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北宋时期，浙江地区的社会经济在隋唐五代的基础上迅速发展，成为全国发达地区，苏东坡赞曰：“两浙之富，国用所恃。”这一时期，浙江的经济、文化、科技、教育、学术都位居全国前列。当时，浙江在水利开发、手工业、印刷业等行业都取得了举世瞩目的成就，呈现出一派欣欣向荣的景象。其中，杭州成为“四方之所聚，百货之所交，物盛人众”的大都会。南宋时期的中国正处于封建社会的中期，其地域虽只有北宋的三分之二，又屡遭金、蒙（元）的攻击，领土日渐缩减，但此时中国政治、经济、文化重心正从黄河流域向长江流域转移，中国的封建文化从此迈入最光辉灿烂的阶段。
元代，浙江地区是全国农业生产最发达的地区，土地平均亩产量超过南宋时期。其他行业如丝织业、造船业、陶瓷业等在全国也占有举足轻重的地位。其中商业极其繁荣，海外贸易从口岸和品种来看也超过了宋代，并且，学术、文学艺术均处于领先水平，书院达67所，位列全国第一。
北宋末年，浙江各州县设立了医学官制和惠民药局，负责掌管药物和为民治病，并诞生了杭州第一所也是当时中国为民服务的最大医院“安乐坊”。这个时期，学医风潮席卷浙江，出现了在浙从政者、文化巨擘兼精医药的现象，许多人通过家传、拜师、私淑、考取科举转而学医等途径治学成长，使得浙江医学人才济济。同时，浙江与国外的医药交流愈发频繁，香药等国外药材纷纷进入中国，在传统的中药谱系中增添了许多新药。其间，涌现出了庞安时、陈无择、朱肱等一批著名医家，《伤寒总病论》《三因极一病证方论》《南阳活人书》等一大批医药名著。1075年，沈括撰《沈存中良方》（后人增入苏轼收集的方剂合编为《苏沈良方》），书中记载了“秋石”（类固醇激素）的制备法，其技术已达到20世纪的化学制剂水平。他在《梦溪笔谈》中以丰富的生物科学知识纠正了前人在药物研究上的不少失误，强调药物实效，提出药理作用。1107～1110年，太医裴宗元、提辖措置药局陈师文，校订北宋官药局所收集的药方，编成世界上最早的官修方书《太平惠民和剂局方》，并颁行全国。1130年，临安（今杭州）设政府药物专卖机构熟药所，后改名为太平惠民局，一直延续到元代。综上可知，这一时期浙江中医药的发展已处于全国领先地位。
南宋时期，位于浙江的中央及省级医药卫生机构较为完善，御药院、太平惠民局、惠民和剂局等在体恤民情、诊治疾病、规范行规、炮制药物等方面起到了重要作用。南宋朝廷十分重视医学教育，设太医局，从事相关工作，在招生和考试方面有严格的规定。这些举措为浙江及全国培养了大量的医务人员，是医学教育得以重视的具体体现。
元代的医政机构十分庞大、完善，设有太医院、官医提举司、广济提举司等14个医药机构，有各级医官数百人。约1264年，杭州改施药局为医学提举司，负责考校诸路医生、课艺，试验太医教官、校勘名医撰述、辨验药材。据嘉靖《仁和县志》载，约1270年始置惠民药局，官给药职，设提领一员管理局事，这是施药于民的官办慈善机构。而后宁波、温州、富阳等地亦相继设惠民药局，择良医主之。由于政府设置机构管理医药，使浙江医疗事业得到了较好的发展。
