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东晋除第二代皇帝晋明帝杰出外，其他皇帝要么懦弱，要么昏庸，吏治监察总体是走下坡路。
自晋明帝去世后，其长子司马衍即位，当时只有四岁，即晋成帝，主要由其母亲庾太后辅政，后来又由其舅庾亮和王导辅政，但庾亮猜忌其他大臣，导致了苏峻之乱，幸得温峤、陶侃平定。晋成帝在位虽然有十八年，但只活了二十二岁就去世了。晋成帝病重时因为两个儿子年幼所以立弟弟司马岳为继承人，司马岳即位，就是历史上的晋康帝。晋康帝在位仅两年就去世，两岁的儿子司马聃即位，是为晋穆帝，由其母褚太后（即褚蒜子）临朝摄政，这期间大臣桓温北伐关中，大败前秦，并消灭了成汉，拓展了疆土。晋穆帝和晋成帝一样在位虽然时间长（有十七年），但去世时才十九岁。晋穆帝去世后，晋成帝司马衍长子司马丕即位，是为晋哀帝，但在位仅三年就中毒去世，其弟弟司马奕即位，即晋废帝，被降封为海西公。桓温废掉司马奕后，立司马昱（晋元帝司马睿幼子）为帝，司马昱实际为傀儡，在位八个月就去世，史称晋简文帝。
晋简文帝去世后，晋孝武帝即位，当时十一岁，由太后摄政。他在位时发生了著名的淝水之战，当时谢安掌权，所以取得胜利，出现复兴的局面。谢安去世后，琅邪王司马道子辅政，吏治败坏。
司马光在《资治通鉴》中较为详细地记载了晋孝武帝时的吏治状况。《资治通鉴·晋纪二十九》载，太元十四年（公元389年），起初晋孝武帝亲自处理政事，威权均由自己出，有人君的气量。但不久就沉溺于酒色之中，将政事交给琅邪王司马道子，司马道子也嗜酒，日夜与晋孝武帝以酣歌为事。晋孝武帝的左右亲近之人，争相操弄权柄，相互勾结请托，当时“贿赂公行，官赏滥杂，刑狱谬乱”。
尚书令陆纳望着宫廷感叹说：“这么好的一家，小儿们想弄坏它啊！”左卫领营将军许营上书说：“如今朝廷台府局的官吏、值宿禁卫的武官以及那些不知父亲只取母姓的仆从奴婢，本来没有经过品评考第，都担任郡守、县令，有的带着职务在宫廷当官，还有僧尼、乳母，竞相进用亲党，又接受贿赂财物，他们治理官民，‘政教不均，暴滥无罪，禁令不明，劫盗公行’。”但是晋孝武帝没有回音。从许营上书可知，当时的吏治败坏。
《资治通鉴·晋纪三十》还载，太元二十年（公元395年），当时会稽王司马道子专权用事，骄奢放纵，他所亲近的人，如赵牙，本来出自倡伎优伶；茹千秋，本是钱塘的捕抓盗贼的小吏，都因为谄媚贿赂而得以进用。司马道子任命赵牙为魏郡太守，茹千秋为骠骑谘议参军。茹千秋“卖官招权，聚货累亿”。所以后来不过十五年，东晋就灭亡了。起因就与司马道子专权用事、吏治败坏有关。
太元二十一年（公元396年），晋孝武帝因为一句玩笑被张贵人所弑，长子司马德宗即位，是为晋安帝。
晋安帝时，司马道子、司马元显父子专权用事，桓玄起兵杀了这父子俩，后来被刘裕平定。但从此刘裕掌权，晋安帝也被刘裕派人勒死。
晋安帝去世后，刘裕又立晋安帝的弟弟司马德文为帝，司马德文即晋恭帝，在位一年就被逼禅让给刘裕，不久就被刘裕派人害死。