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1.政治、经济和文化
三国魏晋南北朝时期，饱受战乱蹂躏的北方人民纷纷南迁，部分蛰居浙江一隅，增加了浙江地区的劳动力，也带来了北方先进的生产技术和文化知识，为当地进一步开发提供了良机，促进了当地的社会、经济、文化等诸多方面的发展。科技文化的腾飞一度可与北方发达地区相媲美，浙江进入了一个承前启后、继往开来的跃进阶段。此时期，浙江境内的3个郡被划分为18个县，地处江左的钱唐县［初于秦始皇二十五年（前222）在吴、越旧地设立］发展更快，成为钱塘江下游的重要县城。南朝时期改临江郡为钱唐郡（唐代为避国号讳，改“钱唐”为“钱塘”）。钱塘一带在手工业和造船业方面取得了傲人的成绩。南朝刘宋文帝说：“天下五绝而皆出钱唐。”五绝即杜道鞠弹棋、范悦诗、褚欣远模书、褚胤围棋、徐道度疗疾。医药卫生的嬗递亦是如此，浙江籍医药学人才辈出，医药事业成绩斐然，民间医药卫生习俗初步形成。在此时期，浙江籍医药学家在正史中所占的比例居全国前列，出现了在全国都极有影响力的姚氏、徐氏等医学世家，开创了医学世家传授医术的先河，对后世影响深远。同时，重要的医药学著作也多出自浙江籍或寓居浙江的医药学家手中，而且传统的医药学与文学、金石书画等开始结缘，出现了诸如嵇康、王羲之、谢灵运等兼涉文学书画与中医药养生的大家，极大地丰富了浙江文化的内涵。
2.医药卫生行政管理机构
魏晋南北朝时期，为医药卫生行政管理机构的草创时期。据现有资料考证，西汉以前杭州无完整意义上的医政机构，医药管理尚受民间习俗的制约，随意性很大。三国魏晋南北朝时期，朝代更替频繁，大部分医疗制度仍基本沿袭秦汉，均由太医令来统一管理，其下根据职责设有药典御、尚药监等。这一时期，浙江医药学发展别开生面、人才辈出。西晋时期，我国最早、最高医药卫生行政机构，兼医疗的综合管理机构“太医署”问世。北魏时，地方医院才诞生于国土，其影响扩大到了杭州，但浙江在医政机构上的建树仍旧不大。如491年，湖州水灾泛滥，肖子良开仓救济贫病交加之辈，他在湖州府第北面建成了我国第一家私立慈善医院，对贫病者布施医药，或可称养济院的肇端；504年，衢州建立药师寺。除此之外我们未再觅到有关史料，此阶段在整个浙江中医药发展历程上仍处于草创时期。
3.对外的医药交流
魏晋南北朝时期，由于长期战乱以及饥荒、疾疫危害着人民的生命，促使全国性的中医发展到达了高潮，加之吸收了少数民族的医药学，如《杂戎狄方》（宋武帝刘裕所作）、《西域名医所集要方》等，从而把中医中药学推进到了一个新的发展阶段。同时，有的中医书如《针灸甲乙经》《脉经》传到朝鲜、日本，在国际医学交流中起到了重要作用，由于整个中医学日渐发达，医学发展十分显著，分科也逐渐细化，中医外科医术已成为当时医学园地中的一朵奇葩。这一时期保留下来的少数医书及亡佚的医书，如葛洪的《金匮药方》100卷、《肘后备急方》8卷、姚僧垣的《集验方》12卷等中医名著，在浙江外科中医史上具有特殊地位。
4.宗教与中医药学
佛、道两教为浙江的医药学发展做出了重大贡献。如第一宗派的创始人智颤借医弘佛，在浙江天台山创立的天台宗被认作中国首家派系，普陀山（观音菩萨道场）也成为全国四大佛教圣地之一。又如炼丹道家魏伯阳著《周易参同契》，药学家葛洪、陶弘景在浙江许多地方炼制丹药。寺院医药和炼丹术在浙江吐蕊结果，香飘大江南北。本时期也是中国道教发展的兴盛时期，浙江受北方文化重心南移的影响，成为道教活动传播的重要地区之一。这一时期的浙江医学发展有着极其重要的特点——道医结合，其主要代表人物包括晋代的葛洪、白云先生，南北朝时期的陶弘景、齐国人胡圣等。浙江医家辈出，既有医学世家，又有达官贵胄，既有文豪及艺术大师，又有宗教领袖人物，共同推动浙江医药学向前迈进。