温州，在东晋时为永嘉郡，宋代下辖永嘉、乐清、瑞安、平阳四县，所以习称温州为永嘉。以叶适为代表主张事功学说的一批温州学者，史称“永嘉学派”，循例我们称同时活跃于温州的一批医学家为“永嘉医派”。南宋淳熙至淳祐年间（1174～1241年），金元四大家的学术活动进入高峰期，河间、易水两大学派形成，南方形成了以陈无择为代表，陈氏弟子王硕、孙志宁、施发等为骨干，以《三因极一病证方论》为理论基础，以《易简方》为代表著作的永嘉医派。《三因极一病证方论》由陈无择所著，他抓住了当时社会由博返约的思潮，适时提出了三因致病理论，其特点是在继承张仲景病因“三因说”的基础上，进行了发挥和创新，重点论述了致病的内因、外因、不内外因的“三因”学说，强调了明确区分三种不同的致病因素，以达到治病求本这一目的。陈无择在分析三因学说的同时，还注意到了自唐宋以来积累起来的丰富的医学实践经验，对众多的方药进行筛选鉴别，确认疗效。由此可见，陈无择所创立的理论和对方剂学进行归类的思维方法，代表了当时医学发展的必然要求，为永嘉医派的产生和发展奠定了基础。因此，陈无择不仅是一位著名的医学家，还是一位伟大的思想家。永嘉医派是最早的浙江医学流派，为南宋时期江南医学的高峰，对后世影响深远。虽因国家分裂，南北方学术上缺乏交流和联系，但永嘉医派的学术成就也足以与河间、易水鼎足而立。因温州地处温带，依山傍水，四季气候温热而且潮湿，永嘉医派在认病识证、处方用药和医学理论探讨方面都充满浓郁的温州地方特色。
（1）鲜明的地方特色
①陈无择创制养胃汤。陈无择长期侨居温州，其医学思想和医疗实践深受地域特征的影响。当时，温州有乡绅余使君光远，用独创的炮制方法精心调制平胃散，并长期服用，结果身体康健，饮食快美，数次平安出入西南烟瘴之地，并享近百岁的高寿。受此启发，陈无择领悟到胃气是人体的根本，“正正气，却邪气”是医疗第一要义，因此在他平胃散的基础上增添药物创制了“养胃汤”，载于《三因极一病证方论》。另外，温州依山傍海，冬无严寒，夏少酷暑，四季湿润，属海洋性气候，湿之为患尤多，故适合应用除湿理气的平胃散和养胃汤之类的方剂。陈氏此方一出，即广泛流传，风行一时。此后，他的弟子撰《易简方》系列著作，都引用这个处方，还详细记载了“余使君平胃散”独特的炮制方法，给我们留下了一份宝贵的遗产。温州的医生至今在临床上仍习用平胃散、藿香正气散和养胃汤之类芳香化湿、理气和胃的方剂，自有其地理因素和历史渊源。陈无择以其广泛的医事活动和精湛的医疗技术，在温州赢得了很高的声望。时至今日，温州部分医家忌用麻黄之类辛燥温热的解表药物，也源于陈无择的主张。
②王硕丰富养胃汤之用。王硕于《易简方》中载养胃汤。经其发挥，该方主治范围远超出《三因极一病证方论》的胃虚寒证。王硕认为，不问伤风伤寒，可以为发汗；不分内外，可以之养胃和中；四时瘟疫，饮食伤脾，发为疟，均可为治。王硕大大扩充了养胃汤的应用范畴，许多见解亦颇有独到之处。如其论养胃汤组方九品，并无一味发汗解表药而可治风寒表证，主要是辛温芳香药，有发汗作用。卢祖常认为，这一见解是前人未曾提及、未见运用的，也是《易简方》以前各种本草学著作中未见的。又如，王硕参阅《三因极一病证方论》“己未年，京师大疫，汗之死，下之死，服五苓散遂愈”的记载，继承陈无择用养胃汤“辟寒疫”之意，提出用于治疗“四时瘟疫”的见解，并言：“大抵感冒，古人不敢轻发汗者，止由麻黄能开腠理，用或不能得其宜，则导泻真气，因而致虚，变生他证。此药乃平和之剂，只能温中解表而已，不至妄扰也。”至今，温州中医界仍不轻用麻黄，甚至有畏用麻黄的倾向，即可上溯至此。
