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关于妈祖的身世，目前得到共识的版本是，妈祖本名林默，是北宋时期在福建莆田湄洲海边出生的一名女巫，诞于宋太祖建隆元年（960）三月二十三日，宋太宗雍熙四年（987）九月初九日因救助海难而逝世，于是农历三月二十三和九月初九就被全球妈祖信众普遍奉为妈祖的诞生日和忌日。但实际上史料上并未详细记载妈祖的生辰和忌日，日本的妈祖学家李献璋认为，妈祖的诞辰与忌日的确立与元明的漕运有关。徐晓望则认为，天妃的诞辰和忌日与闽人的航海习惯有密切的关系。但无论是哪一种论点，都可以看出妈祖信仰的产生和发展与闽人航海的历史密不可分。
进士仙游人廖鹏飞的《圣墩祖庙重建顺济庙记》作于南宋绍兴二十年（1150），是关于妈祖身世的最早记载：“独为女神人壮者尤灵，世传通天神女也。姓林氏，湄洲屿人。初，以巫祝为事，能预知人祸福；既没，众立为庙于本屿。”后南宋嘉泰二年（1202）得中进士的莆田人丁伯桂出守杭州时，撰写的《顺济圣妃庙记》中有记载妈祖身世：“神莆阳湄洲林氏女，少能言人祸福，殁，庙祀之，号通贤神女。或曰：龙女也。”这是最早记录妈祖身世的两篇碑记，均指出妈祖是莆田湄洲林姓女子，且为一名女巫，能言人祸福，死后被百姓立庙祭祀。
妈祖生前作为一名女巫，死后被百姓尊为神祇，是因为福建当地巫觋之风盛行。福建地区与其他地方相比，女巫众多，多达“每一乡率巫妪十数家”。在官府眼里“闽俗信鬼，多淫祠，黠者敛钱民间，辄数十万”，然而在福建民间却认为女巫是值得敬重的人，这些女巫“不但有呼神役鬼、行持科法的一面，同时也具有接生、收惊、胎产、妇科内疾、心理咨询等方面的知识与经验”。尤其在危难之际，人们相信女巫神圣如同母亲，能够护佑自己。更实际的是，人食五谷杂粮，不可能不生病，在医药水平不够发达的古代，古人认为“医”“巫”同源，“医”的繁体字“毉”的构字组合正说明了这一点。古人认为，人之所以会生病是因为触犯了神鬼，或被邪上身。“夫阴阳所以正时日，顺气序者也；卜筮所以决嫌疑，定犹豫者也；医巫所以御妖邪，养性命者也；”在医药科学不够发达的古代，古人认为生病是妖邪入侵，巫医是能用巫术驱赶妖邪，让人恢复健康，是保护人们性命的。这种观点甚至在当下一些科学技术落后的地区仍存续。
妈祖的传说中也有为百姓治病的故事，“灵符回生：岁祲疫气盛行，黄（疑为莆字之讹）县尹阖家病笃。吏告以湄屿神姑法力广大，能起死回生，救灾恤难。尹斋戒亲诣请救。……妃念其素称仁慈，代为忏悔。取菖蒲九节，并书符咒，另贴病者门首，煎蒲饮之，病者立瘥。”又“圣泉救疫：宋高宗绍兴二十五年（1155）春，郡大疫。神降于白湖旁居民李本家曰：‘瘟气流行，我为郡请命于帝；去湖丈许有甘泉，饮此疾可疗’。……忽清泉沸出，人竞取饮之，其冷若醴。汲者络绎于路，至相争攘。朝饮夕瘥，人皆腾跃拜谢曰：‘清泉活人，何啻甘露，真有回生之功’！”在《八闽通志》中记载了妈祖因被百姓认为显灵驱疫，而被朝廷加封的故事“在新安里鯑江湄洲屿上。其神即弘仁普济天妃。今庙盖其故居也。其年人苦疫疠，神降于白湖卑去潮丈许，掘坎涌泉，饮之辄愈，加封‘崇福’。”
关于妈祖救助海难、治病救人虽然只是传说，但是传说来源于生活，妈祖出身的传说一定程度上反映了当时莆田地区社会下层百姓生活现实，以及他们对平安顺遂生活的期望。因此妈祖是作为当时女巫群体中的一员，能言人祸福，能在海难中救人性命，能为人驱病除魔，是百姓的精神依靠和慰藉，生前颇受当地人爱戴，死后被当地人供奉为神。妈祖出身的传说蕴含着的“大爱济世”精神与中华优秀传统文化所推崇的“慈悲”，与社会主义核心价值观中提倡的“和谐友善”是相契合的。
妈祖从一湄洲海岛的地方神灵，发展至全国乃至全世界华人的航海女神，与社会各个阶层的信仰活动有着密切的关系。这种说法从《天妃显圣录》记载的天妃传说中可以得到印证。
在妈祖还未被朝廷册封之时，信众主要为福建沿海湄洲附近的商民：“祷神起椗。季春有商三宝者，满装异货，要通外国，舟泊洲前。临发椗，胶弗起，舟人入水，见一怪坐椗不动。急报客，大惊。登岸询洲人：‘此方何神最灵？’或曰：‘本山灵女极称显应’。遂诣祠拜祷。恍见神女优游椗上，鬼怪辟易，其椗立起。乃插香一瓣于祠前石间，祝曰；‘神有灵，此香为证：愿显示征应，俾水道安康，大货赀利，归即大立规模，以答神功。’迨泛舟海上，或遇风涛危急，拈香仰祝，咸昭然护庇。越三载，同航全安。复造祠，见前所插瓣香，悉盘根萌芽，化成三树。正值三月二十三日神诞，枝叶最茂，香气郁郁缤纷。商人奇其感应，捐金创建庙宇，焕乎改观。及宋仁宗天圣中，神光屡现，善信者复感灵异，广大其地，廊无益增巍峨。”可见三宝是做海外贸易的商人，途经湄洲，受到妈祖的庇佑，三年的航行有惊无险，有感于此而捐建妈祖庙；且在宋仁宗天圣年间（1023—1032），三宝所捐建的妈祖庙得到扩修，妈祖信仰开始发展起来。
在南宋绍兴时仙游籍进士廖鹏飞所著的《圣墩祖庙重建顺济庙记》中记载了在宋徽宗宣和年间商人航海有向妈祖祈祷平安，“故商舶尤藉以指南，得吉卜而济，虽怒涛汹涌，舟亦无恙。宁江人洪伯通，尝泛舟以行，中途遇风，舟几覆没，伯通号呼祝之，言未脱口而风息。既还其家，高大其像，则筑一灵于旧庙西以妥之。宣和壬寅岁也。”莆田籍官员丁伯桂于绍定二年（1229）出守钱塘时谈及当时当地的妈祖信仰：“商贩不问食货之低昂，惟神之听。……神之祠不独盛于莆，闽、广、江、浙，淮甸皆祠也。”这说明仅宋代妈祖信仰已经不仅限于莆田，已经遍及福建，甚至到广东、江浙等临海省份。“浙、闽、广东南皆岸大海，风帆浪舶焉依若其所天，比年輦下江潮为患，赖妃竟弥，尹厘以闻。”
通过大运河漕运的方式有太多弊端，运河漕运不能满足新生元朝对粮食的需求，于是元朝廷开始了海漕运粮。而海漕运粮的船只大多为福建造，“臣尝广行询问海上北来之人，皆云南方木性与水相宜，故海舟以福建船为上，广东、西船次之，温、明船又次之”。因此妈祖信仰也就随着闽籍船只以及船上的闽籍商贾船工进一步传播到了北方，直至被朝廷正式认可。有元一代，中央朝廷敕封妈祖，封号达到二十个字：“护国、辅圣、庇民、显佑、广济、灵感、助顺、福惠、徽烈、明著”天妃。妈祖每每得到敕封，均与护佑漕运相关。据元代程端学《灵济庙事迹记》中记载：“惟天阴骘下民，凡涉大险，必有神物效灵以济之，若海之有护国庇民广济福惠明著天妃是已。我朝疆宇极天所覆，地夫人众，仰东南之粟以给京师，视汉、唐、宋为尤重。神谋睿算，肇创海运，较循贡赋古道功相万也。然以数百万斛委之惊涛骇浪，冥雾飓风，帆樯失利，舟人隳守，危在瞬息，非赖神明，有祷斯答，其罔攸济。故褒功锡命，岁时遣使致祭，牲币礼秩，与岳渎并隆，著在祀典。……大德三年，以漕运效灵封‘护国庇民明著天妃’。延祐元年，封‘护国庇民广济明著天妃’。天历二年，漕运副万户八十监运，舟至三沙，飓风七日，遥呼于神，夜见神火四明，风恬浪静，运舟悉济，事闻，加庙号曰：‘灵慈’。纳臣公言：‘至顺三年，予押运至莱州洋，风大作，祷之，夜半见神像，转逆以顺，是岁运舟无虞；其随感而应类此。’神之庙始莆，遍闽浙。……皇庆元年，海运千户范忠暨漕户倪天泽等，复建后殿、廊庑、斋宿所，造祭器。”