因此，我们可以肯定地说，这一时期浙江医药卫生的发展在那个时代居于举足轻重地位，对祖国医药卫生的迈进做出了重大贡献。
三国魏晋南北朝时期虽然历时不长，但浙江地区的医学活动已然蓬勃发展，有欣欣向荣之势，浙江医学在中国医学史上的影响开始扩大。
浙江最早有史记载的外科医生当推上虞人孙溪叟。孙溪叟，又一作溪奴，南北朝时上虞人。初为人家奴，及长，多谙方术。南朝宋文帝元嘉初年（424）逃入建安，为治中（州刺史的佐史），后行医民间，擅疗宿疾，治头风如神。光绪《上虞县志校续·方伎》曰其：“治人头风，流血滂沱，嘘之便断，疮又即敛。虎伤蛇噬，烦毒垂死，禁护皆差。”孙氏对外科疮疡，有特异疗法，凡疮疡流血不止者，应手即止，疮疡也敛口而愈。其治疾兼授养生、延寿之法。宋文帝元嘉十二年（435），值孙氏游长山（今浙江省金华市），为家主人所获。旋又叛逃，出游外地。孙氏被认为是浙江有关外科医疗活动的先期人物，是浙江最早的外科医生之一。
三国魏晋南北朝姚僧垣汇编浙江最早的外科专著。姚僧垣（499—583），南北朝时期北周医家，字法卫，吴兴武康（今德清县武康镇）人。姚氏精通医理，诊病无数，经验丰富，蜚声于世，父姚菩提，为梁高平令，通医理，受梁武帝所重用。魏晋南北朝时期，国家长期分裂对峙，政权更替频繁，战乱不息，社会动荡不安。在这样的特定社会历史背景下，出现了一位对隋唐中医发展影响很大的医学家——姚僧垣。姚僧垣出身于仕宦之家，又是以医术获封爵位的人，一生经历了齐、梁、北周、隋4个朝代，9位皇帝，在梁、北周、隋三朝先后担任22个官职。他62岁被授小畿伯下大夫，71岁授遂伯中大夫，82岁封长寿县公，84岁进爵北绛郡公。除了两度封伯、封公爵外，他还有许多显赫的头衔：戎昭将军、车骑将军、骠骑将军、仪同三司、华州刺史等，死后还追赠荆、湖二州刺史，其中的湖州就是他的故乡吴兴，而实际上他从未到任过，这些头衔都是靠其精湛的医术获得。其一生治验不可胜记，声誉远闻，达诸蕃外域。姚氏总结当时外科证治经验，著有《集验方》12卷，亦称《姚大夫集验方》或《姚公集验》，这是浙江最早的一部外科专著，惜已亡佚，部分佚文尚存于《外台秘要》《医心方》等书。《集验方》记载了当时对痈疽的独特治疗方法，如指出对痈的治疗要切开排脓，切口应在痈疽的下方，并要注意引流；对石痈（骨肉瘤）与瘰疬、痈和瘤的鉴别诊断也颇有独到见解，认为“发痈坚如石，走皮中无根，瘰疬也……发痈至坚而有根者，名为石痈”，“发肿以渐知，长引日月，亦不大热，时时牵痛，瘤也，非痈……发肿都软，血瘤也”。《北周书》称誉姚氏说：“僧垣医术精妙，为当时所推，前后效验，不可胜记。声誉极盛，远闻边服。至于诸番外域，咸请记之。”可见姚氏当时名声之广播，影响之深远。
