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1．《黄帝内经》 陈慧侬教授指出，对中医师来说，经典是必读之物，中医妇科医师也不例外。经典中的每一句话，甚至每一个字，都内涵丰富且意义深远。初学者往往难以理解，但经过多年临床工作后再读经典，会豁然开朗，觉得经典须臾不能离。我国古代医学经典《黄帝内经》论及与妇科有关的内容达30条，涉及女性解剖、生理、组织、胚胎、病理、疾病、治法、方药等各方面。《黄帝内经》这30条经典条文对后世妇科学的发展具有深远影响。
《素问·上古天真论》云：“女子七岁，肾气盛，齿更发长。二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子。三七，肾气平均，故真牙生而长极……七七，任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。”这段内容揭示了肾气在女子一生中起着重要作用，主宰着女性的生长、发育、生殖和衰老过程。只有肾气盛，天癸至，月经才能按时来潮，妇女才有生育能力；若肾气虚，天癸绝，冲任二脉不通，则月经就会绝止，妇女也就失去了生育能力。因此，在治疗月经不调、不孕症等疾病时，陈慧侬教授常从肾入手。
又如，《素问·五脏别论》将女子的胞称为“奇恒之腑”，这是因为形态上它亦脏亦腑、非脏非腑，功能上它能藏能泻，定期藏泻。女子胞壁厚、中空，似脏又似腑，但其功能以“藏”为主，而月经的出现却是体现女子胞“泻”的表现。行经后子宫内膜增厚，目的是为受精卵着床做准备，这个时期女子胞需要约一个阴历月（28天）维持“藏”的功能。如若妊娠，女子胞则体现10个阴历月（280天）“藏”而不能“泻”的生理功能。虽然分娩、行经是女子胞“泻”的表现，但毕竟是短时间的，是为第二次更好地“藏”（内膜增厚，宫内妊娠育胎儿）而做准备的。因此，女子胞虽然是“腑”，但“藏”是女子胞的主要生理功能。陈慧侬教授根据《黄帝内经》中这一理论来指导临床治疗。在她所开的处方中，其用药思维大多重于脏、重于藏，如调经种子方、加减温经汤等，组成的方剂中，大多数成分都是以入脏为主，功能多偏补、固涩、助藏，而忌“泻”之药。陈慧侬教授还运用这一藏泻理论来指导治疗不孕不育。例如，对于子宫内膜过薄和月经量少导致的不孕症，中医学认为这是子宫“藏”的功能不足，故选用入脏、补涩之品，如益肺气之人参、黄芪，入脾胃的白术、石斛、沙参，以及入肝肾的阿胶、龟甲、菟丝子、枸杞子、覆盆子、紫河车等，尤其善用血肉有情之品。对于促黄体生成素（LH）和孕酮（P）不足，以行经期长为表现之不孕或试管婴儿失败，陈慧侬教授认为这是女子胞的藏之不足、泻之有余，违反了女子胞以藏为主的生理功能，因此，在治疗时需要以温阳固冲，临床经常使用右归丸加味来治疗该病，并取得显著的疗效。
《灵枢·五音五味》述：“今妇人之生，有余于气，不足于血，以其数脱血也。”由于月经每月应时而泄，受孕怀子时血聚养胎，分娩的气推血濡，产后的乳汁化生，这些都极非常耗伤阴血，故而妇女血常不足。这里所说的“有余于气”是相对于“不足于血”的情况而言，并不是气的真正有余。气血互生互化，血虚日久必致气虚。陈慧侬教授通常以女性“血常不足”的特点为临床指导，认为青春期月经来潮以后，女性机体始终处于阴血不足的状态。随着年龄增长，经孕产乳耗伤阴血，阴血亏虚的情况日益明显，成为各种妇科疾病尤其是围绝经期综合征的内在发病原因。因此，陈慧侬教授在临床中非常重视阴血的养蓄，补血养血的四物汤成为她治疗妇科病的常用方剂。
