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前述基于政策动议权共享的行政决策权分配模式回应了欧盟委员会作为法定决策者的民主合法性与权威不足的问题，同时回应了一体化进程中最高政治机构缺位的问题。然而，这种互动模式在对上述问题进行某种程度上有效的回应的同时，新的问题亦随之而来。这些新问题部分地来源于行政决策权的名实分离。
首先，前述模式中的名实分离意味着欧盟机构在具体制度实践中对《里斯本条约》的规则进行了明显的规范改写，而这种改写并不是通过条约修改程序实现的，这可能构成对欧盟的“法治”原则的背离。对这项批评的一个可能的回应是，欧洲一体化是一个“进行中”的事件，欧盟的“法治”也是一种“转型期法治”，在“转型期法治”的暂时状态中，法律的稳定性和确定性并非优先价值，制度实践突破字面规定是一种常态。即便如此，以条约并未规定的非正式决策程序取代条约法定的决策模式从长远看会损害欧盟的合法性。考虑到法律在欧洲一体化中所扮演的重要角色 [1] ，对法律的突破一旦得到鼓励和重复实践，“超越法律”的治理模式将影响一体化进程的稳定性。
其次，此种名实分离的行政决策权分配模式损害了欧盟的机构平衡原则以及以机构平衡原则为制度呈现的成员国之间的平衡，从而激化了欧盟内部成员国之间的对立，成为一体化进程的潜在威胁。作为欧盟法律体系的宪法原则之一，机构平衡原则的实质是成员国利益之间的平衡
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：欧盟机构分别代表着各自的一体化路径，不同的一体化路径实质上又是不同利益优先偏好的表现。一方面，众所周知，欧洲理事会和欧盟理事会代表着成员国的利益，欧洲议会和欧盟委员会代表着欧盟整体的利益。另一方面，在采取政府间主义路径的欧盟理事会和欧洲理事会中的决策方式已经被证明有利于大的成员国
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，小成员国只能通过欧洲议会尤其是欧盟委员会的“平衡利益”的职责
来获得一定救济和效果抵消。然而，当欧盟委员会选择接受欧洲理事会的行政决策并成为其执行者时，实际上意味着其放弃履行条约所赋予欧盟委员会平衡大小成员国之间利益的职责，欧盟委员会制度角色的不作为使欧盟层面失去了最重要的利益平衡的守护者，小成员国的利益在这种决策模式下失去了重要的维护和救济途径。甚至，在欧债危机期间，欧盟委员会与欧洲央行、国际货币基金组织组成所谓“三巨头”，代表已经做出决定的欧洲理事会与债务国如希腊进行谈判，本应作为中立仲裁者的欧盟委员会的制度角色已经难以辨识。在这种模式中，欧盟委员会实际上已经变成了一个秩序自由主义式的统治机构并推行着一种将民主边缘化的“威权式的自由主义”技术官僚精英治理。
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此种情况下小成员国只能寻求体制外的利益保障与救济方式，在欧盟内部组织次级团体就成为方式之一：由中东欧国家组成的维谢格拉德集团在欧债危机和难民危机期间的角色得到明显强化就是标志之一。
再次，此种行政决策权的分配模式还给欧盟层面权力的民主监督与制衡带来了挑战。行政决策权的名实分离是名义决策者（或法定决策者）与实际决策者的分离，二者分离意味着对实际决策者行使权力的民主监督机制必须“刺破名义决策者的面纱”而直达实际决策者。然而，现行条约下对欧盟决策权的监督都是建立在欧盟委员会作为决策者的前提下的——欧盟委员会主席和委员的选任罢免和报告问责在《里斯本条约》中的强化，即欧洲议会和成员国议会对决策监督的增强，都是以欧盟委员会的权力行使作为监督对象。行政决策权的名实分离在此种制度配置下产生的问题是名义决策者的有责无权和实际决策者的有权无责，这意味着对于欧盟层面真正的行政决策的行使缺乏有效的监督和问责。欧洲理事会的成员国——各成员国或政府首脑——虽然会受到国内的政治问责机制的监督，但这种监督内容大多仍关注于国内政策议题而非他们在欧盟层面的措施。
欧洲理事会的集体决策机制也会产生真正的决策者不可辨识的问题（即“集体负责的集体不负责”），从而使得国内选民缺乏必要的信息进行监督和问责。
