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伤寒研究方面，首推朱肱、柯琴。宋代朱肱撰《活人书》，全书分四部分，分论伤寒各证及杂病。卷一至卷十一，以问答形式剖析伤寒的各种相似证候的诊断及辨治；卷十二至卷十五，释伤寒论113方；卷十六至卷十八，载各家伤寒方，计126方；卷十九至卷二十一，介绍妇人、小儿伤寒病及治疗方药；卷二十二为伤寒十劝。该书从经络辨病位，脉证合参辨病性，因名识病，因病识证，辨病与辨证相结合，开“以方类证、以证论方”之先河，受到历代医家的推崇。
朱肱首倡六经即经络说，“治伤寒先须识经络，不识经络，触途冥行，不知邪气之所在，往往病在太阳，反攻少阴，证是厥阴，乃和少阳，寒邪未除，真气受毙”。首倡表里阴阳辨证，治伤寒须辨表里，表里不分，汗下差误，治伤寒须识阴阳二证。言：“阳务于上，阴务于下。阳行也速，阴行也缓，阳之体轻，阴之体重。阴家脉重，阳家脉轻。阳候多语，阴证无声。阳病则旦静，阴病则夜宁。阳虚则暮乱，阴虚则夜争。阴阳消息，证状各异。然而物极则反，寒暑之变，重阳必阴，重阴必阳。阴证似阳，阳证似阴，阴盛隔阳，似是而非，若同而异。”当时有“只知有《活人书》，而不知有长沙之书也”的说法。清代医家徐灵胎高度称赞《活人书》曰：“宋人之书，能发明《伤寒论》，使人有所执持而易晓，大有功于仲景者，《活人书》为第一。”
明代绍兴医家俞根初著《通俗伤寒论》，融古今论著，结合个人经验，创立绍派伤寒。他首尊仲景，旁参方中行、陶节庵、张景岳、吴又可诸家，深得其要，融会贯通，又别出新意而自成一家。其论治四时感证，以六经为纲，治法多与仲景相合，并结合三焦辨证；制方遣药，每从江南滨海多湿的特点出发，主张轻清宣化，即用辛温发散，也佐以淡渗。《通俗伤寒论》集其验方101首，多轻灵稳验，如玳瑁郁金汤、羚角钩藤汤等。并于察目、按腹、望舌、切脉、饮食宜忌、疾病调护等方面多有经验与见地。
清代慈溪医家柯琴著《伤寒来苏集》，该书为《伤寒论注》《伤寒论翼》《伤寒附翼》之总括。《伤寒论注》对《伤寒论》原文进行了逐条逐句的研究、校正。编法上的特点是以证为主，如麻黄汤证、桂枝汤证、白虎汤证等，各以相关条目归纳类聚。《伤寒论翼》秉“仲景之六经为百病立法，不专为伤寒一科”的思想，认为伤寒、杂病治无二理，咸归六经之节制，于上卷列论伤寒大法、六经、合病及风寒、温暑、痉湿等证，并附平脉法；下卷纲领性地论述六经分证；书末附制方大法，为《伤寒论》辅助读物之一。《伤寒附翼》结合病因、病机及脉证阐述方义及适应证，为研究《伤寒论》方剂的参考。柯琴还撰有《伤寒晰疑》，以辨阴阳，论太阳中风桂枝汤脉证八条，对太阳经伤寒提纲等逐条加以注释、评述。
此外，明代钱塘卢之颐撰《仲景伤寒论疏钞金
》，根据《内经》理论阐释《伤寒论》，详辨注家中违背《内经》或仲景原旨者。钱塘张遂辰参订《张卿子伤寒论》，推崇成无己《注解伤寒论》，并博采朱肱、许叔微、庞安时、王履、王肯堂等诸家学说，选论颇精。清代钱塘高世栻纂集张志聪所注解的《伤寒论集注》，选录前人的部分论述，并加入自己的见解。钱塘张锡驹撰《伤寒论直解》，融会《内经》理论注解《伤寒论》，帮助我们理解条文并联系临床实际。绍兴高学山撰《伤寒尚论辨似》，详解喻嘉言《尚论篇》，指出其不恰当之处；提出伤寒诊法，唯以形、症、声、色，合之浮、大、数、动、滑、沉、涩、弱、弦、微之十脉以为印证，便可得其大概。嘉兴徐彬撰《伤寒方论》，以喻嘉言《尚论篇》论证大意，分注于113方下，并发挥己见补充方解，可于其中体会辨证选方的精义。嘉兴沈明宗的《伤寒六经辨证治法》推崇方有执、喻嘉言，认为六气外感，主要是风伤卫，寒伤营，燥湿于寒伤营，春夏温热该于风伤卫；在编次方法上，突出六经主病，而将合病、并病、过经不解、瘥后劳复、误治诸变等另立篇目。嘉善沈又彭撰《伤寒论读》，对于临证识病，分辨相似证候有一定启发。海盐吴仪洛的《伤寒分经》重订喻嘉言《尚论篇》，补注“暴卒中寒”一门，并附秋燥。钱塘吕震名撰《伤寒寻源》，指出伤寒包括风、寒、湿、热等因，书中首辨风、寒、湿、温、热之源流及六经辨证诸法，次辨别各证疑似之处，后述制方精义。绍兴章虚谷撰《伤寒论本旨》，以风伤卫、寒伤营、风寒两伤营卫为提纲，阐述各种病证。近代嵊县王邈达撰《汉方简义》，将113方按《尚论篇》编次依次阐释，释病部分本于《伤寒尚论辨似》，释方部分宗于《本经疏注》，书末附汉末补遗三方。黄岩周子叙译《皇汉医学》，以新知发挥古义，可谓中日医学交流之典范。兰溪邵餐芝撰《素轩医语》，诠释《伤寒论》，学贯中西，文辞通达。
叶天士的《外感温热篇》首创卫气营血辨证，成为后世诊治温病的准绳。薛生白的《湿热病篇》对湿热病证的发挥，充实了温病学说的内容。吴鞠通在其《温病条辨》中提出三焦辨证。王孟英《温热经纬》集温病之大成，完善了内科热病学术体系。浙派中医在温病学方面，以清代王孟英、雷丰的成就最为卓著。
杭州王孟英撰《温热经纬》，集诸家温病之说，条分缕析，丰富全面。王孟英从新感、伏邪角度阐发温病病因病机。认为阴精不足是病邪伏藏的内因，并从舌象的变化审视邪伏的深浅、治疗的依据、病邪的转归，并以此与新感温病作鉴别，《温热经纬》言：“若伏气温病，自里出表，乃先从血分而后达于气分……故起病之初，往往舌润而无苔垢，但察其脉，软而或弦，或微数，口未渴而心烦恶热，即宜投以清解营阴之药，迨邪从气分而化，苔始渐布，然后再清其气分可也。伏邪重者，初起即舌绛咽干，甚有肢冷脉伏之假象，亟宜大清阴分伏邪，继必厚腻黄浊之苔渐生，此伏邪与新邪先后不同处。更有邪伏深沉，不能一齐外出者，虽治之得法，而苔退舌淡之后，逾一二日舌复干绛，苔复黄燥，正如抽蕉剥茧，层出不穷，不比外感温邪，由卫及气、自营而血也……秋月伏暑证，轻浅者邪伏膜原，深沉者亦多如此。”
