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子午流注是子午流法针法的理论依据，它是从时间角度认识人体生命现象，即十二经脉气血流注盛衰规律的一种学说。“子午”代表时间，子为十二时辰中夜半，午为日中。“子午”是阴阳转化的起始和界限，子为由阴转阳之时，午为由阳转阴之时。“子午”是昼夜阴阳消长的枢纽，概括了阴阳的变化和时间的推移。“流注”是将人体气血循环比作自然界之水的流动转注，用以阐明十二经脉气血的流注过程，流往者为阖，注住者为开。“子午”与“流注”合称，用以说明人体十二经脉气血应时而动，周流不息，有规律可循。“子午流注”一词最早见于《子午流注针经》，但未做阐释。《针灸大全·论子午流注之法》释曰：“夫子午流注者，刚柔相配，阴阳相合，气血循环，时穴开阖也。何以子午言之？曰：子时一刻，乃一阳之生，至午时一刻，乃一阴之生。故以子午分之，而得乎中也。流者，往也。注者，住也。”
子午流注针法依据子午流注原理进行取穴针刺以防治疾病，其选穴为分布在十二经脉肘膝关节以下的五输穴和原穴。临床应用时，一是根据诊治时辰，取当时气血流注开阖所在之穴进行治疗，称为“按时取穴”；二是根据病证进行脏腑辨证，选择该脏腑经脉气血流注时日进行治疗，称为“择时取穴”。
纳甲法根据人体气血运行的十日节律，按照人体经脉气血在十天内的流注开阖特点进行取穴治疗。“纳甲”的名称，取“万物剖符甲而出”、人体经脉气血始发之意。因其采取天干演变规律取穴，故又称为纳干法。纳甲法分为徐风纳甲法和阎明广纳甲法，两者既有区别又有联系。
徐凤纳甲法首载于《针灸大全》。徐凤为明代著名针灸医家，约于1439年编撰成《针灸大全》。《针灸大全》又名《针灸捷要》《针灸捷法大全》，全书共分为6卷，内容简明扼要，尤其对针刺手法和子午流注的论述极精当。书中的“论子午流注之法”“子午流注逐日按时定穴诀”，对子午流注纳甲法有较全面的论述。因歌诀易于传诵，且被《针灸大成》（明代杨继洲编著，1601年）、《针灸逢源》（清代李学川编著，1822年）等书收录，故今言子午流注纳甲法，多指徐凤纳甲法。
阎明广纳甲法由阎明广系统整理而成。金代阎明广于1153年编著的《子午流注针经》，是现存最早的子午流注专著。此书原作“何若愚编著，阎明广注”，现经考证全书实为阎明广编著，只是书中之“流注指微针赋”为阎氏收录的何氏著作。《子午流注针经》分上、中、下三卷，上卷有何若愚的“流注指微针赋”、阎明广的注文和经脉循行图，中卷有子午流注选用的五输穴与五行配合及与时辰的关系等，下卷介绍了贾氏子午流注纳甲法流注选穴的具体情况。阎明广纳甲法之源，在于贾氏井荥六十首。对贾氏之考证，至今尚无进展。
阎明广纳甲法注重整体流注的连贯性，不存在流注缺口，能体现十二经脉气血流注循环无端的特点，较徐凤纳甲法具有更大的实用价值。另外在三焦经、心包经的问题上，阎明广将其作为高于其他十经的相对独立部分，而徐凤之法将三焦寄壬、心包寄癸，在膀胱经和肾经返本还原时要加开阳池、神门两穴，比较烦琐。
纳子法是根据人体气血运行的昼夜节律，按照人体经脉气血在昼夜十二时辰的流注开阖情况进行取穴治疗的一种方法。“纳子”之谓，取“万物孳萌”、人体经脉气血萌动之意。因其采用十二地支进行取穴推演，故又称为纳支法。因其取穴以“补母泻子”为基本原则，故又称“补泻法”或“补母泻子法”。纳子法发展至今形成了本经纳子法和他经纳子法，或称为本经补母泻子法和他经补母泻子法。另外，窦汉卿在《标幽赋》中提出了“一日取六十六穴之法，方见幽微”，也属纳子法范围。
古之子午流注针法并无纳子法、纳甲法之说。明代刘纯所著的《医经小学》（1388年）中提出“十二经纳甲”之说。至民国时期（1936年），南通徐卓（立孙）在其著作《子午流注》中始称“子午流注纳甲法”，书中言：“子午流注分十二经纳甲及纳子二法，纳甲主日，纳子主时。狭义子午流注专就纳甲而论，广义子午流注则兼纳子而言。”至此，广义的子午流注才包括了纳子法和纳甲法。
