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1945年8月9日，苏联出兵中国东北，设在哈尔滨平房的731细菌部队解散了。这期间，石井四郎指挥731部队进行各种破坏和隐蔽作业，然后经中国东北及关内，以及朝鲜飞回东京。战后，有不少证人目击了石井行踪，继美国细菌战调查官桑德斯之后，从德特里克堡基地来的汤普森调查审问书（1946年1月17日）中也记载了石井的行踪。石井是在占领军管理不甚严密的8月末回国的，至1945年年底，先后把从中国东北带回来的物品隐蔽在东京和千叶老家，其后潜伏在金泽。包括石井长女石井春海在内的多份证言证实了这些情况，然而，综合所有的证言和资料，石井在四个月的时间里，在什么地方，都做了些什么，还有许多不明了之处。
苏联参战后，根据日军参谋本部的命令，由大本营作战参谋朝枝繁春中佐向石井四郎传达了破坏731部队设施、隐蔽证据的命令。朝枝曾从1942年7月到翌年的年末，在关东军任参谋，负责细菌战事宜，常与石井四郎接触。我曾采访过朝枝，当时的他忍着腰腿痛和我有过长时间的交谈。朝枝于2000年死去。
随着苏联的参战和美国在长崎投下第二颗原子弹，日本战败已成定局，“终战工作”就成了参谋本部的最大任务。朝枝认为，日本同“前门虎”的美国实力对比是1∶15，在太平洋战场上已经是勉强支撑，如果再与实力为1∶10的“后门狼”苏联对抗，则几乎是不可能的。在苏联未宣战前，日军内部则有利用美苏的对立，使日本坐收渔翁之利，然后重建日本的想法。基于这样的想法，参谋总长梅津美治郎向北方军、朝鲜军和中国派遣军下发了“大陆命（大本营陆军部命令）”第1374号，同时开始起草“大陆指（大本营陆军作战指令，即参谋总长的指示命令，译者注）”，并通过了御前会议裁可。但因为战争结束时许多文件被焚毁，在防卫厅战史部没有找到这两份文件。从朝枝的回忆记录，我们可以从“大陆指”看出当时日本陆军准备实行的计划。
基于“大陆命”第1374号，对关东军总司令官下达如下作战指示：
（1）关东军总司令官为制造美苏对立对抗的国际情势，应尽可能迅速地引导苏联军队进入朝鲜海峡。
（2）考虑到战后帝国的复兴再建，关东军总司令官应尽可能地将多数日本人留在大陆，留下之日本军民，如变更国籍亦可 （注34） 。
朝枝说，当时的大本营作战课并不知道美苏在朝鲜半岛划三八线分而治之的《雅尔塔协定》，否则或许就不会发出这样的指示命令了。但是，“大陆指”中考虑到“战后将来”，同时秘密准备“日本帝国的复活”，这样的心态是日本军人共有的。
这一时期，期待“国家重建”的所谓“作战”不过是桌面上的空论，所以关东军打来电话，声称不理解“大陆指”的意图。同年8月10日，为了向关东军参谋解释“大陆指”的内容，为此，朝枝前往“满洲国”的“首都新京”（现长春），向关东军司令部的参谋进行具体解释。当时33岁的朝枝将石井四郎邀到“新京”军用机场，向石井传达了“参谋总长的命令”。根据朝枝的《手记》记述，在“军令陆甲”的特殊预算中，“731细菌部队”不列入关东军的项下，在此非常时期，它应属于（朝枝）管辖之外的事项。尽管如此，朝枝还是会晤了石井，因为731部队万一落到苏联人的手中，它的真相就要暴露在全世界面前，就会出现天皇成为“战犯”的大问题，这将从根基上威胁皇室。所以，朝枝提出以下几点要求：
（1）贵部迅速地破坏一切，职员尽快回国，让一切证据从地球上彻底消失。
（2）给贵部配属哈尔滨工兵1个中队、炸药5吨，将贵部的诸设施炸毁。
（3）建筑物里的“马鲁他”用电动机处理后，在贵部的锅炉中焚毁，并将所有的灰烬丢进松花江。
