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培根将神学划分为自然神学、灵感神学和启示神学。自然神学是关于上帝的知识或知识的基本原理，这一知识可以通过自然之光和上帝创造物的沉思而获得。虽然神学足以驳斥无神论，提供关于自然规律的信息，但是正确地划定自然神学知识的范围尚不足以建立宗教。“人的经验所设想的真理和结论是：具有较少或肤浅哲学知识的人倾向于接受无神论，但是进一步的研究使心灵又返回宗教。”但是自然神学的研究并没有产生关于上帝的完善知识，我们的理性也不适合研究天国的神秘。知识来自于感官——所有的科学都是如此——在这里对我们没有帮助：“感官就像太阳，展现地球的面貌，但是隐藏了天国的面貌。”在这里我们必须求助于神圣的或受神灵启示的神学。“神圣的神学只基于上帝的言语和神谕，而不是基于自然之光。”[ 《学术的进展》，第二卷。参见斯佩丁、埃里斯和希斯编辑的《哲学著作》，第三部分，第394～395页。]
这不仅适用于上帝极大的神秘性，也适用于关于道德法则的真正解释，大部分道德法则过于崇高而不能通过自然之光获得。因此，培根反对经院哲学家从他们的原理中推演出基督教的真理，认为经院哲学在科学和信仰上的结合是一个失败。但是，一旦假定了宗教的信条和原理，我们就可以依据它们尽心推论。如果我们接受了这些前提，就必须接受其结论。“在象棋和其他类似比赛中，比赛的基本规则或法则是明确的假定，人们应当完全遵守而不是进行质疑，但是想熟练地进行比赛，关键要靠技术和理性。”
培根对神学和哲学进行区分，是对中世纪末期思想的继承，他通过将宗教教义归入独立的领域，为哲学留出了地盘。他对待神学的态度实际上是漠不关心。他花费大量精力研究占星术、梦、预言，这可能令人惊讶，但这些东西在他那个时代被人广泛接受，对其进行科学研究并没有什么不合适。