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介绍一个“三脑一体的理论”可以让我们更容易理解大脑进化的过程。神经科学家保罗·麦克莱恩（Paul MacLean）在20世纪中期提出了一个“三元脑（triune brain）”模型。他认为我们的大脑可以大致划分为三层，由内而外第一层是“自动控制层”，控制着最重要的生命基本活动，比如呼吸和心跳，血糖低了就产生饥饿感，体温低了就会发抖。这些基本的生理反应不需要我们有意识地去控制，为了保障生命运作它不会休息。因为这部分大脑功能跟鳄鱼大脑基本相似，很多学者形象的把它称之为鳄鱼脑或者本能脑。人类的这一层大脑应该就是在爬行动物时代形成并继承下来的。第二层是“边缘系统”包含杏仁核，海马体，下丘脑等等。主要负责生成及管理情绪，包括最基本的恐惧、兴奋、渴望、沮丧、愤怒……等等，所以也成为情绪脑。情绪实际上是对各种外部刺激的高级综合反应，比如感受到危险会产生紧张感，心跳呼吸加快，肢体抖动，出汗等情况。野外环境下这样的反应有助我们应对风险，要么奋起反击，要么快速逃跑。没有这样的一键启动机制我们可能就成为野兽的食物了。边缘系统在一定程度上是哺乳动物才形成的结构。第三层叫“新皮质”，是大脑在演化中最晚出现的部分。新皮质负责较高级功能，比如认知、记忆、抽象思维、决策等等。所以这一层也被称为理智脑。灵长类动物中人的新皮质最发达，占据了整个脑容量的三分之二，分为左右两个半球，就是为人所熟知的左右脑。现代人的新皮质层直到 20 多岁的时候才长全。所以很多十几岁的青春期的孩子容易情绪爆发就是因为理智脑还没有发育成熟无法控制情绪脑。因此可以说我们200万年最重要的进化成果就是这部分大脑。
如果回顾整个人类的进化史最大的疑问就是：为什么我们会走向智能进化这条路？这条进化路径太不寻常了，其它物种都是通过进化出某一种专长以适应当下的环境，只有人类通过进化出智慧以应对各种环境，而且竟然成功了。这是一种风险高但成功概率低的进化路径。一种合理的解释就是人类祖先生活过的地方一定发生过气候反复变化，那些只能适应一种环境变化的物种很快就被淘汰了，只有人属物种因为适应性强坚持到了最后。当然大自然也没有把宝全部押在我们身上，整个人属有很多分支，只是最后只剩下智人一种。这种观点最近似乎得到了印证，科学家在东非发现很多能人化石的奥杜威峡谷，通过分析碳同位素来确定不同时段内峡谷内的植被类型。发现了包括热带稀树草原、热带灌木林、热带沙漠等多种不同类型的气候演变过程。奥杜威峡谷在20万年的时间里，在干旱的草原和潮湿的森林之间来回波动了大约五六次。最后的结论是非洲大草原上生态系统在数千、数百年甚至数十年内发生的巨大变化，迫使人类迈出了第一步。如果我们真是上帝创造的，那祂一定是花了两百万年通过这种方式来训练我们，而最后给我们出一道难题检验一下我们学习的成果。