（4）贵部有细菌博士学位的53名医官，用贵部军用飞机直接送回日本，其他职员、妇女、儿童利用满铁送到大连，然后送回内地。为此，关东军司令部交通课长已经与大连满铁本部取得了联系，在平房站已有直通大连的特急列车待命，可运送2500人左右。
据朝枝回忆，此时，石井曾对朝枝中佐说：“部队积累到今天的可以夸耀世界的文献论文等研究成果，是不能烧毁的，如何是好呢？”听到石井的话后，朝枝则威胁说：“你在说什么，请让一切证据物件永远从地球上消失！不这么做，要出大问题！”听到上司说这样严厉的话，石井只好说：“那好，我知道了，就按你说的做吧！”朝枝与石井谈过后就乘坐等待的飞机飞向北方 （注35） 。
细菌部队意识到本土决战的到来后，曾计划了“转进作战”，即放弃中国东北，随关东军“转进”朝鲜的计划。当时用的“转进”这个词，其实就是“撤退”“败退”的同义语，同“玉碎”“特攻”一样，真实的意思就是“自爆”“被命令做自杀攻击”“禁止投降”或“强制自杀”。
1945年3月，日本陆军省决定本土作战，遂将石井军医中将召回东京，陆军大臣就今后细菌部队的行动做了具体指示。我们从后来的茶园义男的相关资料中，也可以看到这一时期日本关东军司令部的基本设想。茶园义男的计划中认为放弃东北后731部队还要继续坚持，“转进”到朝鲜山峦中的江界市，在这里生产大量的老鼠和跳蚤，并提出一份《扩大人员设施申请书》 （注36） 。因为要“转进”到江界，所以必须确保部队的资料数据和器材。为此，在日本投降期间，石井与美国方面进行战犯免罪交涉之说也就有了判断的基础。
731部队林口支队榊原秀夫在战后的证言，与上述计划之间有微妙的差异。根据榊原的记述，在战争结束前，石井将各支部长召到哈尔滨平房开会。在会上，石井说收到大本营使用鼠疫菌进行细菌战准备的指示，要求731部队必须在8月准备1吨乃至2吨的跳蚤，为此，要准备或捕捉大量的老鼠，各支部需要全力完成此任务。石井强调“在捕鼠时一定要注意防谍，对外要谎称捕鼠的目的是为了消除鼠害” （注37） 。关于这一期间大量生产跳蚤的证言几乎是一致的，战争结束之前拼命地大量生产老鼠、跳蚤，是准备佯动作战，或其他？虽然不能确认，但在苏联参战前，已经有大量的物资、资料等从平房运出。这些都有证言证实。
军部决定不惜“总玉碎”，驱使国民手持竹枪上阵，进行本土决战，实乃愚蠢之举。为此，日本军部在长崎山中秘密挖掘了庞大的防空壕，但天皇秘密指令基地和松代大本营一直到战败都没有迁移 （注38） 。大本营原计划到8月中旬，用一个月的时间完成转移，甚至考虑到使用自爆式的最后手段，即使用细菌武器，叫嚷“一亿总玉碎”。然而，苏联参战比预想的提前，第二颗原子弹也落到日本，形势变化急剧，战争不得不停止。
石井在“新京”机场与朝枝分手后，有关他的行踪有许多目击证人。731部队航空班班长增田美保驾驶飞机运送石井神出鬼没，但其中也留有一些疑点。1945年8月9日至14日，由军医大佐大田澄直接指挥破坏731部队建筑和掩盖罪证的工作，而最重要的是处理ロ号栋里的“马鲁他”。担任警备队分队长的沟渊俊美伍长命令警备队指挥班长，在731部队本部大门前负责警戒。高松出身的西山整尔伍长曾向沟渊详细说明404名“马鲁他”全部被杀的经过。其中西方妇女1人、英国男性1人、苏联人3～4人，其余都是中国人或朝鲜人，没有儿童。关于杀害的方法，沟渊提供证言称：“ロ号栋关押‘马鲁他’的房间被密封后，用气泵将毒瓦斯送进去，房间就充满了瓦斯，‘马鲁他’全部被毒死。尸体从二楼的窗户丢下去，浇上汽油焚烧。士兵分4个分队，大约100人，另有少年队100余人，其他军官、将校也都集合在ロ号栋。” （注39）
