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1984年，城区公安分局成立时，设立刑事侦察大队，时有在编民警59人，队址驻温州市广场路70号。1995年，队址迁至广场后巷温州市武警支队边防大队（现五马派出所址）。1999年，迁至南浦宏业3幢（现南浦派出所办公地）。2001年，迁至鹿城区纺织路1号（后更名为划龙桥路491号）。2002年，更名为刑事侦查大队。
1984年，分局刑事侦察大队成立，下设大案侦查组、反盗窃组、反盗窃自行车组、反扒窃组、特情组、技术组、后勤组等7个侦查组，系分局侦破刑事案件的主力部门。1995年，机构改革实行探长负责制，分局刑事侦察大队下设指导探组、重案探组以及特情探、情报信息探、技术探、后勤探等10个探组。1998年，随着刑侦体制改革深入，分局刑事侦察大队成立东、南、西、中4个责任区中队，以及情报信息中队、特情中队、重案中队、后勤中队、刑事技术中队等共9个中队，并建有分局刑事技术中心。2000年，分局在全省率先成立城市专业化刑侦队伍，建立适合斗争需要的重案、反盗窃、技术等11个专业中队。2009年12月，刑侦大队析出情报信息中队，单设情报信息大队。2011年4月，刑侦大队析出六中队（便衣中队），单设便衣侦查大队。2015年12月，便衣侦查大队并回刑侦大队，称八中队。2016年9月，刑侦大队析出打黑中队，单设有组织犯罪侦查大队。2017年7月，刑侦大队析出合成作战室，单设合成作战中心。2021年9月，东、南、西、中四个侦查分中心揭牌成立。2021年10月，合成作战中心与情报信息大队合署办公，成立警务大数据应用中心。2022年3月，四个侦查分中心并入刑侦大队。随着刑侦工作的不断发展，2023年9月，分局刑侦大队共有七个职能中队，一中队（综合中队），二中队（重案中队），三中队（传统侵财中队），四中队（电信网络诈骗犯罪防治中队），五、六中队（电信网络诈骗犯罪打击中队），七中队（技术中队）。
分局刑侦部门成立以来，担负全区刑事案件侦破和指导工作，在侦查破案、打击犯罪、护航发展和维护社会稳定方面作出贡献。曾荣获集体二等功6个、集体三等功11个、集体嘉奖42个，先后被评为全国优秀公安基层单位、全省优秀公安基层单位、全省公安系统先进单位、温州市优秀基层单位、市文明单位、先进单位等，刑侦大队刑事技术中队被评为全国一级示范刑事科学技术室、全国示范刑事科学技术室；历年来大队民警共获取荣誉1205人次，其中3人被授予“二级英模”称号，3人次荣立个人一等功，15人次荣立个人二等功，4人次获得“省级优秀人民警察”，163人次荣立个人三等功，695人次受到市局、分局各类嘉奖。