王孟英按顺传、逆传诠释温病传变规律，《温热经纬》言：“盖温邪始从上受，病在卫分，得从外解，则不传矣……不从外解，必致里结，是由上焦气分以及中下二焦者为顺传。唯包络上居膻中，邪不外解，又不下行，易于袭入，是以内陷营分者，为逆传也。然则温病之顺传，天士虽未点出……而细绎其议论，则以邪从气分下行为顺，邪入营分内陷为逆也……苟无其顺，何以为逆？”指明了顺传、逆传的机制，并据此判断预后，言：“肺胃大肠，一气相通，温热究三焦，以此一脏二腑为最要。肺开窍于鼻，吸入之邪，先犯于肺，肺经不解，则传于胃，谓之顺传。不但脏病传腑为顺，而自上及中，顺流而下，其顺也有不待言者，故温热以大便不闭者易治，为邪有出路也……若不下传于胃，而内陷于心包络，不但以脏传脏，其邪由气分入营，更进一层矣，故曰逆传也。”
王孟英认为暑多兼湿，但暑不必兼湿。他指出：“暑令湿盛，必多兼感，故曰夹……非谓暑中必有湿也。”他还认为，并非湿热相合而为暑。他针对李东垣清暑益气汤“虽有清暑之名而无清暑之实”的论述，对不兼湿之暑邪，治以王氏清暑益气汤，“每治此等证，辄用西洋参、石斛、麦冬、黄连、竹叶、荷秆、知母、甘草、粳米、西瓜翠衣等，以清暑热而益元气，无不应手取效也”。
王孟英论治温热病重视顾护阴液，他认为：“实其阴以补其不足，此一句实治温热之吃紧大纲。盖热病未有不耗阴者，其耗之未尽则生，尽则阳无留恋，必脱而死也。真能体味斯言，思过半也。耗之未尽者，尚有一线之生机可望，若耗尽而阴竭，如旱苗之根已枯矣。”王孟英在临证中，每遇温邪耗伤肺阴者，起手便用沙参、芦根等甘寒药滋养肺阴，清热生津。遇真阴素亏者，则善用大剂养阴之品，如石斛、鳖甲、肉苁蓉等。其余如天冬、麦冬、生地黄、熟地黄，亦是他常用的养阴药物，梨、藕、甘蔗等价廉易得之果品，更常被采用。
衢州雷丰著《时病论》，详论70余种时令外感病的诊治，并附个人验案，切合临床实际。雷丰对伏气温病多有发挥，他极力推崇伏气学说，在《时病论》中将《素问·生气通天论》中“冬伤于寒，春必病温；春伤于风，夏生飧泄；夏伤于暑，秋必痎疟；秋伤于湿，冬生咳嗽”四句经文作为全书的纲领。他最早提出了瘟疫和温病的联系和区别，言：“一为瘟疫，一为温热，时不同而病亦异。由是观之，温病之书不能治瘟疫，瘟疫之书不能治温病。”
清代钱塘卢之颐撰《痎疟论疏》，以《内经》理论为主，结合后世论疟及个人体验详述痎疟证治，分析诸疟之常证和变证的证治。嘉兴郭志邃撰《痧胀玉衡》，鉴于痧胀病证发病多、传变快等特点，搜前人有关学术经验，总其大纲，撮其要领。上卷列痧胀发蒙论、痧胀要语及痧胀脉法，中卷、下卷结合实际案例，叙述多种痧证，末附备用要方，是一部比较系统的痧胀专著。归安吴贞撰《伤寒指掌》，认为伤寒包括伤寒和温热两类病证，在温病方面推崇叶天士、薛生白学说。平湖茅钟盈辑、钱椒校刊《感证集腋》为感证之专辑，部分见解被王孟英选入《温热经纬》。钱塘连文冲撰《霍乱审证举要》，述霍乱阴证、阳证，发病与气候的关系，以及相关脉证。近代鄞县胡安邦撰《湿温大论》，总结治疗湿温的心得体会。黄岩徐佩华，于1919年夏秋之交，霍乱流行之时，搜罗古今中外医籍，旁征博引，罗列诊治之法而撰《中西霍乱刍言》。
感冒是以鼻塞、流涕、喷嚏、咳嗽、头痛、恶寒、发热、全身不适为主症的一种疾病。《内经》首先提出感冒是以风邪为主要致病因素，以寒热、头痛、身痛为主要症状。
元代义乌医家朱丹溪确立了感冒的治疗大法，他在《丹溪心法·中寒》中提出：“伤风属肺者多，宜辛温或辛凉之剂散之。”
明代余杭医家陶华在《伤寒全生集》中提出感冒的病因除六淫外，还有时行之气致病，且具有较强的传染性，言：“时气者，乃天时暴厉之气流行人间，凡四时之令不正者，则有此气行也。若春应温而反寒，夏应热而反凉，秋应凉而反热，冬应寒而反温，此时行不正之气也。”
明代绍兴医家张景岳，清代绍兴医家俞根初、衢州医家雷丰均秉持感冒有轻重之别的观点。张景岳在《景岳全书·伤风》中提出：“伤风之病，本由外感，但邪甚而深者，遍传经络，即为伤寒，邪轻而浅者，止犯皮毛，即为伤风。”俞根初在《重订通俗伤寒论·伤寒本证》中提出：“小伤寒，一名冒寒，通称四时感冒，如冒风感寒之类，皆属此病。”雷丰在《时病论·春伤于风大意》中提出：“夫风邪之为病，有轻重之分焉，轻则曰冒，重则曰伤……如寒热有汗，是风伤卫分，名曰伤风病也；鼻塞咳嗽，是风冒于表，名曰冒风病也。”此外，雷丰还提出风邪常兼夹他邪为患，言：“风为六气之领袖，能统诸气，如当春尚有余寒，则风中遂夹寒气，有感之者是为风寒；其或天气暴热，则风中遂夹热气，有感之者是为风热。”
咳嗽是以发出咳声或伴有咳痰为主证的一种肺系病证。《内经》对咳嗽作了专篇论述，提出“五脏六腑皆令人咳，非独肺也”的观点。
明代宁波医家赵献可提出咳嗽主脏在肺。他在《医贯·咳嗽论》中提出：“盖肺为清虚之府，一物不容，毫毛必咳。又肺为娇脏，畏热畏寒。火刑金故嗽，水冷金寒亦嗽。故咳嗽者必责之肺。而治之之法，不在于肺，而在于脾，不专在脾，而反归重于肾。”
明代绍兴医家张景岳将咳嗽分为外感与内伤两类，并分别论述其病理过程，提出辨证当明辨阴阳虚实。他在《景岳全书·咳嗽》中提出：“咳嗽一证……止惟二证……一曰外感，一曰内伤，而尽之矣。夫外感之咳，必由皮毛而入……内伤之嗽，必起于阴分……但二者之中，当辨阴阳，当分虚实耳。”
肺痈是指肺叶生疮，形成脓疡的一种疾病，属于内痈之一。临床表现为发热、咳嗽、胸痛、咯吐腥臭脓血浊痰。张仲景首创“肺痈”病名，并提出病起于风热伤肺，热壅血瘀，分别提出脓成与否的证治。
