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明代，浙江社会发展迅速，区域性的社会经济结构出现了一些显著的变化。诸如由蚕桑棉麻的革新所引起的农业经营方式的改变、农村阶级的分化、市镇经济的繁荣、资本主义萌芽的出现等。明末清初，有十多位传教士到浙江传教，也带来了西方的科技、文化。在传教士身边聚集了一大批文人墨客，中西方文化在这里初步交融，近代民主与科学的思想崭露头角。
清沿明制，设浙江省，钱塘（今杭州）为省会。清代杭州市的面积基本与中华人民共和国成立初期相当。江南的秀丽，杭州的繁华，使秦始皇之后的诸多帝王在钱塘这块圣地上留下了足迹。康熙、乾隆曾多次下江南，也使钱塘闻名遐迩。清代中叶，浙江传统的自然经济逐渐衰落，商品经济却十分活跃。新型的绅士地主（即城市地主）把部分土地用于工商业，促进了市镇经济的繁荣，店铺目不暇接，出现了“杭民半商贾”的现象，资本主义萌芽的诸多因素深刻地影响了这一地区的意识形态和生活习俗。史学、经济学、文学、艺术等领域的人才层出不穷，各领风骚。学校教育更趋发达，共有府州学11所、县学75所。
明代，浙江的医政机构已渐趋完善，达到了中国封建社会时期医政管理的最高水平，各府、州、县基本建立了医政机构，设立了医政官员。这一时期的医药学家学识渊博，文化素养高，名医荟萃，世医众多。由于这一时期浙江疫情猖獗，对各种传染病、流行病的研究和防治，直接促进了医学各科的发展。正是在防治疾病的临床实践中，培养和锻炼了一大批医术精湛的大家，浙江籍人士担任御医的就有20多人，太医院院判、吏目30多人，在全国享有很高的声誉。
清代，中医学也进入了全盛时期，浙江供职于朝廷和太医院的人士较多，全省有史料可查的名医就有1500多人。医政机构完善，医官职掌分明。各府、州、县药业兴隆，药店相继开业，药材市场颇多。1664年，杭州侣山堂的创立，使浙江在民间创办中医学教育机构处于全国领先地位。这一时期，政府和民间人士从各自的角度出发筹资创办养济院、育婴堂和漏泽园，收养医治贫病者。但此时由于受到闭关自守思想及海禁的影响，与国外的医药学交流很少。
明清时期浙江医药发展的地域时代背景优越，致使这一时期浙江省医药卫生事业取得了令人瞩目的成就。医疗制度离不开政治制度，并受制于社会文明程度和生产力发展水平，也与同时代的医疗水平紧密相连。继金元以朱丹溪、戴思恭为首的“滋阴派”后，明清时期浙江又形成以张景岳、赵献可为主的“温补派”，以张志聪、高世栻为代表的“钱塘学派”，以俞根初、高学山为首有地域色彩而无师承关系的“绍派伤寒”等学术流派。他们从医药学的不同角度努力实践、勇于探索创新，完善了各学科的建设，开创了多种学（流）派。同时，世袭专科也有一定程度的发展。
金元之后，流派纷起，河间、丹溪、子和之学广为流传，几乎独占了元末明初医学界，他们重视寒凉攻下，滋阴降火，纠正了《太平惠民和剂局方》滥用温燥之风气，但有些医家不善师其法，用药每多偏执于苦寒攻伐，动辄滋阴降火，常易损伤脾胃，克伐真阳，形成了苦寒之时弊。正如《景岳全书》所说：“自河间主火之论行，而丹溪以寒苦为补阴，举世宗之，莫能禁止……此后如王节斋、戴原礼辈则祖述相传，遍及海内。凡今之医流，则无非刘朱之徒。”又说：“自金元以来，为当世之所宗范者，无如河间、丹溪矣。”温补学派正是在批判这种不良学术风气之下崛起的。
温补学派是以研究脾肾和命门水火的生理特性与病理变化为核心内容，以温养补虚、善用甘温为治疗特点的一个医学流派。由于这一学派的诸多医家学宗洁古，私淑东垣，因而是由金元易水学派发展演变而来的。其立论颇新，并且发展了易水学派的脏腑病机学说。该学派从研究脏腑学说转变为专论脾肾，尤其对肾命水火的理论研究逐步深化，从真阴元阳两个方面阐释人体阴阳平衡的调节机制及重要意义，并建立了以温养补虚为临床特色的辨治虚损系列方法，强调脾胃和肾命阳气对生命的主宰作用。在辨证论治方面，温补学派立足于后天，或重视脾胃，或侧重肾命，其善用甘温之味，使扶正诸法趋于完善。因此，也有人把温补学派称为“肾命学派”。这一学派以薛己为先驱，赵献可、张景岳与之并驾齐驱，合称为“温补三大家”，是这个学派的代表人物。此后，孙一奎、李中梓、高鼓峰、吕晚村、冯兆张等名家，或存其统绪，或彰其余韵，使温补一派的学说日益完善，将杂病治疗理论与实践推向了新的阶段。
（1）明辨虚实，长于温补： 张景岳既精医理，又擅临床，辨证之功尤为高明。《景岳全书》开卷即指出：“凡诊病施治，必先审阴阳，乃为医道之纲领。”他把阴阳称为“二纲”，可见其重视把阴阳作为诊察疾病的纲领，即在诊病之时，根据患者的证候、脉象、舌质舌苔等表现综合分析，首先确定是阴证还是阳证，明确了证候的阴阳属性可为治疗奠定基础。其次，他将表里、虚实、寒热称为“六变”，认为“阴阳既明，则表与里对，虚与实对，寒与热对。明此六变，明此阴阳，则天下之病固不能出此八者”。（《景岳全书·新方八略》）张之所谓“二纲”“六变”，至今仍作为辨证施治的纲领而以“八纲”合称。“六变”之中，张景岳尤其重视虚实辨证。他在《景岳全书》“脉神”篇中说：“人之疾病，无过表里寒热虚实，只此六字，业已尽之。然六者之中，又惟虚实二字尤为重要。”而在虚实之中，他更加重视辨虚，认为“疾病之实固为可虑，而元气之虚，应尤甚焉。故凡诊病者，必先察元气为主”（《景岳全书·传忠录·虚实》）。因此，他在临床上十分重视顾护元气，提出“宁可失于误补，不可失于误攻”的观点；又言“若实而误补，随可解救；虚而误攻，不可生矣”。
