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医家对病因的思考自古有之。早在《内经》中已有“其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒”的记载。阴阳指内外，将疾病分为内因和外因两类。东汉张仲景在《金匮要略》中提出“千般疢难，不越三条：一者，经络受邪，入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤”，提出了病因分类的方法。南宋时期永嘉学派的医家陈无择综合以上分类方法，提出了三因学说，并著《三因极一病证方论》加以论述。其弟子王硕著《易简方》，孙志宁、施发、卢祖常、王暐等围绕编著、增修、校正和评述《易简方》，展开激烈的学术争论，丰富和发展了三因学说。
陈无择秉承整体观念和天人相应理论，并据人体生理病理特点提出了三因分类的依据，“夫人禀天地阴阳而生者，盖天有六气，人以三阴三阳而上奉之，地有五行，人以五脏六腑而下应之。于是资生皮肉、筋骨、精髓、血脉、四肢、九窍、毛发、齿牙、唇舌，总而成体。外则气血循环，流注经络，喜伤六淫；内则精神魂魄志意思，喜伤七情”（《三因极一病证方论·三因论》）。陈无择重视养生，认为“将护得宜，怡然安泰”，若“役冒非理，百疴生焉”。如确已成疾患，则以三因方法寻其病源。
三因学说认为，“六淫，天之常气，冒之则先经络流入，内合于脏腑，为外所因；七情，人之常性，动之则先自脏腑郁发，外形于肢体，为内所因；其如饮食饥饱，叫呼伤气，尽神度量，疲极筋力，阴阳违逆，及至虎狼毒虫，金疮踒折，疰忤附着，畏压溺等，有背常理，为不内外因”。将病因归纳为三大类，即外感六淫为外因，七情内伤为内因，饮食所伤、叫呼伤气、虫兽所伤、跌打损伤、中毒、金疮等为不内外因。“如欲救疗，就中寻其类例，别其三因，或内外兼并，淫情交错，推其深浅，断其所因为病源，然后配合诸证，随因施治，药石针艾，无施不可。”三因学说不离辨证论治思想，在辨清病因、病性、病位、病势并概括判断为某种证的过程中，对辨清病因提出了独到的见解，是辨证过程的主要方法论。
在内所因方面，陈无择仅以情志失调作为致病内因，“然内所因唯属七情交错，爱恶相胜而为病”（《三因极一病证方论·内所因论》）。七情者，喜、怒、忧、思、悲、恐、惊是也。陈无择将七情致病的病机关键归纳为脏腑气机失调，“夫五脏六腑，阴阳升降，非气不生，神静则宁，情动则乱，故有喜、怒、忧、思、悲、恐、惊，七者不同，各随其本脏所生所伤而为病……虽七诊自殊，无逾于气”（《三因极一病证方论·七气叙论》）。
七情内伤致病具有广泛性，如《三因极一病证方论·疟病内所因证治》指出：肝疟“以蓄怒伤肝，气郁所致”，心疟“以喜伤心，心气耗散所致”，脾疟“以思伤脾，气郁涎结所致”，肺疟“以忧伤肺，肺气凝痰所致”，肾疟“以失志伤肾”。总之，“五种疟疾，以脏气不和，郁结涎饮所致”。《三因极一病证方论·五积证治》指出：名曰肥气之肝积，名曰伏梁之心积，名曰痞气之脾积，名曰息贲之肺积，名曰奔豚之肾积，皆乃因情志所伤，致脏气不平，又遇时相逆而成。《三因极一病证方论·五劳证治》指出：“五劳者，皆用意施为，过伤五脏，使五神不宁而为病。”《三因极一病证方论·内因衄血证治》指出“五脏衄”的病因为“积怒伤肝，积忧伤肺，烦思伤脾，失志伤肾，暴喜伤心，皆能动血”。《三因极一病证方论·内所因心痛证治》指出心痛由“脏气不平，喜怒忧郁所致”。《三因极一病证方论·内因腰痛论》指出：失志伤肾，郁怒伤肝，忧思伤脾，皆致腰痛”。《三因极一病证方论·内因咳嗽证》中对五脏咳的情志因素进行了论述。
