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系统科学认为所有的复杂系统必然存在结构。结构就是指系统内诸元素之间相互关系和相互作用的方式和顺序，它构成了系统内部相对稳定的组织形式。
用结构的观点看事物，着眼于事物内各要素整体的联系。相同的要素，如果结构不合理，就会组成不好的系统。一个要素在系统中的存在价值，不应该以其本身的优劣作为评价标准，而应视其能否优化整体作为标准，因为结构不是指系统个别或局部要素之间的联系，它是系统内各要素整体的联系。所以结构从总体上反映着事物的有序性和组织性，它是事物协调与失调的内在根据。——《系统科学发展概论》
社会学认为社会结构是社会各个要素之间相对固定的排列组合和相互关系。假设我们的超级大脑可以处理无限多的人际关系，那么理论上讲我们是可以构建起一个规模庞大但结构简单的社会的，因为我们可以认识所有人知道如何与每个人打交道。而现实是我们只能依赖其它方法来精简关系数量或简化处理方式来应对，比如形成社会分工与社会组织。这种分工首先带来的是效率的提升，其次明确的分工角色也压缩了我们所要处理的信息。我只要知道这个人是农民，不需要认识他也可以向他购买粮食。但这种社会分工以及由分工形成的社会组织导致社会关系类型的多样。系统科学告诉我们简单的规则通过自组织的方式演化也会涌现出一个整体表现复杂的系统。
农业社会就是这样不断变的复杂的。在外部与内部环境的影响下不断地社会分工形成不同的社会结构，从而使社会不断演化。从男女分工的不同，到不同年龄的分工，再到猎人、首领、巫师、战士等社会职能分工，再到这些职能固化为社会职业与身份。社会分工本质上对应的就是不同性质的社会关系，所以作用同一个物种的“人”没有变但社会关系的分化产生出了社会结构，这就是马克思所说的“人是社会关系的总和”这句话的真正含义吧。
整个过程是以自组织的方式进行演化的，“自组织”是指系统不依赖外部指令会自发的形成有序的内部结构。系统科学认为自组织是因为系统元素之间存在互相排斥与互相竞争的关系。当复杂网络中的节点不断增长或调整连接关系时存在一种择优连接的内在机制时，这种机制使系统远离了平衡态不断地向有序的方向发展，它不是外来力量强加的，也不是偶然的，而是系统自组织演化的结果。有学者在汶川大地震灾后观察到，乡村的灾后重建过程中会动员亲缘与乡村关系网，通常是党员及当地的能人发起组织自救。这些地方的社会精英组成小团体发展出共同的目标、共同的行动，开启自组织的过程。动员过程中经常是一个“能人”带动一群“小能人”，“小能人”又动员自己的人脉网，一个团体就在这样滚雪球的过程中慢慢扩张。人际关系网络的相互信任通过一层层传递最终自发地形成完成目标所需要的社会结构。
从上面这个例子我们可以看到社会自发形成的功能结构效率还是非常高的。以前有人说生命诞生的概率就象依靠一阵风把所有零件刮成一架飞机，以这种概率现在的宇宙应该根本不会出现生命，以此来证明上帝的存在。这种观点的错误就在于仅从概率统计的角度来认识生命的出现。一个复杂系统的出现与演化依靠的不只是概率与统计规律还有自组织方式。自组织的运作模式极大地压缩了概率空间将不可能变成可能。
元素之间的相互作用和相互改变状态，对元素起到一种限制和约束的作用。它限制了系统的变化，限制了元素的自由度和随机性，把它们约束在一定时间、空间和形态范围里，从而形成了某种稳定的结构模式。——《系统科学发展概论》
社会结构可以在自组织的过程中涌现出来，但它不会毫无理由地出现， 结构的形成通常是为了满足某个功能的需要 。系统结构与功能存在紧密联系，现代社会理论中就有结构功能论这一派别。社会结构不管多么复杂总是要实现特定的社会功能。前面汶川灾后重建过程就是一个典型的例子。再比如用于维持社会秩序的社会组织结构，政府、警察、军队。政府维系社会整体边界的组织，警察维系社会内部秩序，军队负责社会外部安全，这样一个社会大体的组织架构就具备了。只要是一个独立的大规模的社会就一定会存在这样的架构，不管是古希腊的公民大会，罗马的元老院、西欧的国王与封建领主，中国的皇帝与官僚体制，只是表现形式不同。更多的是不同规模下社会组织的演化成熟表现不同。比如最初的军队都不是职业化的军人，最初的农业社会没有常备的武装力量。要等社会可以提供足够的物质支持了，常备武装力量才会出现。而要有充足的物质保障就离不开专业的生产性社会组织。