张景岳辨虚证强调分清阴虚、阳虚，即“以寒热分阴阳，则阴阳不可混”，治疗上强调“凡阳虚多寒者，宜补以甘温，而清润之品非所宜；阴虚多热者，宜补以甘凉，而辛辣之类不可用……阳虚宜补而兼暖，阴虚宜补而兼凉”。可见，张景岳是主张以温补为主的。对一般虚证或寒热见证不显著者，持甘温有益寒无补的观点，提出“虚实之治，大抵实能受寒，虚能受热，所以补必兼温，泻必兼凉”的主张，即命门火衰，应当补肾阳，而对真阴不足者，甘能滋阴，阴性柔缓。他反对朱丹溪以知母、黄柏泻火坚阴之法，而主张以纯甘壮水、柔润濡养之品填补真阴精血。张景岳在辨证的基础上明确提出，用补的前提是无实证可据，用温的前提是无热证可据。若病因热毒实邪，火邪炽盛，张景岳是反对误认虚寒、轻用温补的。
高鼓峰继承了张景岳的温补理论，对虚实辨证有独到见解，并特别强调虚。他认为，人身元气有限，虚者宜早复，攻邪可能伤正，并强调邪之所凑，其气必虚，所以在先天阴虚、阳虚外，还有攻伐太过之虚，系经验之谈。高鼓峰谓：“先天之阴虚，六味、左归之类是也。先天之阳虚，八味、虎潜、右归之类是也。有攻伐太过之阳虚，如用寒凉而致阳遏不升，当用参、芪、术以温之，甚者姜、桂以助之，又甚者八味、右归从其原以救之。有攻伐太过之阴虚，如用发散而致津液干枯，当用归、芍、熟地以滋之，枸杞、龟、鹿、阿胶黏腻之物以填之是也。”由此可见，在治疗上高氏喜用补中益气等温补脾肾之剂。
（2）治病求本，药贵精专： 张景岳宗《内经》“治病必求其本”的理论，认为本为病之源，标为病之变，治病当抓住疾病的本质而施治。他在《景岳全书·传忠录》中说：“万事皆有本，而治病之法，尤唯求本为首务……故明者独知所因，而直取其本，则所生诸病，无不随本皆退矣。”在辨明标本、充分把握疾病表里寒热虚实属性的前提下，张景岳主张用药必当精专，反对“广络原野之术”而制方。他认为，“凡施治之要，必须精一不杂，斯为至善。与其制补以消，孰若少用纯补，以渐而进之为愈也；与其制攻以补，孰若微用纯攻，自一而再之为愈也。若用治不精，则补不可以治虚，攻不可以去实”（《景岳全书·传忠录》）。张景岳在生理上重视阳气，治疗上以温热补阳为重，推崇滋填纯补，反对滥用苦寒攻伐阳气。他还主张用补不兼泻，用温不兼寒。如对薛己用六味、八味补肾之法，他虽然推崇，但认为真阴既虚，则不宜再泻。因此，其用药特点是精纯、味厚、力专。
（3）阴中求阳，阳中求阴： 阴阳互损是疾病发展过程中的常见病理阶段，临床上每见精伤及气、气伤及精的情况。张景岳以阴阳互根、命门水火互济之理，提出“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷；善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升而泉源不竭”（《景岳全书·新方八略》）。不仅阴阳如此，精气的关系亦是如此。“善治精者，能使精中生气；善治气者，能使气中生精，自此有可分不可分之妙用也。”（《景岳全书·传忠录》）精气如此，水火亦如此，因为“火为水之主，水即火之源，水火原不可相离也……使火中无水，其热必极，热极则亡阴，而万物焦枯矣。使水中无火，其寒必极，寒极则亡阳，而万物寂灭矣”（《景岳全书·传忠录》）。施之于气血，亦是如此。“血气本是互根，原不可分为两。如参、芪、白术之类，虽云气分之药，若用以血药，则何尝不补血？归、地黄之类，虽云血分之药，若用以气药，则何尝不补气”（《景岳全书·传忠录》）。因此，张景岳创制了左归丸、左归饮、右归丸、右归饮等一系列补肾阴肾阳的名方，配伍组成均寓阳中求阴、阴中求阳之意。
（4）重视治形，填精补血： 张景岳温补理论的另一显著特点是扶阳不忘养阴，填补精血以治形，并常施以柔润填精和血肉有情之品。他十分强调形体的重要性，并专立“治形论”。张景岳认为，“人之所有者唯吾，吾之所赖者唯形耳。无形则无吾矣，谓非人生之首务哉”。以此说明人的形与神息息相关，密不可分，人的各种生理活动和思维活动都是通过形体实现的。人之所以生病，均因为不善养形，情志劳役过度所致。故养生、治病，都不能离开形体。而精血又是形体的物质基础，与形体密不可分。总之，治形之大法在于补益精血。又因命门为真阴之脏，是精血之海、气血之根、水火之宅，因此，对于阴精不足或阳气虚耗者补养真阴以使精血充足、化源不断，是治疗的首要任务。