因此，可以说元代的海漕是妈祖传播至北方的重要途径，在这一时期祭祀妈祖也成为重要的国家祀典。元代宋褧《平江天妃庙题名记》中记载：“海道都漕运万户岁以舟若干艘，转输东南民租三百万石有奇，由海不旬日达京师者几数十年，飓风不作，斥冥王不灵之物以避，皆护国庇民广济福惠明著天妃之力。国有恒典，岁遣使致祭报神。”可见，海漕、妈祖信仰、国家祀典形成了一个这样的体系：海漕将妈祖信仰传播于北方；商贾船工相信海漕的顺利是妈祖的庇佑，更加深了对妈祖的崇信；而漕运对国家经济的贡献，促使中央朝廷认可了护佑漕运的妈祖的正统地位，更加推高了妈祖的信仰力量。元代朱德润的《江浙行省右丞岳石木公提调海漕政绩碑铭》也论述了三者的关系：“东南漕运，岁集海邦。官貰其直，力役其氓。府长有属，惟时俊庞，国有常度，孰总其章？……漕大既来，仰给相望。公则先期，付币葺航。江左列郡，廪贮其粮。漕舟往载，官吏兴张。俾各投钩，毋辞远方。铢斛之较，俾平其量。……公诚之故，神庇我昌。厥明启舟，公饯于艎。……公曰漕官，勉尔是行。国有大顺，毋惮海洋。南风送帆，海波不扬。天妃效灵，百示助祥。相此漕役，既达于京。京有储积，民以又康，怀来之思，歌矢不忘。刻诸坚珉，以示久长。”这更使得妈祖信仰不仅有更为广阔的群众基础，而且获得了官方认可的正统性，为妈祖信仰流传后世奠定了更为坚实的基础。
有清以来，福建人仕宦行商北上如过江之鲫，康熙年间福建八府陆续在苏州建会馆奉妈祖，有福建人在苏州建立的最早的妈祖宫庙—三山会馆“是宫于万历间闽省商人卜地兴建于此，至康熙三十五年复相继捐资廓地……今天后之灵，能使海波不惊，风帆无恙，远人无涉险之虞，商艘有安澜之乐，其德于斯民者不亦大哉！况斯宫之建，不特为答神贶而资游览，且以敦乡谊，讲礼让，大谁曰不可？”有漳州会馆“自古仕商往来，聚会之所，必建有会馆以事神而洽人，联情笃谊，所係綦重。苏州为东南一大都会，百货所归，民物辐辏。吾漳人懋迁有无者，往往，奔趋寄寓其中，衣冠济盛不下数十百人，又为仕宦赴京必过之地，佥曰是不可无馆。于是购地于平江城外之小日晖桥，鸠工治材，或随力乐输，或就货敛资，众欣然乐成。……祀天后之神，盖神奠安沧海，有功德于民者。”此处不一一列举，福建人在外行商，以会馆为依托，以妈祖信仰为情感联系纽带，以乡缘亲缘团结在一起。这种形式也使得妈祖信仰不仅是平安、顺利的精神寄托，更是出门在外、思乡之心的精神慰藉。妈祖信仰抚慰人心，更受信众推崇。
北宋时期妈祖已在莆田地区盛行，“妃庙遍于莆，凡大墟市、小聚落皆有之。”妈祖庙的创建与扩建，大多都与当地有声望的莆田人的倡议、推动密切相关。如在莆田涵江的延寿里涵头的涵江灵慈庙就是在当时太守陈道倡导下重建的，“宋时建，（明）成化十八年（1482），镇守太监陈道捐金倡里民重建。”福清灵慈庙也有当地士人为其作记，“在下江，盖天妃行祠也。永乐十三年重建。旁有江天亭，林敏为记。”据《三山志》记载林敏“字正父，古田人，省试第二。”连江天妃庙：“去县二里许。正统十四年，邑人黄得寿募众筹（上三庙俱钦平下里）。”清康熙年间，时任同安教谕的蔡骥良所书《泉州天后宫记》中记载“惟神实取其衷，而都人士乃更谋所以迓神庥而壮庙宇者，卜地鸠工，佥呈邑宰，而问余序之。”可见各地妈祖信徒捐资捐物修建、扩建妈祖庙，是妈祖信仰得以持续传播的重要原因。
福建籍，特别是莆籍士人为妈祖信仰在闽之外传播起到了积极的推动作用。《天妃显圣录》中记载了“宋徽宗宣和四年（1122），给事中允迪路公使高丽，感神功，奏上，赐‘顺济’庙额。”在福建仙游人廖鹏飞的《圣墩祖庙重建顺济庙记》中记载得更为详细：“给事中路允迪使高丽，道东海，值风浪震荡，舳舻相冲者八，而覆溺者七，独公所乘舟，有女神登樯竿，为旋舞状，俄获安济。因诘于众，时同事者保义郎李振，素奉圣墩之神，具道其详。还奏诸朝，诏以‘顺济’为庙额。……承信郎李富，居常好善，首建其义，捐钱七万，移前而后，增卑而高，戒功于中秋，逾年月告逼。”但与路允迪同船的国信使提辖官徐兢，在记录出使高丽途中见闻的《奉使高丽图经》中，并未记载神女护使和赐额“顺济”之事。学术界多有考证，证明《圣墩祖庙重建顺济庙记》中妈祖在海上显圣护佑使节团是妈祖信仰者的附会。然而在宣和五年（1123）八月妈祖庙被赐额“顺济”一事却是真事，虽然妈祖信仰在路允迪使高丽团中并未有广泛的认同，但正是以此为契机，莆田籍士人积极地宣传和附会，才促使妈祖信仰在各种机缘巧合之下，从一个地方的小海神，逐渐成长为官方承认的正神。
而且莆田士人往往是各地妈祖宫庙的倡建者，是这一时期将妈祖信仰传播到各地的主要贡献者。宋端平二年（1235），莆田名士刘克庄在杭州妈祖宫祭拜时赋诗一首：“眉洲屿隔雪涛中，闻此山川仿佛同。但是至人游息地，邦人处处作离宫。”正如徐晓望在其《宋代福建史新编》中指出的那样，莆田籍士人多选择湄洲神女作为其保护神，他们无论是身在家乡还是出门在外，都会虔诚地向妈祖祈祷，以求获得保佑。因此在使高丽途中遭遇风浪，无论徐兢在《奉使高丽图经》中是否有记载湄洲神女显灵的故事，我们都可以推断如果使节团成员中有莆田籍人士，他肯定曾经在滔天的风浪里虔诚地向神明祈祷，以求获得保佑。《圣墩祖庙重建顺济庙记》文中所提到的保义郎李振，据载是靠近莆田木兰溪出海口宁海北面、白塘东岸的洋尾村，李氏族人；他在使高丽途中遇险，虔诚地向妈祖祈求平安后，安全脱险，回到家乡自然会宣传妈祖的神迹；其后，由于宋有祭祀百神的礼制，使高丽团平安归国后，妈祖乘着朝廷赐封百神的东风，于宣和五年（1123）八月被朝廷赐额“顺济”；李振的堂哥承信郎李富“（1085—1162），字子诚，号淡轩，家巨富”。在此数年后重建圣墩庙，宋绍兴二十年（1150）同为福建仙游人的廖鹏飞在其《圣墩祖庙重建顺济庙记》中记录了妈祖的出身及其信仰源流。虽然《圣墩祖庙重建顺济庙记》被证实有虚实相交的成分，但其间可见的是莆田籍士人的各种附会和对妈祖信仰不余遗力地宣传。实际上也正是因为莆田籍妈祖信徒的推动，促使宋代妈祖信仰的发展。