东晋大医家葛洪，创制多种外科急症的外治法，著有《肘后备急方》，专治刀斧等铁器所伤，其对中医外科的贡献很大。葛洪的《肘后备急方》创制了多种外科急症的外治法，以收录大量外用膏药为特点，如续断膏、丹参膏、雄黄膏、五毒神膏等，其具体制用方法叙述较为翔实。在急救医术方面，葛洪对虫兽伤和创伤止血等亦有许多行之有效的方法，对开放性创伤口的早期处理及止血方法，防止伤口感染等已积累了一定的经验。此外，葛洪还创造了肠吻合术和兔唇修复术，亦有其关于灌肠、针刺减腹水等急救医疗技术的记载。在《肘后备急方》中，还总结了许多有科学价值的治疗外科的经验，如用海藻治瘿疾、用大蒜雄黄治毒虫咬伤、用狂犬脑髓敷治狂犬咬伤处，这是古代免疫思想的萌芽。此外，《肘后备急方》中记载了大量关于患者护理方面的知识，如注重饮食护理及情志护理对患者恢复的帮助，唐代《外台秘要》卷二十九“金疮禁忌序”中引葛洪《肘后备急方》，在治疗创伤大出血的护理时指出，“凡金疮去血，其人若渴，然每忍之，常勿干食并肥脂之物以止渴，慎勿咸食。若多饮粥辈，则血溢出，杀人，不可救也”，并指出这时的患者“又忌嗔怒大言笑，思想阴阳，行动作劳。勿多食酸咸，饮食酒、热羹腥辈，皆使疮痛肿发，甚者即死”。他认为外伤大出血者，应禁食酒及刺激性食物，避免活动和情绪波动。可见葛洪已注意到了患者的饮食禁忌及喜、怒、哀、乐等情绪对病情恢复的影响，这种饮食及精神疗法至今仍在沿用。此外葛洪又指出“凡金疮，伤天囟、眉角、脑户、臂里跳脉（肱动脉）、髀内阴股（股动脉）、两乳上下、心、鸠尾、小肠及五脏之腑输，此皆是死处，不可疗也”。这类重伤对西医学来说也是严重的战伤，治疗难度极大。《肘后备急方》等外科病症的外治内容充分反映了魏晋南北朝时期外科治疗的突出贡献。
东阳太守范汪，善医术，常恩恤百姓，撰写《范汪方》170余卷，在外科方面很有专长，对患者不问贵贱，一律治疗。如治疗乳痈，《范汪方》用大黄敷贴法，大黄，和生鸡子，敷肿上；治疗阴痒等下部疾病，《范汪方》采用阴道塞药疗法，补充前人之缺，迄今临床仍有应用；《范汪方》治大孔中痒方，取女萎治下筛，棉絮裹著大道中，痒绝乃出药；《范汪方》治妇人阴疮，用地榆、甘草，洗之；《范汪方》还记载了灌肠术，如“单用豉清、酱清、羊酪、土瓜根汁，并单灌之，立出”，治疗猝大便闭塞不通，用“猪胆一枚，内下部中”。《范汪方》用仓公散，“药用特生矾石、皂荚、雄黄、藜芦，上四味等分，主疗猝鬼击、鬼排、鬼刺心腹痛，下血便死，不知人，及卧魇，啮脚踵不觉者。诸恶毒气病，取前散如大豆许，以管吹入鼻中，得嚏则气通，便活；若未嚏，复更吹之，得嚏为度”（《外台秘要》卷二十八引《肘后备急方》），这是在急救过程中配合运用了外治法，直至今日，仍对临床实践有一定的指导作用。
此外，零星记载中也有外科医案，如南朝齐代东阳人徐嗣医术高明，有一位老妇全身疼痛难熬，患钉疽，徐嗣请她服下汤药，老妇疼痛更加厉害，不一会“黯处皆拔出，长寸许”，徐氏用药膏涂在疮口上，三日后康复。同一时期，浙江还出现了在中国医药学发展史上占有重要地位的两位医学世家，即武康姚氏和东海徐氏，其均在外科领域有所建树。
魏晋南北朝是中国历史上最纷乱的时期之一，由于战乱，阶级矛盾、民族矛盾以及统治阶级内部矛盾都十分尖锐，生产力的发展相对缓慢，在医学成就上，由于魏晋南北朝时国家长时间处于战乱和分裂状态，阻碍了区域间的医学交流，使得医家们在经验的积累和学术思想的总结上存在一定的局限性，而统治阶级忙于争权夺利，一般无暇顾及医药卫生事业的发展，所以这一时期出现的医著，大多是依靠个人力量完成的，也是带有一定区域局限性的个体经验总结。本时期为医药卫生行政管理机构的草创时期，浙江最早的外科医疗活动也出现于本时期，开创了外科医学的先河，因此，三国魏晋南北朝时期为医药卫生事业的发展奠定了基础。