明末清初，浙江钱塘（今杭州）形成以卢之顾、张卿子、张志聪、张锡驹为中坚人物，高世栻与仲学辂为传承代表的医学流派。他们的医疗教学活动，使钱塘逐渐成为中医教学研究中心，出现了我国医学史上鲜有的繁荣局面。最早提及“钱塘学派”的，是清代名医陈念祖。他极为推崇张志聪、高世栻等编撰的《伤寒论集注》与《本草崇原》，在其所撰《医学三字经》中赞曰“大作者，推钱塘”，并注曰：“张志聪，号隐庵，高世栻，号士宗，俱浙江钱塘人也……各出手眼，以发前人所未发，为后汉第一书。”明末钱塘有名医张卿子，他的学术主张为其学生张志聪、张锡驹继承并发扬，故合称“钱塘三张”。任应秋教授在论及伤寒学派时指出，钱塘张卿子、张志聪及长乐陈念祖等都是这一派的代表人物，这可以说是维护旧论最有力的一派。
（1）治伤寒，慎用消散寒凉： 伤寒作为外感热病之一，钱塘学派对其研究较深。内感伤寒，病情较重，稍有不慎，往往有性命之虞，故治法应以温补元气为主；如不效，更当加大温补药物的用量。钱塘学派认为，当时治疗内感伤寒之说，世医施治之法，无非消散寒凉，病本可一二剂而愈者必用十数剂。始为发散，继则消磨，终则攻下。原本壮实而病在三阳者，其身或不死，身虽不死，而耽延时日，狼狈已极矣。针对这种情况，高士栻指出，其原因是世医不明“人以胃气为本，若病伤寒，更以胃气为先”之理。钱塘学派还对消导法的运用进行了辨析，认为“上脘是为宿食，若归中脘，便腐化传导，无宿食矣。病人数日不食，则应无宿食。若胸膈胀满，按之而痛，非上焦虚寒，即气机不转，当益其气机，温其三焦，正气流行，则胸膈舒畅”。
（2）治咳嗽，当从五脏论治： 谚语说“咳嗽咳嗽，医之棘手”。这是因为引起咳嗽的原因很多，不止于肺，故难治。钱塘学派宗《素问·咳论》“五脏六腑皆令人咳，非独肺也”之说，将咳嗽分为外因、内因两类。《侣山堂类辩·咳嗽论》曰：“在皮毛而为肺咳者，有五脏受邪，各传与之肺而为咳者，此外因之咳也。有寒饮食入胃，从肺脉上至于肺，则肺寒而咳者；有脏腑之郁热，上蒸于肺而为咳者，此内因之咳也。”由于肺为五脏之长，轻清而华盖于上，所以脏腑之病皆能上传于肺而为咳。故其标见于肺，而其本则在于脏腑之间，治疗当以标本之法兼而行之。在此基础上，高士栻仔细分析了五脏咳嗽，其《医学真传·咳嗽》谓：“是以咳病初起，有起于肾者，有起于肝者，有起于脾者，有起于心包者，有起于胃者，有起于中上二焦者，有起于肺者。”现将其证型及治疗概述如下。
若喉痒而咳，是火热之气上冲，火欲发而烟先起，烟气冲喉，故痒而咳。又有伤风初起，喉中一点作痒，咽热饮则少苏，此寒凝上焦，咽喉不利而咳。或寒或热，治当和其上焦。其有胸中作痒，痒则为咳，此中焦津血内虚，或寒或热而为咳，法当和其中焦。此喉痒之咳而属于上中二焦。
若气上冲而咳，是肝肾虚。心肺居上，肝肾居下。肾为水脏，合膀胱水腑，随太阳之气出皮毛以合肺。肺者为天，水天一气，运行不息。今肾脏内虚，不能合水腑而行皮毛，则肾气从中土以上冲，上冲则咳。此上冲之咳而属于肾。又肝藏血，而冲任血海之血，肝所主也，其血则热肉充肤，淡渗皮毛，卧则内归于肝。今肝脏内虚，不合冲任之血，出于肤腠，则肝气从心包以上冲，上冲则咳。此上冲之咳属于肝。
又有先吐血，后咳嗽者。吐血则足厥阴肝脏内伤，而手厥阴心包亦虚，致心包之火上克肺金。心包主血主脉，血脉内虚，夜则发热，日则咳嗽，甚则日夜皆热，日夜皆咳，此为虚劳咳嗽。先伤其血，后伤及气，阴阳并竭，血气皆亏，服滋阴之药则相宜，服温补之药则不宜。如是之咳，百无一生，此咳之属于心包。
又手太阴属肺金，为天；足太阴属脾土也，为地。在运气则土生金，在脏腑则地天交。今脾土内虚，土不胜水，致痰涎上涌，地气不升、天气不降而为咳，咳必兼喘，此咳之属于脾。又胃为水谷之海，气属阳明，足阳明主胃，手阳明主大肠，阳明之上，燥气治之，其气下行。今阳明之气不从下行，或过于燥而火炎，或失其燥而停饮。咳出黄痰，胃燥热也；痰饮内积，胃虚寒也。此为肠胃之咳，咳虽不愈，不即殒躯，治宜消痰散饮，此咳之属于胃。夫痰聚于胃，必从咳出，使不知咳嗽之原，而但以清肺、消痰、疏风、利气为治，为害不已。
（3）治肿闭，巧用补升发汗： 钱塘学派根据外窍通则内窍通、上窍通则下窍利的原理及汗与水液的关系，去上闭以通流，发汗以利水，以治疗癃闭、水肿等证，取得较好疗效。如治疗癃闭，通常用通利的方法，而张志聪却用补中升提法。问起其中的道理，言：“公不见夫水注子乎？闭其上而倒悬之，点滴不能下也；去其上之闭，而水自通流。”取法自然，用补中升提之法以去上闭，其经验值得借鉴。
张志聪另以发汗宣肺法治疗水肿。关于其机理，张氏云：“虽然邪之所凑，其正必虚。若初肿之时，行去其水，正气易于平复。医者不知发汗行水之法，唯以疏利之药利之，肿或减而无尾闾之泄，犹以邻国为壑耳。”当然，此法并非任何时候都有效，尤其是对虚证难以奏效。张氏云：“如久服疏利之药，则正气日消，水留日久，则火土渐灭，然后以此法行之，无济于事矣。”