对于内所因所致内伤杂病的诊治，陈无择崇《素问·灵兰秘典论》十二官之说，认为应随四时调养十二官之阴阳消息盈虚，以平为期。具体来看是依据五行生克制化原理，施以补泻，他将这种脏腑归属五行的相对太过或不及比作“父子兄弟不足”，而把依据五行生克原理来调整脏腑虚实的方法比作“以礼格之”。对于七情致病的药物治疗，陈无择以七气汤“治脏腑神气不守正位，为喜、怒、忧、思、悲、恐、惊忤郁不行，遂聚涎饮，结积坚牢，有如坯块，心腹绞痛，不能饮食，时发时止，发则欲死”，针对其情志所致之气虚病机，用人参、炙甘草益气，佐以半夏、桂心行气。又在仲景半夏厚朴汤的基础上加减而成大七气汤，用治七情致病之实证，言：“喜怒不节，忧思兼并，多生悲恐，或时振惊，致脏气不平，憎寒发热，心腹胀满，傍冲两胁，上塞咽喉，有如炙脔，吐咽不下，皆七气所生。”大七气汤中紫苏理气宽中，厚朴行气除满，半夏降逆消痞，佐以茯苓利水渗湿，用于实证的喜怒震惊、脏气不平之证。
在“外所因”方面，陈无择仅以外感六淫作为致病外因，“夫六淫者，寒暑燥湿风热是也”。他提出四气为病的季节特点，以暑热一气，燥湿同源，将六淫进一步归纳为四类，“冬伤寒，春温病；春伤风，夏飧泄；夏伤暑，秋痎疟；秋伤湿，冬咳嗽”。他又提出如果将护失宜，则不拘于四时为病之序，亦可触冒四气，“若其触冒，则四气皆能交结以病人”（《三因极一病证方论·外所因论》）。
陈无择认为，六淫邪气常兼夹为病。如痎疟，常偏胜于暑，但初期亦可由寒暑风湿互结所致。又如咳嗽，非独因于湿，亦可由寒、热、风所致。“所谓风寒、风温、风湿、寒湿、湿温，五者为并，风湿寒、风湿温，二者为合，乘前四单，共十一变……又兼三阳经络亦有并合”。
六淫邪气致病各有特点，其临床表现在共性之中又有个性。如温病恶寒发热，可由伤寒引起，亦可由风、暑、湿造成。风者能散能行，故兼见有汗；暑者耗气伤津，故兼见乏力；湿者重着，故兼见肢困。又如飧泄，可由伤风引起，亦可由湿热久客肠胃，滑而下利。
关于六淫常交织为患，又有所区别的特点，陈无择提出六淫本乎一气的理论依据，“四气本于六化，六化本乎一气，以运变而分阴阳，反则为六淫”。因此，他认为外邪难辨，而不似内证易知。虽辨明外所因具体属何者不易，但陈无择仍持严谨态度，认为应治病求本，审察症状，甄别脉证，明辨所反映的病因属于六淫中何者，以及是否有多种六淫邪气杂合为患，当通明病因，“毫厘不滥，乃可论治”。
三因学说的提出有一定的时代背景，并源于医疗实践的需要。当时的政治、经济、文化重心均由黄河流域向长江流域转移，南宋的皇帝重视医疗卫生工作，设有较为完善的医药卫生行政机构和管理系统，制定了一系列医事制度和法规，促进了医疗卫生事业的发展。此前的唐宋医学已经积累了丰富的实践经验，出现了大批大部头方书，如《太平圣惠方》《圣济总录》等，卷帙浩繁。因此，这一时期的医学由博返约，成为必然。陈无择生活于温州，当地“七山二水一分田”的地理条件，孕育了功利主义思想，重视实用。当地以叶适为代表的主张唯物主义，提倡功利，反对朱熹道学的儒家“永嘉学派”“永嘉四灵”诗派及中国最早的戏剧——南戏，共同开创了温州文化学术空前繁荣的新局面。在这一背景下，陈无择的《三因极一病证方论》，以消除繁芜、把握枢要的分类方法，每类有论有方，文辞典雅，而理致简赅，简单实用，将致病因素与发病途径结合起来，是在辨证论治基础上的方法论，对后世病因学的发展影响极为深远。