隋唐五代自6世纪末至10世纪中，有着将近400年的历史。隋初，隋文帝重视社会安定，着力减轻劳动人民负担，其后隋炀帝开凿运河，对经济文化的发展有着较大的促进作用。隋朝虽然只有几十年的历史，但它结束了东汉末年以来300多年的混乱。唐初至安史之乱发生前的130多年间，政治较为清明，社会相对安定，经济文化达到了历史上的空前繁荣，是唐王朝的鼎盛时期。政治、经济的稳定繁荣与内外交通之发达，给医药学的发展提供了良好的基础和条件。
1.政治、经济和文化
隋于589年统一全国后，浙江政区划分始以州县制取代郡县制，隋唐是浙江古代政区史上“州”的大发展时期，而浙江境内“府”的设置始于五代吴越国。隋开皇九年（589）平陈后，隋代废除钱唐郡，设置杭州，钱唐成了杭州的属县。591年，州县移治柳浦西（今杭州城东南的贴沙河），杭州摆脱其山中小县的地位而跃居为大都市。隋大业六年（610），大运河贯穿南北，江南运河则是大运河的最南段，杭州与全国各地更紧密地连在一起，极大地促进了我国南北的经济、文化交流。隋末战乱很少殃及浙江，加之隋朝统治者对当地豪强士族强有力的打击、京杭运河的贯通、海上贸易的发展、农田水利的兴建等社会红海，致使此时期浙江经济突飞猛进、人口迅速增长。杭州的繁华起始于唐朝，在晚唐时已成为“咽喉吴越，势雄江海”的东南名郡。五代十国时期，军阀割据，战火纷飞，统治浙江的吴越国采取了保境安民的政策，使农业、手工业、商业、环境治理、城市建设、科教文化诸方面有了长足的进步，逐渐超过了北方。从此，浙江的科技文化发展经久不衰，医药卫生的发展亦步亦趋。
2.医药卫生行政管理机构
隋太医署首创了医学分科教育，分医师、按摩、禁咒、药学4科，唐代则将药学分出，进行独立教育，新增“针科”，分医师、按摩、禁咒、针科。临床医学专科化发展日趋成熟。隋朝建立了中国历史上最早的医学教育“太医署”，这也是世界文明史上最早见于记载的规模宏大的官办医学教育机构。唐朝浙江医官、医学生的设置，开启了设官建制管理浙江医药行业的先河。唐贞观三年（629），各府州县设置医药博士。同年，衢州置州医学，设博士、助教各1人，管理医药及教学。唐开元元年（713）改医药博士为医学博士，主要负责用百药医治民疾，并需执刀除病；医学助教执掌本草验方的收集、撰写；医学生从事偏远贫困地区的巡诊医疗。当时越州属中都督府，故设医药（学）博士1人、医学助教1人、医学生12人。随后，浙江部分府州县设立医学机构，如台州、浦江、龙游等地。唐朝浙江医官、医生的设置，对浙江医学的发展意义重大。这一时期，浙江地区出现了一些著名的医家，也出现了专科学术流派的萌芽。
3.对外的医药交流
中医学是东亚古代医学的主要来源之一。隋唐时期，我国医药学的发展较为迅速，因而处于世界的中心地位，中国医书、医术传到日本、朝鲜等国，对各国医药文化影响颇深，各国的医药著作中，无不渗透着中医药学的精髓。
三国魏晋南北朝，是我国与外国医药交流的正式开始阶段。隋唐时期就有了每次随同日本使节来华的、定期在华学习的“留学僧”和短期访问的“请学僧”，他们中的许多人在浙江宁波、天台等地修禅，是为后来日本天台宗渊薮。高丽（朝鲜半岛古代国家之一）也向杭州输入人参等药材。五代十国时期，日本源顺著《和名类聚抄》、丹波康赖著《医心方》时均引用了宁波陈藏器的《本草拾遗》一书中的资料，大大丰富了日本的汉方医学。同时，我国也对外来的医药学知识兼收并蓄，将其渗透融合到我国固有的医学体系中，这对发展和丰富中国医药学，保障人民健康，有着十分明显的积极作用。
4.佛道教的发展