（4）治消瘦，抑胃强扶脾弱： 能食而肌肉消瘦的病机主要是胃强脾弱。《侣山堂类辩》列“能食而肌肉消瘦辩”“枳术汤论”“太阴阳明论”三篇，论述了胃强脾弱的病机及治疗方法。“能食而肌肉消瘦辩”篇指出：“胃乃受纳之腑，脾为转运之官，故水谷入胃，得脾气之转输，而后能充实于四肢，滋养于肌肉。胃为阳，脾为阴，脾与胃以膜相连，阴阳相交。如能食而瘦者，阳与阴绝也。夫阳明不从标本，从太阴中见之化。阳明乃燥热之腑，不得太阴之湿化，则悍热之气更盛；脾不得禀水谷之气，则太阴之气愈虚。是以胃中热则消谷善饥，脾气虚则肌肉日瘦，盛者愈盛而虚者愈虚，渐至五有余而二不足，则死不治矣。”其治宜强者抑之，弱者扶之。接着，张志聪又在“枳术汤论”篇中继续阐发：“《金匮要略》用枳术汤治水饮所作，心下坚大如盘。盖胃为阳，脾为阴，阳常有余而阴常不足，胃强脾弱，则阳于阴绝矣。脾不能为胃行其津液，则水饮作矣。故用术以补脾、用枳抑胃。后人不知胃强脾弱用分理之法，咸谓一补一消之方。”尔后又在“太阴阳明论”篇中说：“三阴三阳者，天之六气也。五脏六腑者，有形之五行也。胃属土，而阳明主秋令之燥。阳明者，胃之悍气，别走阳明，犹膀胱乃津液之府，而太阳之气为巨阳，五行六气之有别也。夫两阳合明，故曰阳明，阳盛之气也，故胃土之气柔和，而阳明之气燥热，是以阳明得中见太阴之湿化，则阴阳相和矣。胃土得戊癸之合，则火土之气盛矣。故阳明之气宜于和柔，胃土之气宜于强盛。如火土之气弱，而又秉太阴之湿，则水谷不消而为虚泄矣。此宜人参、橘皮、甘草、半夏之类以助胃；白术、苍术、厚朴、茯苓、姜、枣之类以益脾，甚者加附子以助癸中之火。若阳明悍热之气盛，而不得太阴之化，则阳与阴绝，渐能食而瘦矣。此又宜黄连、枳实之类以抑胃，芪、术、姜、枣之类以扶脾。”综合以上三篇内容，可知胃强脾弱之病机乃胃火亢盛，脾气虚弱，治疗宜抑胃扶脾，用黄芪、白术等扶脾，黄连、枳实等抑胃。其胃强脾弱之说本《内经》《伤寒论》《金匮要略》之旨，发前人之未发，至今对临床仍有指导意义。
（5）治中风，重补脏腑气血： 钱塘学派论治中风，经过了两个阶段的发展，第一阶段是张志聪从病位、寒热、燥湿、虚实等方面阐发病机，第二阶段是高世栻提出的强筋骨、补气血的治疗方法。中风历来有内外之分，张志聪却不以为然。他从病位的深浅、寒热、燥湿、虚实变化来阐发。《侣山堂类辩·中风论》说：“夫邪之中于人也，有皮肉、筋骨、脏腑之深浅，有阴阳、寒热、燥湿之气。”如风伤于皮毛，则为中风轻证，表现为头痛发热、咳嗽流涕等；入于血脉，则表现为肌肤不仁，或为疡，或为肿痿；邪在肌肉筋骨，则为痛痹，或为拘挛，或为偏枯；邪入于腹，或为飧泄，或为燥结；邪入于腑，即不识人；邪入于脏，舌即难言，口唾痰涎。“此邪之入有浅深，而病之有死生轻重也。”其病机是“天有六淫之邪，风有六气之化。邪袭于阳，则为热化；中于阴，则为阴寒。湿盛者，则痰涎上壅；燥盛者，则肠胃下结；邪气盛者，则病气形气皆盛；正气虚者，则病气形气皆虚。总属天之风邪，而人身中有寒、热、燥、湿、虚、实之化”。所以河间谓中风主于火，丹溪谓中风主于痰，东垣谓中风主于气。针对“中风之病，唯年老者有之”之说，张志聪认为中风“年少壮盛者比比，又非独于老人也”。他又指出老年多中风的原因是“年老之人，天癸已绝，血气虚衰，腠理不密，故易于受风。且精气竭而痰火盛，是以有因痰、因火、因气之说焉”。
钱塘学派论治中风重脏腑辨证，以补益气血为主要方法。中风有真中风、类中风之别。明末以来，内风、类中之说盛行，高世栻从之，并进一步阐述曰：“风者，厥阴之本也，在天为风，在地为木，在脏为肝。人身肝血内虚，木不条达，外不充于经络，内不荣于脏腑，则血虚生风，而有中络、中经、中腑、中脏之不同，实皆中风病也。”其论中风，谓病家素体气血亏虚，脏腑阴阳失调，是发病的病理基础。中风为病，病情有轻重缓急之别，轻者仅限于血脉经络，重者常波及有关脏腑。中经络者一般无神志改变而病轻，中脏腑者常有神志不清而病重。高世栻引用《金匮要略·中风历节病脉证并治》“风之为病，当半身不遂，或臂不遂，邪在于络，肌肤不仁”的原文，认为“此言风中于络，或中于经，伤有形之经络而为病，中之浅，病之轻者也……若中风历节，则伤肾主之骨、肝主之筋，疼痛如掣。此言风伤有形之筋骨而为病中之深，病之重也”。高世栻在研习仲景之说时已认识到，内虚邪中是中风立论之本，故云：“虽有浅深轻重之不同，皆不死也……邪入于腑，即不识人，邪入于脏，舌即难言，口吐涎。此不伤有形之筋骨，而伤无形之真气，中腑中脏，皆必死矣。”根据以上认识，高世栻治疗中风别出一法，“不入脏而连经者，所用之药总宜强筋壮骨，补气补血，如芪、术、熟地、归、芍、参、苓、附、桂等”。由于所处的历史条件及个人经验所限，他没有给出中风中脏腑的治疗方案，认为连脏则死，但他提出的强筋壮骨、补益气血的方法却给后世医家以启发。清代王清任用补气活血法治瘫痿，并创补阳还五汤，与之相关。