明代萧山医家楼英提出肺痈饮食不节的病因。他在《医学纲目》中提出：“肺痈者，由食啖辛热炙煿，或酣饮热酒，燥热伤肺所致。”张景岳在《景岳全书》中载如金解毒散，提倡在热盛成痈之时使用降火解毒之剂。
明代绍兴医家陈世铎提出肺痈由正虚邪侵所致，他在《辨证录·肺痈门》中提出：“盖肺之所以生痈者，因肺火不散也，然肺火来因肺气虚也，肺虚而火留于肺，火盛而后结为痈。”
哮证是以喉中哮鸣有声，呼吸困难，甚至喘息不能平卧为主证的发作性痰鸣喘息疾患。喘证是以呼吸困难，甚至张口抬肩，鼻翼扇动，不能平卧为特征的病证。《医学正传》指出：“哮以声响言，喘以气息言。”后世医家鉴于“哮必兼喘”，故一般统称哮喘。
陈无择提出喘之病位在肺，在《三因极一病证方论·喘》中提出：“肺为五脏华盖，百脉取气于肺，喘既动气，故以肺为主。”
朱丹溪首创哮喘病名，并阐明病理因素为“专主于痰”，提出“未发宜扶正气为主，已发以攻邪为主”的治疗原则，把本病从笼统的“上气”“喘促”“喘鸣”中分离出来，成为一个独立的病名。朱丹溪还认为七情、饮食、久病都能致喘，他在《丹溪心法·喘》中指出：“六淫七情之所感伤，饱食动作，脏气不和，呼吸之息不得宣畅而为喘急，亦有脾肾俱虚、体弱之人，皆能发喘。”
张景岳提出哮喘有“夙根”，《景岳全书·喘促》言：“喘有夙根，遇寒即发，或遇劳即作者，亦名哮喘。”还提出辨证可分为虚实两类，言：“实喘者有邪，邪气实也，虚喘无邪，元气虚也。”“气喘之病，最为危候，治失其要，鲜不误人，欲辩之者，亦唯二证而已。所谓二证者，一曰实喘，一曰虚喘也。”
肺胀是多种慢性肺系疾患反复迁延，导致肺气胀满，不能敛降的一种病证。临床表现为喘咳上气、痰多、胸部膨满、胀闷如塞、烦躁等，日久则见面色晦暗，唇甲紫绀，心慌动悸，脘腹胀满，肢体浮肿，甚或喘脱等危重证候。病程缠绵，时轻时重，常因感受外邪而反复发作，以致病情日渐加重。
朱丹溪提出肺胀而嗽的病机是痰瘀阻滞肺气，在《丹溪心法·咳嗽》中提出“肺胀而嗽，或左或右，不得眠，此痰挟瘀血碍气而病，宜养血以流动乎气，降火疏肝以清痰”，开活血化瘀法治疗肺胀之先例，可用四物汤加桃仁等药物治疗。
心悸是指患者自觉心中跳动，惊惕不安，甚则不能自主的一种病证，包括惊悸和怔忡。因惊而悸者谓之惊悸，时作时止，病情较轻，无所触动而悸者，谓之怔忡，发作无时，病情较重。一般怔忡多伴惊悸，惊悸日久可发展为怔忡。
朱丹溪提出心悸“责之虚与痰”的理论，认为血虚、痰迷、痰火是主要病因。他在《丹溪心法·惊悸怔忡》中提出：“怔忡者血虚，怔忡无时，血少者多，有思虑便动，属虚；时作时止者，痰因火动。瘦人多因是血少，肥人属痰，寻常者多是痰。”治疗上，提出“惊悸有时，以朱砂安神丸；痰迷心隔者，痰药皆可，定志丸加琥珀、郁金”。朱丹溪认为惊悸发病之本在心虚，标在痰饮，提出“惊者与之豁痰定惊之剂，悸者与之逐水消饮之剂”“扶虚，不过调养心血，和平心气而已”的治疗方法。
张景岳对心悸病因病机和证治论述的较全面，他在《景岳全书·怔忡惊恐》中提出：惊有因病而惊和因惊而病二证，因病而惊，当察客邪，以兼治其标；若因惊而病，宜安养心神，滋培肝胆，当以专扶元气为主。认为怔忡“唯阴虚劳损之人乃有之”，治宜养气养精，滋培根本，节欲节劳，切戒酒色，而医家“不可误认为痰火而妄施清利”。
不寐是以经常不能获得正常睡眠为特征的一种病证，轻者就寝后难以入睡，或时寐时醒，或寐后易醒，醒后难以再寐，甚者则彻夜不眠。本证《内经》称为目不瞑、不得眠、不得卧，《难经》始称不寐。
明代金华医家戴思恭提出不寐分虚实，《证治要诀·不寐》言：“不寐有二种，有病后虚弱及年高人阳衰不寐，有痰在胆经，神不归舍，亦令不寐……大抵惊悸健忘、怔忡、失志、不寐、心风，皆是胆涎沃心，以致心气不足，若用凉心之剂，太过则心火愈微，痰涎愈盛，病愈不减，唯当以理痰气为第一义。”
张景岳较全面地归纳总结了前人对不寐的病因病机及辨治方法。他在《景岳全书·不寐》中将不寐分为有邪与无邪两种情况，认为有邪者多实证，无邪者多虚证。有邪分伤寒、伤风、疟疾等外邪所致，以及“如痰如火，如寒气水气，如饮食忿怒”“饮浓茶”“心有事”等内邪所致者。无邪是指“思虑劳倦，惊恐忧疑，及别无所累而常多不寐者，总属真阴精血之不足，阴阳不交，而神有不安其室耳”。他提出不寐的病机为“寐本乎阴，神其主也，神安则寐，神不安则不寐。其所以不安者，一由邪气之扰，一由营气之不足耳”。在治疗上，他提出“无邪而不寐者……宜以养营气为主治……即有微痰微火皆不必顾，只宜培养气血，血气复则诸证自退，若兼顾而杂治之，则十曝一寒，病必难愈，渐至元神俱竭而不可救者有矣”“有邪而不寐者，去其邪而神自安也……仍当于各门求法治之”。
中风又名卒中，是以半身不遂、肌肤不仁、口眼㖞斜、言语不利，甚则突然昏仆、不省人事为主要表现的病证。由于本病起病急剧，症见多端，变化迅速，与自然界风之陡起于顷刻之间，骤变于瞬息之时，来势较猛的特性相类似，故类比而名曰中风。
朱丹溪结合南方多湿热的气候特点，提出“中风乃湿痰化热生风所致”的观点，他在《丹溪心法·论中风》中提出：“《内经》已下，皆谓外中风邪。然地有南北之殊，不可一途而论……西北二方，亦有真为风所中者，但极少尔。东南之多，多是湿土生痰，痰生热，热生风也。”