③孙志宁主张快脾。孙志宁强调甘温补益之品有恋膈碍胃的弊端，主张辛温理气以快脾。在《增修易简方论》真武汤条下，孙氏指出：“今人每见寒热证，多用地黄、当归、鹿茸辈补益精血，殊不知药味多甘，却欲恋膈。若脾胃大段充实，服之方能滋养，然犹恐因时致伤胃气。胃为仓廪之官，受纳水谷之处，五脏皆取气于胃，所谓精、气、血者，皆由谷气而生。若用地黄等药，未见其为生血，而谷气已先有所损矣。”这成为其恋膈碍胃说的理论解释。同时，孙志宁强调辛温理气，言：“觉快之药，自当用消化之剂，如枳壳、缩砂、豆蔻、橘皮、麦芽、三棱、蓬术之类是也。”他主张用平胃散、二陈汤之类快脾，则饮食倍进。
（2）崇尚温燥，又有所醒悟： 范行准先生在归纳永嘉医派的学术特点时指出，由于《太平惠民和剂局方》是官书，并极普遍，所以当时医家很受影响，几乎所有的医方都以辛香温燥之药为主要组成部分。其中最著名的为陈无择《三因极一病证方论》，虽以《金匮要略》三因为名，而实发挥《太平惠民和剂局方》之学。其后有永嘉王硕的《易简方》，无名氏的《校正注方易简方论》，孙志宁的《增修易简方论》等。永嘉医派崇尚温燥，对于温热药物多能结合自身实践，拓展应用范围。
陈无择治疗寒呕，喜用硫黄以温阳散寒，甚至和附子配伍，或以绿豆反佐。其对寒呕的治疗，在使用硫黄、附子等大热药物的同时，还要求患者以米汤送下，体现了顾护脾胃的思想。以大辛大热之硫黄治疗呕吐似乎并不多见，陈无择可谓医学史第一人。陈无择虽不能脱当时习用辛热的窠臼，但其创制和气饮却很发人深省，“无择先生每念麻黄桂枝二汤，世人不识脉证者，举用多错”，故而制和气饮。方由白芷、川芎、炙甘草、茯苓、当归、肉桂、白芍、法半夏、陈皮、枳壳、苍术、干姜、桔梗、厚朴等组成。此方虽有肉桂、干姜辛燥温热之品，但忌用麻黄、桂枝之类辛燥温热的解表药物，温州医家至今仍然恪守这一原则，似另有深意。圣散子是由温热药物组成，用治寒疫的著名方剂，苏东坡曾著文极力推崇，一时天下通行。陈无择自有卓识，并不盲从，敢于提出异议。他在《三因极一病证方论》中批评苏东坡的言论说：“一切不问，似太不近人情。”进而指出，辛未年（宋高宗绍兴二十一年，1151年），永嘉瘟疫，被害者不可胜数。陈无择目睹其事，且将此作为圣散子之害的唯一事实证据收录于著作之中，既反映了他忠于事实、不畏权威的科学态度，又表现出他突破辛温燥热束缚的卓识。
《太平惠民和剂局方》辛温燥热的用药习惯，在王硕身上体现得最为突出。《易简方》所载的30味生药中，辛温燥热者就有20味之多，而补益药仅人参、白术、甘草、当归、白芍、五味子，苦寒药仅黄芩一味。书中所载30方中，大多也属辛燥温热，补益方仅四君子汤、白术散、建中汤等少数几首，而寒凉泄热方竟无一首。由此可见，王硕受《太平惠民和剂局方》的影响，无法摆脱当时的大环境，也习用辛燥方药。
孙志宁在王硕《易简方》的基础上加入自己的观点，辛温燥热倾向自不可免，但已在某种程度上认识到这种风气的缺陷。这主要体现在讨论伤寒证治时，他告诫慎用温热药和艾灸法。以慎用温热艾灸讨论伤寒，在当时习用辛温燥热的大环境下，确实并不多见，甚至称得上是一种“空谷足音”了。这可以认为是对当时医学界习用辛温燥热的反思，对《太平惠民和剂局方》和《易简方》用温热的纠正，也是辨证论治精神的复苏。
