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起诉期限，是法律规定的当事人不服某一行政行为，向法院请求司法救济的时间限制。行政诉讼的起诉期限制度价值是多元的，一方面尊重长期存在的事实状态，维护社会法治秩序的稳定；另一方面可以敦促当事人及时启动权利救济程序，及早解决行政纠纷，使得不确定的法律关系尽快确定，从而提高行政管理和行政效率。正如法谚所云，“法律不保护躺在权利上睡觉的人”。
行政诉讼中起诉期限制度与民事诉讼中的诉讼时效制度还是有质的区别的。很多学者都撰文阐述该问题。笔者认为，行政诉讼上的起诉期限制度的构建是围绕行政行为的公定力、确定力、不可争力创设，注重行政行为的维护；诉讼时效制度是基于原告请求权而设立，保护的是原告的合法权益。所以，对起诉期限的审查，法院依职权审查为主，被告举证为辅的审查方式，可以说解决的是原告的起诉权问题。诉讼时效问题，基于请求权对应的是抗辩权，实行不主张、不抗辩、不审查。作为民事法官审理行政案件，在该问题上一定要有一个思路转换，这样才能准确理解起诉期限制度。
对这个问题，笔者认为，主要厘清新旧司法解释中关于起诉期限的不同规定，选择适用不同的条件。《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第四十一条规定的是2年的起诉期限；《行政诉讼法司法解释》规定的是1年的起诉期限。问题是，新旧司法解释对于同一起诉期限作出了不同的规定，应当如何适用？按照一般法律适用原则，是“程序从新、实体从旧”，那么起诉期限究竟是程序问题还是实体问题？笔者查了相关的理论，有人主张是程序问题，有人主张是实体问题，对这个问题现在尚无充足的理论支撑各自的观点。对于涉及新旧衔接的如何计算起诉期限问题，笔者认为，2018年2月8日之前作出的行政行为，原则上适用2年能保护则予以保护，不能保护也就无须适用1年。当然，适用1年能保护，直接适用1年予以保护。适用上，一则要实现监督行政机关依法行政的目的，二则要从有利于保护当事人诉权的角度考虑。
涉及最长起诉期限问题。最长起诉期限分为两种情况：（1）一般行政行为提起行政诉讼的最长期限是5年；（2）涉及不动产的行政行为提起行政诉讼的最长期限是20年。实践中，经常遇到的还是涉及土地建设规划许可、工程建设规划许可以及相邻权引起的规划许可等，都与不动产有关，在起诉期限的适用上，一般都会主张应当适用因不动产提起的诉讼案件，最长20年起诉期限。但需要注意的是，因不动产相关的规划许可、建设许可类属于行政许可调整的范围，是行政规划许可范围内的具体行政行为，不属于对不动产的直接处分行为，因此，涉及不动产的规划许可不属于“因不动产提起诉讼的案件”。
其次，要正确适用最长起诉期限与“知道或者应当知道”的适用情形。例如，被诉的行政行为是2012年作出的建设规划许可行为，原告于2018年提起行政诉讼，请求撤销或者确认被诉的规划许可行为，显然已经超过了最长5年的起诉期限，但是原告主张，其知道或者应当知道被诉的规划许可行为是在2018年，知道之后就立即提起行政诉讼，并未超过1年或者6个月的起诉期限，应当适用1年的起诉期限而不应适用最长起诉期限。对该争议，实质涉及的就是最长起诉期限与“知道或者应当知道”情形如何选择适用的问题。一般情况下，笔者认为，如果起诉时经审查，已经超过最长起诉期限，则不再审查其是否“知道或应当知道”。
对此法律有明确规定，扣除的事由应当是客观原因，也就是原告自身不能决定的事项，如限制人身自由、地震、泥石流等不可抗力。遇到超过起诉期限的问题，这个期间是应当予以扣除的，不计算在起诉期限内。
对起诉期限的扣除，实践中遇到的有两种情形：
1.对信访期间耽误的期限，是否属于法定扣除的事项，现在通过最高人民法院的判例已经明确。
结论是信访期间耽误的期限不属于法定扣除的事项。
2.涉及民事与行政交叉案件，在提起民事诉讼后才知道被诉行政行为的，则起诉期限的计算就要具体分析审查：看是否只有把民事诉讼结束才能提起行政诉讼，这种情况下，民事诉讼期限属于应当扣除的期限；如果在民事诉讼中知道了行政行为，民事诉讼也不影响原告提起行政诉讼，则起诉期限的计算不扣除民事诉讼的诉讼期限，应当从知道或者应当知道被诉行政行为之时计算。