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通常，公司组织机构由股东会、董事会和监事会构成。公司三会治理机制的逻辑在于公司所有权、经营权和监督权分立，通过分权与制衡，保障企业的有效管理和控制，维护公司股东、管理层、员工等各方主体的合法权益，以实现公司有效运行。在公司治理机构中，董事会为公司实际经营机构，执行股东会决议，行使公司章程规定的或股东会授予的职权，决定公司经营事务。初创期企业，股东往往与董事一致，所以很少面临董事冲突或董事会失控等情形。随着公司的发展，特别是在公司引进外部投资人的情况下，投资人往往会要求向公司委派董事，此时董事会构成会发生变化，往往会出现董事意见冲突等问题。特别是股权比较分散的公司或公众公司，董事冲突等问题出现的概率更大。公司董事冲突不仅会影响公司股东会决议的执行效果，还会影响公司经营。因此，公司创始人应从战略角度关注公司董事会，控制公司经营权。
经营权，是指企业经营过程中对企业财产经营、投资和其他事项所享有的支配、管理权。公司原则上应设董事会，但股东人数较少或者规模较小的公司可以不设董事会，设一名董事，行使董事会职权。在公司治理机构中，董事会是公司实际经营决策机构，行使公司章程约定的或股东会授予的职权，具体负责公司一般经营事宜。具体而言，董事会职权有：（1）召集股东会会议，并向股东会报告工作；（2）执行股东会的决议；（3）决定公司的经营计划和投资方案；（4）制订公司的年度财务预算、决算方案；（5）制订公司的利润分配方案和亏损弥补方案；（6）制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券的方案；（7）制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案；（8）决定公司内部管理机构的设置；（9）决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项；（10）制定公司的基本管理制度；（11）公司章程规定的其他职权。因此，董事会职权范围涵盖了公司人、财、物、产、供、销等经营事项，对公司经营水平和股东控制权而言均意义重大。实践中，若公司董事会治理不完善，则会造成公司经营权失控，或出现内部人控制的问题。所谓的内部人控制是指现代企业中的所有权与经营权相分离的情况下，股东与经营者利益不一致，经营者利用对企业经营的决策、管理、财务支配和人事任免等职权，在企业经营方案、薪酬制定、红利分配等方面进行利益自我输送。经营权失控或内部人控制问题不仅会导致公司股东意志无法有效执行，还会侵害公司股东经济权益。因此，无论是从公司控制角度，还是从公司经营角度来看，公司股东均应重视董事会治理机制，构建勤勉尽责、专业高效的董事会。
新公司法规定，董事会由3名以上董事构成；职工人数300人以上的公司，其董事会成员中应当有公司职工代表；其他公司董事会成员中可以有公司职工代表。公司董事可以在公司任职，也可以不在公司任职。下列人员不得担任公司董事：（1）无民事行为能力或者限制民事行为能力；（2）因贪污、贿赂、侵占财产、挪用财产或者破坏社会主义市场经济秩序，被判处刑罚，或者因犯罪被剥夺政治权利，执行期满未逾5年；（3）担任破产清算的公司、企业的董事或者厂长、经理，对该公司、企业的破产负有个人责任的，自该公司、企业破产清算完结之日起未逾3年；（4）担任因违法被吊销营业执照、责令关闭的公司、企业的法定代表人，并负有个人责任的，自该公司、企业被吊销营业执照之日起未逾3年；（5）个人所负数额较大的债务到期未清偿。就董事会经营权控制策略而言，具体如下：
如上所述，董事会行使公司章程约定的或股东会授予的职权，因此公司董事会职权范围的设置就尤为重要。一般事项，公司章程可以授权董事会决定；重大事项，公司可以收归股东会决定，如公司对外提供担保、借款，辞退或任命财务负责人等。合理设置公司董事会职权范围是公司股东控制公司董事会经营权的重中之重。