浙江省首位国医大师何任先生根据三因学说提出了养生方法——内因注意调摄精神，外因重视适应气候、改善居住环境，不内外因着眼于饮食与起居的调理。这种三因学说的养生方法，提纲挈领，简单易行，有助于增强人体正气和体质，从而促进人体的生殖功能。
金元时期，《太平惠民和剂局方》之学盛行，元代医家朱丹溪曾致力于《局方》的研究，但在实践中揣知其弊，认为“操古方以治今病，其势不能以尽合”，其理论并不能完全满足实践，提出当遵《内经》《难经》诸经，起度量，立规矩，称权衡。他拜访名师罗知悌，继承刘完素、张从正、李东垣之学，奠定了医学思想基础。朱丹溪根据江南气候潮湿、湿热相火为病甚多的地理特点及人多情欲过极、戗伐气血的社会风气，著《格致余论》，提出了“相火论”。丹溪弟子众多，如赵良仁、戴世垚、戴思恭、戴思温、楼英、徐彦纯、虞抟、王纶等继承其学术思想，并发挥了“相火论”学说。
朱丹溪借用《内经》中作为运气术语的君火、相火，赋予了二者生理病理的不同概念。在生理概念层面上，君火、相火的共性是“动”，“火内阴而外阳，主乎动者也，故凡动皆属火”。君火乃“以名而言，形气相生，配于五行”，相火乃“以位而言，生于虚无，守位禀命，因其动而可见”。由于名位形气的不同，五行归属不同而分君相。君火为有形、有气、有名，五行属火的心，“心，君火也，为物所感则易动”，特指精神情志活动。相火内涵丰富，一指无一定形质，不独居一脏的生命活动动力，“天主生物，故恒于动；人有此生，亦恒于动。其所以恒于动，皆相火之为也”“天非此火，不能生物，人非此火，不能有生”。二指生殖功能活动，归于肝肾，上属于心，心动则火起精走。
在病理概念层面上，君火、相火之含义则全然不同。“君火之气，经以暑与湿言之”，当属外感火热；“相火之气，经以火言之，盖表其暴悍酷烈，有甚于君火者也”，相火因“五性感物”而动，证分脏腑而言，当属内生火热。“相火论”的中心内容是阐述相火，亦即内生火热的病因病理。以病机十九条的五条火证为纲，脏腑症状为目，又引《素问玄机原病式》脏腑诸火之动、升、胜、用来讨论相火的表现，“是皆火之为病，出于脏腑者然也”。以脏腑辨证为内生火热的主要辨证方法是“相火论”的重要内容，联系《格致余论》“湿热相火为病甚多”的论述，这种相火当非阴虚生内热之虚火，亦非气虚下陷之火，而是“气有余便是火”，偏指机体脏腑阴阳平衡失调所致的内生实火。人于有知之后就有“为物所感不能不动”的本性，而“动”即为五火，由此触发相火而导致一系列病变。