温病病名最早见于《内经》，《素问·阴阳应象大论》云：“冬伤于寒，春必病温。”认为温病是发生于春季的外感热病，为后世伏气温病学说奠定了基础。《素问·热论》云：“凡病伤寒而成温者，先夏至日者为病温，后夏至日者为病暑。”明确了温病的发生季节，为后世“四时温病”的命名提供了依据。《难经》认为，“伤寒有五，有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病”，明确指出温病是五种伤寒之一，广义伤寒和狭义温病学说至此形成。《伤寒论》曰：“太阳病，发热而渴，不恶寒者，为温病。”指出温病的辨证提纲，并与伤寒进行了明确的鉴别。王叔和在继承《内经》“冬伤于寒，春必病温”观点的基础上，进一步提出“寒毒藏于肌肤，至春变为温病，至夏变为暑病”这一观点，对后世有很大的影响。此外，王叔和还提出“时行之气”的概念，对后世创立新感温病说和疫病说均有一定的影响。
刘完素据《素问·热论》“人之伤于寒也，则为病热”，提出“热病只能作热治，不能从寒医”之说。他在热性病的治疗上提出新的观点，创制新的方剂，主张“六经皆从火化……六经传受，由浅至深，皆是热证，非有阴寒之证”，认为热病初期，单用辛温解表，足以误人，从而创制了双解散、防风通圣散等方剂，为治疗热病开创了清热解毒的先河。河间学派治疗热病为人所推崇，因而有“外感宗仲景，热病用河间”之说。至此，温病逐渐从伤寒中分离出来，自成一派，而刘完素亦成为温病学派的奠基人。明末医家吴有性一生从事中医传染病学的研究，以瘟疫辨治而立论，创造性地提出了瘟疫不同于伤寒的独特见解，认为瘟疫的病因为天地间另有一种异气所感，即疠气，并著有《温疫论》一书。自此，不但瘟疫证治有绳墨可循，而且温热与瘟疫逐步合为一家，充实了中医传染病学的内容。
清代叶天士对温病学说的发展作出了重大贡献，是创立温病辨证论治体系的杰出代表。由他口授，顾景文整理而成的《温热论》是学术价值很高的温病学专著，首创用卫、气、营、血四个层次作为辨证的依据，并通过察舌、验齿等方法，发展和丰富了温病学的诊断方法。这些至今仍是温病学的核心内容，是指导临床辨证施治的主要依据。吴鞠通继承叶天士学说，采用《伤寒论》的形式，著成《温病条辨》，并于条文后加注，把方药附于证后，是一部理、法、方、药兼备的温病学专著。另外，吴鞠通确立的三焦辨证，补充了卫气营血辨证的不足。这两种辨证体系相辅相成，使温病辨证理论趋于完善。薛生白著有《湿热病篇》，对湿热性温病的病因病机和辨证论治进行了详细论述，进一步丰富了温病学的内容。王孟英编著的《温热经纬》，以《内经》《伤寒论》《金匮要略》中有关热病的论述为经，以叶天士、陈伯平、薛生白、余师愚等诸家温病学说为纬，附以后世医家的注解，并结合自己的体会加以按语，提出自己的见解，是温病学之集大成者。除此之外，温病学派还有许多著名的医家及著作，如杨栗山的《伤寒温疫条辨》、陈伯平的《外感温病篇》、余师愚的《疫疹一得》、柳宝诒的《温热逢源》、雷少逸（雷丰）的《时病论》及戴天章的《广瘟疫论》等，都从不同侧面丰富和补充了温病学的内容。至此，温病学逐渐形成一门独立的学科。
（1）善辨证，精鉴别： 王孟英于寒热、虚实、燥湿之间，对呕利、二便、痰饮、舌脉、黄疸之辨证有独到之心得。
①辨虚实，脉症合参。《温热经纬·仲景伏气温病篇》言：“三阳病，脉当浮大，而亦有微弱不起者，从邪热抑遏，不得外达，勿谓阳衰，故脉微。”王氏补注道：“更不可误以为阳证见阴脉……沉细之脉，亦有因热邪闭塞使然，形证实者，下之可生，未可概以阴脉见而断其必死。”②辨寒热，当审小便。对《温热经纬·薛生白湿热病篇》所言“若苔滑而口不渴者，即属太阴证，宜温之”，王氏补充道：“苔白不渴，须询其便溺不热者，始为宜温之证也。”③审大便，湿有别。对《温热经纬·叶香岩外感温热篇》“伤寒化热，肠胃干结，故下宜峻猛。湿热凝滞，大便本不干结，以阴邪瘀闭不通”之言王氏有异议，言：“伤寒化热，固是阳邪；湿热凝滞者，大便虽不干结，黑如胶漆者有之，岂可目为阴邪，谓之浊邪可也。”唯其误为阴邪，故复以温脾汤下寒实。④辨呕利，多主实证。对“太阳与少阳合病，自下利者，与黄芩汤”，周禹载理解为“外发未久，内郁已深，其人中气本虚，岂能一时尽泄于外，势必下走作利矣”。王氏反驳曰：“少阳胆木，夹火披猖，呕是上冲，利由下迫，何必中虚始利、饮聚而呕乎？半夏、生姜专开饮结，如其热炽，宜易连、茹。”⑤辨痰涎，另有见解。对于痰涎，王孟英认为，“浊气上泛者，涎沫厚浊，小溲黄赤；脾虚不摄者，涎沫稀黏，小溲清白，见证迥异……辨痰之法，古人以黄者为热，稀白者为寒，此特言其大概而不可泥也。以外感言之，伤风咳嗽，痰随嗽出，频数而多，色皆稀白，误作寒治，多致困顿。盖火盛壅逼，频咳频出，停留不久，故未至于黄稠耳。迨火衰气平，咳嗽渐息，痰之出者，半日一口，反黄而稠。缘火不上壅，痰得久留，受其煎炼使然耳”。⑥辨舌苔，当问口感。《温热经纬·叶香岩外感温热篇》言：“章氏所释，白为寒，非大温其湿不去是也。然虽白而不燥，还须问其口中和否，如口中自觉黏腻，则湿渐化热，仅可用厚朴、槟榔等苦辛微温之品；口中苦渴者，邪已化热，不但大温不可用，必改用淡渗苦降微凉之剂矣。或渴喜热饮者，邪虽化热，而痰饮内盛也，宜温胆汤加黄连。”⑦辨黄疸，注解精辟。王氏论曰：“湿热发黄，名曰黄疸，皆是暴病……黄汗及冷汗、便溏、气虚之阴黄，身面浮肿、睛白能餐、劳倦之弱黄；神志不足、猝受恐吓、胆气外泄之惊黄；肝木横肆、脾胃伤残、土败而色外越之萎黄；皆与暴病不同，不可概目为湿热病矣。”
