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港口是城市及周边地区重要的基础设施，更是全球资源配置枢纽和区域经济增长引擎，对腹地经济发展和社会进步举足轻重，港口越兴盛，经济越繁荣，社会越进步，国家越开放。
舟山境内诸港港池开阔，水深流顺，优质岸线绵延，航道四通八达，港域锚地优质，有得天独厚的优越建港条件。早先舟山港域并无港区设置与划分，亦无明确的港界。人们称呼分布在各主要岛屿的港埠，多以传统沿用或以其所在地名约定俗成。如定海港、沈家门港、岑港、西码头、沥港、台门港、高亭港、东沙港、岛斗港、菜园港、马关港等。
舟山港口自开埠就有对外开放史，但几经闭锁。中华人民共和国成立后的20多年内，舟山港域未正式对外开放，仅为供进入上海港的外轮减载过驳。
1986年4月18日，《国务院、中央军委关于舟山港对外开放的批复》，首次明确同意将沈家门、定海、老塘山三个港区合并为一港，统称“舟山港”，也是舟山港正式名命之日。同日，国务院口岸领导小组正式宣布，舟山港对外国籍船舶开放。1988年3月25日，中华人民共和国舟山海关成立。5月13日，舟山港对外国籍船舶开放后，第一艘来港作业的外轮日本籍“第八字丸”轮，从马来西亚装载进口梢木5889立方米驶入沈家门港。彼时，舟山港国际货运航线已辐射日本、朝鲜、新加坡、马来西亚、美国、独联体等国家和中国香港地区，并开通香港国际集装箱班轮。国内货运航线通达我国沿海和长江中下游各港口。出口主要货种有矿材、钢板、盐、水产品和轻工电子产品等，进口主要货种有石油、木材、煤炭、水泥和粮食等。
1990年8月，交通部公布舟山港（定海、老塘山、沈家门、岙山等）为商港；西码头、岑港、沥港为以商为主的港口。
1993年2月，舟山兴中石油转运有限公司岙山基地20万吨级原油码头竣工，首次迎来31.8万吨的英籍“兰姆帕斯”号超级油轮靠泊作业，创下我国南方港口靠泊最大吨位船舶纪录，时为舟山口岸开放史上的里程碑。其后，随着省政府“港航强省”、市政府“以港兴市”战略实施，陆续建成和在建一批超大型、专业化、开放式、高效率的港口深水泊位和物流园区。在舟山港口通过的主要货种为大宗原油、木材、粮油等，货物吞吐量逐年递增。
1997年10月6日，省人民政府批复，将舟山港划分为定海、沈家门、老塘山、高亭、衢山、泗礁、绿华山、洋山8大港区。1997年6月25日，浙江省人民政府发文，同意划定舟山港沈家门、老塘山作业区对外开放范围的意见，划定开放区域的水域陆域范围，新增外籍船舶进出航线2条。舟山港开放面积拓展至360.1平方千米，基本覆盖舟山岛港口条件最优越的深水岸线。
2002年11月，国务院批准舟山港马迹山港为一类口岸对外开放。2004年12月1日，经国家验收合格，马迹山港域正式对外开放，时为继老塘山、沈家门、岙山三个港域开放后，舟山口岸第四个一类对外开放口岸。
2003年12月29日，经浙江省人民政府批准，南京军区同意，舟山港调整对外开放范围，陆域、海域开放面积从原来360平方千米，增加至720平方千米。新增开放区域为：衢山岛在内的衢山港区、衢山锚地；高亭港区、五虎礁锚地；秀山海域、秀山全岛；六横岛涨起港、台门港；金塘大鹏岛；等等。
2004年，交通部规划研究院编制《舟山港总体规划》，在原8个港区设置基础上，新增定海金塘港区、马岙港区和普陀区六横港区，总体增至11个港区。2009年3月30日，交通运输部、浙江省人民政府《关于宁波—舟山港总体规划的批复》，同意宁波—舟山港划分为甬江、镇海、北仑、穿山、大榭、梅山、象山港、石浦港、定海、老塘山、马岙、金塘、沈家门、六横、高亭、衢山、泗礁、绿华、洋山19个港区，其中舟山境域为11个港区。2005年11月6日，浙江省人民政府向交通部报送《关于商请公布“宁波—舟山港”名称的函》。11月26日，交通部复函，支持浙江省推进宁波—舟山港一体化思路，由浙江省人民政府批准“宁波—舟山港”名称，报部备案后对外公告。2006年1月，启用“宁波—舟山港”名称。
