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我国农村土地制度变迁，始终需要面对城乡二元结构问题，即中国农村社会和城市社会长期在经济、政治上基本处于相对独立或者说相对脱离的现实。中华人民共和国成立初期，国家确立了实现工业化的目标，需要农业支援工业，因此形成了城乡二元结构，与之相配套的制度是农村土地集体所有、集体经营，以利于有计划地支援国家工业化建设。改革开放后，为了解放农村生产力，农村土地实行所有权和使用权“两权分离”制度，但城乡二元结构依然存在，农村土地主要发挥社会保障功能，因此农村土地权利具有严格的身份属性。“由于我国农业和农村的发展受两个主要矛盾的制约：一是基本国情矛盾——人地关系高度紧张；二是体制矛盾——城乡分割对立的二元社会结构矛盾，第二个矛盾加剧了第一个矛盾。在这样的矛盾制约下，对农民来说土地既是生产资料，又具有社会保障功能。而且随着人口增加，后者的作用有逐渐大于前者的趋势。”
随着国家工业化目标的基本实现，中国由农业国转变为工业国，自2006年开始，国家全面免除了农业税，工业反哺农业，积极稳妥地推进农民的社会保障制度，逐步缓解或消除城乡二元结构的制度障碍。随着进城务工人员的持续增多以及城镇化发展的增速，为了适应农民流转土地经营权的需要，有必要相应调整农村土地制度，因此，立法确认了农村土地权利“三权分置”模式。“随着城镇化不断推进，农村人口大量涌入城市。这一新形势要求对农村土地权利配置进行新一轮改革。实行农村土地所有权、承包权、经营权‘三权分置’改革，就是在总结我国农村土地承包经营权改革实践经验的基础上、根据农村现实需要和未来发展作出的顶层设计，目的是进一步解放农村生产力。”
农村土地制度从“两权分离”变革为“三权分置”的构想始于2013年。“在2013年12月中央召开的农村工作会议上习近平总书记作了重要讲话，在那个讲话中，他首次提出了一个概念，叫作对农村土地实行‘三权分置’并行的制度。”
中共十八届三中、四中全会先后提出，要坚持农村土地集体所有权，维护农民土地承包经营权，鼓励土地经营权的流转并发展多种形式的规模经营。2018年修正的《农村土地承包法》第9条和第10条增加规定了土地经营权制度，2020年颁布的《民法典》第439条至第442条规定了土地经营权制度。上述规定以民事基本法的形式确立了农村土地“三权分置”的权利结构。“坚持农村土地集体所有，实现所有权、承包权、经营权‘三权分置’，引导土地经营权有序流转，坚持家庭经营的基础性地位，积极培育新型经营主体，发展多种形式的适度规模经营，巩固和完善农村基本经营制度。”
“三权分置”模式下的土地承包权实质就是土地承包经营权，土地承包经营权人可以自己经营，也可以流转土地经营权，意在强调承包人的身份属性。农村土地“三权分置”是进一步完善农村土地制度的制度框架。在“三权分置”模式中，集体土地所有权是基础，土地承包经营权是建立在集体土地所有权基础之上的用益物权，土地经营权是由土地承包经营权派生的新的权利形态。农村土地权利在“两权分离”的基础上变革为“三权分置”，进一步完善农村土地制度，促进农村土地承包经营权的流转，拓展农村土地要素市场，最大限度地保障和实现农民的土地权利。农村土地制度无论怎样改革，都要坚守三条底线：集体土地所有制不能改掉、耕地红线不能突破、农民利益不能受损。2013年12月23日，习近平同志在中央农村工作会议上讲话时指出：“农村土地制度改革是个大事，涉及的主体、包含的利益关系十分复杂，必须审慎稳妥推进。不管怎么改，不能把农村集体土地所有制改垮了，不能把耕地改少了，不能把粮食产量改下去了，不能把农民利益损害了。”