（3）从简易到全面周到： 王硕《易简方》继承了《太平惠民和剂局方》由博返约的研究方向，求易求简，走得更远，但缺乏执简驭繁的思想和手段，缺乏对辨证沦治的全面认识，于认病识证和处方用药也就难免失之于粗浅了。因此，后人多有批评，施发、王暐规其过失，补其不逮，成为王氏功臣。
这方面的认识当数王暐最为全面，《续易简方脉论》虽选病不多，但论述简略，选方精当，通过方剂的加减配伍以适应证候的变化，体现辨证论治的原则。该书诸病首论病因病机，再及证候表现，一证一方，加减辨治，虽简短扼要，却也理法方药俱全，颇有可法之处。值得注意的是，王暐在最后另立炮制煎制专篇，讨论四诊及证治方剂的著作论述药物的炮制煎制，并不多见。全书仅万余字，能有如此全面、完整的体系，这是王暐的独特之处，也是其书的一大特色。虽然这部分内容散佚不存，但原书目录留给我们的信息，仍值得回味。
王硕的《易简方》因虚损痨瘵等疾病难以速愈，故不予收录。书中虽首列论痨瘵痼疾，但并没有提出有效的治疗方法，只是进一步强调了治疗困难。言“痨瘵之病甚多，自古至今未尝有治而愈者”，又言“痨瘵疾，良医弗为”。从当时的医疗条件和认识水平来看，这可能是无可奈何的实话。
（4）善用毒药： 孙志宁善用毒药。如巴豆，孙氏认为“治挥霍垂死之病，药至疾愈，其效如神，真卫生伐病之妙剂”，且“此药自是驱逐肠胃间饮积之剂，非加毒性安能有荡之功？故以治饮积之患，邪气入腹，大便秘结，心腹撮痛，呕吐恶心诸疾，颇为得心应手。不仅病初始萌，身体壮实，对证运用可获十全；即使体虽不甚壮实，若属对证，自可放胆使用，最忌犹豫不决以致病势攻扰，愈见羸乏”。他对于运用指征、用药反应、掌握尺度、解毒方法等都有详细说明，甚至认为孕妇有适用之证，亦可照用不误。医不至精，学未至深，验未及丰，是不敢出此大言的。《医方类聚》《杂病广要》亦载有其治肠风脏毒便血方，用温州枳壳不拘多少，逐个刮去穰，入去壳巴豆一粒，合定用线扎紧，米醋煮枳壳烂熟，去巴豆，取枳壳洗净，锉末焙干为丸。可以治疗大便出血，也可以治疗痢疾。其设计取法既巧妙，又富有温州的地方特色。从这些内容可以看出孙志宁对于毒药的运用之纯熟、经验之丰富。对此，连严厉批评孙、王的卢祖常也只能感叹：“治疗饮积气积，驱逐荡涤四字亦难轻发，驱逐荡涤一药委难用也。”
瑞安利济医学堂和普安施医施药局的创办是永嘉医派的另两个代表。瑞安利济医学堂及利济医院由陈虬等创办于1885年，是我国第一所采取欧美办学制度和方法开办的新式中医学校（附属医院制），办学17年，培养了300多名学生，为浙江中医药事业的发展作出了重要贡献。
1923年秋，在瑞安利济医院停办20年及温州利济分院停办10年后，永嘉工商界蔡冠夫、陶履臣、陈子明、陈庆新、王文卿等开明商人本着“专以施医施药救济贫病者”为宗旨，以“普天安康”为定义，特发起募办浙江省规模最大的民间医疗慈善组织——永嘉普安施医施药局（简称“普安局”）。蔡冠夫等人发起之初，觉得善门虽开，然而资金来源不易，恐难持久。但他们深感医疗慈善事业的重要，且已得到社会热心人士的鼎力支持，遂下定决心，冲破阻力，积极进行。他们在“募办永嘉普安施医施药局初创缘起”一文中申明：“凡人处最苦之境遇，受最苦之况味者，莫贫苦也。至贫而不幸，复罹于病，其境遇，其况味，更有不堪言状者……同人等有鉴于此，因思一救济之法，创设医药局一所，聘请医士，内设药局，凡遇贫而病者，无论就诊出诊，施医给药，不取分文……但经费浩繁，深愿大慈善家解囊慨助，踊跃捐输。”