丹溪还强调相火和阴的关系。相火属阴，在病理情况下相火又伤阴。“肝肾之阴悉具相火”“火起于妄，变化莫测，无时不有，煎熬真阴，阴虚则病，阴绝则死”，因而“其暴悍酷烈，有甚于君火者也，故曰相火元气之贼”。丹溪在《格致余论·阳有余阴不足论》中指出，阴阳含义有二：一者以天地日月为喻，取象比类，说明人体气血阴阳的有余不足，气常有余而血常不足，以阴与阳指代血与气；二者又提出男子二八、女子二七阴气始成，而可与阳气为配，以阴指代生殖功能的物质基础。指出阴气难成易亏的生理特点，“阴气之成，止供给得三十年之视听言动，已先亏矣”。这样的生理特点，再加之人之情欲无涯的一般倾向，易阳动而致阴亏。针对情欲伤阴的病机，朱丹溪认为相火是关键，在脏腑则责之心，又与肾、肝、胆有关，相火静而藏则属肾，动而发则属肝胆，又“上属于心”，若心为外界事物（情欲）所触，“相火翕然而起，虽不交会，亦暗流而疏泄矣”，而致精亡伤阴。在养生上，朱丹溪提出了静心的养生方法，主张心不妄动、不见所欲。药物治疗上，提出郁火当发、实火可泻、虚火须补的治则治法，并不主张纯用苦寒。朱丹溪亦善用滋阴降火法，创制了三补丸、大补丸、大补阴丸等方剂，后人称其为“滋阴派”。
针对内生火热的相火病机，朱丹溪提出了相应的辨证治法。在辨证方面，论痛风提出了“大率因血受热，已自沸腾……寒凉外搏，热血得寒，污浊凝滞，所以作痛”的观点。论疝气，提出了“此证始为湿热在经，郁而至久，又得寒气外束，湿热之邪不得疏散，所以作痛”的观点。论涩脉“固多虚寒，亦有痼热为病”等，补充了从火热立论的内容。在治法方面，他认为一者郁火当发，以汗、吐、下三法泻火郁；二者实火可泻，以下、通、清三法正治降火；三者虚火须补，补气之中更兼升、兼降、兼缓。
相火论的主旨重在阐发其病理，从病因病机到证候表现，从辨证观点到预防之法均一一言明。相火论创造性地发展了内生火热理论，使中医学对火热证的病因病机、辨治规律的认识都有了长足的进步。丹溪之学与宣和局方之争，是医之门户分于金元的标志。《太平惠民和剂局方》盛行于宋元之间，至震亨《局方发挥》出而医学始一变也。相火论为丹溪学派的重要理论之一，深刻影响了后世中医学的发展，对明清时期的温补学派、温病学派都有直接的影响。
命门学说的提出，受当时宋明理学兴起的影响，传统以五运六气学说及天人相应思维模式的医学学术观点，不能与当时哲学主流思想相适应。在对更好阐释生命原动力的需求的推动下，出现了百家争鸣的局面。金元之后，流派纷起，许多医家尊崇河间、丹溪之学却不得其法，“自河间主火之论行，而丹溪以寒苦为补阴，举世宗之，莫能禁止”，形成了苦寒之时弊。明代张景岳、赵献可批判这一现象，重视命门学说，提出了“阳非有余、真阴不足”的见解，相关代表作有《类经》《景岳全书》《医贯》等。
张景岳以太极理论阐释命门，他认为命门内含人之真阴真阳，“即人身之太极，由太极生两仪，而水火具焉，消长系焉”。认为命门有位有形，其“居两肾之中而不偏于右”。他反复强调阳气在生命活动中的主导作用，在《景岳全书·传忠录》中提出：“夫人之所重者，唯此有生，而何以能生，唯此阳气，无阳则无生矣。”在《类经附翼·大宝论》中提出：“万物之生由乎阳，万物之死亦由乎阳，非阳能死物也，阳来则生，阳去则死矣。”这些论述均体现了他重视命门，认为命门乃立命之门户，为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之宝，强调了命门之于人身的重要性。