2015年中央一号文件《中共中央、国务院关于加大改革创新力度加快农业现代化建设的若干意见》提出，“稳步推进农村土地制度改革试点。在确保土地公有制性质不改变、耕地红线不突破、农民利益不受损的前提下，按照中央统一部署，审慎稳妥推进农村土地制度改革”。
1.坚持集体土地所有权
坚持集体土地所有权，维护农民集体对农村土地的所有权主体地位，保障农民依法享有集体成员权，维护土地公有制的属性，坚持和完善集体土地所有权制度。“农村土地属于农民集体所有，这是农村最大的制度。农村基本经营制度是农村土地集体所有制的实现形式，农村土地集体所有权是土地承包经营权的基础和本位。坚持农村基本经营制度，就要坚持农村土地集体所有。”
2.稳定土地承包经营权
土地承包经营权是集体经济组织成员享有的重要成员权，除“四荒地”外，只有本集体经济组织的成员才能以户为单位承包集体所有的土地。土地承包经营权是农民重要的生活保障，是其安身立命之所在。在“三权分置”模式下，维护土地承包经营权的身份属性仍然是必要的，因此，在流转土地经营权时，土地承包经营权人仍然享有承包权，其与发包方的承包关系不变。《农村土地承包法》第44条规定：“承包方流转土地经营权的，其与发包方的承包关系不变。”为了稳定土地承包经营权，现行《农村土地承包法》对土地承包经营权的互换和转让的主体进行了限制，即土地承包经营权的互换和转让只能在本集体经济组织的农户之间进行，不得与集体经济组织以外的人互换或转让土地承包经营权。《农村土地承包法》第33条规定：“承包方之间为方便耕种或者各自需要，可以对属于同一集体经济组织的土地的土地承包经营权进行互换，并向发包方备案。”第34条规定：“经发包方同意，承包方可以将全部或者部分的土地承包经营权转让给本集体经济组织的其他农户，由该农户同发包方确立新的承包关系，原承包方与发包方在该土地上的承包关系即行终止。”
3.放活土地经营权
土地经营权从土地承包经营权中分离出来，剔除土地承包经营权的身份属性，集体经济组织以外的成员也可以依法取得土地经营权，从而促进土地经营权的流转。农业经营主体从事农业生产并没有改变集体经济组织成员的土地承包经营权的性质。“在经营权分离之后，农村土地承包经营权并不因此消灭。经营权到期后，承包经营权人的权能就自动恢复。”
“土地承包权与经营权的分离实质上就是物权法理论中权利的理性占有或间接占有与事实占有或直接占有的分离问题。其凸显了从强调权利之所有向追求权利之所用的制度创新需求。”
土地经营权流转后，可以再流转。“土地经营权既包括农户通过承包合同直接获得的以承包土地为客体的原始土地经营权，也包括受让方基于土地流转合同间接取得的以流转土地为客体的继受土地经营权。”
农业经营主体从事农业生产并没有改变集体经济组织成员的土地承包经营权的性质。
农地“三权分置”模式是规范农村土地制度的新探索，集体土地所有权、土地承包经营权和土地经营权是内容不同的三种权利形态。在这三种权利形态中，集体土地所有权是“三权分置”的基础，居于核心地位。“三权分置”的基础是落实集体土地所有权，坚持农村集体土地所有制，“尊重作为所有权主体的集体经济组织在占有、处分方面的权能，发挥其在处理土地撂荒方面的监督作用、在平整和改良土地方面的主导作用、在促进土地适度规模经营方面的桥梁作用”。
