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公司经营涉及公司、股东、债权人、员工等多个主体；公司治理涉及股权分配、股东投票权安排、股东持股方式、组织机构设置、治理规则等复杂制度；公司运营涉及筹备、设立、变更、解散、注销等多个环节。如此复杂的民事法律行为，稍有不慎则会导致分歧。因此，需要签署完备的法律文件，明确所涉各方的权利义务。公司经营实践中，出资协议和章程是两份重要的法律文件。出资协议明确了出资人在公司设立环节的权利和义务，指引公司筹备及设立。公司章程明确了公司设立后公司股东权利义务、组织机构及公司治理规则，是指导公司运营的宪法性文件。经营实践中，很多出资人没有足够重视上述文件，导致公司设立失败，或导致公司运营陷入僵局，损失巨大。
出资协议，是指公司全体出资人就公司设立行为约定各方权利和义务而签署的法律文件，又称为发起人协议。公司法规定，有限责任公司设立时的股东可以签订设立协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务；股份公司设立时发起人应当签订发起人协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务。经营实践中，出资协议名称不尽相同，如出资协议、投资协议、合作协议、合资合同、备忘录等；出资协议形式也不统一，或口头形式，或书面形式；出资协议内容的详尽程度也不同，有的只简单约定公司设立事宜，有的则详细约定出资人、出资额、出资比例、投票权、股权转让等公司设立事宜及设立后的治理规则。出资协议虽不是有限责任公司设立过程中的必备文件，但为了更好地明确合作方向，准确地界定出资人各方权、责、利，我们建议公司设立前应签署完备的出资协议。通常，一份完备的出资协议需要约定公司设立过程中出资人的权利和义务，包括但不限于出资人信息，公司名称及经营范围，注册资本规模、出资金额、出资形式及出资时间，组织机构及议事规则，财务会计制度及利润分配，出资责任等内容。对于出资协议，出资人尤其要注意以下内容：
交易主体是关键，其次才是交易内容。公司具有极大的人合性，且经营具有持续性，公司设立时要慎重选择出资人伙伴，并归档各出资人身份证复印件。此外，公司全体股东要对公司设立行为承担连带责任；在公司设立后，还要对其他股东出资不实等违法行为承担连带责任。因此，公司设立时要进行必要的背景调查，审查股东的资产、对外有无大额负债等情况，避免将不适格的出资人个人风险引入公司。
公司名称是公司设立的必备要素，一般是先暂定名称，最终以登记机关核准为准。公司名称可以自行选择，但不得违反法律禁止性规定，且不得损害他人商标等知识产权，以免引起侵权或不正当竞争纠纷。公司经营范围是全体出资人设立公司的商业初心及设立后开展的具体经营事项。明确公司经营范围，有利于明确经营方向，更好地实现公司商业目的。
公司经营以一定的资金为基础。出资人要评估公司经营所需资金，确定合适的公司注册资本规模。在股东加速出资制度下，公司注册资本应根据公司经营资金需求和股东出资能力合理确定，规模不宜过大，也不宜过小。确定了公司注册资本规模后，出资协议要明确各出资人认缴金额、持股比例、出资形式及出资时间。出资形式可以是现金，也可以是可以评估且可以转让的非货币资产，但不能评估或不能转让的资产除外，如劳务、商誉等。此外，出资时间要明确，以免出现出资人认而不缴的情况，影响公司现金流。
通常，公司组织机构由股东会、董事会和监事会构成。股东会由全体股东构成，是公司权力机构。董事会由三名以上董事组成；规模较小的有限责任公司可以不设董事会，设一名董事，行使董事会职责。在现代企业治理结构中，董事会为实际经营决策机构，作用越来越大。关于董事会的规模、董事产生办法及董事长产生办法，建议在出资协议中明确，以免后期在公司设立过程中产生争议。监事会是公司监督机构。新公司法规定，规模较小或者股东人数较少的有限责任公司，可以不设监事会，设一名监事，行使本法规定的监事会的职权；经全体股东一致同意，也可以不设监事。另，有限责任公司可以按照公司章程的规定在董事会中设置由董事组成的审计委员会，行使本法规定的监事会的职权，不设监事会或者监事。故，监事会或监事并不是公司一定要设置的机构。公司是否设立监事会或监事，需要在出资协议中提前约定。另，股东会、董事会和监事会的通知、提案、议事、决议等规则，属于公司意思自治范畴，可以在出资协议中约定，也可以在章程中约定。
出资人设立公司的商业目的是通过投资实现收益。投资收益的实现需要完善的财务会计制度作支撑，这也是公司法律法规强制性要求。作为指导公司设立的出资协议，建议明确公司财务制度，特别是财务负责人的产生办法。通常情况下，财务负责人可以由董事会聘任，也可以由股东委派。对于不委派董事或不参与公司具体业务的出资人，通过委派财务负责人可以更好地实现股东知情权。另，就利润分配的比例及利润分配时间，也建议在出资协议中明确。
交易具有不确定性。虽然出资协议明确了全体出资人的权利和义务，但出资人是否会按照出资协议的约定全面履行出资义务，存在不确定性。出资人不履行出资义务，不仅会影响公司的设立行为，而且会导致出资人对其他未全面履行出资义务的出资人承担连带责任。因此，出资协议应约定相应的违约责任，如延期履行出资义务须支付滞纳金等。出资责任约定一方面可以约束出资人全面履行出资义务，另一方面也可以在出现出资纠纷时定分止争。
