除了南方的地方割据势力，维护了国家的统一和领土完整，极大地巩固了清朝的中央集权。其次，它稳定了清朝在南方的统治，为社会经济的恢复和发展创造了条件。再次，它也充分展现了康熙皇帝作为一位杰出政治家和军事统帅的才能，极大地提高了他在朝野的威望，为他日后进一步施展抱负，开创“康熙盛世”，奠定了坚实的政治基础。
然而，这场战争也给南方各省的人民带来了深重的灾难，使得刚刚从明末清初战乱中恢复过来的社会经济，再次遭到严重破坏。战争的残酷和漫长，也给康熙皇帝留下了深刻的教训，使他更加认识到国家统一和稳定的重要性。平定三藩的烽火，是康熙时代一曲雄浑的战歌，也是他雄才大略的第一次全面展现。