还有宋绍定二年（1229）曾出守杭州的丁伯桂也曾为杭州的顺济圣妃庙撰写庙记：“京畿艮山之祠，旧传监丞商公份尉崇德日感梦而建。……开禧年间，始建殿阁，地褊且陋，观瞻未称。岁在丁亥，某调郡，陛辞，偶叨留行，因白夕郎陈公卓，割餐钱为倡；贻书乡之持麾节者咸遣助。乡之士友与都人知敬神者竭力效奔走，不避寒暑，随丰俭捐金钱。次冬首役，移旧殿阁，前架正殿，越春殿成；又次年，门楼廊庑成。塑绘丹臒，几案簾帷，栏楯轩槛，闻者争施。中外辉映，规模粗备云云。……祠成，乡人合词念某为述颠末。姑取前后金石所纪神迹编次之，庶来者有考云。”文中提到杭州顺济圣妃庙是监丞商份在一次梦到妈祖后，有感而建的。商份字元质，福清人，福清与莆田相邻，也是妈祖信仰区，商份显然也是妈祖信徒。文中还提到在南宋中期此圣妃庙再次翻新扩建，是由丁伯桂与陈公卓共同倡议，在杭州的莆田同乡以及信仰妈祖的杭州信徒捐资，才得以实现的。丁伯桂，字元晖，福建莆田人。端平“三年（1236），陞秘书监，迁起居舍人兼起居郎，又兼中枢舍人”。杭州的顺济圣妃庙从创建到扩建到兴盛都与旅居杭州的莆田籍士人有密切的关系。
宋代李丑父在《灵惠妃庙记》中记述了江苏镇江京口的祭奉妈祖之庙灵惠妃庙的建造历史：“两浙转运司贡士翁戴翼语丑父曰：嘉熙戊戌（1238），自京游京口学，妃故宫方轮奂，忽梦以改卜嘱。仆心讶，且惧辱命不敢当，妃曰：徐图之。仆拜而退，觉而识之。既而濒江庙果圮，仅存一殿，卜修不兆，卜迁乃兆。既相攸当，受地公家。适今浙东常平使者尚书郎赵公玗大，参谋两淮大阃，道京口，众以请。公之子总干，是夕亦梦如初。公白府给地，工费甚钜，而乐施亦众。山祇效响石之瑞，川后献锁之碇，人士为之兴起。壬子岁，正殿庙门西偏集福堂落成，守僧与祀亭者皆有所止。仆时与寓目焉。献殿前错夹殿，旁翼缭以周垣，规制略定，营缮以次。越七年，翁君书抵仆曰：‘昔所欲次第就者，幸不愆于素。……是役也，奉命于棲棲之时，践梦于二十年之后，望不及此，妃实引翼之。愿为我记其略。’仆与翁皆妃邑子，且诺于京口，七年矣。既书岁月，又系以诗，俾歌以侑食焉。”从李丑父为江苏镇江京口灵惠妃庙所记碑文中可知，两浙转运司贡士翁戴翼前后20年为镇江京口灵惠妃庙重建扩修而奔忙，对妈祖信仰在当地推广、发展，起到了重要的作用。而李丑父：“字良翁，莆田人。端平进士，除太学博士，忤丁大全，罢，起为著作郎，言苛征黩货及竞侈等事，提举湖南常平义仓，寻罢。”戴翼：“闽县人，嘉定十六年进士。初摄南康军，后知邕州。”闽县，大致为今福州市东部和闽侯县东南部地区，文中称戴翼与李丑父为同乡，应该是指同为福建同乡，闽县地区同样也是妈祖信仰区。
总之，宋代妈祖虽然还没有条件从地方的神明变为全国性的神灵，但以莆田籍人士为主的妈祖信仰者，将妈祖作为自己的保护神到各地当官、游历，不遗余力地将妈祖信仰传播于当地，这是妈祖信仰在两宋时期蓬勃发展的一大原因，也为后世妈祖信仰的传播埋下了星星之火。且从这一过程中可以发现除了莆田籍人士主观上积极传播外，妈祖信仰中“顺济、顺遂”等因素是妈祖文化能够顺利扎根当地并传播开来的重要的客观原因，这与社会主义核心价值观中“和谐”是相契合的。
妈祖的封号中有不少与水师有关，《天妃显圣录》中明确记载宋代的封号就有：“孝宗淳熙十年（1183），以温、台剿寇有功封‘灵慈、昭应、崇善、福利夫人’。”宁宗庆元六年（1200），“朝廷以神妃护国庇民大功追封一家。开禧改元（1205），以淮甸退敌奇功加封‘显卫’。嘉定改元（1208），以救旱并擒贼神功加封‘护国、祝顺、嘉应、英烈妃’。”理宗开庆改元（1259）“以火焚强寇有功进封‘显济妃’”。在新安里鯑江湄洲屿上的莆田天妃庙记中将宋代妈祖在战事上的灵应事迹记载得更为详细：“绍兴二十九年（1159），江口海寇猖獗，神驾风助威，一扫而去。加封‘昭应’。……乾道五年（1169），福兴都巡检使羌特立上其默相捕盗之功，加封‘善利’。……朝廷调舟师平大奚寇，神障以雾，我明彼晦，寇奚扫除。开禧二年（1206），虏逼淮甸，郡遣军士从征，因奉神以行，及遇虏，神拥旗帜见云中，一战解合淝之围。莆民艰食，朔风弥旬，南舟不至，神为反风，不日幅凑。海寇入镜，将掠乡村，神为胶舟，悉就擒获。景定二年（1261），巨寇泊祠下祷，神不允，群肆暴慢，醉卧廊庑间，神纵火焚之，贼骇遁去。风沙昼晦，俄各跨浅而败。部使者一一以闻，故在宁宗朝加‘助顺显卫英烈’之号，在理宗朝加‘协正善庆显济’之号。”
妈祖的封号与水师有关，主要原因之一是宋代的水师大多由福建人组成。由于宋代海外贸易的发展，为了沿海地区的安全、海上贸易、海上运输的顺畅，原本东南地区的水师应运发展。北宋水师规模不大，且不大受重视，熙宁年间“兼福州水军，自来与崇节一例差使，名存实亡，合一例并省”。但随着政治经济重心南移，军事重心也开始南移，“绍兴初乃置荻芦、延祥二寨水军，兵籍甚众矣，铺兵、弓手犹不在是云。”
宋朝为了抵御金兵南下，多调动福建的水师力量，“李富（1085—1162）……绍兴九年（1139）应前丞相李纲书召，募义兵三千，从莆田航海北上抗金，授殿前统制司干办官，世称李制干。”这个李富就是上文提到的重建圣墩祖庙顺济庙的人，他在家乡义兵组成勤王水师，北上抗金。而妈祖封号中的“显卫”也与抗金战斗有关：“宋宁宗开禧改元乙丑（1205）冬，金人仆散揆渡淮，聚哨淮甸，王师启行北伐，人心汹涌，求庇于神。……神示梦于将领异再遇等曰：‘金人犯顺，北顾贻忧，若等锐志克敌，吾当助威以佐天子’。初战于花靨镇，神现灵云端。众望空中若有万马驰骋状，知为神力呵护，买勇向前，大炮碎其酋长；贼遂却。又会战于柴金山，贼甚猖獗。临阵时，复见旌旗闪空，将领严令督战，士兵拥楯而进，敌乃披靡，获马百余匹，斩馘数百人。贼复大聚合肥，闻云端锵锵有剑戟声，贼益惧，且战且退，遂解合肥之围。全师返旆，人唱铙歌。天子闻神兵阴助，有护国大功，加封‘显卫’，以答神庥。”