张景岳认为“内伤积损”是中风之本，并列举具体病因病机，他在《景岳全书·非风》中指出：“非风一证，即时人所谓中风证也。此证多见卒倒，卒倒多由昏愤，本皆内伤积损颓败而然，原非外感风寒所致。”“凡病此者，多以素不能慎，或七情内伤，或酒色过度，先伤五脏之真阴，此致病之本也。再或内劳外伤，复有所触，以损一时之元气，或以年力衰迈，气血将离，则积损为颓，此发病之因也。盖其阴亏于前，而阳损于后，阴陷于下，阳乏于上，以致阴阳相失，精气不交，所以忽尔昏愦，卒然仆倒。”此外，他还论述了肝邪、痰涎、气血等与中风的关系及其治法，如《景岳全书·杂证谟》中提出：“非风之多痰者，悉有中虚而然……唯是元阳亏损，神机耗败，则水中无气，而津凝血败，皆化为痰耳。”“治痰者，必当温脾强肾以治痰之本，使根本渐充，则痰将不治自去矣。”张景岳在论治中风时，强调诊察虚实，辨其中经中脏，他在《景岳全书·诸风》中提出：“凡治风之法，宜察浅深虚实及中经、中脏之辨。盖中经者，邪在三阳，其病犹浅。中脏者，邪入三阴，其病则甚。若在浅不治，则渐入于深。在经不治，则渐入于脏。此浅深之谓也。又若正胜邪者，乃可直攻其邪。正不胜邪者，则必先顾其本。此虚实之谓也。倘不知此，则未有不致败者。”
赵献可在先天水火不足理论的指导下，认为中风“当专主虚论，不必兼风”。他在《医贯·中风论》中提出“治中风，又当以真阴虚为本”的观点。对于中风的病理产物痰，赵氏认为其本源亦在肾。其治疗宜标本兼顾，涤痰治标与补肾治本应同时进行，不可一味逐痰而使正气虚脱，言：“凡治中风者，既以前法治其根本，则痰者不治而自去矣。若初时痰涎壅盛，汤药不入，少用稀涎散之类，使咽喉疏通，能进汤液即止。若欲必尽攻其痰，顷刻立毙矣。”
胃痛，是指以胃脘部近心窝处疼痛为主证的病证。
朱丹溪提出寒邪犯胃，且可向热演化的胃痛病因病机，他在《丹溪心法·心脾痛》中提出：“若明知身受寒气，口吃寒物而得病者。于初得之时，当与温散或温利之药。若曰病得之稍久则郁，久郁则蒸热，热久必生火。”
张景岳对于胃痛的病因，着重强调气滞，提出理气的治疗方法，他在《景岳全书·心腹痛》中提出：“胃脘痛证，多有因食，因寒、因气不顺者，然因食因寒，亦无不皆关于气，盖食停则气滞，寒留则气凝。所以治痛之要，但察其果属实邪，皆当以理气为主。”
明代杭州医家皇甫中提出胃痛湿热中阻的病因，在《明医指掌·心痛》中列“胃脘湿热痛”，具有临床意义。
噎膈是指吞咽食物哽噎不顺，饮食难下，或食而复出的一种病证。
朱丹溪在《局方发挥·噎膈》中提出噎膈的发病主要在于“血液俱耗，胃脘干槁”。
戴思恭在《证治要诀·痞塞》中提出：“诸痞塞及噎膈，乃是痰为气所激而上，气又为痰所膈而滞，痰与气搏，不能流通。”为今天认为的噎膈病初期的病理机制。
张景岳对噎膈病因病机的描述较为全面，提出房劳过度、年老精衰的病因。他在《景岳全书·噎膈》中提出：“噎膈一证，必以忧愁思虑，积劳积郁，或酒色过度，损伤而成。盖忧思过度则气结，气结则施化不行。酒色过度则伤阴，阴伤则精血枯涸，气不行则噎膈病于上，精血枯涸，则燥结病于下。”同时还指出此证“唯中衰耗伤者多有之”“正以命门无火，气不化精，所以凝结于下而治节不行……即噎膈之属是也”。
赵献可提出了噎膈与反胃、关格的鉴别诊断，他在《医贯·噎膈论》中提出：“噎膈、翻胃、关格三者，名各不同，病原迥异，治宜区别，不可不辨也。噎膈者，饥欲得食，但噎塞迎逆于咽喉、胸膈之间，在胃口之上，未曾入胃，即带痰涎而出，若一入胃下，无不消化，不复出矣，唯男子年高者有之，少无噎膈。翻胃者，饮食倍常，尽入于胃矣，但朝食暮吐，暮食朝吐，或一两时而吐，或积至一日一夜，腹中胀闷不可忍而复吐，原物酸臭不化，此已入胃而反出，故曰翻胃，男女老少皆有之。关格者，粒米不欲食，渴喜茶水饮之，少顷即吐出，复求饮复吐，饮之以药，热药入口即吐，冷药过时而出，大小便秘，名曰关格，关者下不得出也，格者上不得入也，唯女人多有此证。”
清代钱塘医家高世栻认为本病预后较差，并提出如治疗得当，可适当延长生命，他在《医学真传·隔》中提出：“患此病者，百无一生，但有中上、中下之分，速死、迟死之异。中上者，上焦、中焦不和也；中下者，下焦、中焦不和也。中下不和其死迟，中上不和其死速。然治得其宜，速者可迟，治失其宜，迟者亦速矣。”
呕吐是指胃失和降，气逆于上，迫使胃中之物从口中吐出的一种病证。呕者有物有声，吐者有物无声。
陈无择指出呕吐病因多端，在《三因极一病证方论·呕吐叙论》中提出：“呕吐虽本于胃，然所因亦多端，故有寒热饮食血气之不同，皆使人呕吐。”
朱丹溪提出火与痰致呕吐的病因及治疗，他在《丹溪心法·呕吐》中提出：“有痰膈中焦食不得下者，有气逆者，有寒气郁于胃口者，有食滞心肺之分，而新食不得下而反出者，有胃中有火与痰而呕者。”“胃中有火与痰而呕者。”“胃中有热，膈上有痰者，二陈汤加炒山栀、黄连、生姜。”“有久病呕者，胃虚不纳谷也，用人参、生姜、黄芪、白术、香附之类。”
张景岳从寒热虚实四个方面阐释呕吐，他在《景岳全书·杂证谟·呕吐》中提出：“呕吐一证，最当详辨虚实，实者有邪，去其邪则愈。虚者无邪，则全由胃气之虚也。所谓邪者，或暴伤寒凉，或暴伤饮食，或因胃火上冲，或因肝气内逆，或以痰饮水气聚于胸中，或以表邪传里，聚于少阳阳明之间，皆有呕证，此皆呕之实邪也。所谓虚者，或其本无内伤，又无外感，而常为呕吐者，此既无邪，必胃虚也。”他认为寒邪致呕为最常见的病因，因此应慎用寒凉，曰：“呕家虽有火证，详列后条，然凡病呕吐者，多以寒邪犯胃，故胃寒者十居八九，内热者十止一二，而外感之呕，则尤多寒邪，不宜妄用寒凉等药。”
呃逆是以气逆上冲，喉间呃呃连声，声短而频，不能自制为特征的一种病证。
宋代湖州医家朱肱提出呃逆缘于寒热相激，他在《活人书·咳逆》中提出：“凡咳逆，多有先热而吃生冷，或凉药多相激而成，盖阴阳二气相搏。”咳逆即指呃逆。
陈无择提出呃逆的病位在胃与膈，他在《三因极一病证方论·哕逆论证》中提出：“哕者，咳逆也，古方则谓之哕。凡吐利后，多作哕，大率胃实即噫，胃虚则哕。此由胃中虚，膈上热，故哕……亦有哕而心下坚痞眩悸者，以膈间有痰水所为。”