土地承包经营权是在集体土地所有权基础上产生的用益物权，一般情况下，只有集体经济组织成员才能享有此项权利；在法律规定的特殊情形下，集体经济组织成员以外的人可以通过招标等方式取得“四荒地”的承包经营权。土地承包经营权包含承包权和经营权两项内容，土地承包经营权人可以自己经营承包地，也可以授权他人经营承包地；土地承包经营权以外的人经营承包地的情形，产生土地经营权。土地经营权是建立在土地承包经营权基础之上的权利形态。
在“三权分置”模式下，土地承包经营权裂变为土地承包权和土地经营权，土地承包权仍然具有身份属性，而土地经营权则不具有身份属性；土地承包权强化土地的社会保障职能，土地经营权强化土地的财产权属性；土地经营权流转制度不得损害土地承包权的身份属性，其目的在于稳定土地承包经营权制度，在此基础上放活土地经营权。家庭承包地流转土地经营权的，承包人仍然享有土地承包权，发挥农村土地的社会保障功能，这是农村基本经营制度的根本。
在“三权分置”模式下，土地承包经营权是集体成员基于其成员身份而享有的用益物权，具有严格的身份属性，“是组织法范畴的权利，只能是组成组织的个体对组织体的权利”。
在流转土地经营权后，农户仍然享有土地承包权，体现了土地承包权的身份属性和保障功能。这种制度设计旨在解决进城务工人员的后顾之忧，避免出现“进不了城，回不了乡”的困境，避免出现大规模的城市贫民窟。即使我国真正实现70%的人口能够在城镇定居，还会有四五亿人在农村生产、生活。基于我国社会发展现状，对于人口城镇化问题，我们要有足够的历史耐心。对于改变农业分散、粗放的经营方式，我们要有足够的历史耐心。
农村土地制度改革不能突破三条底线，即集体土地所有制不能改垮、耕地红线不能突破、农民利益不能受损。
只有土地承包关系长久不变，才能实行“三权分置”。为了稳定土地承包经营权，通过对农户土地承包经营权的确权、登记、颁证，落实土地承包经营权长久不变的政策。
在“三权分置”模式下，土地承包经营权派生出土地经营权，但土地承包经营权的性质并没有改变，立法上所称的“土地承包权”并非新生的权利，其性质仍然是土地承包经营权。“两权分离”模式下的“土地承包经营权”与“三权分置”模式下的“土地承包权”实为同义语。《农村土地承包法》第56条规定：“任何组织和个人侵害土地承包经营权、土地经营权的，应当承担民事责任。”其中并未提及土地承包权。可见，《农村土地承包法》并无意将土地承包权作为一种新生的民事权利来对待。
“在经营方通过流转取得土地经营权后，承包方享有的土地承包经营权的法律性质并未改变，只是承包方行使土地承包经营权的方式发生了改变而已，从直接行使转变为间接行使。”
随着城镇化和现代化的发展，许多农民进城务工，土地经营权流转数量庞大，截至2017年，大约有30%的承包户全部或部分流转了承包地的土地经营权，流转面积大约占农户承包地总面积的三分之一。
政策和法律顺应农民保留土地承包权、流转土地经营权的意愿，将土地承包经营权分为承包权和经营权，实行承包权和经营权分置并行。“三权分置”既能消除农民的后顾之忧，又能通过流转土地经营权取得经济收益，促进土地规模经营，提高土地产出率、劳动生产率和资源利用率，推动现代农业发展。《农村土地承包法》第37条规定：“土地经营权人有权在合同约定的期限内占有农村土地，自主开展农业生产经营并取得收益。”《民法典》第340条做了内容相同的规定。据此，土地经营权的权利主体剔除了土地承包经营权主体的身份限制，集体经济组织成员以外的民事主体可以取得土地经营权。“土地经营权设立后，已成为一项脱离农民集体成员权的土地财产权。”
根据《农村土地承包法》第46条的规定，通过流转取得土地经营权的受让方，可以再流转土地经营权。法律没有对再流转土地经营权的次数进行限制。