关于处理“马鲁他”的证言还有许多。石井的司机、运输班的越定男则是直接处理“马鲁他”的实行者之一，越定还负责驾驶搬运“马鲁他”的专车。据越定的回忆，杀害“马鲁他”的方法很多。使用的药物有氰酸钾铝，还有让两名“马鲁他”面对面，彼此脖上缠绳子，中间插上木棍，互拧对方脖子上的绳子致死的。“这是不用亲自动手的杀人方法”，用这种办法杀害了许多“马鲁他”。
浇上汽油烧毁的“马鲁他”的尸骨，装入约200条草袋子里，之后丢进松花江。卡车运送这些草袋子时分外重，运输途中那些尸骨发出咔嚓咔嚓的声响，还有手铐和脚镣撞击的刺耳声音。 （注40）
筱原鹤男来731部队仅3个月，只有19岁，他负责将“马鲁他”的尸体丢进监狱外挖的坑里，然后放上木柴点火焚烧。筱原还受命同另外一个日本士兵爆破关押“马鲁他”的监狱。为了安放炸药，筱原进入靠近楼梯的12号室，看到墙壁上写着血书，有“打倒日本帝国主义”“必胜”等很漂亮的文字。筱原说：“想必是死者临死前咬破手指写下的，此事虽然过去了50多年，可是一直刻印在我的心里，所以把这件事写在自己的《手记》里。” （注41）
越定男将妻子和孩子送上专门运送731部队家属的挂有50节车厢的列车。列车出发前，石井站在煤山上，横眉立目，如同一下子要扑过来的架势，大声喊道：“走到哪里也要严守731部队的秘密，如果谁泄露了军事秘密，我就追你们到哪里！” （注42） 在战后很长时间里，越定男的耳畔还总是响着石井的这些话。
逃脱时，731部队向所有家属发放了氰酸钾铝的药片，车到釜山之前，苦于长途列车旅行，就有几名女性服氰酸钾铝自杀，有的母亲丢下自己的孩子死去。剩下的人们埋葬了死者继续前行，还有些儿童因营养失调患上脱水症而死去。
因秘密部队的缘故，掩盖细菌部队秘密的国策使细菌部队的家属得以提前离开中国东北回国，当然也有些人留下来，还有人被羁留在西伯利亚。也是国策使然，“满洲开拓团”中的多数男人被征召入伍，留下了女人、孩子和老人，在归国途中，他们许多人因为疾病、饥饿、严寒而丢了性命，还有不计其数的孩子、妇女留在中国东北。因此，今天的日本出现了来寻找亲人的日本遗孤的社会问题。
现在，哈尔滨平房原731部队的遗址上，还有部分建筑物的残骸，被爆破的痕迹清晰可见。此前，原731部队本部被一所中学占用，为了申请世界文化遗产，2000年，学校搬迁，在此基础上，进行了遗址挖掘和修缮工作。当年特设监狱的地基等设施也被挖掘出来，2001年6月对外开放。原属731部队锅炉班的锅炉房大烟筒的残骸，成为当年的罪恶象征。
1945年8月14日，沟渊俊美接受石井队长马上离开的命令，他在日记里记载了以下部分内容：
昭和二十年（1945年）八月十四日
……让中国人来官舍搬运东西，想把东西全部拿走，但由于数量太多，只好留在原处。下午2时左右，从8月9日以来一直没有露面的石井队长突然出现，他下达命令说：“从现在起两小时后有一列列车进入我部队的专用线，所有队员全部乘坐这列车，以后再没有列车了，全员要一个不落地上车。”石井队长下达命令后就不见踪影了，就如同忍者一样来去无踪。
……下午4时左右列车进入专用线……定于下午7时开车，车上装满了煤，车速不能提快，上车后从司令车传出命令：“全员子弹上膛，打开保险作战斗准备。” （注43）
其后，目睹石井行踪的则是大连卫生研究所副所长目黑正彦。目黑为向陆军省报告平房破坏后的情况，在前一天夜里来到731部队，拍照的照片也被石井取走了。目黑返回大连可能是在石井下达全员乘坐最后一趟列车的命令之后，担当驾驶员的增田美保将他送到飞机场，劝他一起直接飞回国内，目黑拒绝后又乘飞机飞回大连卫生研究所。