张景岳提出呃逆名称的由来为拟声，他在《景岳全书·呃逆》中提出：“因其呃呃连声，故今以呃逆名之。”他提出呃逆的总体病机为胃气上逆，言：“虽其中寒热虚实亦有不同，然致呃之由，总由气逆，气逆于下，则直冲于上，无气则无呃，无阳亦无呃，此病呃之源，所以必由气也。”他还提出了具体的三种分类及治疗方法，谓：“然病在气分，本非一端，而呃之大要，亦唯三者而已，则一曰寒呃，二曰热呃，三曰虚脱之呃。寒呃可温可散，寒去则气自舒也，热呃可降可清，火静则气自平也，唯虚脱之呃，则诚危殆之证，其或免者亦可万幸矣。”
高世栻提出呃逆病久入肾者的不良预后，他在《医学真传·呃》中提出：“败呃者，病起于阴，肾脏先虚，不救其虚，反以实治，致胃腑亦虚，于是戊癸不合，火无生原，发而为呃，是为败呃，百无一生，虽有参、附，亦徒然耳。”
泄泻，是指排便次数增多、粪质清稀，甚至大便如水样为特征的一种病证。泄者势缓，泻者势急。
陈无择从三因角度阐释泄泻的病因病机，认为内因、外因、不内外因皆可致泄泻，他在《三因极一病证方论·泄泻叙论》中提出：“经云：寒甚为泄。春伤风，夏飧泄。论云：热湿之气，久客肠胃，滑而利下，皆外所因。喜则散，怒则激，忧则聚，惊则动。脏气隔绝，精气夺散，必致溏泄，皆内所因。其如饮食生冷，劳逸所伤，此不内外因，以此类推，随证主治，则不失其病源也。”
朱丹溪《丹溪心法·泄泻》认为泄泻有湿、火、气虚、痰积、食积之不同，并分别立法遣方，论证确切具体。他在《平治会萃·泄》中提出：“故凡泄泻之药，多用淡渗之剂利之。”在《脉因证治·泄》中指出：“五病治虽不同，其湿一也，有化寒、化热之异故也。虚则无力，不及拈衣而已出，故谓之不禁故也。温之、热之。实则圊不便，虚坐努责，宜下之。”简述了泄泻的寒热虚实之别。朱丹溪还提出依据脉象辨别泄泻之病性寒热，他提出：“脉疾身多动，音声响亮，暴注下迫，此阳也，热也。脉沉细疾，目睛不了了，饮食不下，鼻准气息，此阴也，寒也。”
张景岳认为泄泻的病位在脾胃，他在《景岳全书·泄泻》中提出：“泄泻之本，无不由于脾胃。”他对于久泻，提出可加酸收之品。还提出泄泻之暴病、脾阳素虚、真阴不足、肾泻、脾泻久泻、大泻如倾、酒泻、气泻、风泻九种情况，并分别阐述病因病机及治疗。
陈士铎治泄泻经验丰富，他在《石室秘录》中提出多种治疗方法，如“脾经之病，如水泻，乃脾气不温……水泻用白术一两，车前五钱，二味煎汤，服之立效。方名分水神丹”。又提出“大泻者……腹必大痛，手不可按，完谷不化，饮食下喉即出……若不急用大剂治之，而尚王道之迟迟，鲜不败乃事矣。方当用大黄一两，人参二两，黄连五钱，车前子五钱，甘草一钱，水煎服”。
雷丰在《时病论》分别论述“飧泄”“洞泄”“寒泻”“火泻”“暑泻”“湿泻”“痰泻”“食泻”，丰富并发展了对泄泻的辨证论治理论。
痢疾是以腹痛、里急后重、下痢赤白脓血为特征的一种疾病，四季均可发病，而以夏秋季节多见。表现为腹痛窘迫，时时欲便者为里急；肛门重坠，便而不爽者为后重。《内经》将痢疾称“肠澼”，《金匮要略》以“下利”统括痢疾与泄泻，后世有“滞下”“痢”“痢病”等名。
朱丹溪对痢疾的认识，在继承前人的基础上加以创新。其一，在《丹溪心法·痢》提出“痢赤属血，白属气”。其二，时疫亦可作痢，“又有时疫作痢，一方一家之内，上下传染相似”。其三，认为痢疾的病因，皆湿热为本。其四，提出通因通用的治痢之法，言：“初得之时，元气未虚，必推荡之，此通因通用之法，稍久气虚，则不可下，壮实初病，宜下。虚弱衰老久病，宜升之。”其五，提出“噤口痢”一证并阐明了其病机与治法，言：“噤口痢者，胃口热甚故也。大虚大热，用香连丸、莲肉各一半，共为末，米汤调下。又方，人参二分，姜炒黄连一分，为末浓煎，终日细细呷之，如吐则再服。”朱丹溪还提出痢疾之预后不良的情况，谓：“下痢不治之证，下如鱼脑者，半死半生；下如尘腐色者，死；下纯血者，死；下如屋漏水者，死；下如竹筒注者，不治。”
戴思恭提出痢疾日久不愈的病理过程及治疗，他在《证治要诀·痢疾》中提出：“劳痢，因痢久不愈，耗损积血，致肠胃虚空，变生他证，或五心发热如劳之状，宜蓣莲饮。”
张景岳认为痢疾的病位在肠，其本在脾肾，他在《景岳全书·痢疾》中提出：“凡里急后重者，病在广肠最下之处，而其病本，则不在广肠而在脾肾。”在辨证论治上，他提出当辨寒热虚实，曰：“凡治痢疾，最当察虚实、辨寒热，此泻痢中最大关系，若四者不明，则杀人甚易也。”
腹痛泛指胃脘以下，耻骨以上部位发生的疼痛。
朱丹溪针对腹痛的病因病机在《丹溪心法·腹痛》中提出“有寒、积热、死血、食积、湿痰”，有客寒阻之不行，有热内生郁而不散，有死血食积湿痰结滞，妨碍升降，故痛。同时，提出依据腹痛的新久虚实，来确定治则，“初得时，元气未虚，必推荡之，此通因通用之法。久必难。壮实与初病宜下。虚弱衰与久病，宜升之消之”。
张景岳在《景岳全书·心腹痛》中对腹痛提出了以下见解：其一，疼痛部位与脏腑的关系，曰：“凡病心腹痛者，有上中下三焦之别，上焦痛者……此即胃脘痛也……中焦痛者，在中脘脾胃间病也，下焦痛者，在脐下，肝肾大小肠膀胱病也。”其二，腹痛的虚实鉴别，曰：“辨之之法，但当察其可按者为虚，拒按者多实，久痛者多虚，暴痛者多实，得食稍可者为虚，胀满畏食者为实，痛徐而缓，莫得其处者多虚，痛剧而坚，一定不移者为实，痛在肠脏中，有物有滞者多实，痛在腔胁经络，不干中脏而牵连腰背，无胀无滞者多虚。”其三，寒热之辨，认为以寒为多，谓：“痛证有寒热，误认之则为害不小，盖三焦痛证，因寒者常居八九，因热者十唯一二。”“盖寒则凝滞，凝滞则气逆，气逆则痛胀由生。而热则流通不然也。”其四，辨在气在血，言：“痛证当辨有形无形，无形者痛在气分，凡气病而为胀为痛者，必或胀或止，而痛无常处，气聚则痛而见形，气散则平而无迹，此无形之痛也……有形者痛在血分，或为食积，凡血癥食积而为胀痛者，必痛有常所，而胀无休息，不往不来，不离其处者，是有形之痛也。”他在论治方面，共立十五论，除两论外，其余皆为腹痛而立，说理透彻，用方精当，临床价值高。
