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县委调整和增设卫生机构，加强对卫生事业的管理。1979年，县卫生局取消局内办公室，设人秘股、医务股。全县有13个公社1个镇，改设为15所卫生院；县内一些厂、场、事业单位的医疗卫生机构有卫生所14间，职工总数143人，其中卫生技术人员113人，病床200张。
卫生防疫部门加强饮食卫生的管理，贯彻“预防为主”方针，实行各种生物制品免疫接种，有效地防止和控制传染病的发生和流行。1979年后，全县未发生过小儿麻痹、乙型脑炎、白喉等急性传染病。同年，县内一批中医、中药人员先后通过晋升考核，取得技术职称。
1980年1月，中华医学会始兴县分会成立，学会分设外科、内科、儿科、妇产科、传染科和防疫、护理、检验、药学等学组。县内医药科研开始有组织、有计划地进行，各学科组每年制定科研、科普项目，发展始兴卫生事业。1981年，县人民医院增设中医科，有病床30张，开展针灸、按摩、穴位注射等新疗法。1982年，县人民医院开展颅脑科。1983年，增设花山公社卫生院，刘张家山林场卫生所。同年，县内整顿农村大队卫生站，全县重新审批核发办站证书132份，设卫生站132间，采取多种形式办医。卫生县属医疗单位有人民医院、卫生防疫站、工人卫生院、妇幼保健站、慢性病防治站、药品检验所及县级医学教育培训基地始兴县卫生学校。
流行性脑脊髓膜炎（简称流脑）在始兴流行是呈分散而平稳，且有轮回流行的现象。每隔3-5年出现一次小流行，隔7-10年出现一次较大的流行，又以县内平原、丘陵地区15岁以下少年儿童为发病段。针对这区域性和年龄阶段期疫情，县委、县政府和卫生部门发动群众开展群防群治，采用西药、中草药及服吃酸蒜头等多种预防措施，使流脑这类阶段性的疫情得到有效控制。1983年，全县进行“流行菌苗”免疫接种，共接种3.9万人。
1979年11月，县委根据省委组织部粤组干〔1979〕180号文件精神，在县内各公社（乡、镇）配备了专职计划生育干部共18名。与此同时，根据《中华人民共和国计划生育法》总则和韶地革发〔1979〕86号文件精神，县革委颁发《关于计划生育问题的通知》（以下简称《通知》），规定提倡一对夫妇只生育一个孩子，确有困难的经过批准，可有计划地安排生育第二个孩子，但不能生第三胎。《通知》还规定计划生育的奖惩措施：实行晚婚、晚育，每对育龄夫妇实行一孩放环，二孩结扎，严格控制多胎；农村育龄夫妇进行人工流产加放环者，生产队给予补助20元，稻谷25千克，手术后休假30天。男方结扎补助10元，休假10天；女方结扎补助20元，稻谷25千克，休假30天。所有实行“四术”者，休假期间照记工分，参加生产队劳动分配。对夫妇终生只生一个孩子，已采取落实绝育措施者，经本人申报，计划生育办公室审查出具证明，公社（乡、镇）党委领导批准，其子女入托免收保育费，入学免收学费，并发给一次性补助费50~100元。农村和城镇无业人员其补助由计划生育经费开支
。1980年12月20日，县委书记凌海洋在始兴县第六届人民代表大会第一次会议上的政府工作报告中对抓好计划生育工作作为一个重点任务提出：第一，各级政府一定要牢固树立控制人口增长的战略思想，把计划生育工作摆到议事日程上来，列入国民经济计划，真正做到书记挂帅，全党动员，全民动手，粮、钱、人一起抓。第二，大力宣传计划生育工作的重大意义和党的有关政策，运用政策的巨大威力把人口出生率降下来，在群众中造成计划生育光荣，违反计划生育可耻的良好社会风气。第三，计划生育的主要任务是抓一孩化，以党中央、国务院的“公开信”为动力，贯彻好《广东省人口计划生育条例》，鼓励每对夫妇终生只生一个孩子。当前的工作重点是采取经济手段和其他有效措施，做好计划外怀孕的人流、引产，坚决刹住计划外生育。严格按有关政策办事，该奖则奖，该罚则罚，对违反者决不迁就姑息，特别是对各级领导干部和共产党员更要严格要求。第四，计划生育是经常性的工作，要用经常抓与突击抓相结合的方法，每年突击抓它几次，当作一场硬仗来打
。1981年1月8日，始兴县人民代表大会常务委员会《关于计划生育工作的规定》，对自愿终生只生育一个孩子的，已采取有效绝育措施者，除按省《计划生育条例》规定外，县机关干部、职工每月享有独生子女保健费7元。
1982年6月、10月，县委、县政府在全县范围内分别掀起了一次抓好计划生育的高潮。据统计，当年全县落实“四术”7345例，其中男扎3945例，女扎704例，人流892例，引产452例，放环1352例。全年全县出生4280人，比1981年多生143人，出生率上升了0.71‰，人口自然增长率为16‰，比1981年上升了0.98‰。