进入21世纪，海洋经济快速发展，地处“长三角”门户的舟山港，在接轨上海，依托宁波，面向世界，尽快建成上海国际航运中心配套港的基础上，逐步将舟山港建设成我国江海联运和国际海运业的枢纽大港。
2006年1月18日，南京军区批准，舟山港口岸六横港区105平方千米区域对外开放。3月14日，浙江省人民政府批准舟山港域六横港区扩大对外开放。2月20日，浙江省人民政府批准，舟山港口岸沈家门港区水域扩大开放范围和老塘山港区册子原油中转码头部分航线对外开放。2011年，国务院正式批复《浙江海洋经济发展示范区规划》，开辟境内六横、金塘等港区为一级航运开放口岸，支持符合条件的地区按照程序申请设立海关特殊监管区域。在普陀山—朱家尖—桃花岛地区实施特殊的旅游政策，发展邮轮经济。推进舟山机场扩容，探索低空开放，开放直升机、低空水上飞机等岛际航空。是年6月30日，国务院批复设立浙江舟山群岛新区。
2012年7月11日，国务院下发《关于同意浙江舟山港口岸扩大开放的批复》（国函〔2012〕86号），正式批复同意舟山高亭港区、定海港区、老塘山港区、沈家门港区、泗礁港区等5个港区扩大对外开放，新增开放面积109平方千米。根据《批复》精神，舟山港口岸扩大开放后，新增查验人员编制672人，其中边检（现役制）165人、海事173人、海关178人、出入境检验检疫156人。新增人员所需办公用房及边检营房建设资金，按国家有关规定由发展改革委补助2050万元。9月，国务院正式批复设立舟山港综合保税区。12月21日，经海关总署、国家口岸办、公安部、交通运输部、质检总局、总参作战部等组成的验收组验收，舟山市6家［舟山世纪太平洋化工有限公司、太平洋海岸工程（舟山）有限公司、舟山纳海油污水处理有限公司、浙江天禄能源有限公司等］口岸企业码头船坞正式通过验收，对外开放。
2013年1月17日，浙江舟山群岛新区发展规划获国务院批复。加快建设舟山港综合保税区，条件成熟时探索建立自由贸易区和自由港区三步走的开放发展战略框架正式形成。2014年10月，南京军区批复同意舟山港口岸沈家门、六横、泗礁港区扩大水陆域范围及进出港航道，宁波—舟山港第二条大型船舶进出港航道条帚门航道正式对外开放。2015年7月2日，交通运输部、国家发展改革委联合印发《关于港口接靠40万吨矿石船有关问题的通知》，明确宁波—舟山港马迹山铁矿石码头二期工程1个泊位，宁波—舟山港衢山港区鼠浪湖铁矿石码头2个泊位，可接靠40万吨矿石船。
2016年11月23日，舟山港口岸扩大开放通过由海关总署国家口岸管理办公室会同公安部、交通运输部、质检总局、军委联合参谋部等相关负责人组成的国家验收组验收。舟山港口岸马岙、六横两个港区扩大开放水域面积约42.85平方千米，具体包括正式对外开放国家远洋渔业基地、舟山港综保区本岛分区两个重点项目配套码头以及舟山武钢码头有限公司、舟山亚泰船舶修造工程有限公司、舟山中天重工有限公司码头（船坞）。
2016年12月，交通运输部和省人民政府联合批准《宁波—舟山港总体规划（2014—2030年）》。其中舟山辖区老塘山港区更名为岑港港区，高亭港区更名为岱山港区，将原泗礁港区、绿华山港区合并为嵊泗港区，结合舟山港综保区码头建设需要，新增白泉区。共划分为洋山、六横、衢山、金塘、岑港、嵊泗、岱山、白泉、马岙、定海、沈家门等11个港区。其中洋山、六横、衢山、金塘为主要港区，以综合运输为主；嵊泗、岱山、白泉、马岙4个港区为重要港区，兼顾综合运输；定海、沈家门2个港区为一般港区，主要服务于地方经济发展。
根据《宁波—舟山港总体规划（2014—2030年）》规划调整，本篇将调整后的舟山境域11个港区，作业区（选录）分别叙述。