当时海盗活动频繁，宋朝廷有招安海盗组成军事力量的惯例。“嘉祐七年（1062），知泉州关咏请路福建枪杖手，云：‘每有盗贼，能勇可用，然无事之时，亦能教诱乡民为盗，是来有制御之法。宜各簿籍姓名，若有功与置免户丁差役，敢结第作过，除死罪外，并加一等。’熙宁九年（1076），本路提刑申明行之，如每年遇提举司考阅弓手之际，暂行勾唤较试顾奖。十年（1077），诏枪杖手有浮浪凶顽无家业，令逐州募充厢、藤军。……政和六年，朝请大夫许谷札子：‘本朝联保甲于西北，籍枪杖手于东南，深得寓兵于农之意。然经历年深，浸失稽考。乞严括责考正名籍。’宣和中，方腊反，乃募往衢、信州策应。绍兴二年，臣寮以多聚群不逞，剽掠如范汝为之徒，乞行禁止。五年，有旨‘福建枪杖手并与籍放’。”“绍兴六年（1136），安抚司找到郑广、郑庆等人船，存留强壮一百七十人，内拨五十人充荻芦寨水军，一百二十人充本州禁军闽额，于延祥等寺置寨。”这荻芦寨与延祥寨均位于福州附近，“绍兴六年（1136）四月，迁都巡检寨于连江县管下，地名荻芦门”。延祥寨则在“今侯官县西南”。福建沿海的海盗组成了福建水师的主体，驻防在福建沿海。荻芦寨水军“绍兴六年七月，安抚司奏置水军三百人，分隶福、兴、漳、泉都巡检两寨，……至是乃以安抚使司水军统领兼福、兴都巡检使为名，……三十年七月，有旨令安抚司籍募土豪水手，漳、泉、福、兴积募到船三百六十只，水手一万四千人。”可以说，福建水师官兵将妈祖视为保护神是自然而然的。
福建水师常被朝廷调往外地，四处征战，在《天妃显圣录》中记载了多次妈祖在闽籍水师作战过程中显灵助战的传说。有“温台剿寇：宋孝宗淳熙十年癸卯（1183），福建都巡检羌特立奉命征剿温州、台州二府草寇。官舟既集，贼船蚁水面，众甚惧。方相持之际，咸祝曰：‘海谷神灵，惟神女夫人威灵显赫，乞垂庇护。’隐隐见神立云端，軿盖辉煌，旗幡飞飙，俨然闪电流虹。贼大骇。俄而我师乘风腾流，贼舟在右，急拨棹冲击之，获贼首，并擒其党，余船四散奔溃，奏凯而归。列神阴相之功，奏于朝，奉旨加封‘灵慈、昭应、崇善、福利夫人’”。有“平大奚寇：戊午秋，大奚寇作乱，调发闽省舟师讨之，……各请神，香火以行。……众祷于神曰：‘愿藉神力扫妖氛，上慰天子讨叛之心，下救万民蹂躏之苦。’顷刻间昏雾四塞，返风旋波，神光赫濯显现。遂冲突无前，渠魁就擒，余凶或溺或溃，扫荡无遗”。
宋朝理学家真德秀的《圣妃宫祈文》中记载了福建水师有向妈祖祈祷的习俗：“某猥以非材，再守兹土，实惟神芘是依。今者，凶狡之徒，方舟南下，所至剽敚，重为民旅之害。某既调兵以逐捕矣，于惟圣灵，丕赫振耀，凡航海之人，仰恃以为司命，是用袛遣官僚，敬神忱祷，昔者，戊寅之役，盖尝赖神以有济。今舟师追贼，行且相及，正仰资圣力之时，惟神絷之维之，使不得遁，王师大捷，一网弗遣，鲸波晏清，如行枕席之上，皆神之大惠也。某之报谢，其敢弗虔？谨告。”在战役前后，祭拜、酬谢妈祖有明显的鼓舞士气的作用。
福建的水师官兵将妈祖作为保护神祭拜，几乎是从妈祖信仰粗具规模之时就开始，一直延续到明清时期。
明初福建水师依旧以妈祖为保护神，“洪武七年甲寅（1374），泉州卫指挥周坐领战船哨捕，忽遇飓风大作，冲泊阁礁。舟人环泣稽首，呼神妃求庇。黑夜间倏见神火悬空毕照，桅樯皆现。周喜曰：‘吾闻海上危急时，得神火照耀，虽危亦安。神其佑我乎！’俄而巨浪跃起，将船荡浮，从碎隙真踰矶北，顺流驶至岸边。时天欲曙，差认港迹，始得无恙。归至泉，立庙奉祀。仍运木赴湄屿，修整宫殿。其杉木未载者，浮水面自漂流到湄，木头各有‘天妃’二字，众皆奇之。自是重建寝殿及香亭、鼓楼、山门，复塑圣像，制旗鼓，沿途鼓欲，送至祖庙。时又有张指挥；领兵出海，默祝神妃保佑，果得显应，由泉装载大料来湄洲，构一阁于正殿之左，名曰‘朝天阁’。”妈祖信仰对提振低迷、涣散的军心有十分重要的作用，受妈祖保佑的军士再次重建、扩建妈祖祖庙，是湄洲妈祖庙史上较大规模的修缮，更加提升了妈祖信仰的影响力。
《天妃显圣录》中还记载了明初妈祖在浙江沿海助战抗倭战役的传说：“助战破蛮：永乐十八年（1420）正月，倭寇哨兵渡海，钦差都指挥张翥统领浙江定海卫水军防御，距海相持。日本惯习水战，分舟师据海口。我师樵汲道绝，兵士困甚，同叩祷天妃，拜请水仙。忽波心撼激，贼舟荡漾浪中，撑东涌西，我舟与贼船首尾相击。半晷间，贼篷繂绳断，我舟一兵披发跳跃打呼：‘速越舟破贼’！翥发令曰：‘此神所命，先登者重赏’！遂奋勇冲杀，擒获甚多，其投水死者不计其数；全收破蛮之功。事闻于上，奉旨遣御史刘麟、内官孔用、唐贞诣庙致祭，送长生鹿二对。”元明时期妈祖已经成为全国性的海神，张翥统领浙江定海卫水军，在抗倭战役中遭遇困顿，叩祷天妃，拜请水仙，对鼓舞士气、振奋军心有极好的效果，说明明初永乐年间，妈祖在江浙一带的水师中也有较高的信仰度。
清初福建水师在统一台湾的战事中发挥了巨大的作用，妈祖作为福建水师的保护神，也被清朝廷认可为国家正祀。
康熙十九年（1680）二月，万正色率水师从闽江口南下，夺取海坛，攻下平海湾，驻兵崇武，准备攻打台湾，战前万正色得到天妃“托梦”：“康熙庚申年（1680）二月十九日，舟师征剿，驻崇武，与敌对垒。夜梦天妃告之曰：‘吾佐一航北讯，上风取捷，随使其远遁。’次日，果得北风骤起，敌遂披靡，大败而退。至二十六日舍厦门入台湾。内地海宇，自是清宁。”此次战役，对台湾郑氏军队形成极大威胁，导致郑军陆上防线全线溃退，郑经仅率数千人退回台湾岛。因此“万将军大威神助，立即具本奏神保佑之力。圣上甚慰阴功，钦赐御香、御帛，差官赍诏到湄洲加封致祭”。康熙朝这次敕封使得妈祖信仰得到了来自官方的认可，得到了非常崇高的地位。另由于清八旗不擅长海战，福建水师大多由汉人组成，且主要将领是郑氏政权中投诚而来，如，万正色，福建晋江人，原为郑成功的部下；施琅，福建晋江人，原也是郑成功部下。这次对妈祖的高规格的敕封，是清统治者认识到妈祖信仰在福建人中的崇高地位，有助于其笼络人心。
时任福建总督姚启圣率部与万正色合攻厦门，康熙十九年（1680）十月初一他为攻打台湾誓师，“天妃娘娘之神鉴某等区区之心，实体上天好生之心，行此仁义之师，除暴安民、光明正大，即赐顺风安澜，极力护持助进，使我大兵立奏肤功，俾彼强暴蚤就诛戮，某等即当奏请朝廷，大加封号。使五省亿万生灵皆沐再生之恩，某等即罢职归田亦甘心歌舞太平矣，某等临表曷胜惶悚祈祷望恩之至。”姚启圣祭祀妈祖、向妈祖祈愿，能够加持他誓师的目的，使得鼓舞士气、凝聚军心的效果最大化。然而由于万正色的反对，此次攻台计划搁浅。
