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《伤寒论近言》全本收藏于天津市医学科学技术信息研究所，为清乾隆二十四年己卯（1759年）乐只堂刻本。《中国中医古籍总目》中该本被著录为清乾隆六十年乙卯（1795年）刻本，而该书牌记则刻有“乾隆己卯年镌”。另据《中国中医古籍总目》著录，河南省图书馆藏有清乾隆二十二年（1757年）南海何氏刻《乐只堂医书汇函》本，但据查实已不存。乐只堂刻本为目前唯一公开可见之《伤寒论近言》全本，故以之为底本，下文简称“乐本”。
本次整理，选定《中医杂志》连载之《伤寒论近言》残本为主校本。《中医杂志》是民国时期广东中医药专门学校早期校刊，在1926年至1928年间不定期出版，共出版6期。1927年3月《中医杂志》第三期第1～6页刊载《伤寒论近言》部分内容，并于正文之前加按语：“报之先生为吾粤名儒，学术行谊详载志乘。惟阮《通志》叙先生医学著述未列《伤寒论近言》，可见当日已鲜流传。嗣闻版毁于火，传本更希。兹从卢朋著君藏本录出，庶先哲微言，不至湮没云尔。南海廖景曾谨识。”1927年8月《中医杂志》第四期第1～16页《伤寒论近言·续》、1927年12月《中医杂志》第五期第1～14页《伤寒论近言·再续》、1928年11月《中医杂志》第六期第1～13页《伤寒论近言·三续》，连载4期之《伤寒论近言》内容包括“提纲”“王叔和序例”“附论温暑温疫”及“太阳篇”部分内容。该版本为目前除乐本之外唯一公开可见之《伤寒论近言》版本，故以之为主校本，下文简称“廖本”。
本次整理，选定参校本为宋赵开美本《仲景全书》本《伤寒论》，下文简称“赵本”。他校本主要为《黄帝内经》，选用版本为中国台湾商务印书馆《景印文渊阁四库全书》第733册，简称“四库本”。
在整理过程中，严格按照古籍整理原则进行，具体校注体例如下：
1．本次点校整理参照中华中医药学会《中医古籍整理规范》（ZYYXH/T362～371—2012）实行。全书统一使用规范字横排，并以现代标点符号对原书进行标点。底本中表示方位的“右”统一改为“上”，不出校记。
2．校勘采用对校、本校、他校和理校等方法。底本与校本互异，若显系底本有讹、脱、衍、倒者，予以改动，并出校记；底本与校本互异，二者文义均通者，原文不作改动，并出校记；底本与校本虽然一致，但按文义确有讹、脱、衍、倒者，予以改动，并出校记；疑有讹、脱、衍、倒者，原文不作改动，出校存疑。底本与样本虚词互异，如无关宏旨者不改。
3．底本中的繁体字、古字、异体字、俗写字，统一参照《通用规范汉字表》，以规范字律齐，不出校记。如晹与暍、踡与蜷、憟与栗，摶与抟等，均以后者律之。对于底本中通假字保持原貌，于首见处出注说明。
4．书中同一字多次校改者，在首见处出校记，余者不出校记。凡底本中字形属一般笔画之误的，径改，不出校记。
5．底本中小字夹注，现仍以小一号字楷体排版、标点。方药单独成段，中药剂量、炮制等附注以小字置于药名下。
6．书中药名如为异体字、俗写字则统一改为规范正体；如为异名（非用字原因），则不改，出注。
7．书中古奥、费解、生僻及某些歧义或异读的字词、方言词，出注说明其义，并作注音，注音采用汉语拼音加汉字直音形式。