（2）轻清透解治温病： 王孟英治疗温病的指导思想是无论邪在卫分还是气分、营分、血分，概以轻清透解为立法宗旨。章虚谷认为，叶天士所确立的辛凉轻剂，以吴人气质薄弱，故用药多轻淡，是因地制宜之法。王孟英则不以为然，认为其用药有投轻清平淡者，取效更捷，如真懂其道理所在，则药味分量或可权衡轻重，至于治法则不可改易。关于温邪犯肺的治疗，王孟英指出，“温邪仅宜清解，上焦之治，药重则过病所”，医者必先议病而后谈药，所以温病邪在上焦必须用轻清之剂，这是不可更易的理法。
温病邪在气分，叶天士曾论“到气才可清气”。王孟英进而阐述，所谓清气即以轻清之品宣展气化，如山栀、黄芩、瓜蒌、芦根等。邪在气分，不可贸然使用寒滞之药，且厚朴、茯苓亦在禁例。那种一听说是温病，即乱投寒凉药固属可叹，而不辨有无湿滞，一概用枳壳、厚朴等，亦岂无遗憾。王氏明言：“温邪在气分者，既不可率投寒凉，亦不能过于温燥。如温邪始终在气分流连者，可冀其战汗透邪。”对此，叶氏提出“法宜益胃”。章虚谷认为，益胃即补益胃气。王孟英认为，此说未能尽合题旨，以温热之邪自口鼻入，先犯于肺，不从外解，则里结而顺传于胃，胃为阳土，宜降宜通，所谓腑以通为补也。因此，益胃者主要在于调其枢机，灌溉汤水，俾邪气松达，与汗液一起从外而解，一经战汗，病变可霍然痊愈。
关于邪入营分的治疗，叶天士明确指出“入营犹可透热转气”，意即用清营泄热之品，使其转出气分而解。王孟英与叶天士的观点相同。至于邪入血分的治疗，叶天士指出“直须凉血散血”，常用千金犀角地黄汤治疗。王孟英治疗此等病变常用“犀角地黄汤（晋三）”，即犀角、生地黄、连翘、生甘草，酌加玄参、银花、竹叶类，使血分热毒向外透解。对温病斑出热不解的治疗，叶天士主以甘寒法，轻者如梨皮、蔗浆之类，重者如玉女煎。王孟英认为，这是指玉女煎之石膏与生地黄同用，清泄未尽之热，救已亡之液，故变白虎加人参法而为白虎加地黄法。不称白虎加地黄，而说“如玉女煎”者，是简洁明快的说法。而唐大烈删去“如”字，径直作“重则玉女煎”，岂不知胃液虽亡而身热未退者，熟地黄、牛膝安可投用？孟英治疗此类病证，立案必先正名，故称白虎加地黄法，这才是清泄气血热邪的正确方法。由此可见，温病邪在卫气营血，王孟英皆主以轻清透解，其目的全在有助于驱邪外出。温病邪从外解，除由汗而泄外，二便也是病邪外出的途径。故对脏热移腑的大便溏泄，王孟英认为是邪有下泄之机，不可妄行提涩。温热之邪最易伤津劫液，因此王孟英辨治温病很重视存阴，主张甘凉濡润，力戒温燥。他认为，凡治外感病证，须首先重视患者胃液的盛衰，如邪渐化热，即当濡润胃腑，使胃气流通，则热邪有出路，津液不致进一步受损，意即生津养液与驱邪外出相辅相成。
（3）知时论证，以法统方： 雷丰《时病论》全书拟订治法60则，并以法作名，附有临证医案85例。以法作名列时方，体现了雷氏方可以不定，而法必须确定的“以法统方”的治疗学思想。对于外感病的治疗，雷氏有着鲜明的观点，即赞同因时制宜的原则，指出“前人用药宜分四时，洵非谬也”。《时病论·自序》言：“医者之难也，而其最难者尤莫甚于知时论证，辨体立法盖时有温、热、凉、寒之别，证有表、里、新、伏之分。”对于四季外感病的诊断，根据季节时令，结合证候特点，即“知时论证”。这一诊断学思想是在博采诸家之说的基础上加以发挥，并有新的见解，为外感病的治疗打下了基础。
（4）药简量轻，组方严谨： 雷丰对古方研究极为深刻，加之其基础理论功底深厚，所拟诸法具有药物简单、剂小、组方合理、结构严谨等特色。正如雷氏自述，“所用诸法细心参究，不敢随意妄用以误人”。据统计，其所列60法中，药物最少者3～4味，最多不超过9味，一般6～7味，而且分量很轻，每药3～9g，最多不超过15g，就连一些矿物药，如石膏、龙骨、牡蛎、滑石等，用量亦多为9～15g。如治命门火衰所致的病证，用补火生土法，方中附子2.4g，肉桂1.8g，菟丝子3g，补骨脂3g，吴茱萸2.4g，益智仁3g，芡实6g，莲肉10粒。药仅8味，分量极轻，全方重量不超过30g，而且组方合理，配伍严谨。《时病论》中像这样可圈可点的治法处方，不胜枚举。