1681年郑经薨逝，继位不及三日的世子郑克臧遭废黜并被绞杀，年仅十二岁的元子郑克塽继位，史称东宁之变。清朝廷见有机可乘，重启攻台议程，康熙帝派出姚启圣多次举荐的施琅任福建水师提督，准备攻台。但在出战时机上，姚启圣与施琅又意见不合，使得清军出兵拖延了两年。最终，在康熙帝的裁决下，施琅任作战部队主帅，姚启圣负责供应粮饷。但姚启圣并不甘于负责后勤粮草，他向妈祖许愿为妈祖修建钟鼓楼及山门，唯愿军队能够顺利出兵：“起盖钟鼓楼及山门：大总督姚奉命征剿，以海盗艰虞，风波险阻，不易报效，中心恳挚，极力图维，素信神灵赫濯，祷应如响，恳祈阴光默佑，协顺破逆。于康熙二十一年（1682）差官到湄洲祖庙，就神前致祝许愿，俾不负征剿上命，即重修宫殿，答谢鸿庥。”
而施琅整个对台用兵过程中，无论是驻扎、渡海、作战，多次得到妈祖的保佑。如，施琅大军驻扎莆田平海练兵候风之时，发生了“涌泉给师”的故事，被认为是妈祖显灵护佑：“靖海将军侯施于康熙二十一年（1682）十月奉命征剿，大师云屯平海。此地斥卤，樵汲维艰。只有神宫前小井一口，甚浅，当炎天旱候，尤为枯竭；数万军取给炊爨，弗继。将军侯乃祝诸神，以大师札住，愿藉神力，俾源源可足军需。祷毕，而泉水涌溢，真不异耿恭拜井之奇。因是千万军取用不竭。爰额之曰：‘师泉井’，作师泉志以著神庥。”平海卫的这座天妃庙，年代久远，“在卫城东南海隅，宋咸平二年建。”虽然备受当地信徒崇信，但毕竟影响范围有限，且清迁海政策，主职保佑航海安全的妈祖备受冷落，而这次“涌泉给师”为妈祖在清代受到官方的认可奠定了基础。
至十二月底，施琅决定出兵进攻台湾，不料被风浪挡回，此次出兵虽遭遇大风浪，却人舟无恙，“灯光引护舟人：将军侯施于康熙二十一年（1682）十月舟次平海。因谋进取，于十二月二十六夜开船。一宵一日，仅到岛坵洋，因无风不得行，另驾回平海。未到澳而大风倐起，浪湧滔天，战舰上下，随涛浮漾外洋，天水淼茫，十无一存之势。次早风定，差船寻觅。及到湄洲澳中，见人船无恙。且喜且骇曰：‘似此风波，安得两全’？答曰：‘昨夜波浪中，我意为鱼腹中物矣！不意昏暗之中，恍见船头有灯笼，火光晶晶，似人挽厥缆而径流至此。’众曰：‘此皆天妃默佑’！即棹回报上。将军侯因于康熙二十二年（1683）正月初四早，率各镇营将领赴湄洲致谢，遍观庙宇，捐金调各匠估价买料，重兴梳妆楼、朝天阁，以显灵惠。”施琅等人认为这是妈祖的保佑，因此捐金建楼。“乃于二十二年（1683）三月二十三日天妃悦旦，特委兴化府正堂苏到湄庙设醮致祭，随带各匠估置木料，择吉起盖钟鼓二楼及山门一座；宫宇由是壮观。”
直至康熙二十二年（1683）六月，施琅大军等到出兵台湾的时机，“康熙二十二年六月间，将军侯奉命征剿台湾。澎湖系台湾中道之冲，萑苻窃距，出没要津，难以径渡。侯于是整奋大师，严饬号令。士卒舟中，咸谓恍见神妃如在左右，遂皆买勇前进。敌大发火炮，我舟中亦发大炮，喊声震天，烟雾迷海。战舰啣尾而进，左冲右突，凛凛神威震慑，一战而杀伤彼众，并淹没者不计其数。其头目尚踞别屿，我舟放炮攻击，遂伏小舟而遁。澎湖自是肃清。先是，未克澎湖之时，署左营千总刘春梦天妃告之曰：‘二十一日必得澎湖，七月可得台湾’。果于二十二日澎湖克捷，其应如响。又是日方进战之顷，平海乡人入天妃宫，咸见天妃衣袍透湿，其左右二神将两手起泡，观者如市。及报是日澎湖得捷，方知此时即神灵阴中默助之功。”康熙二十二（1683）年七月初，施琅大败明郑水军，被认为是妈祖显灵一路助战之功；随后施琅又因招安了郑克塽，得到朝廷的嘉奖，更是加深对妈祖的无比崇敬，而向朝廷请封妈祖：“将军侯因大威神力默相，奏请敕封，并议加封。奉旨：神妃已经敕封，即差礼部郎中雅虎等赉御香、御帛到湄，诣庙致祭。时将军侯到湄陪祭，见佛殿僧房尚未克竣，随即捐金二百两凑起。”
不久朝廷颁发的允诺台湾郑克爽投降的诏书来到福建，福建总督姚启圣准备派使者从福州将诏书送到台湾岛，但是必须乘西北风才能由福州到安平镇，姚启圣向妈祖祈祷能够尽快顺风出发：“因尚少西北正风，是以越庙求神，冀借一帆，早到台地。……今启圣议以正殿既朝南，则朝天楼、钟鼓楼、山门俱宜开辟朝南。此为一议。如神意定于朝西，则门山、钟鼓楼止须盖完，惟将朝天楼升高改为正殿，而以原庙惟神寝宫。此又为一议。若神意不准二议，原欲仍旧向，启圣亦惟神是听，不敢有违。”从这篇祈祷文中可以看出姚启圣之虔诚，可以感受到姚启圣对于顺风的迫切希望，最后姚启圣派出的使者在二十多天后终于“得到妈祖的保佑”，到达了台湾，“大总督姚时议征剿，虽不辞责重任大之艰，而踰堑越沧，不无风波飘荡之虑。一片忠诚孚格，惟恃神灵默相。以故天威一震，寰服人心，于康熙二十二年七月初旬，台湾果倾心向化，举岛输诚。总督捧颁恩勅前至台湾，因少西北正风，又恐逗留诏命，自福省放舟，于八月二十三日亲到湄洲，诣庙具疏神前，虔祝顺丰，愿大辟殿宇，以报神功。于是神前拈阄，准将东边朝天阁改为正殿。舟尚未开，二十五夜见船上放光，深感神明有赫，即捐金付兴防厅张同、同知林升估价置买木料，廼边朝天阁另为起盖。遂择吉建造正殿，已经安基竖梁，缘兴防厅张丁艰谢事。”康熙二十二年(1683)十一月，姚启圣还兵福州不久背部旧疾复发，很快病故，终年六十。但姚启圣许诺为湄洲妈祖祖庙而大盖宫殿，并未因其去世而停工，整个工程于次年完工。
有清一代，从万正色为天妃请封，到姚启圣、施琅竞相为妈祖捐金扩建宫庙、向朝廷请封，为妈祖信仰在清代继续发展起了重要的助推作用。特别是清初的征台为妈祖信仰在台湾省的传播奠定了坚实的基础。“天妃宫 二所：一在府治镇北坊赤嵌城南。康熙二十三年，台湾底定，将军侯施同诸镇以神有效顺功，各捐俸鼎建，庙址即宁靖王故宅也。内庭有御敕龙匾‘辉煌海澨’。一在凤山县治安平镇渡口。”“辉煌海澨”匾现存台南大天后宫，是皇帝赐给台湾天妃庙的最早匾额。
总之，随着福建水师官兵四处征战，妈祖信仰也随官兵传播到各地，最终在清朝水师将领的助推下，妈祖成为中央朝廷正式认可的正祀。妈祖信仰之所以能够在清朝得到中央朝廷认可，最重要的原因是妈祖信仰能够凝聚军心，能够提升水师官兵以及福建沿海、台湾广大百姓对中央朝廷的认可度，简言之，是中央朝廷对妈祖信仰中“爱国”精神的提倡，这与社会主义核心价值观中的“爱国”是不相违背的。
明清时期官方的海事活动频繁，出使外国的使臣、航海的水手船工将妈祖视为其航海保护神，“奉使外夷航海，必载其主舟中，每遇风涛，有祷则应，或蝶或雀或灯光，舟人见之，则险夷而利涉矣。”不断推高妈祖崇信，使得妈祖信仰不仅得到中央朝廷的重视，而且随着出使的足迹传播到了世界各地。
据明代黄仲昭的《八闽通志》中记载，福州弘仁普济天妃宫的重修扩建与元代出使活动有关联，“在水步门内之左城垣下。宫之创已久。元至正十七年，宪使兀鲁台庄嘉、副使郭兴祖、行者平章阿理温沙扩而新之。”而明初的郑和下西洋和明清两代以使琉球为主的出使活动，使妈祖信仰更加兴盛。
