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特别被告是相对于一般被告而言的。一般被告指的是谁行为、谁被告，谁署名、谁被告，谁作出、谁被告等，能够明确确定的适格被告。无须在此讨论。需要说明的是被告指的是《行政诉讼法司法解释》确定的开发区管委会、村委会（居委会）、高校、律师协会和会计师协会等当被告的问题。
一是明确开发区管理机构及其职能部门的被告问题。《行政诉讼法司法解释》第二十一条规定，当事人对由国务院、省级人民政府批准设立的开发区管理机构所属职能部门作出的行政行为不服提起诉讼的，以职能部门为被告；对非国务院或者省级人民政府批准设立的开发区管理机构所属职能部门作出的行政行为不服提起诉讼的，以开发区管理机构为被告。开发区管理机构没有行政主体资格的，以设立该行政机构的地方人民政府为被告。
开发区管理机构当被告的问题，实践中困扰我们也比较多，现在能明确的就是三点：
1.审查开发区管委会是谁批准的。如陕西的“西咸新区”、甘肃的“兰州新区”，这些都是国务院批的新区管委会，本身具备行政主体资格，可以当被告。
2.国务院、省级人民政府批准的开发区管委会，开发区管委会和下属职能部门也可以当被告，成为适格被告。
3.省级人民政府以下批准的开发区管委会，是否当然具备行政主体资格，还需要进一步审查。如何判断是否具备行政主体资格司法解释没有进一步规定，也就是说最高人民法院只解决了国务院和省级人民政府批准的开发区管委会的被告适格问题，对省级以下的开发区管委会问题，没有明确规定，要由我们自行判断。实践中，我们也是分情况进行处理：如兰州市设立的兰州高新区管委会，一般认定具备行政主体资格，但是它所属职能部门所作的行政行为，一般都是由管委会承担责任，由管委会当被告。如兰州市安宁区设立的安宁区高新区管委会，我们一般都不确定其行政主体资格，由设立机关安宁区政府承担被告责任。当然，在实践中，大家也可以再摸索，从行政主体的审查标准再去探索。
二是明确了村委会和居委会的被告资格问题。《行政诉讼法司法解释》第二十四条第一款规定，当事人对村民委会员或者居民委员会依据法律、法规、规章的授权履行行政管理职责的行为不服提起诉讼的，以村委会和居委会为被告。司法解释对村委会和居委会当被告的问题，又进行了明确。实践中主要涉及的是农村承包地的分配问题、征收补偿款的分配问题等，涉及该类争议，究竟是民事争议还是行政争议，尚未有明确的观点。有些法院按照民事案件审理，遇到的作为行政案件审理的还很少。
三是明确了事业单位和行业协会的被告资格问题。《行政诉讼法司法解释》第二十四条第三款规定，当事人对高等学校等事业单位以及律师协会、注册会计师协会等行业协会依据法律、法规、规章的授权实施的行政行为不服提起诉讼的，以该事业单位、行业协会为被告。其实遇到这类案件，尤其是涉及行业协会的，对法官的理论水平和综合素质要求比较高，我的建议是多和行业协会沟通，了解他们的一些习惯做法，有时会涉及很专业的问题，最好与专家证人辅助人制度相结合，这样也许更有助于案件的解决。
《行政诉讼法》第二十六条第四款规定的是共同被告的问题。即，两个以上行政机关作出同一行政行为的，共同作出行政行为的行政机关是共同被告。从这个规定理解，一定要把握住“行政行为的同一性”，即共同实施、共同作出，甚至共同署名。也就是逻辑学上的“同一律”。在行政行为中可能容易判断共同被告，但是在事实行为中就不好确定共同被告。
推定被告问题，法律和司法解释都没有规定，可以说是为了针对政府部门在强拆行为中拒绝当被告、不愿承担相应的法律责任，为了有效保护不动产产权人的合法权益，是司法裁判创新的结果。具体内容详见《最高人民法院行政法官专业会议纪要（五）》（集体土地补偿领域）4.强制拆除行为被告的确定。被征收人位于《征地补偿安置方案公告》范围内的合法房屋等被强制拆除后引发诉讼的，人民法院应当根据《行政诉讼法》第二十六条第一款“作出行政行为的行政机关是被告”的规定与职权法定原则，结合案情确定适格被告：
1.被征收人提供的证据能够证明市、县人民政府或其成立的临时机构等组织实施强制拆除的，以市、县人民政府为被告。
2.被征收人提供的证据能够证明市、县人民政府土地行政主管部门或征收管理机构组织实施强制拆除的，以市、县人民政府土地行政主管部门或征收管理机构为被告。
3.非行政主体自认实施强制拆除，但被征收人提供的证据能够初步证明该强制拆除行为系行政主体基于征收职权组织的，推定市、县人民政府土地行政主管部门或征收管理机构为被告，有相反证据足以推翻的除外。
4.有证据证明乡（镇）人民政府、街道办事处、村民委员会、居民委员会、建设单位等主体实施的强制拆除行为是受行政机关委托实施的，以委托的行政机关为被告。具体实施的乡（镇）人民政府、街道办事处、村民委员会、居民委员会、建设单位等主体，可作为共同被告或第三人，依法承担相应责任。
5.合法房屋被强制拆除时无补偿安置协议或补偿决定，又无主体自认实施，人民法院根据原告提供的证据无法确定或推定适格被告，强制拆除行为涉嫌构成犯罪的，依法移送有关部门处理。
无征地批复、征地公告、征地补偿安置方案公告等，乡（镇）人民政府、街道办事处等主体未经市、县人民政府，土地行政主管部门或者征收管理机构委托、部署等，擅自以自己的名义实施强制拆除的，以具体实施的单位为被告。
《行政诉讼法》第四十九条第二项规定的是提起诉讼要有明确的被告。如何理解“明确的被告”，其实是被告的适格性问题，被告的适格性可以分为形式上的适格和实质上的适格两个方面。形式上的被告适格，指的是在起诉人提起诉讼时起诉状上所列的被告，人民法院经过初步审查，符合行政主体的特征、具有所诉事实处理的相应职权，则认为符合“明确的被告”的条件，予以立案受理。实质上的被告适格，指的是经过实体审查或者言辞审理之后，被告确实是被诉行政行为的作出机关或者具有履行原告诉请事项的法定职责或者给付职责，同时具备独立承担法律责任的主体资格，最终确定“正确被告”。
（注：以上对于被告的推定，是基于被告确定法律规定尚不明确，为了保护当事人合法权益，在司法实践中法官推定相关单位为被告。）