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嵊泗港区陆域范围包括嵊泗列岛中的马迹山及其周边岛屿、划分为马迹山、绿华山2个作业区及黄龙、李柱山港点。规划港口岸线9.5千米，已开发利用1.9千米。马迹山一期已建成30万吨级、5万吨级和1万吨级矿石码头各1个，二期已建成30万吨级和5万吨级矿石码头各1个；绿华山已建成20万吨级散货减载平台1个。嵊泗港区以铁矿石中转运输为主，兼顾临港产业发展、城市生活、旅游休闲服务及陆岛运输功能。
位于泗礁山岛西南4.6千米的马迹山岸段，地理坐标：北纬30°40.7′、东经122°25.0′。由老虎嘴、北山、马屁股山深水岸段和前沿水域组成。后缘有面积550平方千米的马迹山海岙。作业区前沿水域开阔，深水近岸，深水岸线长7300米，深水通道宽畅，顺直向东与国际航道衔接，20万～30万吨级大型超大型船舶可自由进出。马迹山作业区距上海宝钢原码头101海里。
1994年6月，上海宝钢向国家计委上报《宝山钢铁（集团）公司建设嵊泗马迹山矿石中转港一期工程项目建议书》和可行性研究报告。1995年7月3日，国家计委批复同意并核准立项。此后，马迹山港开发建设正式启动。1998年10月28日，马迹山矿石中转港码头工程打下海上第一桩。是年11月8日正式开工建设。同月，陆域回填工程展开。自2000年10月20日始，设备安装。11月，陆域围填工程完工。其间，马迹山—中柱山—中中柱山—泗礁岛南岙岗墩的连岛公路贯通，结束马迹山岛不通车历史。2000年12月20日，码头水工结构结束。2001年6月15日，嵊泗县电厂开始向港区供电。7月18日，设备单试，9月16日设备无负荷试车，10月25日全线负荷试车。2002年1月29日负荷试车结束，3月10日，向港区供电。4月14日，设备功能考核结束。一期工程总投资13亿元，设计年吞吐量2000万吨（年卸船量、装船量各为1000万吨），建设25万吨级兼靠30万吨级矿石卸船泊位1个，3.5万吨级兼靠5万吨级矿石装船泊位1个及工作船泊位1个，形成陆域总面积36.5万平方米及建设相应配套工程。同时，储存量108万吨的矿砂料场投入使用。
2002年5月30日下午4时，满载17万吨矿石的塞浦路斯籍“阿瑞绍萨”（RETHOUSA）轮首靠马迹山矿石中转码头，11月，国务院正式批准马迹山港为一类口岸正式对外开放。12月21日，举行宝钢马迹山港开工投产典礼。2004年12月1日，经国家验收合格，舟山口岸马迹山港区正式对外开放，是舟山口岸继老塘山、沈家门、岙山三个港域开放后，第四个一类对外开放港域。
2005年11月28日，投资20多亿元的宝钢马迹山矿砂中转基地二期工程开工。二期工程在一期工程基础上，新建30万吨级的卸船泊位1个，1万吨级、5万吨级的装船泊位各1个，围海形成新陆域0.32平方千米矿石堆场，以及增添配套和辅助设施。二期工程设计年吞吐量3000万吨。2007年9月5日，马迹山矿砂中转项目二期工程建成投入试运行。10月27日，马迹山作业区二期项目正式建成投产。2009年5月，通过交通运输部组织的工程竣工验收，核定为优良工程。
2009年5月20—21日，马迹山宝钢矿石码头二期工程通过交通运输部竣工验收。2018年，全年靠泊中外散货轮1719艘次，接卸一程矿船230艘次，其中30吨级散货船50艘次，完成接卸量3169万吨，疏运二程矿砂船1489艘次，完成出运量3134万吨，全年累计完成吞吐量达6303万吨。2020年，马迹山矿石中转基地全年实现货物吞吐量5379.91万吨。
2011年12月，嵊泗县政府与舟山港务集团（现为宁波舟山港舟山港务有限公司）合资成立舟山港马迹山散货物流有限公司，共同推动马迹山矿砂中转码头三期工程建设。该项目注册资金3亿元人民币，双方各占比50％。2022年，中矿集团舟山公司接手该项目，着手推进国家大宗商品储运基地项目（MJS基地），至是年末，该项目围垦区地基处理工程（衢山、马迹山港口基础设砤重点项目先行工程）己交工，港口基础设施重点项目主体工程正在推进。
位于舟山群岛最北部的马鞍列岛海域，濒临长江入海口，由东、西绿华山，花鸟山，枸杞与嵊山诸岛及周边水域组成。西南距泗礁港区约12海里，距洋山港区约30海里，西北距长江口引水锚地约10海里，距上海吴淞口约65海里，南距北仑港约80海里。绿华山港区扼长江口门户，是上海港北美航线和跨太平洋航线必经之地，享受“国际锚地”之誉。现为长江沿线地区大宗散货水水中转、水上过驳的重要基地。
1979年，交通部批准11万吨级“双峰海”轮改装后锚泊绿华山锚地，作为外轮进入上海港前的减载过驳作业平台。
1981年，国家正式委托上海港务局承担绿华山锚地口岸与行政管理。是年6月1日，在绿华山锚地设立中华人民共和国上海港务监督绿华监督站，建有国际导航台讯号塔，塔高30米。翌年6月1日，中华人民共和国上海港务监督绿华监督站正式成立，配备工作人员20人。绿华山锚地岸上配置设施，包括征用土地、民房拆迁、修筑通往码头的公路、建造办公及生活用房，配置齐全，耗资600余万元。此后，绿华山锚地由上海管辖。