众所周知，郑和从永乐三年开始七下西洋，但据《天妃显圣录》中记载在郑和下西洋前，还曾于永乐元年出使暹罗、永乐二年出使日本，史料中明确记载了出使暹罗途中得到了妈祖的护佑：“广州救太监郑和：永乐元年（1403），钦差太监郑和等往暹罗国。至广州大星洋遭风，舟将覆。舟工请祷于天妃。和祝曰：‘和奉命出使外邦，忽遭风涛危险，身固不足惜，恐无以报天子，且数百人之命悬呼吸，望神妃救之’！俄闻喧然鼓吹声，一阵香风飒飒飘来，宛见神妃立于端。自此风恬浪静，往返无虞。归朝复命，奏上，奉旨遣官整理祖庙。和自备宝钞五百贯，亲到湄屿致祭。”
郑和七下西洋所率领的舟师规模少至数十，多至百余艘船只、27000多士兵，在长乐太平港驻扎候风出洋，在候风期间他招募船员、整修船只，因此郑和招募的船员水手多为福建人，所用船只均为福船，“（永乐）七年春正月太监郑和自福建航海，通西南夷，造巨舰于长乐，时称郑和为三宝，下西洋师还，闽中从征将士升赏有差。先时长乐有十洋成市，状元来之识至是造船于此，乃应马铎李骐俱大魁。”妈祖信仰自然而然地被福建籍水手船工带到船上、带到航海中。
且在当时的技术条件下，航海是非常危险的事，因此郑和船队在出洋前，要祭拜妈祖，祈祷平安；归航后，要酬谢妈祖。因此附近多座妈祖宫庙的兴建、重修都与此事有关。《天妃显圣录》中记载了郑和等人第一次下西洋时曾遭遇海盗抢劫，天妃显灵护佑的故事：“旧港戮寇：永乐三年（1405），钦差太监等官往西洋，舟至旧港，遇萑苻截劫，顺流连舰而至，势甚危急。众望空罗拜，恳请天妃。忽见空中旌旗斾斾云巅，影耀沧溟，突而江流激浪，帜转帆翻，贼艘逆潮不前。官兵忽荡进上流，乘潮辉戈逐之，一击而魁首就俘，再击而余孽远溃。自此往返平静。回京奏神功广大，奉旨着福建守镇官整盖庙宇以答神庥。”郑和回来后奏建了南京天妃庙。“永乐五年九月戊午，新建龙江天妃庙成，遣太常寺少卿朱焯祭告。时太监郑和使古里、满剌加诸蕃国还，言神多感应，故由是命。”
郑和第二次下西洋，同样也得到了妈祖的保佑，“梦示陈指挥全胜：永乐七年（1409），钦差太监统领指挥陈庆等往西洋，贼覘知，垂涎宝货，率数十艘于中流截劫。正值上风，奔流如飞，我舟被困，众俱股慄。陈庆曰：‘奉君命到此，数百人在茫茫大海中，须决雌雄，尚可生还。骑虎之势，安可中下？兵法谓置之死地而后生，正在今日’！众曰：‘不若拜祷天妃’。庆从之。是宵，陈庆梦神语曰：‘今夜风急，可成昏雾，溯流而上，翌日佐尔一帆风，歼此丑类’！庆以告内使，鼓棹向前。比晓，已居上流。贼逆风不得进。我舟离贼已远。众欲远遁。庆复曰：‘长江万里，西国迢遥，回首不见家山。彼狡而鲸鲲，岂能忘情于我？若漂泊偷安，恐贼党出没烟波，终入其网。今风信顺便，殆神授也，急撃勿失’！遂励兵奔冲而下。远望神俨现空中，闪烁如虹如电。贼骇愕。风急舟骋，贼篷被官桅倒插破裂。陈庆挥刃越舟，贼首投水，钩而俘之，余悉就擒，获货物军器无算。内使及陈指挥率众叩谢神妃曰：‘反败为功，转祸为福，再造之德，山高水深’。复命奏上，奉旨褒嘉，委官重置庙中器皿，亲赍诣庙致祭。”朝廷因此加封天妃为“护国、庇民、妙灵、昭应、弘仁、普济天妃”。这块御赐碑在南京龙江天妃庙，《明实录》中也有记载此事：“己酉享太庙，封天妃为护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃，赐庙额曰弘仁普济天妃之宫，岁以正月十五日及三月二十三日曰遣官致祭著为令。”《天妃显圣录》中记载了郑和第五次下西洋，开洋前祭祀妈祖，祈求远航平安：“永乐十五年（1417），钦差内官王贵通、莫信、周福率领千户彭祐、百户韩翊、并道士诣庙，脩设开洋清醮。”文中所载的王贵通，一些学者考证认为即为在郑和下西洋中起着重要作用的航海家、外交家王景弘。
在郑和舰队出发的太仓刘家港和候风出洋的长乐太平港，都有郑和修建的妈祖宫庙。太仓天妃庙中有一块《娄东刘家港天妃宫通番事迹记》碑，是宣德六年郑和第七次下西洋前所立：“和等自永乐初奉使诸番，今经七次，每统领官兵数万人，海船百余艘。自太仓开洋，由占城国、暹罗国、爪哇国、柯枝国、古里国，抵于西域忽鲁谟斯等三十余国，涉沧溟十万余里。……直有险阻，一称神号，感应如何，即有神灯烛于帆樯。灵光一临，则变险为夷，舟师恬然，咸保无虞。此神功之大概也。及临外邦，其蛮王之梗化不恭者生擒之，寇兵之肆暴掠者殄灭之，海道由而清宁，番人赖之以安业，皆神之助也。”可见，郑和将下西洋中能够逢险化吉，都归功于妈祖显灵保佑，对妈祖十分虔诚。
在长乐太平港也有天妃宫，据《八闽通志》记载，该宫庙“在县西南太平巷。永乐七年，太监郑和奉命下西洋泊于此，因创是庙”。该宫庙被称为南山天后宫，是郑和在明宣德六年最后一次下西洋前，在长乐港候风半年期间修建的，宫内有一《长乐南山寺天妃之神灵应记》：“自永乐三年奉使西洋，迨今七次，所历番国：……大小凡三十余国，涉沧溟十万余里，……尤赖天妃之神护佑之德也。”郑和在修建南山天妃宫之前还曾率领兴平二卫指挥千百户和州府官员，到湄洲屿，采买木石，重修湄洲天妃宫：“宣德六年，钦差正使郑和太监领兴平二卫指挥千户并州府官员买办木石，修整庙宇，并御祭一坛。制曰：兹遣郑和等道涉江海，往返诸番，惟神有灵，默加佑助，俾风波无虞，人船利涉，浮达之际，咸赖底绥。特以牲醴祭告，神其飨诸！”可见随着郑和舟师下西洋的时间推移，郑和对妈祖的崇信程度逐渐加深，从最初的遇险后向妈祖祷告，到安全归航后向朝廷请封，到后来出发前、归来后都要有隆重的祭祀妈祖的祀典，且兴师动众、无比虔诚地修建、扩修妈祖宫庙。
郑和七下西洋对妈祖信仰在明代的发展与传播均起到了重要的作用，在此二十余年，妈祖的封号由圣妃升格为天妃，在国内受到更广泛而虔诚的崇信。
此外，在明永乐、宣德年间，明朝廷有数次派使出使各国，均留下了妈祖显灵护佑舟船的传说。“永乐十三年（1415），钦差内官甘泉送榜葛剌国王，海中危急，祷祝获安，诣庙致祭。”明史中也有记载此事：“（永乐）五年九月遣使入贡。明年郑和使其国，旋入贡。……十年夏，其侄入谢。及辞归，命中官甘泉偕往，旋又入贡。”但明史中记载甘泉是送满剌加国使臣归国，而不是送榜葛剌国王，据徐晓望在《妈祖信仰史研究》中考证，应是《天妃显圣录》出错。
此外，《天妃显圣录》中还记载了数次类似的出使途中遇险，妈祖显灵护佑的传说。