2．《伤寒论》 陈慧侬教授认为，《伤寒论》是对后世中医妇科发展有较大影响的经典著作。如《伤寒论》第303条云：“少阴病，得之二三日以上，心中烦，不得眠，黄连阿胶汤主之。”此乃少阴寒邪化热、血液受伤之候，黄连阿胶汤适用于阴虚火旺、心肾不交之心烦失眠症。心烦与心、肾有密切的关系，肾属水、心属火，肾水不足而心火过旺，则水不能升、火不能降，心肾不交，故不得卧；又肾水不足，不能制其心，故心烦。此必得滋其肾阴、制其心火才是正治，故用黄连阿胶汤以养阴清热、交通心肾。方中黄芩、黄连泻心火之有余，芍药、阿胶补营阴之不足，鸡子黄则滋阴清热两相兼顾，因本方能育阴制阳，使心肾相交、升降协调，故能治多种失眠症，陈慧侬教授临床中也常用此方加减治疗围绝经期综合征失眠者。
又如《伤寒论》第318条云：“少阴病，四逆，其人或咳，或悸，或小便不利，或腹中痛，或泄利下重者，四逆散主之。”四逆散由柴胡、枳实、白芍、炙甘草四味药组成。方中柴胡为君，疏肝解郁，通达阳气；白芍为臣，敛阴养血，柔肝养肝；枳实为佐，理气散结，以利脾胃；炙甘草为使，味甘性微温，能补益脾胃、调和诸药。柴胡、枳实相伍，一升一降，解郁开结、透达阳气；柴胡、白芍相配，一散一敛，疏肝不伤阴，且有相反相成之效；白芍、甘草酸甘化阴，柔肝而缓急。四药合用，既有调理肝脾之效，又具调和气血之功。陈慧侬教授在临床中常常根据需要加减此方，用于治疗月经不调、乳房胀痛以及围绝经期综合征和盆腔炎等疾病。
3．《金匮要略》 陈慧侬教授认为，《金匮要略》对中医妇科学的发展有着更为深远的影响，不仅《妇人妊娠病脉证并治》《妇人产后病脉证治》《妇人杂病脉证并治》三篇对后世中医妇科学有着巨大的促进作用，其他篇章的内容也适用于中医妇科。如《金匮要略·血痹虚劳病脉证并治》云：“虚劳里急，诸不足，黄芪建中汤主之。”黄芪建中汤由桂枝、白芍、生姜、大枣、甘草、饴糖、黄芪组成，即小建中汤加黄芪而成。方中桂枝通阳、芍药敛阴，一阴一阳，和调营卫；甘草、饴糖一阴一阳，补和营卫；生姜、大枣一阴一阳，宣通营卫。诸药合用，营卫冲和、灌溉脏腑，脏腑受济，则“虚劳里急，诸不足”得以恢复。《本草求真》云：“（黄芪）入肺补气，入表实卫，为补气诸药之最，是以有芪之称……然与人参比较，则参气味甘平，阳兼有阴；芪则秉性纯阳，而阴气绝少。”可知黄芪入脾、肺经，为纯阳之品，善补阳气。脾气虚弱，精微乏源，阳无以生，阴无以长，阴阳并虚之“诸不足”者，皆可用此方建中益气。陈慧侬教授在临床常用黄芪建中汤加减治疗慢性盆腔疼痛综合征，甚至用本方加减治疗脾肾阳虚型胎漏、胎动不安者。
再如，《金匮要略·呕吐哕下利病脉证治》云：“诸呕吐，谷不得下者，半夏汤主之。”小半夏汤仅由半夏、生姜两味药组成，方中半夏具有较强的祛痰降逆作用，生姜温胃涤饮、降逆止呕，不仅增强了半夏的祛痰降逆之功，还能制约半夏之毒。本方配伍完善，是一个结构简单又有效的古方。本方药虽少，却是“呕家圣剂”。古代许多方书中，凡治呕吐，多以小半夏汤为主方，以半夏、生姜为止呕要药。陈慧侬教授在临床中也常用小半夏汤加减治疗伴有呕吐症状的妇科疾病，如用小半夏汤合香砂六君子丸加减治疗脾胃虚弱型妊娠恶阻。对于脾胃虚寒者，陈慧侬教授常将小半夏汤方中的生姜改为干姜，加强其温中散寒之力，临床每每取得良好的疗效。
陈慧侬教授对中医学理论的研究造诣颇深，她在治疗妇科疾病时注重调理肾、肝、脾三脏，尤其重视补肾，其学术观点主要源于《黄帝内经》《金匮要略》《傅青主女科》《景岳全书·妇人规》，同时也受到国医大师班秀文教授“五脏并重，肝脾肾为宗”的学术思想影响。
