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我国实行自然资源公有制，自然资源属于国家所有或者集体所有。组织、个人可以依法占有、使用国家所有或者集体所有的自然资源并获得收益。《民法典》第324条规定：“国家所有或者国家所有由集体使用以及法律规定属于集体所有的自然资源，组织、个人依法可以占有、使用和收益。”
我国对土地等自然资源实行公有制，土地等自然资源的用益物权是自然资源的所有权与使用权分离的法律形式。国家和集体对于其所有的自然资源享有占有、使用、收益和处分的权利，组织、个人可以取得国家和集体所有的自然资源的用益物权，从而对于国家和集体所有的自然资源享有占有、使用和收益的权利，国家和集体不能干预其权利的行使。基于土地等自然资源自身的特点，自然资源用益物权制度还要反映保护自然环境、维护生态平衡的客观要求。根据《民法典》的相关规定，矿藏、水流、海域属于国家专有财产。城市的土地属于国家所有。法律规定属于国家所有的农村和城市郊区的土地，属于国家所有。森林、山岭、草原、荒地、滩涂、野生动植物资源等属于国家所有，法律另有规定的除外。
根据《民法典》第260条第1项的规定，集体对法律规定属于集体所有的土地和森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源享有所有权。《民法典》概括规定了自然资源用益物权制度以及海域使用权、探矿权、采矿权、取水权、养殖权、捕捞权等准用益物权制度，并设专章分别规定了土地承包经营权、建设用地使用权、宅基地使用权等自然资源用益物权制度。
自然资源有偿使用制度，是指国家或集体为实现所有者权益，保障自然资源的可持续利用，向使用自然资源的组织和个人收取自然资源使用费的制度。例如，取得探矿权、采矿权、建设用地使用权等权利需要支付相应价款。《民法典》第325条规定：“国家实行自然资源有偿使用制度，但是法律另有规定的除外。”
自改革开放以来，我国自然资源的有偿使用制度逐步建立和完善，在开发利用自然资源方面做了许多工作，初步实现了一部分自然资源的有偿使用，如土地使用权、探矿权、采矿权等，这对促进自然资源保护和合理利用、维护所有者权益、促进经济社会的快速发展发挥了积极作用。由于自然资源具有经济属性，因此，使用者向资源所有者缴纳一定的费用，符合民法的财产法功能在资源环境法律中的体现。实行自然资源有偿使用制度，加快自然资源及其产品价格改革，全面反映市场供求、资源稀缺程度、生态环境损害成本和修复效益，发挥市场在资源配置中的决定性作用。
由于法律上对于自然资源开发、利用及保护和分配的规定不够完善，还存在与经济社会发展和生态文明建设不相适应的一些突出问题，比如资源保护不严格、使用权体系不健全、有偿使用进展不平衡等。整个市场也亟须一套切实可行的自然资源有偿使用制度的出台。2016年，国务院发布实施的《关于全民所有自然资源资产有偿使用制度改革的指导意见》提出，自然资源开发利用必须符合规划管理、用途管制或行政许可，必须符合相关准入条件和标准，必须履行保护和节约利用资源的法定义务，以防止无序、无度开发利用自然资源。对矿业权出让、国有森林资源等难度大、风险高的部分改革开展相关试点，通过改革试点推动相关法律法规修订，同时以完善权利体系和有偿使用规则为重点，推进完善土地、水、矿产、森林、草原、海域、无居民海岛等全民所有自然资源的开发利用，加强相关部门之间的协同配合，通过创新监管方式，建立健全市场主体信用评价、责任追究等监管制度，加强对有偿使用权过程动态有效监管，确保有偿使用各项措施落到实处。“自然资源有偿使用制度”对自然资源的保护、合理配置、提高使用效率、防止生态破坏和环境污染具有指导性和补充性作用，以保障有偿使用各项措施落到实处。
自然资源使用制度改革后，有偿使用制度已经成为我国自然资源利用的主流，但是仍然存在无偿使用自然资源的例外情况，这主要是因为：一方面，通过划拨等方式无偿取得土地等自然资源使用权的情况仍然有存在的必要，一些公益事业、公共建设仍然需要相应的扶持。另一方面，农村集体经济组织和农民已有的使用水资源等自然资源的权益应当得到维护，避免增加农民负担。这也是促进农业和农村持续、稳定、健康发展，实现全面建成小康社会的目标以及构建和谐社会所必需的。
例如，集体经济组织成员无偿取得宅基地使用权，这是由农村土地所承担的社会保障功能决定的。