目黑另外证实，战争刚结束时，石井曾在日本与麦克阿瑟会晤过。另有证言称，石井是在8月25日前乘飞机回国的。另外，也有战后在东北、上海等地目击过石井的证言。
8月15日，人们认为石井是去了位于东京的陆军省。而8月16日夜里，石井却出现在“新京”车站运送回国家属的列车上。当夜，石井的副官面对站在月台上的以及各节车厢的家属们说：“现在由石井部队长讲话。”副官手持蜡烛站在石井的旁边，石井逐个车厢走过，他大声说：“日本败了，你们现在返回内地，可是你们走到哪里，一定要保守731部队的秘密，谁要是泄露了秘密，我石井就会追踪你们到哪里！”石井消瘦的面孔在蜡烛的照映下像魔鬼一样，让那些抱着孩子的母亲分外恐惧。 （注44）
列车从平房出发，原计划向中国东北通化“转进”，但因为战争提前结束，故此决定将731部队队员和家属送还日本内地，石井的出现可能是为了再次做“封嘴恫吓”讲话。
日本战败投降后，在上海的华中方面军第十三军军令部的技术少佐本司贞介曾证实，战争结束后的第三天（即8月18日），石井曾出现在司令部，同大家告别。面对大家，石井有些凄然地说：“今天将乘飞机先被带到香港”，言外之意是到达香港后会被带到美国。 （注45） 还有一说是，此时石井正同潜伏的美国情报部接触，让美国人视察为“转进江界作战”而集结的物资。日本投降当时，各国在上海、香港的间谍一定非常活跃，尽管日本对抗日分子进行了残酷镇压，但日军还仅仅控制了辽阔中国的点与线，因此作为间谍战老手的石井，同美国方面接触并不是什么难事。
从上述情况看，石井是在8月中旬回国的，但准确地说，石井什么时候抵达日本，藏身在何地，还不甚明了。石井的女儿石井春海同其他家属是从釜山乘船回国，据她推测：
父亲同关东军司令官山田乙三以及竹田宫在谈话中说，因是特殊部队，必须全部撤回，所以，要事先派人回日本，成立归国者接收体制。结果，我们的船到达山口县仙崎时是8月31日，两天前，父亲已经乘731部队的飞机在羽田的厚木机场归国。 （注46）
在战争结束、日本被占领10天后，陆军中将竟乘日本的军用飞机在日本着陆，确实有些不可思议。但据731部队飞机飞行员松本正一的证言，这个时期石井的行踪有许多空白点。松本的航空班总有飞行任务，其间在苏联参战后航空班也参加了对哈尔滨平房破坏作业，直到彻底破坏为止。8月11日，松本受命把宿舍里的榻榻米铺到货车上，以向中朝国境据点转移为名护送队员和家属离开731本部。据松本记忆，大约住有3000名队员和家属的三层楼被浇上汽油烧毁。准备报废的飞机旁边摆放装满汽油的汽油罐，同飞机库一起焚毁。
同日，松本驾驶重型轰炸机准备起飞，因跑道松软，只好召集附近的中国人把飞机上的东西搬下来。最后，松本驾驶轻型轰炸机飞往奉天，在旅馆听到了天皇停战诏书的广播。于是，松本驾机飞往朝鲜的平壤，一位友人在这里见到他，随后驾驶小型侦察机越过千岛海峡，在福冈的雁巢机场降落。在机场上他见到装满日本酒的轰炸练习机，原731部队医生、驾驶员池川重德已经先期抵达这里。
8月26日，盟军发出全面禁止日本飞机在上空飞行的命令，九州人池川把轰炸练习机让给了松本和另一位关东出身的技师。第二天，二人驾驶飞机飞到松本家附近的熊谷飞行学校机场 （注47） 。降落后，看到由增田驾驶、石井队长乘坐的重型轰炸机“吞龙”号已经降落在该机场。如魔鬼一般的石井在“新京”车站向女人和孩子们做了“保守部队秘密”的讲话后，在关东军司令部、朝鲜和中国上海、香港与日本东京之间，飞了多少个来回尚不清楚，但目前可以断定的是，他是在8月25日之前从熊谷归国的。
早在8月24日，离开釜山港的沟渊伍长见到了石井，沟渊在回忆中说：