便秘是指粪便在肠内滞留过久，排便周期延长，或粪质干结，排出艰难，或经常便而不畅的一种病证。
戴思恭提出风秘、冷秘、气秘、热秘，以及老人、妇人之秘，对各种便秘的病因病机作出阐释，并提出治疗方药。如他在《秘传证治要诀及类方·大小腑门》中提出：“冷秘由冷气横于肠胃，凝阴固结，津液不通，胃道秘塞，其人肠内气攻，喜热恶寒。”“热药多秘，唯硫黄暖而通。”
张景岳将便秘分为阳结、阴结两种，他在《景岳全书·秘结》中言：“阳结者，邪有余，宜攻宜泻者也；阴结者，正不足，宜补宜滋者也。知斯二者，即知秘结之纲领矣。”阴结中又分阳虚、阴虚，“凡下焦阳虚，则阳气不行，阳气不行，则不能传送而阴凝于下，此阳虚而阴结也。下焦阴虚，则精血枯燥，精血枯燥则津液不到而肠脏干槁，此阴虚而阴结也”。他还提出治疗便秘的禁例，言：“凡属老人、虚人、阴脏人及产后、病后、多汗后，或小水过多，或亡血失血、大吐大泻之后，多有病为燥结者……皆须详察虚实。不可轻用芒硝，大黄等剂。虽今日暂得通快，而重虚其虚，以致根本日竭，则明日之结，必将更甚，愈无可用之药矣。”
胁痛是以一侧或两侧胁肋部疼痛为主要表现的一种病证，也是临床上常见的一种自觉症状。胁，是指胁肋部，在胸壁两侧，由腋部以下至第十二肋骨部分的统称。故胁痛即以部位和自觉症状而命名的一种病证。
朱丹溪提出了胁痛因情志、风邪所致的病因病机，他在《脉因证治·胁痛》中提出“肝木气实火盛，或因怒气大逆，肝气郁甚，谋虑不决，风中于肝，皆使木气大实生火，火盛则肝急，瘀血恶血，停留于肝，归于胁下而痛”。还提出了胁痛的治则及用药，曰：“木火盛，宜以辛散之，以苦泻之，当归龙荟丸、泻青丸主之；死血，宜以破血为主，润血为佐，复元活血、当归导痰等主之，痰积，宜以去痰行气，二陈汤加南星、青皮、香附、青黛等主之。”
张景岳丰富了关于胁痛病因、病位的认识，他在《景岳全书·胁痛》中提出：“胁痛之病，本属肝胆二经，以二经之脉皆循胁肋故也，然而心肺脾胃肾与膀胱亦皆有胁痛之病，此非诸经皆有此证，但以邪在诸经，气逆不解，必以次相传，延及少阳、厥阴，乃致胁肋疼痛。”“凡以焦劳忧虑而致胁痛者，此心肺之所传也，以饮食劳倦而致胁痛者，此脾胃之所传也，以色欲内伤水道壅闭而致胁痛者，此肾与膀胱之所传也。”他还对胁痛的治疗颇有心得，列方剂45首，具有疏肝理气、清肝利胆、温化痰饮、活血化瘀、健脾和胃、调和肝脾、养血柔肝等作用。
积聚是腹内结块，或胀或痛一类病证的统称。积聚分述有别，积触之有形，固定不移，痛有定处；聚触之无形，聚散无常，痛无定处。
朱丹溪对积聚的证候、病机及用药进行了阐述，他在《丹溪心法·积聚痞块》中言：“块有形之物也，痰与食积死血而成也。”在治疗上，“用醋煮海石、醋煮三棱、蓬术、桃仁、红花、五灵脂、香附之类为丸，石碱白术汤吞下……行死血块”。他还提出了对于虚人积聚的治疗，在《丹溪治法心要·块》中言：“诸块虚中，块攻胀，无可奈何，不可用攻战之药，四君子汤加半夏、陈皮，作大剂服之，候元气平复，却用攻药。”此外他还提出了对于积聚块去必用大补、凡积病下亦不退的病理过程及治疗方法，对积聚的认识较为完善。
张景岳详细论述了积聚的鉴别，他在《景岳全书·积聚》中提出：“积聚之病，凡饮食、血气、风寒之属，皆能致之，但曰积曰聚，当详辨也。盖积者，积垒之谓，由渐而成者也，聚者，聚散之谓，作止不常者也。由此言之，是坚硬不移者，本有形也，故有形者曰积，或聚或散者，本无形也，故无形者曰聚，诸有形者，或以饮食之滞，或以脓血之留。凡汁沫凝聚，旋成癥块者，皆积之类，其病多在血分，血有形而静也。诸无形者，或胀或不胀，或痛或不痛，凡随触随发，时来时往者，皆聚之类，其病多在气分，气无形而动也。故《难经》以积为阴气，聚为阳气，其义即此。凡无形之聚，其散易，有形之积，其破难。临此证者，但当辨其有形无形，在气在血，而治积治聚，自可得其梗概矣。”他对积聚的病因病机、辨证论治有较为系统的论述，在《景岳全书·积聚论治》言：“凡无形之聚其散易，有形之积，其破难。”治疗四法为攻、消、散、补，并提出了针灸及外治方法。
疟疾是以寒战壮热、头痛、汗出、休作有时为临床特征的一种疾病，多发于夏秋季。
陈无择在疟疾的病因方面，认为三因均可致疟，言：“夫疟，备内、外、不内外三因，外则感四气，内则动七情、饮食、饥饱，房室、劳逸，皆能致疟。”他还在《三因极一病证方论·疟叙论》中提出了五种“以外感风寒暑湿，与卫气相并而成”的疟疾，如寒疟；五种“以脏气不和，郁结涎饮所致”的疟疾，如肝疟；还提出五种“名状不同”的由不内外因所致的疟疾，如疫疟。
朱丹溪较早提出了疟疾具有传染性的观点，在《脉因证治·疟》谓：“母疟有母，传染者也。”他还总结出热型不同的疟疾有不同的病程，并提出砒霜治疟的时弊，他在《丹溪心法·疟》中提出：“一日一发者，受病一月。间日一发者，受病半年。三日一发者，受病一年。”“世用砒霜等毒，不可轻用。”