倡议一出，在当时温州社会各界产生了极大反响，并深得各界人士的大力支持。“普安局”费用筹备，首先由蔡冠夫、陶履臣、陈子明等发起人各自解囊捐助，租定府城殿巷（今城区广场路）黄席如三间民房试诊。次年（1924）四月初八（释迦牟尼诞辰）正式开诊。局内除常驻医士、杂役外，管理及财会人员皆为义务兼职，诊病给药，概不收费。“普安局”开办后，各项基金及经费都依靠社会募捐。1952年5月，“普安局”因资金耗尽而停业。同年，温州市人民政府将“普安局”交由温州市卫生局管理，并改名为“温州市普安医药局”，正式隶属于温州市卫生局，采取自愿组合、经济独立、民办公助的经营方式，经营管理秩序和医疗业务建设不断得到完善和加强。1955年12月，经温州市人民政府批准，“温州市普安医药局”改名为“温州市中医门诊部”，属全民体制。1957年下半年，受温州市卫生局委托，“温州市中医门诊部”主办了温州市第一期“中医学徒班”，学徒班不久改名为“温州中医学校”，学制5年，招收高中毕业生28名，白仲英出任校长，朱湘舟任教导主任，由于当时尚无中医教育机构，这批学员中的部分人成为医院业务发展急需的中医专业人才。1958年7月，“温州市中医门诊部”更名为“温州市中医院”，院址仍设在扬名坊，由白仲英任院长。回首往昔，从一个以慈善助医为宗旨的中医门诊部，逐步发展壮大成三级甲等中医医院，见证了永嘉医派的发展壮大。
朱丹溪是“金元四大家”之一，“滋阴派”创始人，在中国医学史上有举足轻重的地位，他的学术思想、医学理论、医学成就对中医学的发展产生了深远影响。丹溪的医学理论上承刘河间，旁参李东垣、张子和，而与当时盛行的《太平惠民和剂局方》之学格格不入，这是从总体上描述了丹溪医学理论的基本特点。丹溪受学于罗知悌，取其长而去其短，更参以江南气候潮湿，湿热相火为病甚多的地理特点，以及人多情欲过极、戕伤气血的社会风气，提出阳有余而阴不足之相火论，且在杂病气、血、痰、郁、火的辨证论治方面有独到造诣。丹溪的医学理论比起刘完素、李东垣、张子和三家之学更为完备和严密，主要表现在以下四个方面：一是有着更为严谨的理论体系，丹溪由儒入医，建立起自己的医学哲学思想体系。二是医学理论更为完备，丹溪在“金元四大家”之末，对诸家之说取长补短，推陈出新，集其大成，在前人的基础上取得了更大的成就。三是更具战斗性，丹溪在医疗实践中深刻体会到《太平惠民和剂局方》的弊端所在，而接受了刘完素、李东垣、张子和三家之学的新理论，进而形成了自己的医学思想，为了医学的进步，他不得不向《太平惠民和剂局方》发起挑战。四是影响更为深远，《局方发挥》改变了整个医学界的风气，由儒入医的医学哲学思想使医学理论在明代有了新的发展，形成了中国医学史上哲学思想进入医学领域的高潮。丹溪学派的许多骨干成员成为明代医学的掌舵人，对明清时期温病学派、温补学派都有直接的学术影响。