妇女病无外乎经、带、胎、产、杂病，而经、孕、产、乳均以血为基础。血液的来源在于五脏，其中脾统血，主运化，为气血化生之源；肝藏血，主疏泄，能调节血量和血流；肾主藏精，精化气，精生血。肾、肝、脾三脏共同为经、孕、产、乳提供物质基础，其中肾在女性的生理中起着尤为重要的作用。正如《素问·上古天真论》所言：“女子七岁，肾气盛，齿更发长；二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子……七七，任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。”即肾为天癸之源、冲任之本。《素问·奇病论》云：“胞络者系于肾。”《难经》云：“命门者……女子以系胞。”《傅青主女科》云：“经水出诸肾。”《景岳全书·妇人规》云：“病之肇端，则或由思虑，或由郁怒，或以积劳，或以六淫、饮食，多起于心、肺、肝、脾四脏，及其甚也，则四脏相移，必归脾肾。”又云：“调经之养肾气以安血之室。”这些理论对陈慧侬教授的学术思想影响很大。
陈慧侬教授认为，肾、肝、脾三脏的失调是妇产科疾病的本质，而肾在妇女的生理和病理上更具有特殊意义，因此，妇科病的治疗除健脾、养肝、疏肝之外，更要注重从肾论治。从她临床常用的方剂大多是从毓麟珠、归肾丸、左归丸、右归丸、大补元煎、二至丸等化裁而来，可见其辨证思路。大量的临床实践表明，肾在妇科中的地位非常重要。
妇女的生理特点包括经、带、胎、产和乳，如李时珍所言：“女子，阴类也，以血为主。”《灵枢经·五音五味》云：“今妇人之生，有余于气，不足于血，以其数脱血也。”说明经、孕、产、乳都是以血为用，非常耗血。因此，妇女自青春期以后，机体始终处于阴血不足的状态，并随着年龄的增长，阴血不足的情况日益明显，成为各种妇科疾病的主要内在因素。因此，陈慧侬教授在治疗妇科疾病时，非常注重阴血的养蓄，特别在治疗不孕症、月经病及围绝经期综合征时，更是处处考虑长养阴血。
陈慧侬教授遵循《素问·阴阳应象大论》“精不足者，补之以味”，在药物选择上喜用血肉有情之品补肾填精、滋养阴血。血肉有情之品是与草木无情之品相对而言的，即指人与动物等有情感之物的血与肉。这些有情之品可以补助人的精、气、神三宝，填补人体之下元，达到调整阴阳、补益气血、补益冲任之目的，故临床应用效果较好，常用药有紫河车、龟甲胶、鹿角胶、蛤蚧、阿胶等。在陈慧侬教授的医案中，超过60%的处方中有血肉有情之品，有些甚至是两种血肉有情之品同时应用。如在排卵障碍性不孕症的治疗中，就常见到鹿角胶与紫河车同用，还有治疗围绝经期综合征时蛤蚧与龟甲同用，疗效非常显著。
陈慧侬教授认为，湿邪是妇科疾病的重要致病因素。湿有外湿与内湿之别，外湿多在妇女经期、产后抗病力弱时乘虚而侵，或外受雾露、久居湿地、涉水淋雨感湿发病；内湿由脾失健运，气化失司，水湿停聚而成。湿邪属阴，其性重浊黏滞，影响气血畅行，致血行受阻；湿易伤阳气，致中阳虚弱，摄血运血无权，血滞或血失统摄而成瘀；湿邪易阻遏气机，气郁成瘀；湿邪久郁化热，湿热伤络，络伤出血，留滞成瘀，因而出现因湿致瘀、湿瘀并存的证候。正如清代医家唐容川在《血证论》中所说：“夫水火气血，固是对子，然亦相互维系，故水病则累血，血病则累气。”又说：“病血者，未尝不病水；病水者，亦未尝不病血也。”
冲为血海，任主胞胎，冲任两脉与妇女经妊密切相关，冲任阻滞是妇科疾病的主要病机。如脾虚生湿或湿邪内侵，导致湿留体内，伤阳气而滞血，直接或间接影响冲任血海，使气血运行阻滞，瘀阻不畅，导致经孕失常，而产生妇科疾病。
湿可致瘀，而一旦瘀血形成，气机必阻滞不畅，影响体内水液代谢，从而加重湿邪的形成，形成疾病缠绵难愈的病理基础。《灵枢·百病始生》中曰：“温气不行，凝血蕴里而不散，津液涩渗，着而不去，而积皆成矣。”
湿瘀并存的证候，必有湿滞及瘀阻的特点。湿瘀蕴阻下焦，犯乎冲任则月经稀发而量少，甚则闭经不孕等；湿瘀伤及任带之脉，带脉失约，则带下量多，色、质、气味异常；湿瘀阻塞不通，经脉不利，而有重、坠、痛等伴随症状，并缠绵不已；湿邪化热，湿热迫血伤络，可表现为月经先期、崩漏或赤带绵绵；湿从寒化，壅阻胞宫致血寒，气血凝滞，而有痛经、子宫寒湿不孕等；湿盛可聚而成痰，痰湿与瘀血并结冲任，致冲任阻滞、胞宫藏泻失常，从而出现妇科血证、痛症及癥瘕包块等。