张景岳进一步肯定疟疾因感受疟邪所致，批判由痰、食引起疟疾的观点，并厘清了疟疾与痰、食的关系。他在《景岳全书·疟疾》中提出：“疟疾之作……无非外邪为之本，岂果因食因痰有能成疟耶？”“先因疟而后滞于食者有之，未有不因乎外邪，而单有食疟者也。”还对疟疾别称“脾寒”进行了阐释，他引刘宗厚言“肌肉属脾，发则恶寒战栗，乃谓之脾寒耳……然古人称疟不得为脾寒者，正恐人专于温脾之说，不明造化之源。而失病机气宜之要故也”。张景岳还对疟疾做出了分类，即冷瘴、热瘴、哑瘴，他在《景岳全书·瘴气》中引《指迷方瘴气疟论》言“南方之瘴，疟轻者寒热往来正类痃疟，谓之冷瘴，重者蕴热沉沉，昼夜如卧炭火中，谓之热瘴，最重者一病便失音，莫知其所以然，谓之哑瘴”。
瘿病是以颈前喉结两旁结块肿大为主要临床特征的一类疾病，又称为瘿气、瘿瘤、瘿囊、影袋。
陈无择提出根据局部症状体征给瘿病分类的方法，他在《三因极一病证方论·瘿瘤证治》中曰：“坚硬不可移者，名曰石瘿；皮色不变，即名肉瘿；筋脉露结者，名筋瘿；赤脉交络者，名血瘿；随忧愁消长者，名气瘿。”还提出了不可轻易用针刀决破局部，言：“五瘿皆不可妄决破，决破则脓血崩溃，多致夭枉。”这种分类及治疗禁忌沿用至今。
水肿是指体内水液潴留，泛滥肌肤，引起头面、眼睑、四肢、腹背，甚至全身浮肿的一类病证。严重的还可能伴有胸水、腹水等。
朱丹溪强调水肿与中焦脾胃的关系，反对一味用利小便的方法治疗，认为应当实脾，在《丹溪心法·水肿》提出：“水肿，因脾虚不能制水，水渍妄行，当以参、术补脾，使脾气得实，则自健运，自能升降。运动其枢机，则水自行，非五苓神佑之行水也。”
张景岳、赵献可都强调水肿与肾阳不足的关系，强调温补。张景岳认为“气”和“水”二字可高度概括水肿的主证及主要病机特点，且二者同源，通过进一步辨气和水，判断病性虚实，确定治法，他在《景岳全书·水肿》中提出：“肿胀之病，气水二字足以尽之，能辨而知其虚实，无余蕴矣。病在气分，当治气为主；病在水分，则治水为先。然气水本为同类，故治水者当兼理气，益气化水自化也；治气亦当兼水，以水行气亦行也。”基于理气以治水的理论，他提倡用温补，在《景岳全书·肿胀》中言：“温补即所以化气，气化而痊愈者，愈出自然，消伐所以逐邪，逐邪而暂愈者，愈由勉强，此其一为真愈，一为假愈，亦岂有假愈而果愈者。”
赵献可在《医贯·气虚中满论》中强调中满须与鼓胀、水肿鉴别，其中关于水肿病则提到“肾虚者，下焦之火虚也”。这是命门学说在水肿病机上的具体应用，丰富了水肿理论。
戴思恭在《证治要诀·诸气门》中对水肿亦有较为系统的认识。他将水肿根据部位不同进行分类，认为“肿病不一，遍身肿、四肢肿、面肿、脚肿，方谓之水气。然有阳水、有阴水”。并提出“宜先用五皮饮、升降汤，或除湿汤，加木瓜、腹皮各半钱；如未效，继以四磨饮，兼吞桂黄丸”“外并宜赤小豆粥佐之”的总的治疗方法。又根据水肿部位不同分述其辨证及方药。如遍身肿，结合烦渴、大小便情况，辨别阴水阳水；或结合有无“感湿”，或“患生疮，用干疮药太早”之诱因，或为病后的体虚阶段，分述用药。再如四肢肿，言“谓之肢肿，宜五皮饮，加姜黄、木瓜各一钱，或四磨饮”。又如面独肿，治以“苏子降气汤，兼气急者尤宜，或煎熟去滓后，更磨沉香一呷”。
淋证是指小便频数短涩，滴沥刺痛，欲出未尽，小腹拘急，或痛引腰腹的病证。又名淋闭、淋泌、诸淋、五淋，简称淋。根据其临床表现的不同，又有各种淋的名称，如热淋、血淋、气淋、石淋（砂淋）、膏淋、劳淋等。若起病急骤者，名曰卒淋，或称暴淋。妇人妊娠，产后患淋者，称子淋、产后淋。老年人罹患淋者，称老人淋。
朱丹溪继承了刘完素的火热之说，认为淋证与热相关，在《丹溪心法·淋》中提出：“淋有五，皆属乎热。”认为病位在心与小肠，“大凡小肠有气则小便胀，小肠有血则小便涩，小肠有热则小便痛”。进而提出相应的治疗原则，即“执剂之法，并用流行滞气，疏利小便，清解邪热。其于调平心火，又三者之纲领焉，心清则小便自利，心平则血不妄行”。此外，他还提出了淋证与癃闭、转胞、遗溺，以及血淋与尿血的鉴别要点，“痛者为血淋，不痛者为尿血”，具有一定的实用价值。
张景岳根据病程、症状判断淋证的寒热虚实，并分别提出不同的治则，他在《景岳全书·淋浊》中提出：“淋之初病，则无不由乎热剧，无容辨矣，但有久服寒凉而不愈者，又有淋久不止及痛涩皆去，而膏液不已，淋如白浊者，此唯中气下陷及命门不固之证也，故必以脉以证，而察其为寒为热为虚。庶乎治不致误。”倡导“凡热者宜清，涩者宜利，下陷者宜升提，虚者宜补，阳气不固者宜温补命门”。
癃闭是指小便量少，排尿困难，甚则小便闭塞不通为主症的一种疾患。其中又以小便不利，点滴而短少，病势较缓者称为“癃”；以小便闭塞，点滴不通，病势较急者称为“闭”。
张景岳区分癃闭与淋证，他将癃闭的病因归纳为四个方面，他在《景岳全书·癃闭》中提出：“有因火邪结聚小肠膀胱者，此以水泉干涸而气门热闭不通也；有因热居肝肾者，则或以败精，或以槁血，阻塞水道而不通也；有因真阳下竭，元海无根，气虚不化而闭的；有因肝强气逆，移碍膀胱，气实而闭的。”他还分别提出了相应的治则，“火在下焦而膀胱热闭不通者，可以利之”“肝肾实火不清者可去其火，水必自通”“肝强气逆，壅闭不通者，可破气行气”。而对于“元海无根”这一病理类型，张景岳展开了详细的阐述，言：“夫膀胱为藏水之腑，而水之入也。由气以化水，故有气斯有水；水之出也，由水以达气，故有水始有溺。经曰：气化则能出矣。盖有化而入，而后有化而出；无化而出，必其无化而入，是以其入其出，皆由气化，此即本经气化之义，非单以出者言气化也。然则水中有气，气即水也；气中有水，水即气也。今凡病气虚而闭者，必以真阳下竭，元海无根，水火不交，阴阳痞隔，所以气自气，而气不化水，水自水，而水蓄不行。气不化水，则水腑枯竭者有之；水蓄不行，则浸渍腐败者有之。气既不能化，而欲强为通利，果能行乎？阴中已无阳，而再用苦寒之剂，能无甚乎？”对此，他提出应当辨脏气之寒热，治当调平阴阳，言：“若素无内热之气者，是必阳虚无疑也。或病未至甚，须常用左归、右归、六味、八味等汤丸，或壮水以厘清，或益火以化气，随宜用之，自可渐杜其原。若病已至甚，则必用八味丸料，或加减《金匮》肾气汤大剂煎服。”“若素禀阳脏内热，不堪温补，而小便闭绝者，此必真阴败绝，无阴则阳无以化，水亏证也，治宜补阴抑阳，以化阴煎之类主之。或偏于阳亢而水不制火者，如东垣之用滋肾丸亦可。”