放活土地经营权，鼓励工商资本下乡从事土地规模经营，但是，要防止出现新一轮“圈地运动”，避免土地规模经营成为资本狂欢的盛宴，防止侵害农村集体产权、侵害农民权益，应着力推进以农民为主体的乡村振兴。2017年12月28日，习近平总书记在中央农村工作会议上说：“工商资本下乡，乡村有需要，资本有动力，发挥作用有空间，方向是对的。一方面要优化环境，稳定政策预期，引导好、服务好、保护好工商资本下乡的积极性。另一方面要设立必要的‘防火墙’，防止跑马圈地、把农民挤出去，防止打擦边球、玩障眼法、钻政策和管理的空子，防止侵害农村集体产权、侵害农民利益。”
毋庸置疑，土地承包经营制度调动了广大农民的生产积极性，促进了农业和农村的发展，但是对其积极作用不能无限夸大，农民的生产积极性并不能永无止境地创造财富，否则便会陷入“人有多大胆，地有多高产”的主观唯心主义泥潭；同时也应看到，改革开放前的社会主义建设时期所积累的物质财富在改革开放初期得到了爆发式的释放，而这种释放效应不可能长久起作用，当长期积蓄的能量释放完毕之后，其生命力也就显得脆弱了。小岗村模式在最初几年发挥了重要作用，但随着历史的发展，它所具有的小农经济的弊端日益凸显，如果不能正确引导，则农村经济的发展很难突飞猛进，因此应当完善农村土地制度。完善农村土地制度的目标模式应当是发展合作经济，并在此基础上发展壮大集体经济。
我国是一个人均土地资源相当紧缺的国家，同亚洲的许多国家相似，而与欧美国家差别太大。
在东亚小农社会，除了中国之外，其他国家是按照“日韩模式”来重新建构农业生产的保护结构——加强农民的互助合作，加强对农村的社会性投入，同时必须向农民的生产合作、农民联合起来的合作组织，开放所有农业生产之外的涉农经济领域，比如投资、保险、购销、超市、加工等，只要是农民联合起来所形成的合作组织，都可以低税甚至免税进入。然后政府还要有一定的投资来帮助这些事业发展起来，以这方面所产生的收益反哺到农业生产上。
日、韩农业发展模式的主要特点可以概括为以下四个方面：第一，人多地少，自然资源条件差异较大。第二，大多采用政府主导型的市场经济体制。第三，农业现代化与工业化相互依存。第四，农业发展带有脆弱性一面。
在市场经济条件下，由于农业的投入产出率比工业低，所以农业经营效益相对较低，如果单纯依靠市场配置农业资源，农业就会处于十分不利的竞争地位，资源就会从农业部门流向非农业部门，从而制约农业的持续发展。东亚许多国家和地区存在城乡二元结构，城乡之间存在经济技术反差和居民经济收入不平等的现象，从事农业生产经营的收益率不如非农产业和部门高，又造成劳动力外流，制约了农业生产率的提高。
关于土地制度问题，主要是土地集中和扩大经营规模问题，从东亚地区的实际情况来看，无论是以日本为代表的发达国家，还是以“四小龙”为代表的新兴工业化国家或地区，或者以中国为代表的发展中国家，共同特点是人口密度高、人均耕地少，短期内很难普遍实行农场规模经营。中国农村是典型的小农经济，必须用适宜小农经济的思路来解决农业问题。我国的小农经济中，以种植业为主的农业，其投入产出比下降为负值其实是个必然的过程。要想有针对性地进行理论创新和体制创新，就不能照搬西方，而东亚小农经济社会模式的基本政策安排，即日、韩模式，是更值得我们借鉴的。第二次世界大战后，日本、韩国基本上都走了一条通过发展小农经济并在小农分化的基础上发展市场化农业的现代农业发展道路。这条道路基本上是成功的，既促进了农业的平稳增长，又带动了整个国民经济的快速发展。
日、韩模式的主要特点就是对农民合作社采取特殊政策放开农业外部规模经营。因为纯粹的农业生产没有规模效益，政府对农民进行补贴又由于交易费用太高而不可能补贴到每个农民头上，因此，只能靠农业外部规模来补充农业内部收益下降的损失，政府只能放开与农民相关的领域，让农民合作经济进入，实现农业产业化经营。