公司法规定，股东会选举和更换由非职工代表担任的董事，决定有关董事报酬事项，但并未规定非职工代表董事人选的提名、推荐等具体产生办法。非职工代表董事人选产生办法属于公司股东意思自治范畴，可以由公司章程自行约定。公司治理实践中，通常有委派制和选举制两种方式。委派制，是指公司非职工代表董事直接由公司股东委派；选举制，是指先由股东推荐非职工代表董事人选，然后由股东会选举产生非职工代表董事。此时，非职工代表董事人选提名权或推荐权就变得异常重要。因为非职工代表董事人选提名权或推荐权在一定程度上决定了股东会最终选举公司非职工代表董事的范围。正因如此，私募股权投资人往往非常重视董事提名权，其通常会要求享有一定数量的董事提名权，以确保其能在一定程度上参与公司经营。因此，公司股东要重视公司董事产生办法，确保公司董事会的可控性。
董事长在公司董事会的话语权非常重要。公司法规定，董事会设董事长1人，可以设副董事长；董事会会议由董事长召集和主持。公司法还规定，有限责任公司董事会董事长产生办法由章程自行决定；股份公司董事会董事长由全体董事选举产生。公司治理实践中，公司董事长多是由董事会选举产生；也可以设置特殊的董事长产生办法，如董事长人选由大股东提名或推荐。在上述董事长产生办法中，董事长人选提名权或推荐权尤为重要。公司股东控制董事长提名权或推荐权，则可以控制董事长选举范围，是股东控制董事会的策略之一。
公司法规定，就董事会议事规则和表决规则，除公司法有规定外，章程可以自行决定。新公司法规定，董事会会议应当有过半数的董事出席方可举行；董事会就相关议题表决时，实行一人一票制度；必须经全体董事过半数通过方能形成相关决议。公司治理实践中，股东往往基于不同的商业目的设置不同的表决机制。如，必须经全体董事2/3通过方能形成董事会决议，或就特定事项设置董事一票否决权等。私募股权融资交易中，投资人为了控制公司经营权，通常会就特定事项要求享有董事会一票否决权。投资人有董事会一票否决权的情况下，公司董事会形成决议不仅需要经全部董事过半数同意，还需要经拥有一票否决权的投资人董事的同意。新公司法明确了董事会表决规则的前提下，公司章程能否约定投资人享有董事会一票否决权，存在争议。有些地方公司登记机关也以此为由，不同意章程规定董事会一票否决权。
阿里巴巴是我国知名电商运营商。2014年9月，阿里巴巴在美国纽交所上市，成为当时全球史上最大的IPO。阿里巴巴最引人注目的是其合伙人制度。公开资料显示
，阿里巴巴创立后经过历次股权融资，申请上市时软银持有阿里巴巴集团797742980股，占比达34.4%；雅虎持有523565416股，占比达22.6%；马云持有206100673股，占比8.9%；蔡崇信持有83499896股，占比3.6%。此外，陆兆禧、张勇等高管持股比例均未超过1%。此时，马云及其管理团队持股不足50%，并非传统意义上的控股股东。管理层如果想继续控制公司，就必须设计一套既符合股东利益最大化又符合管理团队利益最大化的制度，阿里巴巴合伙人制度应运而生。阿里巴巴合伙人制度的核心在于公司章程中设置了有关董事提名权的特殊条款，以此控制公司董事会和经营权，进而控制公司。首先，按照合伙人制度，要成为阿里巴巴集团的董事必须经过公司合伙人提名前置程序。其次，如果阿里巴巴合伙人提名的候选人没有获得股东大会批准，或现任董事离职，阿里巴巴合伙人有权指定其他人选担任临时董事直至下一次年度股东大会。这样的制度设计就保证了董事会中特定比例的董事是阿里巴巴合伙人认可的人。如此，股东对董事的选任权被阿里巴巴合伙人制度控制，阿里巴巴合伙人指定的董事牢牢掌握着阿里巴巴集团董事会过半数席位，而不用担心股东更换董事或恶意收购，保证公司的控制权牢牢掌握在管理层手里。阿里巴巴合伙人制度的安排使创始团队通过掌握董事会简单多数人选的提名权和临时董事的决定权控制董事会。阿里巴巴在美国上市前曾考虑在中国香港证券交易所上市。中国香港证券交易所认为阿里巴巴合伙人可以决定公司董事会简单多数人选，属于内部人控制的情形，不仅可能损害大股东利益，也可能损害中小股东的利益，需要调整。阿里巴巴不愿调整其合伙人制度，转而选择在美国这一中小股东诉讼更为频繁的证券市场上市。2017年起，中国香港证券交易所改变了从前对“同股不同权”差异化表决权结构的态度，推出“差别投票权制度（分类表决制度）”，接受双重架构治理的企业。从2019年，阿里通过二次上市回归港股，到2024年8月，阿里成为在中国香港证券交易所和纽约证券交易所双重主要上市的公司，阿里终于在中国香港证券交易所也拥有了股价定价权，阿里的港股价格也不再取决于美股。