对于因湿致瘀、湿瘀同病，陈慧侬教授主张在行气除湿的同时活血化瘀，湿瘀同治。《黄帝内经》中的“去菀陈莝”就有利湿化瘀的含义。《万氏妇人科》中的开郁二陈汤主理气化痰除湿，方中就有川芎、莪术等活血化瘀之品，以达湿瘀同治的功效。此外，还可在辨证治疗湿证的基础上加用活血化瘀药物。妇科常用的活血化瘀药物有三棱、川芎、当归、丹参、鸡血藤、赤芍、血竭、田七、云南白药、水蛭等。也可以在使用治湿方药时与活血化瘀的方剂同时使用，如加用失笑散、佛手散、桃红四物汤、膈下逐瘀汤等。这样既有行气祛湿之功，又有活血祛瘀之效，不但可以改善水液代谢，并且通过活血达到解除瘀滞的目的，改善因湿致瘀、瘀又致湿的病理循环，以期早获疗效。
在相当长的一段时间里，辨证论治已成为中医诊疗的代名词，成为评价中医诊疗的价值标准。因此，对证的研究也就成了中医临床发展的方向与突破口。不过，值得注意的是，中医辨病的研究长期被忽视。在这方面，陈慧侬教授在临床实践中十分重视辨病论治，强调在辨病的基础上进行辨证论治，认为这应该是中医学临床诊疗活动的完整模式和固有特色，辨病与辨证共同构成了完整的中医诊断学概念。同时，她强调辨病与辨证应有机结合，避免沿用西医学病理生理改变的思维模式，而应该利用西医学检测手段，拓宽诊断视野，在中医学理论指导下对疾病整个过程变化的认识做出概括。
在临床实践中，陈慧侬教授所开方药，许多是建立在辨病论治基础上的妇科常用通治方，然后在通治方的基础上再进行辨证论治。陈慧侬教授运用的通治方药物少而精，且简便廉验。药方并不在大小，服药后有效果就是好方。实践证明，简便廉验的通治方与辨证论治相结合，是中医学按照自身发展规律实现中医现代化的必经之路。中医学本有通治方和辨证论治的特点，历代医学家在重视辨证论治的同时，亦以删繁就简的证治规律去寻求更切合病证的通治方，这对于常见病的治疗更具现实意义。如《黄帝内经》中所提到的四乌鲗骨一藘茹丸治“血枯”，《伤寒杂病论》中所记载的乌头汤治历节、黄芪桂枝五物汤治血痹、茵陈五苓散治黄疸、桂枝茯苓丸治妇人癥瘕、甘麦大枣汤治脏躁等，都可谓是辨病论治之通治方。历代方书中，类似通治方的不胜枚举。陈慧侬教授临床实践中常用的通治方有很多，如蛇床子散常被用于治疗各种阴道炎，生化汤常用于产后、流产后恶露不绝，寿胎丸则常用于治疗胎漏、胎动不安、滑胎等。此外，还有其他自拟的通治方，如五桂温经汤治疗子宫内膜异位症，消抗方治疗免疫性不孕，加减温经汤治疗原发性痛经等。
陈慧侬教授既注重传统中医学理论，又不墨守成规；既参以西医学研究成果，又不生搬硬套、中医西化。随着现代科技的发展，疾病的分类越来越细，病种也越来越多。陈慧侬教授认为，当代中医必须衷中参西，将西医学知识融入中医学，把西医学微观检查结果作为中医辨证的重要依据。用药时既清楚每一味药的性味归经、功效主治，又要结合药理学研究，把生化、免疫、微生物、分子生物学、遗传学等引入中医学，从而为传统中医学的现代化发展开辟新的道路，但陈慧侬教授坚决反对中医西化，因为中西方医学的基本理论和对疾病认识角度上存在明显差异。西医学的辨病依据是对解剖分析、体外实验，以及对人体疾病和致病因素的研究；中医学辨病辨证以阴阳、五行、藏象、经络、气血、津液、正邪等理论为基础，通过望、闻、问、切获得的临床资料进行分析归纳而做出诊断。若中医师不用中医学理论思维，仅仅是根据患者的症状使用相应的草药，如炎症用蒲公英，病毒用板蓝根，癌症用白花蛇舌草，那就失去了中医主体。中医临床必须首先立足于自身对疾病的认知体系，保持中医临床的特色和优势。从西医学中受到启迪并有所借鉴是理所当然的，但绝不等于全部照搬替代，失去自我。