张景岳从形气、寒热及水火之辨三个方面来说明人体阳气的重要性。形气方面，他提出“阳化气，阴成形，阳气易脱，相对不足”的观点。他在《类经附翼·大宝论》中提出：“夫形气者，阳化气，阴成形。是形本属阴，而凡通体之温者，阳气也；一生之活者，阳气也；五官五脏之神明不测者，阳气也。及其既死，则身冷如冰，灵觉尽灭，形固存而气则去，此以阳脱在前，而阴留在后，是形气阴阳之辨也，非阴多于阳乎？”寒热方面，他提出热为阳，虽过热亦可为害，但如不过亢，则为万物生发的动力；但寒为阴，肃杀了无生意，认为阴寒之力甚于阳热。他提出：“寒热者，热为阳，寒为阴。春夏之暖为阳，秋冬之冷为阴……是热能生物，而过热者唯病；寒无生意，而过寒则伐尽。然则热无伤而寒可畏，此寒热阴阳之辨也，非寒强于热乎？”在水火方面，他提出“水为阴，火为阳”“造化之权，全在水火”。但水亦由天一之阳而生，也即水之生亦有赖于阳气。他提出：“天一者，天之一也，一即阳也，无一则止于六耳。故水之生物者，赖此一也；水之化气者，亦赖此一也。”“生化之权，皆由阳气。”
因此，他认为人体虚多实少，应慎用寒凉攻伐，针对临床命门火衰和真阴耗竭的疾患，提出“善补阴者，必于阳中求阴……善补阳者，必于阴中求阳”的观点，创制了左归丸、右归丸等方剂。但同时亦不偏废真阴，“此一阴字，正阳气之根也”。他亦反对辨证不明，在无虚证、无寒证或无寒热不显的情况下滥用温补之法。
赵献可认为命门有位无形，“命门无形之火，在两肾有形之中”，亦即“两肾间动气”。“对脐附脊骨，自上数下，则为十四椎，自下数上则为七椎……其右旁一小白窍，即相火也；其左旁之小黑窍，即天一之真水也。此一水一火，俱属无形之气”。（《医贯·内经十二官论》）他主张君主命门学说，认为命门是“真君真主，乃一身之太极”，统摄十二官。君主命门具有以下特点：其一，司性与生殖，主“人之初生受胎”；其二，为十二经、十二官之君主；其三，以君主之火为生命的原动力和人体正气，“火旺则动速，火微则动缓，火熄则寂然不动”“主气固，客气不能入”。此外，赵献可亦重视阴精真水，认为它们与命门之火相依而永不相离。因此在治疗上，若见水火之有余不足，则不用攻伐之法。如火有余，则“壮水之主，以制阳光”，方用六味地黄丸；如火不足，则“益火之源，以消阴翳”，方用八味地黄丸。
命门学说，着眼于人之元阴元阳易虚致病的病机，创新命门的概念及其功能的认识，强调温补肾阳和滋养肾阴在养生、预防中的重要性，为后世广泛学习和实践。
运气，即五运六气的简称。运气理论以天人相应整体观念为指导思想，以阴阳五行为理论框架，以天干地支系统为演绎工具，研究六十甲子周期天地自然气候、物候变化规律及人体疾病发展和临床防治规律的理论。五运，即木运、火运、土运、金运、水运，“土主甲己，金主乙庚，水主丙辛，木主丁壬，火主戊癸”（《素问·五运行大论》）。其分别配以天干，用以推知每年岁运及季节气候变化。“六气”的概念，可追溯到春秋秦国医和提出的“阴、阳、风、雨、晦、明”，滥觞于《内经》，指风、寒、暑、湿、燥、火六种自然现象，分别配以地支，用以推测每年岁气及六个时段气候变化。五运六气理论在《内经》中形成了较为系统的知识体系，陈无择、朱丹溪等医家均受当时《内经》气化理论的影响。