（5）治湿病，分表里： 《时病论》分湿为六，即伤湿、中湿、湿热、寒湿、冒湿、湿温。据其表里，病因有居湿涉水、雨露沾衣，从外而受之者，有喜饮茶酒、多食瓜果，从内而受之者。治疗亦分表里：在表之湿用辛散之法，如冒湿用宣散表湿法，伤湿用辛散太阳法；治里湿有渗利法、燥运法，如治伤湿、湿热的通利州都法，治寒湿的辛热燥湿法，治湿温的清宣温燥法。观今人治湿，多以三焦辨证为主：上焦病位在于上，症多见头身困重、胸痞、苔白不渴，治宜辛散开泄，即叶氏所云“宣通气滞，以达归于肺，如近俗之杏、蔻、橘、桔等，是轻苦微辛，具流动之品可耳”；在中焦者，病位在中，症多见脘闷、痞胀、纳少，治宜燥运，药用苍术、厚朴、藿香、佩兰、半夏等；在下焦者，以二便的异常为多见，治宜渗利。然而三焦的辨治并非绝对，通常三焦病位多夹杂而出现，其治疗亦不能单纯以一法而治。雷氏常表里分治，言：“治表湿宜辛散太阳法减去桂、豉，加之苍、朴，俾其在表之湿，从微汗而解也。治里湿宜通利州都法，俾其在里之湿，从小便而去也。”在本质上与三焦并无违背，而更接近临床实践。
（6）治泄泻重类证鉴别： 泄泻一病，《时病论》据其病因病机的不同而有飧泄、洞泄、寒泻、热泻、暑泻、湿泻、痰泻、食泻的区别。书中言：“盖飧泄则完谷不化；洞泄则直倾而下；寒泻则脉迟溺白，腹中绵痛：火泻则脉数溺赤，痛一阵，泻一阵；又有烦渴面垢为暑泻；胸痞不渴为湿泻，或时泻，或时不泻为痰泻；嗳气作酸、泻下腐臭为食泻。”雷氏对病证鉴别的重视是为其治疗而服务的。飧泄乃因土虚木胜，症见脉两关不调，弦而缓，肠鸣腹痛，完谷不化，治以培中泻木法为主。洞泄为土虚木乘，兼有湿邪为乱，症见脉软缓乏力，或关脉兼弦，身重神疲，肢体倦怠，下利清谷，小便短赤，故在培土泻木中兼以运湿。寒泻是因肝脾肾虚寒，症见下利清冷，状如鸭粪，腹中绵痛，小便清白，脉缓息近迟，故用温肝脾肾的暖培卑监法。火泻及湿热为患，症见暴注下迫，肠鸣，痛一阵，泻一阵，尿赤，口渴，脉数，苔黄，用通利州都法加茯苓、黄连。暑泻因暑湿所致，小便短赤，泻下稠黏，小便热赤，脉濡数或沉滑，面垢有汗，口渴喜饮，通体热似火炎，治以清热涤暑法。湿泻因湿困中焦，而见脉来缓涩，泻水而不腹痛，胸前痞闷，口不渴，小便黄赤，或腹微痛，大便稀清，用通利州都法以渗湿。痰泻是痰阻气滞，见胸腹郁闷，头晕恶心，脉来弦滑，神色不瘁，或时泻，或时不泻，用化痰顺气法。食泻是宿食为患，见嗳腐吞酸，胸脘痞闷，得泻而痛减，故治以健脾消食的楂曲平胃法。
（7）辨病位浅深，判病情轻重： 雷丰十分注重从病位的浅深来判断时病的病情轻重。他认为，发生于同一季节、感受同一时邪的病证，由于邪犯部位的浅深不同，病情有轻重之别。这一特性在新感时病尤为明显，故他对每一类新感时病划分为冒、伤、中三级，指出“轻为冒，重为伤，又重则为中”。凡言冒者，感邪微而病位浅，在躯壳肌表；凡言中者，感邪最重而病位最深，多为直中于里；介于两者之间的则为伤。至于其具体辨别，则以临床表现为依据，如春伤于风的病变，冒风乃风邪初冒皮毛，尚未传经入里，仅见鼻塞、咳嗽等症；伤风为风邪伤卫，营卫不和之证，故见寒热有汗等全身症状，较冒风稍重；而中风之病，如矢石之中人，骤然而至，常突然昏倒，不省人事，发病特急，病情特重。其他时病亦如此划分。所以在治疗上，雷氏对不同证候亦区别对待。一般治冒证只须轻剂解表，即可透邪外出；治伤证虽亦旨在驱邪外出，但用药较冒证稍猛；治中证则以逐邪开闭为法，窍通神苏为度。如用微辛轻解法治冒风，解肌散表法治伤风，于中风则立顺气搜风法、活血祛风法、宣窍导痰法等，分别施治于中经、中络、中腑、中脏等证。可见雷氏对同一病因引起不同病证的剖析具体明确，界限清楚，在立法用药上也谨守病机。
《通俗伤寒论·序》曰：“吾绍伤寒有专科，名曰绍派。”上溯明清，下逮民国，300多年来，随着临证经验的不断积累，绍派伤寒之学说不断丰富。其间出现了不少临床大家，形成擅治热病，诊断重目诊、脉诊、腹诊，辨证重湿，施治主化等具有鲜明地域特色的诊断治疗及组方用药体系，著称于杏林。该学派与吴门之温病学派虽同治热病，但其辨证纲领和论治内容却迥然不同，而又与一般仲景学派相异，自成一体，故称“绍派伤寒”。该学派发端于《伤寒论》与《景岳全书》的学术观点，发扬与形成于清代俞根初的《通俗伤寒论》，但彼时的理论体系尚欠完整。后经任沨波、何秀山、何廉臣、章虚谷、邵兰荪、傅再扬、陶晓兰等医家继承发扬，《通俗伤寒论》也几经修订，其理论学说日益丰富。该书奠定了绍派伤寒的学术理论体系，因此后世称张景岳为绍派伤寒之开山鼻祖，俞根初为集大成者，何秀山、何廉臣是深化与细化者。他们皆为绍派伤寒的形成与发展作出了重大贡献。
（1）论重伤风： 伤风有轻有重，陆九芝说的是轻伤风，所以不发热，但咳嗽清涕，鼻塞声重而已。俞根初说的是重伤风，所以头痛身热，恶风怕冷，声重，咳清涕，痰多白滑而稀，或自汗而咳甚，或无汗而喘息，治疗拟从表。而何廉臣则见微知著着眼于咳嗽，认为“咳嗽一日不除，病根一日不芟”。其引绍兴“伤风咳嗽，郎中对头”之谚语，并引徐灵胎“伤风难治论”之说，失治误治，病机日深，或成血证，或成肺痿，或成哮喘，或成怯弱，比比皆然。最后，何廉臣介绍自制疏风止嗽汤（由荆芥穗、薄荷、光杏仁、橘红、百部、紫菀、白前、炙甘草组成），该方仿程钟龄止嗽散，以光杏仁代桔梗，有桔梗之用而无桔梗之弊，为治疗重伤风的效方。
