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主症是疾病基本病理变化的外在表现。杨华强调主症均有其相对病机归属，抓主症即抓疾病的主要病机脉症。如脾胃病中的“痞满”辨证论治，“心下痞、呕而下利”便是主症，其病机归属是中焦寒热错杂，少阳郁热内迫阳明，胃肠升降功能失职，下利为黏液便。若见此表现，可处以辛开苦降，寒温并用的半夏泻心汤。但主症相同，病机并非惟一，同是“心下痞”，当病机为脾虚兼表证，则用桂枝人参汤治疗；若为热结在里，则用大柴胡汤；小柴胡汤证的辨证，当抓住三个方面的主症，一是“口苦”，反映少阳胆火上炎；二是往来寒热，表现在太阳主症可见恶寒，表现在阳明主症可见恶热，少阳介于太阳和阳明之间，时而恶寒（邪欲从太阳出表），时而恶热（邪欲从阳明入里）；三是胸胁苦满，因邪犯少阳，少阳经气不畅，或肝胆郁结，疏泄失司所致。
临床多数情况会有很多不典型和变异症状的患者，最后取得临床疗效的仍然是通过使用张仲景经文中的经典方药。杨华强调对主症和病机细化，采用化简归类的方法找到病机。如：什么时候用柴胡桂枝汤？凡是肩背不舒都可用，因为肩是少阳，背是太阳，所以肩背酸痛，肩周炎痛包括颈椎病出现酸痛用柴胡桂枝汤效果甚好，这就是太少合病。方证本义就含有病机。
体质的确定是中医临床遣方用药的重要依据。体质的辨识是通过望、闻、问、切四诊综合，并应注意患者体型、体貌方面的特征，才能做到因人制宜。体质望诊关键是特征，即体型、体貌的特征。以与脾胃相关的体质为例，干姜体质，此类型的体质通常代表脾胃虚寒，症状表现为喜饮热水，胃脘局部喜温熨，进食生冷食物则脾胃纳运不佳，出现呕吐、腹泻；舌象也与干姜体质相符，如舌质常见淡，舌体偏胖，甚至有齿痕，舌体苔色白而厚，通常这种舌象称为“干姜舌”。附子体质，是一种比干姜体质身体功能更进一步减退的体质，也就是说该类体质的人脾阳或脾肾之阳更加虚衰，因阳气不振，附子体质之人常见畏寒肢冷，困倦懒言，精神疲倦，脉象微细无力。
体质常反映一个人在某一段时间的身体功能状态，疾病通常是某种病因导致机体阴阳平衡、气机升降出入或脏腑气化在短时间内的平衡稳定状态被打破，从而导致的病情变化。由此可见，体质是一种相对稳定的身体状况，且不一定是病态，而疾病则必然是病理的状态。根据体质与疾病的不同特点，当需要调理体质时就可根据其比较稳定的特点，使用同一个方剂长期服用；当疾病骤起或病情急骤恶化时，可暂不考虑体质，取急则治其标的急救方药。如元气大亏，阳气暴脱见四肢厥冷、冷汗淋漓、呼吸微弱、脉微欲绝，用参附汤。美国宣布启动“精准医学”计划，该计划是通过分析人群的基因信息、环境因素和生活方式，了解疾病形成机制，进而为开发相应药物、实现“精准治病”铺平道路。中国式的“精准医学”，也是以个体化医疗为基础，即中医的天人合一、一体一病一证的辨证施治。
张仲景强调未病先防，既病防变，瘥后防复，并提出了随证治之的治疗原则。《伤寒杂病论》治疗疾病的治则，后世概括为汗、下、吐、和、温、清、消、补八法。八法中的汗、下、吐、清、消为攻法，温、补为补法，和法为数法合用之法。在具体运用上，或扶正，或祛邪，或两者兼用，关键在合理选择，认清病机。
1.扶正法 《伤寒杂病论》中对热病用补法，包括温补与滋补两法，如温补法用理中汤类、滋补法用炙甘草汤等。对杂病用补法，包括补脾益肾，如建中汤、肾气丸等。
2.祛邪法 八法中祛邪以汗、吐、下三法为主，仲景治病既重补虚以扶正，又重祛邪以护正，邪气不去，势必损伤正气。在正气不虚的情况下，抓住战机，因势利导，汗之于外、吐之于上、泻之于下，一鼓作气，驱邪外出，邪去正安。
3.扶正与祛邪并用 用于外感热病的目的是扶正祛邪，用于内伤杂病在于调补脏腑，根据虚实的多少轻重，或以补虚为主，或以祛邪为主，或攻补并重。
