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按照当时的政治制度，赫拉克利特是爱非斯城邦的王位继承人，他目睹市民的社会生活日趋变坏，权贵们的生活日益奢侈淫逸，感到十分痛心。有一次，爱非斯被波斯人的军队包围，生活资源断绝，但在这样的形势下，许多人依然花天酒地。不久，全城的人就受到了饥饿的威胁。为了解决生存问题，城邦召开了公民大会。会上，那些每天只知花天酒地的人不着边际地高谈阔论，却无一人能提出有用的办法。这时，人们问赫拉克利特有何高见，他一言不发，转身回去拿来大麦面和水，在公民大会上吃喝了起来。这时，人们恍然大悟：只要人人都能做到节俭地生活，就能渡过这次难关。赫拉克利特认识到，要改变败坏的社会风气，就要使人们坚持以正确的思想来指导生活，为此必须钻研哲学。于是，他放弃王位的继承权，隐居郊外山里的狩猎女神庙宇之中，潜心研究哲学。
后来，波斯的国王读了他写的《论自然》，特地派使者去请他到波斯讲课，并许以荣华富贵。赫拉克利特拒绝了，他在信中写道：“那样多的世人生活着，对于真理和正义都是陌生的。他们由于可恶的愚昧而保持着无节制的生活和虚妄的意见。但是我呢，由于已经遗忘了一切罪恶，遗弃了跟随我的无度的嫉妒和居高位的傲慢。因此，我将不应邀来波斯，而在此山野中满足于我的卑微，并保持我的素志。”
由于长期靠吃树皮和草根度日，赫拉克利特最后得了水肿病，不得不返回城邦求医。他用打哑谜的形式问医生“能否使阴雨天变得干燥”，医生不懂他的意思，他就对医治失望了。于是，他跑到牛栏里，把脚伸到牛粪中去，想用牛粪的热力把身体内的水弄干。可是，这种办法对水肿病没有疗效，他最终死于这场疾病。