永乐年间有，“永乐十三年，钦差内官侯颖往榜葛剌国，往来危惧，祈祷屡助显应，奉旨诣庙致祭。十一月，又委内官张源到庙致祭一坛。……永乐十六年（1418），又差内官张谦到庙御祭，着本府官员陪祭。”“东海护内使张源：永乐十九年（1421），钦差内使张源往榜葛剌国。于镇东海洋中，官舟遭大风，掀翻欲溺。舟中喧泣。源急叩天妃求佑。言未毕，忽见狂风旋舞，中有赤斾飞扬。众疑其不祥。须臾，风息浪平，舟人踊跃懽忭，皆曰：‘顷赤斾飞扬，实神灵返飓之力。’及自外国还，特制袍幡诣庙拜谢。本年，太监王贵通等又奉命往西洋，祷祝显应。奏上，遣内官修整祖庙，备礼致祭。”
宣德年间明也数次派使臣出洋，也留下了妈祖拯溺的传说：“庇太监杨洪使诸番八国：宣德五年庚戌（1430）十二月，钦差太监杨洪统领指挥千百户及随从人等，驾船大小三十支，装载彩币，赏赐阿丹、暹罗、爪哇、满剌加、苏门答剌、木骨都束、卜剌哇、竹步八国，虔恭奉祀神妃，朝夕拜祷保佑。一日，舟至中流，天日清霁，远望大屿横峙海中，上多怪石，错生海物。众曰：‘舟中沉郁已久，盍登岸少舒’。各夺磴而上。又见旁有小矶，一女子携筐采螺蜃，竞赴矶迫视之。洪恐其肆慢，趋前呵止。女子忽不见。回首大屿已没，方知前所等屿，即巨鳌浮现，其美女乃天妃现身救此数十人也。各叩首谢。归奏上，奉旨赍香致祭。”杨洪安全回国后，上奏明朝廷致祭妈祖，“宣宗宣德五年（1430），钦差太监杨洪等出使诸外国，神功加佑，风波无虞，特遣官告祭。”
总而言之，明代以郑和下西洋为代表的出使海外诸国的活动十分频繁，且应该是受到信仰妈祖的水手、船工的影响，在航海途中遇险常“得到妈祖的护佑”，这样不仅使得妈祖信仰在国内得到了来自中央朝廷更高规格的认可，整个明代妈祖信仰也更为广泛地在全国各地得到了更高的崇信，“国朝永乐元年，内宫甘泉往暹罗，三年太监郑和往西洋，归，上其灵迹，命修庙宇。七年，加封今号。其行祠一在府城内左厢号文峰宫，元至正十七年建，今为郡县春秋致祭之所；一在待贤里江口，绍兴二十七年建；一在胡公里白湖，绍兴三十年建；……。又连江里宁海圣墩，景德里城山，莆田里清浦，延兴里南箕，新安里莆禧、吉了，武盛里嵌头及平海，皆有祠。”而且随着使臣出使的足迹，妈祖信仰也传播到了海外诸国，传播的范围更广了。
从明洪武五年（1372），明太祖朱元璋派杨载出使琉球开始，至清光绪五年（1879）琉球被日本吞并，五个世纪的中琉友好交往中，每逢琉球新旧国王交替之际，明清两代朝廷都曾应琉球之请，派遣使团二十三次对其新任国王册封，并祭奠前任国王，建立了亲密的藩属关系。
但由于琉球王国位于我国东海外围的大陆架边缘，距离中国东南沿海有700多公里，在当时的航海技术条件下，渡海往来中琉是充满危机的冒险之旅。“从嘉靖十一年（1532）到同治五年（1866），明清两代记录在册的册封琉球共有13次，遭遇大小程度不同的海难就有10次，但没有一次导致船毁人亡的灾难，每次都有惊无险，册封使团上下均觉得是妈祖的护佑。”宣德五年（1430））奉旨出使琉球的柴山曾描述过中琉海路的凶险：“东夷之地，离闽南数万余里，舟行累日，山岸无分，茫茫之际，蛟龙湧万丈之波，巨鳞涨冯夷之水，风涛上下，捲雪翻云险釁不可胜纪，天风一作烟雾，忽蒙潮门渀硑声，振宇宙三军心骇，呼佛号天。”在海上遇到危难时，船长、水手都大声向妈祖呼救，果然转危为安，“琉球救太监柴山：洪熙元年（1425）四月，……舵工急取大板乱掷水中，数人攀木而浮，随波上下，呼天求救，哀声震天。迨薄暮，见灯光自天而来，风倏静，浪倏平，舵工亟拨棹力救，堕水者争攀附登舟，感庆再生之赐。”因此包括柴山在内的使节团成员对妈祖愈加崇信，“三军有安全之欢，四际息风涛之患，或夜见神光，或朝临瑞气，此天地龙神护佐之功，何其至与？于是重修弘仁普济之宫。”
明嘉靖十三年（1534）出使琉球的册封使陈侃，在册封途中遭遇风暴，船几近被摧毁，“众曰：‘不可支矣’！齐呼‘天妃’而号，剪发以设誓；……忽一家人匍匐入舱抱予足，口噤不能言；良久，方云‘速求神佑，船已坏矣’！予等闻此，心战神怖，无可奈何；叹曰：‘各抱诏敕以终吾事，余非所计也。于此将焉求之，而又将焉逃之’！”这23次的册封最终得以平安往返，册封使们认为这全赖妈祖的保佑，“飞航万里，风涛叵测；玺书郑重，一行数百人之生，厥系匪轻。爰顺舆情，用闽人故事，祷于天妃之神。”陈侃在平安归国后，特意在其《使琉球录》中单为妈祖显灵拯溺作《天妃灵应记》：“神怪之事，圣贤不语；非忽之也，惧民之惑于神而遣人道也。……。乃者琉球国请封，上命侃暨行人高君澄往将事。飞航万里，风涛叵测；玺书郑重，一行数百人之生，阙系匪轻。爰顺舆情，用闽人故事，祷于天妃之神；且官舫上方，为祠事之。舟中人朝夕拜礼必虔，真若悬命于神者。灵贶果昭，将至其国，逆风荡舟，漏不可御；群噪乞神，风定塞袽，乃得逞。及成礼还，解缆越一日，中夜风大作，樯折舵毁，群噪如初；须臾，红光若灯笼自空来舟，皆喜曰：‘神降矣，无恐’！顾风未已。又明日，黑云四起，议易舵未决，卜珓于神；许之。易之，时风恬浪静，若在沼沚，舵举甚便，若插筹然。人心举安，允荷神助。俄有蝶戏舟及黄雀止樯，或曰：‘山近矣’；或曰：‘蝶与雀，飞不百步，山何在？其神使报我以风乎’！予以其近于‘载鸣鸢’之义，颔之曰：‘谨备诸’！已而飓风夜作，人力罔攸施；众谓胥及溺矣！予二人朝服正冠坐，祝曰：‘我等贞臣恪共朝命，神亦聪明正直而一者，庶几显其灵’！语毕，风渐柔。黎明，达闽。……予二人缩廪，附造舟余直，新之广石；望崎行祠，则从行者敛钱以修。”从这篇文章中可以看出陈侃原本是认为妈祖是“怪力乱神”，对此“敬鬼神而远之”，但在出使途中经过数次危机，同行的水手船工向妈祖呼救，且次次都能逢凶化吉，到最后他也逐步对妈祖的神力深信不疑，宁愿缩减自己的俸禄并拿出造船结余，为妈祖翻新广石天妃宫；募捐金钱，为重修望崎行祠；为妈祖立碑造庙，为晚明时期妈祖信仰的传播做出了重要的贡献。
由此在整个渡海册封琉球过程中，向海神妈祖寻求庇护是册封使节团的惯例。
