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以“清君侧”为借口的“靖难之役”爆发后，朱棣和朱允炆的军队先是在北方厮杀，双方互有胜负，但总体上，还是朱棣的部队占据优势，朱棣自身卓越的军事才能、以及灵活机动的作战策略，使得朝廷军队节节败退，但是朱棣也意识到，从军队数量和后勤粮草补给的情况看，长期在北方作战只会让自己的优势逐渐丧失，于是，朱棣和部下商议之后决定改换进攻策略，主动攻击朝廷军队防御薄弱的地方，朱棣率领自己的燕军绕过了朝廷军队防守严密的山东等省份，从防守松弛的地方进行突破，一路南下，军队势如破竹，最终，朱棣率领大军抵达南京城下，朱元璋打败元朝军队和其他各路起义军之后，定都南京作为大明当时的政治中心，南京城墙高大且十分坚固，都城防守各种设施都十分完备，有十三座高大坚固的城门，易守难攻，然而，由于朱允炆的朝廷此时内部斗争剧烈，矛盾重重，而朱允炆也没有调节各方矛盾的能力，最终使得此时的南京城陷入了岌岌可危的境地。
朱棣的燕军兵临城下，眼看朱棣即将攻城，此时的朱允炆仍然心存侥幸，试图通过和自己这位实力非常强大的叔叔进行谈判来化解这场危机，他派朱棣的姐姐庆成郡主前往燕军大营，向朱棣提出朝廷和朱棣割地分而治之的方案，希望能够用这一条件来换取和平，但朱棣此时非常明白自己的处境，箭在弦上，不得不发，自己手下的将士们一个个摩拳擦掌，战斗士气正旺，况且只有自己夺取皇位，坐上龙椅，自己的地位才能真正被巩固，因此，他拒绝了朱允炆的求和请求，下令自己的部队赶快攻城，南京城的十三座城门是双方战斗的焦点，朱棣派自己的军队对各个城门进行了严密包围，并已经展开了攻势，其中，金川门的防守是由谷王朱橞和李景隆负责，朱橞是朱元璋第十九子，李景隆则在靖难之役中多次指挥失利，被朱棣打得节节败退，面对强大攻势，朱橞和李景隆认为，朱允炆大势已去，继续防守不仅难以成功，还可能给自己带来杀身之祸，于是，二人决定背叛朱允炆主动打开这道金川门，迎接朱棣及其部队进城。
金川门缓缓打开，大军迅速涌入南京城，城内的守军原本就已经厌倦了战争，面对汹汹而至的燕军，很快陷入混乱，纷纷缴械投降，而此时，皇宫内也陷入了一片恐慌，朱允炆看着城中的燕军，知道自己大势已去，再也无力回天，但是，他还是不能把朝廷完整地交给自己的叔叔，于是下令焚毁皇宫，并试图自焚以保全尊严，皇宫内，火势蔓延迅速，朱棣入城后，马上派人控制局势，并寻找自己的侄儿朱允炆，但是当这场大火被扑灭后，废墟中只有几具烧焦了的尸体，无法确认哪一具是朱允炆，为了显示自己的合法性，他对外宣称已经知道了朱允炆的尸体，并用天子之礼安葬了这位皇帝，但是朱允炆的真实下落至今成谜，而攻破金川门，是靖难之役中朱棣取得的关键性胜利。
最终，南京城破，朱允炆失踪，朱棣安稳地坐上了自己父亲曾经坐过的龙床，由此，永乐时代开始，后来，朱棣在臣子的建议下迁都北平，而南京，在以后的历史中也很少作为中央政权的都城所在，政治中心北移的趋势由此开始。