实现财富生产功能的各种社会生产性组织，从外部自然环境获得资源加工成所需要的物品以满足自身的消耗。最初的农业生产都是以家庭、家族的方式组织生产的。生产组织与生活组织是不分的。生产的目标就是为了满足自身的生存需求。手工业出现后各种动植物、矿产资源，加工成各种工具满足社会活动的需要。越来越多的产品不再是满足人的生存需求，而是为了满足社会作为一种独立存在物的发展要求。比如为军队生成兵器装备，这些产品不是生存必需品但却是为了保护社会或文明不受外部侵略的必需品。手工业生产了各种分工、行会组织，生产的分工又必然带来物品的交换、贸易行为等等。这种社会分工能否演化成新的社会组织与行业，依赖社会需求是否足够大，所需要协调的资源是否多，所需掌握处理的知识与技能的壁垒是否够高。还有一条就是生产效率是否能够迅速提高。生产效率提高的结果就是产生更多剩余的社会财富，这些未使用完的财富不仅创造了私有制，也成为支撑社会运作的物质基础。本杰明·富兰克林说过一句名言：“在这个世界上，只有死亡和税收是逃不掉的。”税收本质上就是社会维持运作的成本。
除了从社会分工角度分析社会的组织结构，马克思则从对生产资料的占有方式考察社会物质财富的生产方式。他眼中的亚细亚的、古代的、封建的、现代资产阶级的生产方式可以看作是社会经济形态演进的几个时代。亚细亚生产方式主要指的是土地公有的农村公社，这是人类社会进入阶级社会后存在的原始社会土地公有制的一种特殊形式，处于社会发展的“最初的阶段”。马克思所说的“古代”通常指的是奴隶制社会，有时也带有古希腊、罗马社会状况及其时代的双关含义。这种生产方式的特点是生产资料的完全私有和劳动力的强制剥削。封建社会的生产方式基于封建土地所有制和封建等级制度。地主或封建领主拥有土地，而农民或农奴则通过租种土地为生，并需要向地主或封建领主缴纳地租或提供劳役。同样是农耕社会不同的生产力条件下社会的组织结也是不同的。
社会组织结构虽然千差万别但也有一些共性，比如金字塔式层级结构几乎是所有社会都有的。层级结构出现的本质是人脑对信息处理能力不足造成的。人际关系网络是平的，关系网络只是社会主体聚集在一起的方式。人们聚在一起还需要目标及动力，社会要完成任何目标都需要人们相互沟通、合作、调配资源等等。如果参与人少简单依赖人际关系沟通协调就可以处理。但如果涉及人数众多，沟通、协调、人财物资源调配所需要处理的信息就会指数级的增加。那么此时通过分工、分层将大任务拆分成小任务就是可行的。通过横向的功能拆解，纵向的规模拆分，一级级放大控制与协调的规模是最优的解决方案。金字塔形的社会、组织的层级结构就自然形成了。《汉书》中这样记载当时基层的社会管理结构。
“五家为邻，五邻为里，四里为族，五族为党，五党为州，五州为乡。”——《汉书》
这种结构本质上这是受限于我们大脑信息处理能力的必然结果，每个人能够熟识的人、时间、精力都是有限的。
当然任何事都有利弊，层级结构会引发信息传递失真的问题。层级越多传递链路越长越容易失真。这个在农业社会较为常见，特别是象古代中国这种依赖官僚系统管理的庞大帝国而言尤为严重。由上而下可能出现层层加码，由下而上就会有欺君罔上。
社会层级的出现演生出了权力的概念。本质上权力是为社会目标服务的，为了完成一个社会目标，需要利用权力调配资源。不过由于社会是一个非线性的系统，权力也会衍生出与目标无关的其它用途。比如原本是维持社会稳定避免社会失序的权力，失控之后变成了黑恶势力的保护伞。而黑恶势力的出现本身就代表着正常社会秩序的丧失。早期社会发展不成熟对权力的认识简单，权力的边界也不做清晰划分，才会有君王的权利等同于国家主权的观念，“官大一级压死人”的说法等等。后来出现的“三权分立”其实是对笼统不清的权力做了拆分、划清边界，其次才是相互制衡防止失控。进入工业社会之后社会制度越来越复杂，对权力的划分越来越细，权力边界也越来越清晰，权力失控的可能逐步降低。但如果权力的使用没有监督仍会引发腐败。
总的来讲农耕时代的社会结构仍是简单的，这个阶段的生产力有限信息处理能力也有限，不可能支撑起非常复杂的社会结构与形态。