公司章程，是规范公司的组织与行为、公司与股东、股东与股东、公司董监高权利义务关系的具有法律约束力的文件。公司章程主要明确的是公司设立后股东及公司之间的权利义务及公司治理规则，是关于公司设立后治理规则的宪法性文件。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有法律约束力。股东可以根据章程约定起诉股东、董事、监事、经理、其他高级管理人员和公司；公司也可以根据章程约定起诉股东、董事、监事、经理和其他高级管理人员。公司法规定，设立公司必须依法制定公司章程。因此，章程是公司设立必备法律文件。公司法规定，有限责任公司章程应当载明下列事项：（1）公司名称和住所；（2）公司经营范围；（3）公司注册资本；（4）股东的姓名或者名称；（5）股东的出资方式、出资额和出资时间；（6）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；（7）公司法定代表人的产生、变更办法；（8）股东会会议认为需要规定的其他事项。除了上述内容外，股份公司章程还应当载明：（1）公司设立方式；（2）公司股份总数、每股金额和注册资本；（3）发起人的姓名或者名称、认购的股份数、出资方式和出资时间等内容。就有限责任公司章程而言，股东要关注以下内容：
公司法规定，有限责任公司股东会由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。因此，有限责任公司股东表决权安排属于意思自治范畴，可以按照股东认缴比例行使表决权，也可以按照实缴出资比例行使表决权，还可以另行约定表决权比例。公司表决权比例与注册资本认缴比例是两个不同概念，不一定为正比例关系。如，创始人股东认缴50%注册资本，可以享有50%投票权，也可以享有70%投票权。
公司法规定，有限责任公司股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定；股东会作出决议，应当经代表过半数表决权的股东通过；股东会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，应当经代表2/3以上表决权的股东通过。因此，除上述规定外，公司章程可以自行规定表决规则，如就特定事项表决，可以规定须经特定股东的同意或股东一票否决权。
公司法规定，董事会由3名以上董事构成。董事会中的职工代表由公司职工通过职工代表大会、职工大会或者其他形式民主选举产生。就公司非职工代表董事产生办法，属于公司章程自行决定事项。公司章程可以自行约定股东关于非职工代表董事提名权的分配办法。公司法还规定，董事会设董事长一人，可以设副董事长。有限责任公司董事会董事长产生办法是由章程自行决定事项，可以是选举产生，也可以是股东提名。但，股份公司董事会董事长需由全体董事选举产生。在制定公司章程时，股东可以基于经营需要合理地确定董事会规模、董事产生办法和董事长产生办法。如，公司创始股东可以在章程中规定提名一定名额的董事，进而控制公司董事会。阿里巴巴合伙人制度的核心逻辑就是通过合伙人制度控制公司董事提名权，进而控制董事会，掌控公司经营权。
新公司法规定，除另有规定外，董事会其他议事规则和表决规则由公司章程另行规定；董事会会议应当有过半数的董事出席方可举行；董事会就相关议题表决时，实行一人一票制度，必须经全体董事过半数通过方能形成相关决议。在公司治理实践中，私募股权投资人通常会就特定事项要求享有董事会一票否决权。新公司法明确了董事会表决规则，实践中就能否设置董事会一票否决权问题有分歧。如果有经营需要，公司股东在制定公司章程时可以设置董事会一票否决权等董事会表决规则，以更好地参与、控制董事会运作。
商业经营目的是获利。公司经营获利后，利润分配办法是商业计划的重要组成部分。我国公司法规定，公司税后利润，在弥补亏损和提取法定公积金后，有限责任公司按照股东实缴出资比例分配，但全体股东约定不按照出资比例分配利润的除外；股份有限公司按照股东持有的股份比例分配利润，公司章程另有规定的除外。因此，公司章程可以自行约定公司利润分配办法，既可以按照认缴比例分配利润，也可以按照实缴比例分配利润，还可以约定其他利润分配办法。如，股东持股50%，但分配公司70%的税后可分配利润，以更好地体现股东个人贡献。
出资协议与公司章程均为公司治理重要法律文件，但二者又有所不同。如上所述，公司全体出资人共同参与订立的出资协议，主要功能是明确出资人在公司设立过程中的权利义务关系，其性质属于合同范畴，适用民法典之合同编规定，效力范围为全体出资人。公司全体股东签署的章程，主要功能在于明确公司设立后股东权利义务、组织机构及治理规则，其性质属于公司法范畴，适用公司法规定，效力范围为公司、股东以及公司董事、监事等人员。实践中，有些出资协议既调整公司设立之前出资人之间的权利义务关系，同时又调整公司成立后股东之间、公司与股东之间的权利义务关系，还会涉及公司组织机构及治理规则。一般情况下，制定在后的公司章程会吸收签署在前的出资协议中关于公司组织机构、治理规则等内容。但实践中出资协议有些内容也经常不被纳入之后所订立的公司章程之中。一方面是因为出资协议中某些内容不便载入公司章程中，如公司设立事项；另一方面是因为有些公司登记机关要求使用格式文本导致许多出资协议中特别约定内容无法纳入公司章程之中，此情况在私募股权融资交易中经常出现。在上述情形下，出资协议往往承担了公司章程之外的规则性协议的功能。通常认为，公司完成设立后，由全体出资人共同签署的出资协议仍具有法律效力，其中涉及公司成立后的股东之间、股东与公司之间的权利义务关系的内容，只要未违反法律强制性规定或不与后制定公司章程规定相冲突，对各缔约方仍依法具有合同约束力。就出资协议与章程规定冲突情形，具体可以分为两种情况：（1）若有约定效力优先规则，则按约定执行，如在私募股权融资协议中通常会约定股东协议等交易文件效力优先于工商登记的章程；（2）若没有效力优先规则约定，一般是后形成文件效力优于先前形成的文件。总之，出资协议和公司章程是两份性质不同的法律文件，两者不存在效力关联性或效力高低之分。