唐代在州一级设置官医，县级不设，某些寺院的僧人熟谙医药，这些寺院就成为周边民众求诊之处。有人为了便于医疗，索性迁居寺院旁。同时，巡游的僧人更能为官医鲜有涉足的偏远地区提供医疗救助。而岭南、四川、云贵及江南部分地区盛行巫医，这给僧人提供了在巫医之外医疗的机会，客观上极大地推动了佛教医药学的发展。浙江古代中医药学人才辈出，不乏兼精佛理者，僧侣行医济贫者亦群星璀璨。
牧牛和尚，唐代武义人，邑之西普宁寺僧，严戒行，通经律，尤善医术，富者授以方，贫者济以药，不望报答。在中国传统文化与中医学的关系中，道教与中医学的关系较为密切，特别是道教与中医理论和养生学、道教炼丹术与中药学内容之间的关系最为显著，文献记载内容每多交融，学者论述众多。隋唐时期，道教最盛，浙江道教庙观林立，道家兼精医理者大有人在。在用炉鼎烧炼铅、汞等矿石或掺和草木药以制“长生不老”丹药的同时，源于行气、导引、胎息等养生术的道教内丹术也开始在唐代兴起。
四明陈藏器《本草拾遗》被李时珍赞誉为“博极群书，精核物类，订绳谬误，搜罗幽隐，自《本草》以来，一人而已”。该书非常重视外治，首载鸭跖草、温泉水、轻粉等药物，并指出鸭跖草主“疔肿”“小儿丹毒……蛇犬咬，痈疽等毒”，硫黄“主诸疮病，水亦宜然，水有硫黄臭，故应愈诸风冷为上”，轻粉有“杀疮疥癣虫及鼻上酒渣，风疮瘙痒”的效用。他还发现“草蒿烧为灰，淋取汁，和石灰，去息肉”，将无机碱用于息肉治疗。唐代内外交流频繁，外来药物通过各种渠道大量涌入中土，充实了外科选药。陈藏器十分关注这些奇方异药的特性，进行了较为详细的记录，如陈藏器记载从印度吐火罗国等传来的异药“质汗”含有柽、木蜜、松脂、甘草、地黄和“热血”等成分，据陈藏器介绍，质汗药调入酒中，主治“金疮伤折，瘀血内损，补筋肉，消恶血，下血气，妇人产后诸血结，腹痛内冷不下食。并以酒消服之，亦敷病处”。
隋唐五代十国时期，出现了丰富的外科内服、外用药，对浙派中医外科方药的蓬勃发展具有重要的启迪价值，其中，当属日华子对于外科用药性味论述极详。日华子，姓大名明，宁波人，是隋唐五代十国时期著名的药物学家，精通医学，洞察药性，辨极其微，收集诸家本草、近世应用药物，撰成《大明本草》，或称《日华子诸家本草》20卷，该书早佚，其内容散见于《证类本草》等书之中。《日华子诸家本草》汇聚了诸多外科用药，如苦楝皮“治游风热毒，风疹恶疮疥癞”，黄芩“疗疮，排脓，治乳痈，发背”，丹参“排脓止痛，生肌长肉”、疗“恶疮疥癣，瘿赘肿毒，丹毒”，羊蹄根“治癣，杀一切虫，肿毒，醋摩贴”，蛇床子“去阴汗、湿癣、齿痛、赤白带下……煎汤浴大风身痒”等。
隋唐五代十国时期，浙江中医药学兼精佛理者人才辈出，僧侣行医济贫者亦群星璀璨。湖州道场山僧以集珍膏治恶疮颇有名气，后有皈云僧、山僧精通医学，尤精外科，医技远近闻名，求治者日无暇晷。
此外，零星有外科医事记载，如北周，“越州（今绍兴）兵曹柳崇，忽疡生于头，呻吟不可忍，于是召术士夜观之，云：‘有一妇女绿裙，问之不应，在君窗下，急除之。’崇访窗下，止见一瓷妓女，极端正，绿瓷为饰。遂于钱臼捣碎而焚之，疮遂愈”。
隋唐时期，是中国封建社会的盛世，尤其是唐代，政治稳定，经济繁荣，科学文化、医药卫生先进，国内外海陆交通发达，对周边甚至远在欧洲的许多国家与民族产生了巨大的吸引力。浙江医药发展平缓，但总体来说，中古时期的外科技术是处于下滑阶段的。隋唐时期，医事机构十分庞大，开创了设官建制管理浙江医药行业的先河，唐代出现的丰富的外科内服、外用药，对浙派中医外科方药的蓬勃发展具有重要的启迪价值。