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郭元峰《伤寒论》仅有一个版本，为清道光七年（1827年）刻本，目前广东省立中山图书馆及广州中医药大学图书馆均有馆藏。本次以广东省立中山图书馆藏清道光七年刻本为底本，采用理校法、他校法进行校定。在整理过程中发现书中部分内容引用自《伤寒论》《景岳全书》《医宗己任编》《伤寒六书》等书籍，故以钱超尘和郝万山整理的《伤寒论》（2005年人民卫生出版社出版）、李继明和王大淳等整理的《景岳全书》（2007年人民卫生出版社出版）、唐文奇和唐文吉校注的《医宗己任编》（2011年学苑出版社出版）、黄瑾明和傅锡钦点校的《伤寒六书》（1990年人民卫生出版社出版）作为他校本。
郭元峰《脉如》现存有道光七年（1827年）冼沂刊本，2册。据《全国中医图书联合目录》载，在广东省立中山图书馆、广东省医学科学情报研究所均有馆藏。本研究以广东省立中山图书馆馆藏清道光七年（1827年）刻本为底本，采用他校法和理校法进行整理。《脉如》主要内容引自明代萧京《轩岐救正论·卷二·四诊正法》、明代张景岳《景岳全书·脉神章》《类经》、明代李梴《医学入门》、清代何梦瑶《医碥·卷五·四诊》和清代张登《诊宗三昧》等医家著作。因此，以2016年中医古籍出版社影印出版的《轩岐救正论》、1959年上海科学技术出版社影印的《景岳全书》、2016年中医古籍出版社的《类经》、1997年上海科学技术文献出版社的《医学入门》点校本、2018年广东科技出版社的《〈医碥〉全本校注》和1958年上海卫生出版社的《诊宗三昧》整理本为他校本。由于有的引文并非全文照录，郭元峰作了次序调整或文字删改，本书主要校订其中文字有脱漏、错误或字义不同的地方。
在整理过程中，严格按照古籍整理原则进行，具体校注体例如下：
1．本次点校整理参照中华中医药学会《中医古籍整理规范》标准（ZYYXH/T362~371-2012）实行。全书统一使用规范简化字横排，并以现代标点符号对原书进行标点。底本中表示方位的“右”统一改为“上”，不出校记。
2．校勘采用对校、本校、他校和理校等方法。底本与校本互异，若显系底本有讹、脱、衍、倒者，予以改动，并出校记；底本与校本互异，二者文义均通者，原文不做改动，并出校记。底本与校本虽然一致，但按文义确有讹、脱、衍、倒者，予以改动，并出校记；疑有讹、脱、衍、倒者，原文不做改动，出校存疑。
3．底本中的繁体字、古字、异体字、俗写字，统一参照《通用规范汉字表》，以规范简化字律齐，径改，不出校，如繁体字“癰”改为“痈”，异体字“胷”改作“胸”，古今字“四支”“支体”之“支”改作“肢”、“畜血”之“畜”改作“蓄”、“鬲”改作“膈”等。对于底本中通假字，于首见处出注说明。
4．书中同一字多次校改者，在首见处出校记，余者不出校记。凡底本中字形属一般笔画之误的，径改，不出校记。
5．底本中小字夹注，现仍以小一号字排版、标点。方药单独成段，中药剂量、炮制等附注以小字置于药名后。
6．书中药名如为异体字、俗写字则统一改为规范正体；如为异名（非用字原因），则不改，出注。
7．书中古奥、费解、生僻以及某些歧义或异读的字词、方言词，出注说明其义，并作注音，注音采用汉语拼音形式。
8．《脉如》原书序言，除第1篇《省志本传》、第6篇《脉如序》按原标题外，其余4篇序原无标题，今据内容统一标题。目录据正文校对后重新编排。