（2）论伏暑： 暑邪为病，唯伏暑证比较难理。暑而名伏，当然不同于新受，何廉臣对此病治疗有一套比较完善的方案。他说：“余治伏暑内发，新凉外束，轻则用益元散加葱、薄荷，重则用叶氏荷杏石甘汤加葱，皆以辛凉泄卫法解外。外解已而热不罢，伏暑即随汗而发，必先审其上、中、下三焦，气、营、血三分，随证用药。”他按照上、中两焦，以及气分、血分的不同，各出治法。在下焦则又分阴分血室、阴分精室施治。其善后则以滋养阴液、肃清余热为主，选方叶氏加减复脉汤及甘露饮加西洋参、蔗浆。他还补充“当病在中下焦胃肠，夹食积者最多，每用陆氏润字丸磨荡而缓下之，或用枳实导滞丸消化而轻逐之”，并认为这是治伏暑晚发博采众长之疗法。暑病分新感与伏暑，是绍派伤寒医家的系统认识，其论治确为发前人所未发。
（3）论燥： 俞根初将肺燥分为凉燥犯肺、温燥犯肺、肺燥脾湿、脾湿肾燥、肺燥肠热和胃燥肝热6个证型。何廉臣补充了沈目南、喻嘉言、张路玉三家之言，以及叶天士、石芾南、张禾芬诸法，可以说是集秋伤于燥证治之精华。后他在《全国名医验案类编》中说：“六气之中，唯燥气难明。盖燥有凉燥、温燥、上燥、下燥之分。凉燥者，燥之胜气也，治以温润，杏苏散主之。温燥者，燥之复气也，治以清润，清燥救肺汤主之。上燥治气，吴氏桑杏汤主之。下燥治血，滋燥养荣汤主之。”绍派论燥确实仔细精当。
（4）论火： 风、寒、暑、湿、燥五气多从火化，种种传变中火证极多。对其证治，绍派医家也有丰富经验。如何廉臣指出：“热之浅者在营卫，黄芩、石膏为主，柴、葛为辅；热之深者在胸，以花粉、栀、豉为主；热在肠胃者，当用下法，不用清法，或下法兼清法亦可；热入心包者，黄连、犀、羚为主；热直入心脏则难救矣，用牛黄犹可十中救一。”他将火热证按部位分热在营卫之候，热在胸膈、气分抑郁之候，热在胃肠之候，热陷肝肾之候，热陷冲任之候等证候，随证立辛凉开达、轻清化气、甘寒救液、苦寒直降、清络宣气、清火导滞、清火通瘀、苦寒复甘寒、苦寒复酸寒、苦寒复咸寒10个治法。
（5）论痰： 痰涎随气升降，无处不到，其变证最多。《重订通俗伤寒论》载晕厥、痰厥、痰胀、痰结、痰喘、痰哮、痰躁、痰注、痰膈等病证，每证都详述病因、病机、症状及治法。此列举痰晕、痰喘的证治，以窥一斑。
痰晕表现为抬头屋转，眼常黑花，甚则见物飞动，猝然晕倒。此痰火上冲头脑，治须先辨其因。因于外风者，麻菊二陈汤为主；因于内风者，香茸六味丸加减。痰喘表现为咳逆气粗，咳痰稠黏，甚则目突如脱，喉间辘辘有声，此寒痰遏热壅阻气管，法当豁痰下气。治以白果定喘汤为主，重则以小青龙加石膏汤或定喘五虎汤，口噙痰喘丸。
（6）论哮病： 根据长期观察，绍派医家将哮病分肺、胃、督脉三种证型论治。
①肺证：多起于风寒，遇冷则发，气急欲死。审其内外皆寒者，用麻黄二陈汤，散外邪以豁痰，送下加味紫金丹，通内闭以除哮；审其客寒包火者，用白果定喘汤，调下猴枣二宝散，常屡用屡效。②胃证：多起于痰积，内夹湿热，日久化为痰浊热饮，致肺气不利，呀呷有声而为哮，遇风遇劳皆发，秋冬季日夜如此。其哮较肺证稍缓，必待郁闷之极，嗽出一两口宿痰如鱼脑状而气始宽，哮始减。治此证，审其湿痰上泛窒滞中气者，初用香苏二陈汤，继用三子导痰汤加炙皂角，豁痰理气以燥湿。审其随火升、上胸者，初用竹沥涤痰汤送服节斋化痰丸，以祛痰降火，继用费氏鹅梨汤缓通肺窍，除其积痰。③督脉证：与肺证相因，遇冷即发，背部恶寒，喘息不能着枕。初起用小青龙汤加减，辛散太阳以温肺，继用金匮肾气丸加减，温通肾阳以煦督脉，一般有疗效而不能根治。因这类哮喘属于虚寒，病机已阳损及阴，用药偏刚偏柔，两难措置。何廉臣治疗初用金水六君煎加减，继则晨用通补肺督丸以治其本，晚用加味苓桂术甘汤以治标。他还主张按穴灸治，外贴膏药，以除病根。
（7）论胸腹痛： 胸腹上下诸痛，寒热虚实皆能致之，温胃补消诸剂及发表攻里诸法，皆可以止其痛，故止痛无定方。通则不痛，治痛之理也。但通法各有不同，即调气以和血、调血以和气、上逆者使之下行、下郁者使之上行、中结者使之旁达、闭痹者使之走窜、寒者温之使通、热者清之使通、虚者补之使通、实者攻之使通。这10种治痛法都有例方、适应证及随证加减，可与缪希雍“治血三法”、李士材“治痢七法”、王旭高“治肝三十法”同为临床参考。
（8）论肿病： 绍派医家对肿病认识较深，其辨证分阴水肿、阳水肿、气肿、水肿、黄肿、妇女水分肿、血分肿、虚肿、实肿9种，治疗结合当时学说，吸收叶天士“初病在气，久必入络”之言，每于方中加行气通络之品。如因寒客皮肤而成气肿者，用叶氏五皮饮加生香附、苏梗、鲜葱须等，辛通络气以消肿。寒郁下焦而成水肿者，用麻附五皮饮，重用泽兰梗，温通络气以消肿。其方法均推陈出新，给人以启发。
明末清初，杭州民间医学教育如火如荼、声势浩大，著名的中医教育机构侣山堂在吴山脚下成立，延续30年，讲学论道，著书立说，培养了一批医学专家，撰写医书近百种，形成了以张志聪为代表的钱塘医派，并有三大学术特色：一是临床疗效卓著而名噪杭城；二是医家理论功底深厚，以维护医经旧论见长；三是医学教育与集体研究相结合而富有承前启后的传承魅力。在中国医学教育史上留下了不可磨灭的辉煌一笔。