遗精是指不因性生活而精液自行频繁泄出为主要特点的一种病证。其中因梦淫事而遗精的，名为“梦遗”；无梦而遗精，甚至清醒时精液滑泄的，名为“精滑”或“滑精”。两者时或兼见，滑精亦可因梦遗发展而成。用“梦遗”“精滑”分证定名始于丹溪。
朱丹溪倡相火论，他区分梦遗、滑精，并阐释了遗精由肝肾相火妄动引起的病机。他在《格致余论·阳有余阴不足论》中提出：“主闭藏者肾也，司疏泄者肝也。二脏皆有相火，而其系上属于心。心君火也，为物所感则易动，心动则相火亦动，动则精自走，相火翕然而起，虽不交会，亦暗流而疏泄矣。”
张景岳认为心神情志因素可引起遗精，他在《景岳全书·遗精》中提出：“精之藏制虽在肾，而精之主宰则在心，故精之蓄泄无非听命于心。”他还提出劳倦致心、肝、脾之不足亦可引起遗精，谓：“有值劳倦即遗者，此筋力有不胜，肝脾之气弱也。有因用心思索过度辄遗者，此中气有不足，心脾之虚陷也。”
赵献可提出肝肾水火不济致遗精的理论，他在《医贯·梦遗并滑精论》中提出：“是故肾之阴虚，则精不藏，肝之阳强，则火不秘，以不秘之火，加临不藏之精，除不梦，梦即泄矣。”“治以肾肝为主。”
郁证，古谓之“郁”，是由于情志不舒，气机郁滞而引起的疾病的总称。郁证既是一个病因病理学概念，又是一个综合病证，临床表现错综复杂。广义的郁证，泛指由外感六淫，内伤七情引起的脏腑功能不和，从而导致气、血、痰、火、湿、食等病理产物的滞塞和郁结。狭义的郁证，则主要指由情志不舒、气郁不伸而引起的情绪抑郁，悲伤善哭，胸胁胀痛，咽中如有异物梗阻等多种复杂症状。
陈无择在《三因极一病证方论》中提出“七情致郁”学说，为后世“郁不离乎七情”奠定了理论基础。
朱丹溪首倡“六郁”学说，他在《丹溪心法·六郁》中提出：“气血冲和，万病不生，一有怫郁，诸病生焉。故人身诸病，多生于郁。”六郁者，即气、血、痰、火、湿、食，而以气郁为先，并立越鞠丸治郁，以香附开郁利气为主，谓气郁而湿滞，湿滞而成热，热郁而成痰，痰滞而血不行，血滞而食不化。并指出由于火郁多由其他转化，湿、食、痰、饮皆属同源，既可以互为因果，又常彼此兼夹。故六郁之中，尤以气、血、痰三者为要。
张景岳提出了“因病而郁”和“因郁而病”的区别。还指出气血不和可致郁，以及“郁由于心”等观点。他在《景岳全书·郁证》中提出：“凡气血一有不调而致病者，皆得谓之郁。”“凡五气之郁，则诸病皆有，此因病而郁也。至若情志之郁，则总由乎心，此因郁而病也。”并提出以怒郁、思郁、忧郁三者为主的见解。
赵献可扩大郁的内涵与外延，言：“凡病之起，多由于郁。郁者，滞而不通之义。《内经》五法，为因五运之气所乘而致郁，不必作忧郁之郁，忧乃七情之病，但忧亦在其中。”“伤风、伤寒、伤湿，除直中外，凡外感者俱作郁看。”在治疗方面，他根据五郁相因而首重木郁的特点，提出以逍遥散治郁，且似较越鞠丸更优。
血证，是指凡血液不循常道，或上溢于口鼻诸窍（如鼻衄、咳血、吐血），或下泄于前后二阴（如尿血、便血），或渗出于肌肤（如肌衄）所形成的疾患。
朱丹溪在《丹溪心法》中，对吐血、咳血、咯血、衄血、尿血、下血等进行了分章论述。
张景岳对血证的病因病机、辨证论治等内容均做了系统的归纳整理。他归纳出血的病机为“火盛”及“气伤”两个方面，在《景岳全书·血证》中提出：“血本阴精，不宜动也，而动则为病，血主营气，不宜损也，而损则为病。盖动者多由于火，火盛则逼血妄行，损者多由于气，气伤则血无以存。”在辨证方面提出要重视火与气的关系，言：“凡治血证，须知其要。而血动之由唯火唯气耳。故察火者但察其有火无火，察气者但察其气虚气实。知此四者而得其所以，则治血之法无余义矣。”
赵献可重视气能摄血、气能生血的关系，《医贯·血症论》中提出：“阳统乎阴，血随乎气。故治血必先理气，血脱必先益气，古人之妙用也。”
虚劳又称虚损，是指由多种原因所致的，以脏腑亏损、气血阴阳虚衰、久虚不复成劳为主要病机的多种慢性衰弱证候的总称。
朱丹溪重视阴精，认为“人之一身，阴不足而阳有余”，治疗上擅长滋阴降火，创制以大补阴丸为代表的滋阴诸方。
张景岳对虚劳的病因、证候及论治均做了比较全面的归纳。他认为病后或误治可引起虚劳，他在《景岳全书·虚损》中提出“疾病误治及失于调理者，病后多成虚损。”他秉持“精气夺则虚”的观点，谓：“病之虚损，变态不同。因有五劳七伤，证有营卫脏腑，然总之则人赖以生者，唯此精气，而病为虚损者，亦唯此精气。气虚者，即阳虚也；精虚者，即阴虚也。”他还提出了虚损的危候，如“有患虚证，别无邪热，而谵妄失伦者，此心脏之败，神去之兆也”“喘急气促者，此肺脏之败也”“劳损肌肉脱尽者，此脾脏之败也”“凡病虚损者多有筋骨疼痛，若痛有至极，不可忍者，乃血竭不能荣筋，此肝脏之败也”“劳损既久，再及大便泄泻不能禁者，此肾脏之败也”。他在治疗上运用阴阳互根理论，在《景岳全书·新方八略》中提出：“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷，善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升而泉源不竭。”创制了左归饮、右归饮，左归丸、右归丸等补肾的方剂。