1997年，上海浦远船舶有限公司成立，承担绿华山港区的过驳疏运业务。公司有11万吨级“双峰”海轮减载平台一艘，1.69万吨级散货船4艘，7.3万吨级全球无限航区散货船“卡玲娜”轮1艘。2000年，10万吨级“双峰”海轮替换旧“双峰”海轮，年减载货物吞吐量1000万吨。进入该锚地作业的有美国、日本、荷兰、加拿大、葡萄牙、巴拿马及东南亚各国的商船，停靠减载的外轮均在17万～20万吨间。一般作业需减载7万～8万吨，使其满载吃水16米的货轮上浮4米左右，方可通过长江口航道入上海港或长江。
自2005年7月1日始，舟山绿华山锚地由浙江省舟山港务管理局实施港政和航政管理。翌年9月21日，绿华减载平台举行试桩开工仪式。项目位于西绿华山石子岙南侧海域，距西绿华岛南岸约1000米，工程总投资7亿元，规模为建设海上散货减载平台1座，长460米，宽45米，设计年吞吐量1400万吨（装、卸各700万吨），平台一侧为20万吨级卸船泊位1个，另一侧为2万吨级、3.5万吨级装船泊位各1个。平台由卸船机械、装船机械、皮带机以及中控、变电所和一些辅助设备组成。装卸载能力为每小时4200吨。
2007年，承担绿华山减载平台任务，由舟山港浦投资有限公司、香港昕泰投资有限公司、上海浦远船舶有限公司出资组建的嵊泗浦远散货减载有限公司成立（按比例出资组建）。2009年7月31日，减载平台建成。2010年12月17日通过验收并投入运营。2010年，港口吞吐量达867.7288万吨，2014年，港口吞吐量上升至1425万吨。
2017年2月18日，时为中国最大、世界第二的10万吨级半潜船——“新光华号”与国内首座圆筒型FPSO“希望6号”，在绿华锚地完成潜水装载作业。2月25日，驶离嵊泗前往英国北海。
2020年，绿华散货减载平台全年实现货物吞吐量522.99万吨。
位于泗礁山岛西北侧连下槌山（俗称“李柱山”）岛岸段。地理坐标：北纬30°44′，东经122°25′。作业区港池开阔，泥质底，自然岸线长3000米。港池东侧沿岸为浅水区，6米等深线从李柱山呈外“弓”字形向南延伸至中柱山。港池南侧为泗礁山岛西锚地，可避6～7级东北、东南风。作业区主要功能为岛屿生产、生活和旅游服务。
1974年8月，建造连接李柱山岛与泗礁山岛的李柱山公路桥（一桥）。桥长78.4米，宽4.9米，高9.5米，承载重量汽-10。同年9月，李柱山1000吨级客货码头动工建设，翌年10月交付使用，此后，泗礁港区告别轮船不能直接靠泊码头的历史。泗礁往来于境外及洋山的客运航线先后迁移至此。1996年1月，建李柱山公路桥（二桥），与一桥并列，结构、长度相同，中间相隔1米。
1975年9月，建造1000吨级客货码头。码头坐落于李柱山西南岸段，方向朝南偏西。采用嵌岩柱桩凉拌钢筋混凝土结构，平台长50米，宽10米，前沿低潮位水深5米；栈桥长13米，宽6米。平台集中荷载汽-10，均布荷载1千牛/平方米；栈桥集中荷载汽-10，均布荷载0.5千牛/平方米。1974年9月动工，1975年10月建成交付使用。1987年2月扩建。在原码头平台东侧增长49米，增设长18米，宽6米的栈桥1座。1988年3月动工，同年10月竣工。扩建后，码头有2个泊位，平台总长99米，码头广场5000平方米，停车场1725平方米，最大靠泊能力3000吨级。
1994年9月15日，李柱山车渡码头开工建设。吊架墩结构，均布荷载10千牛/平方米，码头栈桥均布荷载5千牛/平方米，集中荷载：20吨汽车和40英尺集装箱。1995年6月，高速客轮“茂盛”轮开通李柱山至定海西码头航线，泗礁港区迈入高速（准高速）客运时代。1996年2月6日，客滚船“舟桥1”轮投入泗礁—芦潮港航线运营。此后，开启远离大陆、地处海岛的泗礁与大陆直接通车时代。2006年7月，李柱山车渡改建，改建工程为接长1座平台、吊架墩3座、液压升降平台1座、钢过桥1座及栈桥1座组成。接长平台平面36.03米×10.0米，采用高桩梁板式结构，码头面高程为2.90米。液压升降钢平台和钢引桥为钢结构建造。改建栈桥平面65.19米×10米。是年10月底改建工程竣工。
2003年10月，建造李柱山北岙车渡码头，码头位于李柱山北侧，为高柱墩式结构型式。建设规模30车渡码头1座，码头靠泊平台1个，人行栈桥1座，钢吊桥墩1座，汽车栈桥1座，钢吊桥支座墩2座，及配套4300平方米陆域场地，和一道长60米、宽2.5米的人行隧道组成。码头面高程为4.0米。2004年6月底竣工。
2012年3月，动工新建李柱山西侧客运码头1座，规模为1000吨级，设计年客运吞吐量56万人次。高桩梁板式结构，桩基采用直径1000毫米钻孔灌注柱，建设工期1年。2017年，李柱山港区旅客年吞吐量达232.1万人次。
至2020年底，李柱山作业区几经改扩建，提升了泗礁港区客货运输线辐射能力，进出嵊泗列岛客流量大幅提升。