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在营改增和税收征收管理日益规范的大背景下，股东所得税筹划日益重要。在公司股权架构中，股东的持股比例意义重大；股东的持股方式同样意义重大。目前，股东持有公司股权方式主要有自然人持股、公司持股和合伙企业持股三种类型。三种持股方式的税法意义是不同的。就投资收益而言，分红所得和股权转让所得是公司股东从公司获取的两大核心投资收益。在目前税法政策下，同样股权在不同持股形式下税负成本不同，股东最终实现的投资收益也是不同的。
自然人股东直接以个人名义持有标的公司的股权，是目前最常见的股东持股方式。就所得税而言，自然人股东取得的分红所得和股权转让所得适用个人所得税法的规定，在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满183天的个人，为居民个人；居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照个人所得税法规定缴纳个人所得税。就适用税率而言，个人所得税法规定，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为20%。就纳税时间而言，个人所得税法规定，纳税人取得利息、股息、红利所得和财产转让所得，按月或者按次计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。综上所述，在自然人股东直接以个人名义持有标的公司股权时，其从标的公司取得的分红所得和股权转让所得均适用20%个人所得税税率；纳税时间通常为取得的分红所得或股权转让所得时。
股东以其实际控制的公司持有标的公司股权是另一种常见的股东持股方式。就公司持股方式的所得税税负成本而言，公司股东从公司取得的分红所得和股权转让所得适用所得税政策是不同的，具体如下：
企业所得税法规定，在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税，但个人独资企业、合伙企业除外。企业所得税法还规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。居民企业，是指依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。因此，目前符合条件的居民企业分得的股息、红利等权益性投资收益为免税收入，持股公司无须就分红所得缴纳企业所得税。就该所得，若持股公司不继续向自然人股东进行分配，则不会产生所得税成本。若持股公司继续向其自然人股东进行红利分配，则其自然人股东需要按照个人所得税法的规定缴纳20%的个人所得税。
企业所得税法规定，持股公司转让标的公司股权取得的股权转让所得收益为应税所得，需缴纳企业所得税。就适用税率而言，企业所得税法规定，企业所得税的税率为25%；非居民企业取得的应税所得，适用税率为20%；特殊情况除外，如高新技术企业适用15%企业所得税率。因此，持股公司转让标的公司股权时，原则上应适用25%企业所得税率缴纳企业所得税。
就纳税时间而言，我国公司实行所得税预交、年度汇算清缴制度。企业所得税法规定，企业所得税按纳税年度计算；纳税年度自公历1月1日起至12月31日止；企业在一个纳税年度中间开业，或者终止经营活动，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。《企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发〔2009〕79号）规定，企业所得税汇算清缴是指纳税人自纳税年度终了之日起5个月内或实际经营终止之日起60日内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算本纳税年度应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴企业所得税的数额，确定该纳税年度应补或者应退税额，并填写《企业所得税年度纳税申报表》，向主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款的行为。因此，从纳税时间上看，持股公司转让标的公司股权取得的投资收益实行月度或季度预交、年度汇算清缴，而不是在取得股权转让所得时缴纳。需要指出的是：公司实行月度或季度预交、年度汇算清缴制度，在持股公司存在经营性亏损情况下，持股公司缴纳企业所得税时的应税所得额与持股公司转让标的公司股权取得的所得额是两个不同的概念。比如，持股公司转让目标公司股权取得的投资收益为1000万元，持股公司年度自身可抵扣经营亏损为1000万元，在持股公司年度汇算清缴时的所得税应税所得额则为0元，企业实际所得税纳税额也为0元。
股东通过合伙企业持股，也是目前实践中存在的一种持股方式，特别是高管股权激励和私募投资基金。企业所得税法规定，在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税，但个人独资企业、合伙企业除外。故，合伙企业不属于企业所得税法范畴的纳税主体，不适用企业所得税政策。财政部、国家税务总局发布的《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。因此，就合伙企业持股方式而言，该持股合伙企业为所得税税收透明体，无须缴纳企业所得税，而是由其合伙人缴纳个人所得税或企业所得税。其中，自然人合伙人按照个人所得税法规定缴纳个人所得税；公司合伙人按照企业所得税法规定缴纳企业所得税。持股合伙企业获取的分红所得和股权转让所得适用的所得税政策有所不同，具体如下：
就适用税率而言，《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股利、红利所得……按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，适用税率为20%。因此，在合伙企业持股方式下，持股合伙企业从标的公司取得的“利息、股息、红利所得”不计入企业所得，而是由合伙企业按照20%个人所得税税率代扣代缴其自然人合伙人的个人所得税。就纳税时间而言，财政部、国家税务总局发布的《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则……前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。根据该规定，分配给合伙人的所得和企业本年所得但还没分配的部分，其合伙人均应缴纳所得税。另，《国家税务总局关于利息、股息、红利所得征税问题的通知》（国税函〔1997〕656号）规定，扣缴义务人将属于纳税义务人应得的利息、股息、红利收入，通过扣缴义务人的往来会计科目分配到个人名下，收入所有人有权随时提取，在这种情况下，扣缴义务人将利息、股息、红利所得分配到个人名下时，即应认为所得的支付，应按税收法规规定及时代扣代缴个人应缴纳的个人所得税。因此，合伙企业实行“先分后税”政策，持股合伙企业在获得“利息、股息、红利所得”，并将相应“利息、股息、红利所得”计入合伙人个人名下时，就应代扣代缴其自然人合伙人的个人所得税，具体方式为月度或季度预交、年度汇算清缴，与是否最终向其自然人合伙人实际分配无关。
就持股合伙企业股权转让所得适用税率而言，财政部、国家税务总局《关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）规定，个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的5级超额累进税率，计算征收个人所得税。前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。就合伙企业转让股权所得，自然人合伙人所得税是适用20%财产转让所得税率，还是适用5%~35%的5级超额累进税率，很长时间内各地有所差异。现阶段，自然人合伙人就合伙企业转让股权所得税适用税率正在逐步统一，即适用5%~35%的5级超额累进税率。就缴税时间而言，合伙企业实行月度或季度预交，年度汇算清缴制度。但根据合伙企业“先分后税”政策，持股合伙企业代扣代缴其自然人合伙人的个人所得税，包括合伙企业分配给自然人合伙人的所得，也包括合伙企业当年留存的所得（利润），与是否实际分配无关。
通过上述三种持股方式下股东所得税税负政策分析，我们可以发现：股东以不同持股方式持有同样的股权，其适用税率、纳税时间、纳税所得额等并不相同。如果侧重适用税率低，自然人股东个人直接持股具有一定的优势；如果侧重纳税时间税务筹划，公司股东持股具有一定的优势。比如，中国公民甲出资人民币100万元设立乙公司（居民企业），乙公司经过经营实现可分配利润人民币1000万元。在乙公司全额分红情况下，如果自然人甲以个人名义直接持有乙公司100%股权，则乙公司在分红时需按照20%个人所得税税率代扣代缴自然人股东甲人民币200万元个人所得税，甲最终实际分配投资收益为人民币800万元。如果自然人甲通过其名下丙公司（居民企业）持有乙公司100%股权，则在乙公司向丙公司分红时，乙公司无须代扣代缴，丙公司也无须缴纳企业所得税；若丙公司暂不向自然人甲分配该1000万元分红所得，而将其对外投资，或将其投入自身经营，则不会发生实际税负成本。但是，每种持股方式没有绝对的优劣之分，关键看商业目的。另，新三板挂牌企业、上市公司等企业适用特殊的所得税优惠政策，在此不做赘述。