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对于附有存续期限的建设用地使用权，一般在期限届满时自然归于消灭。如果法律允许续期的，依照其规定。《民法典》第359条规定：“住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期。续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行政法规的规定办理。非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，有约定的，按照约定；没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。”
《民法典》第358条规定：“建设用地使用权期限届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依据本法第二百四十三条的规定对该土地上的房屋及其他不动产给予补偿，并退还相应的出让金。”据此，因公共利益需要可以提前收回建设用地使用权并依法给予相应补偿。提前收回与征收存在区别，提前收回的客体是财产使用权，而征收的客体是财产所有权。
建设用地使用权是一种物权，根据物权的排他效力，在权利存续期间内，建设用地使用权人可以排除任何私人或公共权力机关对其权利的干预或侵害；同时，任何私人或公共权力机关负有尊重建设用地使用权的义务。因此，除了因公共利益收回建设用地使用权之外，在建设用地使用权期限届满前，任何公共权力机关不得任意收回建设用地使用权。
根据相关法律规定，因土地闲置超过两年的，收回建设用地使用权。《土地管理法》第38条规定：“禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。已经办理审批手续的非农业建设占用耕地，一年内不用而又可以耕种并收获的，应当由原耕种该幅耕地的集体或者个人恢复耕种，也可以由用地单位组织耕种；一年以上未动工建设的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳闲置费；连续二年未使用的，经原批准机关批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权；该幅土地原为农民集体所有的，应当交由原农村集体经济组织恢复耕种。在城市规划区范围内，以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的闲置土地，依照《中华人民共和国城市房地产管理法》的有关规定办理。”《城市房地产管理法》第26条规定：“以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。超过出让合同约定的动工开发日期满一年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金百分之二十以下的土地闲置费；满二年未动工开发的，可以无偿收回土地使用权；但是，因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为或者动工开发必需的前期工作造成动工开发迟延的除外。”
《土地管理法》第58条规定：“有下列情形之一的，由有关人民政府自然资源主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权：（一）为实施城市规划进行旧城区改建以及其他公共利益需要，确需使用土地的；（二）土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的；（三）因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的；（四）公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的。依照前款第（一）项的规定收回国有土地使用权的，对土地使用权人应当给予适当补偿。”据此，因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的，或者因公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的，自然资源主管部门有权依法收回该建设用地使用权。由于此类被收回的建设用地使用权多属于以划拨方式无偿取得的，因此不给予补偿。但是，对于其地上建筑物、其他附着物，市、县人民政府应当根据实际情况给予适当补偿。
如果建设用地因为自然灾害等原因而发生灭失，也会导致建设用地使用权的消灭。例如，因洪水、地震等原因导致土地流失或者土地无法使用。
《民法典》第360条规定：“建设用地使用权消灭的，出让人应当及时办理注销登记。登记机构应当收回权属证书。”建设用地使用权无论因为何种原因而消灭，都应及时办理注销登记，以使其权利状态得以公示。
建设用地使用权的注销登记，标志着建设用地使用权在法律上的消灭，它以原建设用地使用权人向登记机关提出申请为前提。建设用地使用权人申请注销登记的主要原因，是建设用地使用权在事实上已经消灭了。除了法律规定的因建设用地使用权期限届满而消灭之外，建设用地使用权还会因土地的灭失、建设用地使用权被依法收回、建设用地使用权的混同、建设用地使用权的抛弃等原因而在事实上归于消灭。
建设用地使用权在事实上消灭之后，须进行注销登记，主要原因在于：建设用地使用权的设定以进行设立登记为前提，建设用地使用权在事实上消灭之后，如不进行注销登记，则会产生法律与事实相脱节的后果：事实上已不存在的建设用地使用权，在不动产登记簿上却依然被记载为一种权利。在登记公示原则下，权利和事实的这种脱节，会严重影响到建设用地使用权转让的交易安全。当注销登记完成后，登记机关应收回作为权利凭证的建设用地使用权证书，以杜绝一些人以此欺诈他人。