首先，在出发到琉球之前，在从北京到福州港途中、造船、等风出洋的各个环节，册封使、随从、船工必然要向妈祖祈祷。明代嘉靖十三年（1534）的随册封使陈侃出行的行人高澄曾在《天妃显异记》中记录他在福建造船准备出使期间祭拜天妃的情况：“乃以癸巳岁夏六月至闽，一应事宜，其难其慎。有请余祷于天妃，曰‘神司大川可以呵禁不祥也。’余从之，凡修祀行香，必诚必敬，罔敢怠忽。故自始而制舟，迄终而成礼，神之阴相默助者不胜言哉。”清嘉庆五年（1800）册封琉球尚温王的册封副使李鼎元在北京接受出使册封命令后立刻去祭祀了妈祖，“嘉庆五年（庚申）正月（戊寅）元旦日（甲寅）五更，恭诣乾清宫门朝贺。旋诣东四牌楼马大人衚衕天后宫进香。”赵文楷是此次册封琉球尚温王的册封正使，奉谕加封天后“垂慈笃祜”四字，到福建后致祭妈祖：“恭默思无斁，加封命已宣；十行丹篆下，四字碧瑶镌。节使恭衔诏，祠官肃布筵；齐明奠牢醴，跪拜盛班联（福建文武官俱陪祭）。……姑米沧溟外（姑米，琉球近岛），扶桑晓日边；……册礼应时举，封舟定早旋；试胆芝座上，漠漠起祥烟。”李鼎元从北京出发到达钱塘时，特意率随同人员到天后宫致祭，“十五日（丁酉），晴。卯刻，偕介山恭诣天后宫致祭，中丞陪祭。”到福州后直到从福州港口出洋前，册封使节团有一系列祭拜妈祖的相关活动。嘉靖十三年（1534）册封使陈侃到达福州后，开始准备祭拜妈祖的种种事宜，“天妃宫庙及柔远驿皆先经藩司批允动用。”在册封船只上专门安奉妈祖神像，“舟后作黄屋二层，上安诏敕，尊君命也；中供天妃，顺民心也。”并安排专人负责祭祀。“台下为神堂，供天妃诸水神。”册封使节团准备出发时会再祭妈祖，撰写祭文祈祷海上的平安，清乾隆二十一年（1683）的册封使徐葆光在其《琉球国志略》中就记载了他出航前祭祀妈祖，举行谕祭之典时的情景：“臣等兹役遵例于怡山院致祭，按其地有天妃宫，仅一拈香；而谕祭之典，则又设位于江岸，实望祭也。”嘉庆五年（1800）因妈祖再受朝廷册封，升格为天后，因此奉命出使琉球的赵文楷、李鼎元使节团在出航前举行郑重的谕祭妈祖仪式，闰四月“十三日（乙丑），晴。黎明，恭奉谕祭加封天后文出城，至南台之冯港。主祭者正使，陪祭者余与将军、巡抚、都统、司道等官，皆朝衣；独玉制军未与。礼毕，往验封舟。”
其次，在航行的途中，册封船上有专人专职负责每天向天妃祈愿，“正、副值库二人，主大帆插花、天妃大神旗，又主装载。……香公一人，主天妃诸水神座前油灯，早晚洋中献纸及大帆尾缭。”在海上遇到风浪的危机时刻船员们必然向妈祖寻求庇护，嘉靖十三年（1534）八月十二日陈侃启程返航，二十一日夜遭遇飓风，“令其请珓于天妃，乃得吉兆，众遂跃然起舵。”另人们相信蝴蝶、孤燕、蜻蜓等美丽温和的小飞虫、小飞鸟是妈祖化身，陈侃记载在海上遭遇风暴后，“忽有一蝶飞绕于舟；佥曰：‘山将近矣’！有疑者曰：‘蝶质甚微，在樊圃中飞不过百步；安能远涉沧溟！此殆非蝶也，神也。或将有变，速令舟人备之’！复有一黄雀立于桅杆上—雀亦蝶之类也，令以米饲之，驯驯啄尽而去。”“万历七年（1579），使臣萧崇业、谢杰出洋，东风相左，针路舛误，舟伥伥莫知所之。连行七余日，而窾阔窅无山屿；但惟孤燕飞绕于前后，一细蜻蜓入神舍不去，众咸异焉。陈孔成等懑然悒热，乃令舰匠作彩舟禳之；又听习于巫者喧金鼓降箕，又俯伏神前求珓：穷祈祝事，一无所吝。”脱离危险的人们认为这些有灵性的小动物出现在风暴过后，是妈祖显灵后的神迹，象征着化险为夷。“与夫雀蝶之报风、灯光之示救、临水之守护、巫女之避趋，卒之转灾为祥、易危为安者，何往而非神之相助哉！”
再次，正是有感于妈祖的保佑，册封使在琉球修建妈祖庙，在平安到达琉球后，册封使们一定会到妈祖宫庙去感谢妈祖庇佑的一路平安。（五月）初到琉球的李鼎元，“十三日（甲午），晴。先谒先师孔子庙。……次谒天后关帝庙。庙在久米村，三楹；中祀天后，西祀关帝，其东以居人。是日，即恭请天后、挐公行像登岸，安奉庙内。……十五日（丙申），晴。早起，于文庙、天后宫行香。”归程之前，册封使必到妈祖宫庙将之前安奉的妈祖塑像请回船上，向妈祖禀告归期并祈祷海上航行一路顺风。十月“初五日（甲寅），晴。恭请天后、挐公登舟。……今复预请天后登舟，从人亦无敢观望者”。十月“初六日（乙卯），小学，晴。……黎明，祭于天后、关帝，告归期，默祝焉”。册封使们向妈祖“求茭、焚香”，来确定出发的时间，十月“十六日（乙丑），晴。南风，不能开帆。晨起，祷于天后并求茭，仍得第一；合舟皆喜”。十月“二十八日（丁丑），晴。寅刻，风转辰巳，舟不能行。急于焚藏香，祷于天后”。
最后，在每一次安全返航后，册封使一登岸就会到妈祖宫庙上香还愿，表示感谢，十一月，“初二日（庚辰），晴。总兵倪定德来，始知七月间神风暴起，击碎艇船百余只，并没海贼蔡谦船四十余只；皇上遣发藏香恭祭天后，并有廷寄令致祭官默祝臣等封舟早得回闽。天恩优渥、天后效灵，十月回舟、六日抵闽，去来如出一辙；实从来封船所未有。……初二日（辛巳），……制军遣人以小舟来迎，当道皆坐候舍人庙；遂令小舟奉节登岸，奉安天后行像、挐公于故所。……因语制军，以天后灵威、助风击贼，欲具折奏闻，请加封天后父母，并恭报回闽日期。”此外，海上航行不仅有遭遇风浪，而且还会遇到海盗。李鼎元回国途中，遇海盗，战前先向妈祖祈祷，以壮士气。十月“二十九日（戊寅），……守备又报贼船皆扬帆矣；与介山衣冠出，先祷于天后，饬吐者、病者归舱”；战斗基本结束后，向妈祖祷风，“惟时日将暮，风甚微；恐贼乘夜来袭，默祷于天后求风。不一时，北风大至，浪飞过船。”
综合历代出使琉球的使节留下的文字资料可知，对妈祖的祈求活动贯穿在册封琉球的始终，祈求活动包括“撰写谕祭海神文、恭请天妃神像登舟、进香天妃宫、祈祷许愿”。他们无比虔诚地用建庙、题匾、请封等各种形式向妈祖祈祷庇护、感谢妈祖，册封使节团崇信妈祖的行为深刻地影响了琉球人，使得妈祖信仰在传播开来。
无论是明郑和的七下西洋，还是历经明清两代的中琉交往，妈祖信仰文化作为中华文化的代表，被传播到海外并被广泛而深刻地传承下来，是“讲好中国故事、传播好中国声音”的古代典范，充分、生动地展现了中国故事及其背后所蕴含的中国思想、精神力量，对当代我国加强国际传播能力建设有突出的借鉴意义。
由妈祖信仰发展、传播的历程中可见，妈祖信仰是在大海中航行的人们的精神慰藉和心理支柱。妈祖文化中所体现的中华优秀传统文化的精髓，也深刻地感召这亿万妈祖信众，使其拥有了广阔的社会基础，不仅在国内有众多信众，从全球范围来看，42个国家和地区，从湄洲妈祖祖庙分灵出去的妈祖庙有6000多座，信众高达3亿多人。亿万信众有感于妈祖慈悲善良、孝悌和睦、坚毅勇敢、除恶扬善的精神，为传承妈祖文化凝聚在一起，特别是在妈祖文化信仰区，妈祖文化精神有相当强大的社会号召力。总而言之，妈祖文化中所蕴含的“立德、行善、大爱”等精神，与社会主义核心价值观有相同的历史文化渊源，即中华优秀传统文化，这是新时代将社会主义核心价值观融入传承妈祖文化中去的历史文化基础。在当今社会中，我们应当思考如何在传承妈祖文化的同时，融入培育、践行社会主义核心价值观的途径这一重要课题。