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最后，将欧洲理事会确立为最高政治机构虽然回应了欧洲一体化中最高政治机构缺位的问题，但是伴随着欧洲理事会对欧盟事务决策从基本方向的把握走向具体事务的决断，集体决策的最高政治机构参与具体事务决策的弊端也开始显现。在最高层针对政治事务进行谈判和做出决定的问题包括：“错误的不可挽回性、将做出的决定在性质和数量上的限制……错误判断和策略失误可能会发生而且多数情况下都无法改正。” [6] 此外，将越来越多欧盟具体事务的决策权从欧盟委员会和理事会转移到最高层的欧洲理事会的趋势是与“价值/政治问题技术手段解决”的降低冲突的路径相悖的，也预示着欧盟决策中可能出现更多政治性冲突的危险。还应当注意到，最高层集体决策所享有的政策自由裁量权是以各国立法机构的角色被侵蚀和内阁部长的权力被削弱为代价的。成员国行政首长在欧洲理事会协调欧盟议题上各国立场的灵活性和裁量空间固然是必要的，但这一裁量权所带来的必然后果是在成员国国内的立法—行政关系和政府内部结构中，政府行政首长相对于成员国议会和内阁部长（较为明显的例子是外交部长）的权力及影响力都得到了增强。由于国家主权从成员国向欧盟的转移以及欧盟层面决策权力向欧洲理事会的集中，作为欧洲理事会成员的成员国行政首长在政治政策制定中的角色得到了强化。行政首长在欧洲理事会的集体决策模式促使成员国议会事实上不但在事先授权方面赋予了行政首长更多的政策自由裁量空间，集体决策模式的特点也使得成员国议会对本国行政首长个人针对其在欧盟层面参与决策的政策进行事后问责越发困难。在外交政策领域中，由于对欧盟统一外交政策的推进，欧洲理事会在制定欧盟统一外交政策中发挥着主导作用。因此，有权参加欧洲理事会会议的行政首长而非外交部长在事实上获得了对外交政策更多的主导权，成员国外交部长对外交政策制定的影响力则相对下降。伴随着诸如经济治理、财政政策等更多国家主权转移到欧盟层面，成员国政府中负责相应事务的部长的地位很可能进一步被削弱，乃至沦落为事实上仅负责政策执行的次级角色。 [7]
[1] 关于法律在欧洲一体化进程中扮演的角色，参见：Cappelletti，M.，Seccombe，M.& Weiler，J.H.， Integration through Law：Europe and the American Federal Experience ，Vol.1.Walter de Gruyter，1986。也可参见本书第4.6节。
[2] Lenaerts，K.& Verhoeven，A.“Institutional Balance as a Guarantee for Democracy in EU Governance”，in Joerges & Dehousse （Eds.）， Good Governance in Europe‘s Integrated Market ，2002，35.
[3] Tallberg，J.，“Bargaining Power in the European Council”， Journal of Common Market Studies ，Vol.46，No.3，2008，703.
[4] Shore C.，“‘European Governance’ or Governmentality？The European Commission and the Future of Democratic Government”， European Law Journal ，2011，17（3）：287-303.
[5] Norris，P.，“Representation and the Democratic Deficit”， European Journal of Political Research ，Vol.32，No.2，1997，275.
[6] Peterson，J.& Shackleton，M.， The institutions of the European Union ，Oxford University Press，2012，54-55.
[7] Johansson，K.M.& Tallberg，J.，“Explaining Chief Executive Empowerment：EU Summitry and Domestic Institutional Change”， West European Politic s，Vol.33，No.2，2010，208-236.