8月24日下午2时，石井队长突然出现在釜山码头，召集队员集合。石井队长说：“从现在开始两个小时后轮船进港，两个小时后船将出港，船靠岸后你们要全力把部队的物品装载到船上，一件也不能丢下。如果丢在这里就成了外国的东西，装上船就是日本的物品，无论是自己的还是他人的，凡部队的东西全部装上。”石井队长下达命令后就消失了。
8月24日下午2时稍过，两艘3000吨战时标准船和8艘800吨登陆艇到达釜山码头……队员们都全力搬装物品，不知装了多少，甚至连7台卡车也装上了船，“军属”的行李也装上了船。 （注48）
按照沟渊的回忆，731部队人员和物资从哈尔滨出发抵达釜山后，从釜山出发回日本的10艘船，最早的是8月17日抵达釜山，最晚的应该是8月31日抵达日本山口县仙崎港，也就是石井的女儿石井春海搭乘的那艘船。当然，731部队人员和物资抵达日本港口的情况不同。综合现在的文献资料，抵达日本港口地有门司港、须佐港、荻港、东荻港和仙崎港以及舞鹤港。其中，石井春海等人到达港为仙崎港，越定男等人抵达港为舞鹤港。从这些分布于日本各地的港口情况看，在此期间石井为将731部队人员和家属送回日本，数日以来可能为联络船只一直奔走于各地之间。
石井安排和联络这些船只抵达日本各地港口，可能也考虑到了731部队人员和物资的搬运问题。其中，像舞鹤不仅是石井高中时代生活过的地方，而且舞鹤距731部队的解剖专家——石川太刀雄丸博士的金泽邸宅也不远。
石井春海的回忆也证实，她的父亲石井是从釜山机场飞回日本的。松本的回忆也证实了这一点，他在回忆中说，他于8月25日在熊谷机场见到了石井专用机“吞龙”号。由此，我们认为应该是前一天，即8月24日，石井在釜山下达命令后，于翌日（25日）松本到达熊谷机场前回到了日本。
8月13日，石井队长的专车司机越定男乘最后一趟列车离开哈尔滨731所在地的平房，追上了即将分娩的妻子所乘的列车，一起到达釜山港，其后乘坐客船返回舞鹤港。客船里堆满了731部队用汽车运出的物品，到港后物品堆放在金泽医大仓库和在金泽市野间神社的临时本部里。越定男到达舞鹤港后，换乘装运煤炭的火车返回家乡长野县，中途经过名古屋时已经是8月23日。越定男把妻子送回长野，因受石井队长的命令赶往东京，又接到立即去金泽的指示，任务是用卡车把从哈尔滨平房带回来的、保管在金泽医大仓库的物品运送到东京。越定男到野间神社时，那里已经集合了15名军官队员，金泽医大医院仓库里的物品用了两台卡车运往东京。菊地齐少将、增田少将、大田澄大佐等一同乘坐了运送物品的卡车，3人都是细菌部队的中坚细菌学军医。途中，他们在下吕温泉住了一宿。越定男回忆说：“他们带足了钱，所以一点也用不着操心。”第二天，菊地一行3人又在诹访大社住了一宿，途中几个人轮流看管物品 （注49） 。到达东京后，越定男把物品分别送到杉并东洋工业、军医学校、若松庄（石井的居所）三处地方保管。在石井住所的若松庄的二楼，越定男看到石井正在睡觉，十分吃惊。越定男自从在“新京”和釜山两次见过石井后，就听说队长已经乘潜水艇或飞机回国 （注50） 。越定男卸下石井的物品后，又将其他物品送到千叶县的增田知贞少将家。731部队撤退时曾接到命令：“储蓄簿同其他便条一样，凡能确认是731部队的东西必须一律烧毁，不能留一丝痕迹！”“只准带两个行李。”所以，越定男把存款单也销毁了，夫妇二人两手空空回国。而731部队的干部却用卡车把丰厚的私财、贵金属以及昂贵的实验设备拉回家。越定男顿时有了无从发泄心中不满的无力之感。战败前发布的三条命令，战后也没有解除，相反不断被强调：
（1）返回家乡后隐匿在731部队的事实，隐匿军历。
（2）不能就任任何公职。
（3）队员之间不准相互联系。 （注51）