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清代后期（1840～1911年），浙江的官吏和军队十分腐败。在思想上严密控制，继续推行高压统治和愚昧、迷信的政策，提倡维护封建正统的理学和脱离现实的考据学，并以八股取士的科举制度来麻痹和笼络知识分子。吏治的腐败给浙江人民造成了深重灾难，激化了社会矛盾和阶级斗争。在这样的历史背景下，涌现出了一批新思想家，形成了一股维新思潮。杭州人龚自珍的开拓思想直接启迪了近代浙江的革故鼎新思潮，浙江的汤震、汪康年、章太炎等一大批进步人士提倡学习西方的科技文化，振兴中华。民国时期（1912～1949年），浙江风云变幻，政局动荡。1911年11月5日，资产阶级革命党人在杭州起义，摧毁了清王朝的统治，在杭州成立了浙江军政府。辛亥革命后，浙江人民在崎岖的道路上继续奋进，在经济、文化诸方面仍取得了一些成就。
以1840年鸦片战争为转折点，素以“人文之邦”著称的浙江与全国一样，经历了半殖民地半封建社会的坎坷命运。但是，民众在荆棘丛生的道路上顽强斗争，在医疗卫生事业方面仍有一定的发展。随着西医学在浙江的传播，中西医学交相辉映，推动着当地医药事业艰难地向前迈进。这一时期，颇具完整意义上的医疗卫生管理机构及中西医院开始建立。西医院规模较大的有浙江广济医院、省立医药专科学校附属医院等。而医学院校方面，近代浙江真正的西医学校则是1881年创办的浙江私立广济医学各科专门学校和1912年成立的浙江省立医药专科学校，中医学校则首推瑞安利济医学堂。也是在这一时期，中西医人才辈出，代表性的有吴尚先、仲学辂、傅嬾园等。此外，一大批文豪和革命志士也涉猎医药学，如龚自珍、丁丙、俞樾等。但总体而言，浙江医药学发展的速度比较缓慢。
进入民国时期，由于历史条件的局限，浙江医药学发展仍举步维艰，与世界医学的发展拉开了较大差距。但这一时期，医政机构建设方面趋于完善，中西医院数量有所增加，西医人才不断涌现。医药行业尤其是药业发展势头强劲，杭州民生药厂是当时的代表之一。中西医学术团体及刊物的创办与发展成绩斐然，浙江中医专门学校等职业教育机构纷纷成立，省立救济院等慈善机构也有所发展。
1885年由陈虬等创办的瑞安利济医学堂是近代浙江第一所中医学校，地处瑞安城东杨衙里的利济医院内。利济医学堂落成时招收学生，陈虬亲自制定《习医章程》，规定学徒入学年龄为14岁，学习年限6年，学成要经过严格的考试，才批准试医，并发给试医图章。考试采取每季度考1次，根据成绩分班，以便次第转课。医学堂的教师聘请浙南各地名医，陈虬亲自主持教授。除了教授中医经典著作外，还把当时西方传入我国的医学著作及其他书籍也介绍给学生阅读，实乃我国中西医教学相结合的先河。学堂尤其注重临床，教导学生临证时不要只开处方，还必须写好医案。陈虬的民主改革思想和新的教学方法，为开启医界学术新风气、培养中医药新人才作出了极大的贡献。值得一提的是，学堂出版的《利济学堂报》一经发售，畅销全国，极大推进了浙南地区的学术研究与争鸣。
民国之初，近代著名中医学家傅嬾园联络浙江中医药界人士，集资创办中医专校。1916年，杭州中药行业在吉祥巷四明养庐创办私立浙江中医专门学校，于1917年正式招生，由傅氏任校长兼医务主任。他在任校长期间亲自授课，编撰《众难学讲义》《嬾园医案》《嬾园医话录》等讲义；还筹划资金，在杭州开设两处施医所。傅氏对中医人才培养倾注心血，他认为欲振兴中华医药，当先注重人才，人才越多，学术研究则越精。他不仅对学生的学业要求严格，而且重视医德教育，以古今名医医德言行教诲学生。在中医学术上，傅氏为绍兴伤寒学派的中坚力量，遵从张仲景六经辨证之法，以六经辨时病，辨证重湿，施治主化，用药朴实稳健，注意邪有出路，其学术主张至今对临床仍有参考意义。
该校由于接受了时代潮流的影响，在课程设置与教学内容上已重视结合现代科学，单独设立解剖、生理、外科等西医课程。即使在中医课程中，也注重融会贯通近代自然科学的内容，如杨则民所编的《内经讲义》，除将中医理论讲深讲透外，还结合西医与哲学加以深化。毕业考试分为理论与实习两个方面，后者还分成处方实习与临床见习两步，先由教师提出医案，学生处方，唯有合格方能进入临床见习，即直接面对患者处方。可见，该校在办学的各方面都较为严谨和正规。
1919年，兰溪中医专门学校建在兰溪城北严氏花园内，由县药业公会承办。诸葛超任校长，张山雷任教务长。该校的章程是学生读预科2年，以基础理论为主；正科2年，以临床实习为主。学校的全部讲义由张山雷编写，共计20多种，100多万字。学校的教学特点是由浅入深、循序渐进，注重基础和中西医结合，广征兼容中医各家学说而又有独到见解，以及重视临证实践等。由于学校师资雄厚，管理严格，办学十分出色，历时19年，共毕业学生556人。