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1984年3月分局设立侦察科，内称一科，负责全区政治安全保卫工作。1995年3月，兼管出入境管理部分业务工作。2002年11月，侦察科更名为国内安全保卫大队，简称国保大队，2007年5月，分局成立出入境管理大队，出入境管理业务从国内安全保卫大队析出。2019年3月，根据区委、区政府办公室关于分局职能配置、内设机构和人员编制规定的通知，分局增设反邪教大队，2019年10月与国内安全保卫大队合署办公；增设区境外非政府组织管理办公室，挂靠国内安全保卫大队。2020年12月，国内安全保卫大队更名为政治安全保卫大队，简称政保（反邪教）大队。
分局政治安全保卫部门成立以来，严防国（境）内外敌对势力，民族分裂势力、暴力恐怖组织及宗教极端势力“三股势力”的渗透、颠覆、破坏活动，开展不安定因素调查，发现影响社会政治稳定的苗头问题，开展专案侦查和打击力度，维护社会政治稳定，受到党委政府的肯定，荣立集体三等功2次、个人二等功1人次、个人三等功10人次。