农业产业化也叫农业一体化，就是通过中介组织的连接和带动，将千家万户分散的农业生产经营活动组织起来，在某个地区和某个产业内形成区域规模或产业规模，实现规模经济效益，并使农业生产成为面向市场的商品性经营活动。农业产业化是现代农业的一个基本特征，它克服了传统农业自给自足的自然性质，将农户的生产活动与市场联系起来，同时又把分散的农户组织起来，克服了农户分散经营与千变万化的市场之间的矛盾，降低了农业交易成本和农户的谈判成本，提高了农业规模效益和比较效益，有利于农村生产要素的重新组合和农业资源的优化配置，有利于实现农业生产的专业化、组织化、社会化和商品化。
在土地承包经营基础上实现农业现代化，关键是如何找到一条既保持农户土地承包关系长期稳定又有利于实行土地集约经营和规模经营，还可以解决农业产业化经营中企业与农户利益联结机制的路子。发展合作经济被认为是破解困局的良方，是土地承包经营权流转的高级形态。无论发展何种形式的合作经济，都要以农民的土地承包经营权为基础，充分尊重农民的土地承包经营权，在农民自愿的基础上发展合作经济，实现农业产业化经营。
农业合作社被认为是推动传统农业向现代产业转变、促使传统农民成为市场主体的农业产业化载体。一旦农业合作社为农民控制拥有，那么农业就可能作为独立自主的现代产业，参与到市场机制的流通交换中去，农民因此将与城市生产者一样成为市场经济的主体，从而摆脱边缘化的困境。在农民自主的农业合作社带动下，农业的生产经营就可以超越各种地域、行业的权力边界，农民权益就会在统一的市场经济规则下得到公正维护。当农业合作社把农业的生产经营、物资供应、流通运输以及加工贸易等融为一个整体时，乡村经济就会以产业式发展实现经济总量的不断扩张。《农民专业合作社法》第2条规定：“本法所称农民专业合作社，是指在农村家庭承包经营基础上，农产品的生产经营者或者农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。”第3条规定：“农民专业合作社以其成员为主要服务对象，开展以下一种或者多种业务：（一）农业生产资料的购买、使用；（二）农产品的生产、销售、加工、运输、贮藏及其他相关服务；（三）农村民间工艺及制品、休闲农业和乡村旅游资源的开发经营等；（四）与农业生产经营有关的技术、信息、设施建设运营等服务。”“农户家庭经营+农民合作社”，是我国新统分结合双层经营体制模式，是农民实现共同发展和富裕的可行之路，将是我国农村的基本经济制度。
发展合作经济，积极发展适度规模经营，是中国农村现代化建设的重要路径。2016年发布的《中共中央、国务院关于深入推进农业供给侧结构性改革加快培育农业农村发展新动能的若干意见》提出，“大力培育新型农业经营主体和服务主体，通过经营权流转、股份合作、代耕代种、土地托管等多种方式，加快发展土地流转型、服务带动型等多种形式规模经营。积极引导农民在自愿基础上，通过村组内互换并地等方式，实现按户连片耕种。完善家庭农场认定办法，扶持规模适度的家庭农场。加强农民合作社规范化建设，积极发展生产、供销、信用‘三位一体’的综合合作”。
借鉴南街村模式，发展壮大集体经济，走共同富裕的道路，是中国特色社会主义制度的本质要求。2017年12月28日，习近平总书记在中央农村工作会议上指出：“壮大农村集体经济，是引领农民实现共同富裕的重要途径。要在搞好统一经营服务上、在盘活用好集体资源资产上、在发展多种形式的股份合作上多想办法。”