（1）阳有余阴不足论： “阳有余阴不足论”是《格致余论》的重要篇章，丹溪的两大名论之一，也是丹溪学术思想的核心内容。“阳有余阴不足论”是养生专论，讨论了人体阳有余阴不足的生理状态，阐发情欲伤阴的机理，进而提出一系列修身养性的方法，充实和完善了戒色欲的养生理论。“阴常不足，阳常有余”学说的提出，除与相火论密切相关外，还同丹溪法象自然的思想有关，他认为“天大也为阳，而运于地之外，地居于天之中为阴，天之大气举之。日实也亦属阳，而运于月之外，月缺也属阴。禀日之光以为明者也”。是谓自然之理本阳盛阴衰，而人受天地之气以生，天之阳气为气，地之阴气为血。所以气常有余，血常不足。何况在人的一生中，还必须依靠阴精来满足生长、发育、生殖的需要，因而在人体内，阴精迟成而早衰。又兼“人之情欲无涯，此难成易亏之阴气，若之何而可以供给也”，故言阴常不足。若再加上相火妄动，进一步煎熬，则无疑会导致疾病。基于这一理论，他首先强调在平时养生中，要注意保存真阴，而保存真阴的根本在于清心寡欲，勿使相火妄动。在《格致余论》中有“饮食箴”“色欲箴”“茹淡论”“养老论”等篇章，针对人的一生，提出许多保存真阴的方法，如幼年时不宜过于饱暖、青年时当晚婚以待阴气长成、婚后应节制房事等。在治疗方面，他特别强调滋阴降火，认为滋阴与降火是相辅相成的，补阴即火自降，善用大补阴丸等滋阴降火之剂，反对《太平惠民和剂局方》喜用香燥、温补之品，所以也被后世称为“滋阴派”。
（2）相火论： 为了说明“阳有余阴不足论”，丹溪提出了“相火论”作为理论基础。相火首先应该脱胎于于刘完素的“火热论”，并受到易学中太极理论的启发。他认为宇宙间的一切事物皆以动为主，人体的生命活动也是如此，而动的产生是相火的作用。所谓“天主生物，故恒于动。人有此生，亦恒于动，皆相火之为也”“天非此火不能生物，人非此火不能有生”。但相火具有常与变的双重性，在正常情况下，人身相火寄于肝肾二脏，以肝肾精血为其物质基础，成为人体生理功能、生命活动的根本。相火之动受到相应节制，即“唯有裨补造化，以为生生不息之运用”。而若相火动失其常则为变，“其害甚大，其变甚速，其势甚彰，其死甚暴”，可成为疾病产生、病机逆转甚至死亡的主要原因。相火妄动的后果是真阴受伤，即“火起于妄，变化莫测，无时不有。煎熬真阴，阴虚则病，阴绝则死”。丹溪在《内经》“少火壮火说”的基础上，继承了河间火热论、东垣阴火说，并吸取陈无择、张子和等人的观点，提出了相火的生理病理理论。“相火论”创造性地发展了内生火热理论，使中医学对火热病证的病因病机、辨证论治都有了长足进步。“相火论”的中心内容是阐述相火，亦即内生火热的病因病理。丹溪强调两个关系：一是君火、相火的关系，二是相火和阴的关系。君火、相火关系的实质是精神情志对人体生理病理的影响，主要内容是相火病因的意义。相火与阴的关系，生理情况下相火有赖于阴，病理情况下则相火伤阴。丹溪相火概念与《内经》不同，富有创造性，后人或不理解，或执己见，便纷纷提出疑问。
（3）气血辨治心法： 丹溪气血辨治的要点在于辨治其虚，实际上是“攻击宜详审，正气须保护”治疗思想的具体体现，是继承东垣思想的直接结果。“阳有余阴不足论”讨论气常有余、血常不足的生理状况，提出生理状况下敛神、保养气血的养生论，并强调在病理状态下保养气血的观点。养生与论治相辅相成，构成了丹溪王道医学的主要内容。
（4）痰证郁证辨治心法： 丹溪从气机入手认识痰、郁诸证的病因病机，是其杂病辨证论治的重要内容。他不仅完善了有关理论，也大大丰富了治疗手段，在理法方药一致的基础上充实了中医学的有关内容，构成其学术体系的重要一环。
（5）内生火热辨治心法： 丹溪承河间余绪，研究湿热相火的病证，亦即内生火热病证。其“相火论”创立和阐述了内生火热的病因病机论，并用于临床治疗杂病，理论与实践的统一，反映了丹溪火热论的全貌。