《黄帝内经》为中医治则奠定了理论基础，提出了治病求本、调整阴阳、标本缓急、扶正祛邪、三因制宜、治未病等治则。经方辨证强调方证相应，证以方名，方以证立，方随证转，有是证则用是方，无是证则去是方。患者服药后病情好转，证候和病机未变者，此情况下理当“效不更方”。倘若服药后见效，且患者证候和病机已变，此时则需“效必更方”。需要注意的是“效不更方”的同时也要“中病即止”，能够坚持这样做，方可称为“明医”和“仁医”。
1.抓住证候特征 抓住仲景所描述的证候特征（主症），实行方证对应，特征证候集中地反映了疾病的病因病机而形成特定“证”：临床上方证相对，即用原方，《伤寒杂病论》的方就是辨方证，也是历代医家运用经方的原则。古圣经过长期实践创制的经方，临床只要方证相对，用原方常能取得神效，历代医家无数临床案例可为证。
2.病证合参 将西医诊断的病或中医所称的病证与仲景书中之“证”结合起来，进行对照研究，揭示其内在联系以遣选经方。“方证要素对应”是《伤寒杂病论》的组方原则。
方证由两个部分构成，一个是疾病表现的主症，另一个是体质。体质和证不是截然分开的，往往融合在一起。国医大师王琦建立《中医体质分类与判定标准》，将体质分为平和质、气虚质、阴虚质、阳虚质、气郁质、血瘀质、痰湿质、湿热质、特禀质九个基本类型。
体质分型标准基本上是以中医证候分型为基础的，形成了中医对疾病的“一体一病一证”三维防治思路。
3.参验名家医案 参阅并验证古今注重实践、讲求实效的临床名家运用经方的有效病案，对提高治疗水平大有裨益。运用经方治病的关键是组方在经方的基础上，灵活应变，而不是刻舟求剑，墨守成规，只有从经方配伍用药中寻找、发掘与提炼组方用药的基本原则，以方测证，从师从法，才能正确运用经方，合理配伍用药，达到最佳的临床疗效。
《伤寒杂病论》的治疗思想追求的是人体阴阳平和。药量的比例尤为重要。药量方面，首先要清楚经方的原有药量，据考证汉代的一两相当于现代的15.625 g，一斤相当于250 g，半夏一升相当于130 g，一斗相当于10 L，一升相当于200 mL，一升等于十合。
如麻黄汤方：麻黄三两（约45 g），去节，桂枝二两（约30 g），去皮，甘草一两（约15 g），炙，杏仁七十个（约28 g），去皮尖。上四味，以水九升（约1800 mL），先煮麻黄减二升（约400 mL），去上沫，纳诸药，煮取二升半（约500 mL），去渣，温服八合（约160 mL），覆取微似汗。余如桂枝汤法将息。
同一种药由于剂量不同，作用不同，存在着量效关系，在辨证、选方正确的前提下，制约疗效最主要的因素便是药量。恰到好处定药量是衡量一位医生临床水平高低的重要尺度。处理好经方中的“量效关系”和“量比关系”，必须掌握经方中的药量、药物间的配伍及比例用量、加工炮制、煎服法及适应证，同时根据病情轻重、病性虚实、病势缓急、病位表里以及体质等具体情况，灵活地调整用药剂量与剂型、服药频次等。
如厚朴主要用于脾胃气滞证和肺气壅逆型喘咳。厚朴的用法用量是体现张仲景经方量效关系的代表，厚朴的量不同，其效则侧重不同。当厚朴的用量达到八两（折算为现代用量40 g）可以消除腹胀满症状，不论偏虚、偏实都可以配伍应用，偏虚见于厚朴干姜半夏甘草人参汤，偏实见于大承气汤；当厚朴的用量为五两（折算为现代用量25 g）可以消除胸满症状，类似配伍见于厚朴麻黄汤；当厚朴的用量为四两（折算为现代用量20 g）可以消除胸中气结胀满，类似配伍见于栀子厚朴汤；当厚朴的用量为三两（折算为现代用量15 g）可以降气化痰，类似配伍见于半夏厚朴汤；当厚朴的用量为二两（折算为现代用量10 g）可以降肺气而平喘或降气通便，如桂枝加厚朴杏仁汤与小承气汤。