陈无择秉天人相应观点，在《三因极一病证方论·五运论》中提出“夫五运六气，乃天地阴阳运行升降之常道也。”“凡不合于德化政令者，则为变眚，皆能病人。”在《三因极一病证方论·五运时气民病证治》中收录了调治五运太过、不及之年常见症状的10首“五运证治方”，因简易、有效受到关注。陈无择指出：“夫六淫者，寒暑燥湿风火是也。以暑热一气，燥湿同源，乃因四时之序。”故将六淫统为四气，并与四时相合。在外所因中，四气证治之后还论述了“五运时气民病证治”“六气时行民病证治”及“疫病证治”等，因此可将四气致病看成是四时之气致病。五运的内容包括岁运和主运、客运。岁运又称中运、大运，影响全年的气候、物候、人体疾病变化，可对天、地、人产生影响，十干统运，按年干匹配，岁运太过、不及每十年一循环。主运和客运是将一年分为五个时间段，主运年年不变，依木、火、土、金、水五行相生的顺序依次分司，客运随岁运不同而变化轮替。五运在理论发展过程中与六气结合，形成五运六气理论体系，在临床应用中对主运和客运的作用较少提及，在《内经》运气体系中，五运仅保留着主岁的大运的作用。《三因极一病证方论》提及的五运太过、不及，实际是指岁运太过、不及。岁运有太过、不及和平气之分。岁木太过，肝木之气克脾土、致泄泻，且将胁痛准确定位到左胁痛，以苓术汤治疗。岁火太过，痎疟、上气咳喘、咯血痰壅、嗌干等皆为火热之邪伤肺的症状，胸痛、胁痛等均为心火过盛自伤的症状，骨痛为肾水亏，浸淫为热邪周流全身，谵妄为热扰心神，以麦门冬汤主治。岁土太过，雨湿流行，肾虚脾湿，肝旺脾虚，以附子山茱萸汤主治。岁金太过，燥气流行，可见肝病、肺病，火气来复动血的表现，以牛膝木瓜汤主治。岁水太过，寒水流行，可见身热烦躁谵妄、手足厥冷等心阳内郁，腹胀大、肠鸣、溏泄为脾肾阳虚的表现，以川连茯苓汤主治。岁木不及，燥乃盛行，可见肝虚脾虚、热邪犯肺的表现，以苁蓉牛膝汤主治。岁火不及，寒乃盛行，可见心胸中痛等心阳虚的表现，髋髀痛等太阳经虚寒的表现，以及溏泄、腹痛等脾阳虚的表现，以黄芪茯神汤主治。岁土不及，风乃盛行，可见飧泄、筋瞤、胁痛等脾虚肝旺的表现，以白术厚朴汤主治。岁金不行，炎火盛行，可见咳逆上气、肩背臂痛等火邪伤肺，头脑痛等格阳于上，发热、口疮、心痛等心火旺的表现，以紫菀汤主治。岁水不及，湿乃盛行，而致肾病、脾病、肝病，以五味子汤主治。
五运太过、不及之年，相应的五运之气盛衰不同，可以影响人体五脏盛衰，故可依据五脏虚实而调治五运太过、不及之气对人体的影响。陈无择内化并发挥了《内经》中的相关理论，根据天人相应模式，或引用或创制了10首方剂，为指导我们治疗或预防六气致病提供了宝贵经验。
“君火”“相火”的概念首见于《内经》，《内经》还提出了“壮火食气”“少火生气”的气火关系。朱丹溪倡“相火论”，在继承《内经》火与气关系的基础上有所发挥。朱丹溪认为：“阳动而变，阴静而合，而生水、火、木、金、土，各一其性。唯火有二：曰君火，人火也；曰相火，天火也。”他在《内经》的少火、壮火的基础上，又结合刘河间、李东垣等人的观点，提出相火的生理病理理论，将火视为病因，提出“相火为元气之贼”的观点。朱丹溪言：“见于天者，出于龙雷，则木之气；出于海，则水之气也。具于人者，寄于肝肾二部。”“肝肾之阴，悉具相火，人而同天地乎。”认为相火存在于肝肾之中。他引龙雷之火来指代相火的猛烈特性，“火与元气不两立，一胜则一负”，相火妄动导致消耗真阴，损伤元气，故为元气之贼。
朱丹溪厘清了火与气的关系，他将火置于气中讨论，吸纳火作为运气系统中的合理成分，但同时相火会因妄动而成为损害人体之气的元凶，由此肯定了火与气的一元性。此外，朱丹溪明确了相火的位置，同时将太极与相火、命门相联系，扩大了火的研究层面，为后世医家研究命门学说提供了新思路。