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东寨港地区构造位置：南华准地台（一级）的华夏褶皱带（二级）内的海南隆起（三级）及雷琼新凹陷（三级）中部的雷海凹陷（四级）构造单元内，处在琼北断陷盆地（五级）东段的北侧临海地带。东寨港地区新生代早期首先受到东西向王五-文教断裂带影响，整体处于凹陷的大背景下，其次主要受到北西向断裂的控制，不均匀差异沉降导致形成多个地堑-地垒构造。
东西走向的王五-文教断裂带主要分布在19°41′ N附近，东西延伸约200km，宽数千米不等，该断裂带向北倾，起源于加里东期，成长发育于燕山运动期，喜山期以来活动较为强烈，为雷琼坳陷盆地的南界。该断裂带在古近纪—新近纪时期活动强烈，控制断裂带北侧厚达万米的古近系-新近系沉积。该断裂带被北东向临高断裂及北西向长流-仙沟断裂切割为三段，中段活动较新，幅度较大，控制了古近纪—新近纪时期琼北凹陷。第四纪早、中期，该断裂带仍有活动，切断下中更新统，晚更新世以后活动减弱。王五-文教断裂带（定安断裂带）是海南岛的一级沉积单元与构造单元界线，横贯整个海南岛，基本上控制了琼北地区的宏观构造框架，使得海南岛北部处于新生代凹陷区。
马袅-铺前断裂带为一条东西走向、穿地壳、规模宏大的隐伏深断裂带，且晚新生代以来活动频繁。断层面向北陡倾，北盘下降，属于正断层，被北西向断裂切割，平面上分布不连续。西端止于石山附近，并被长流-仙沟断裂所截切，东段横穿东寨港。该断裂带由多条断裂组成，自第四纪以来活动十分强烈，其活动强度具有东强西弱的特点，东段断裂开始活动时间为全新世，中段断裂开始活动时间为晚更新世，西段断裂开始活动时间为中更新世。该断裂带在地表出露标志不明显，为隐伏断裂，但在航空卫星影像等之中都有一定的显示，且其很大程度上控制了东寨港以东地区北东走向的河谷。
北西向铺前-清澜断裂带展布于清澜港、大致坡、东寨港、铺前湾，主要包括东寨港西岸断裂和东寨港东岸断裂。铺前-清澜断裂带是琼北地区第四纪玄武岩分布的东侧控制边界。断裂带北段形成的东岸和西岸两个分支断裂控制东寨港地堑式断陷的形成，断裂以东大面积分布全新世高出如今海平面10m以上的海湾砂层，然而东寨港地堑内却广泛发育有古近纪-第四纪沉积；并且地表可见下更新统秀英组及其上覆玄武岩层被断错。断裂南段活动较弱，见大面积上更新统分布，断裂两侧地貌差异不明显。清澜-铺前断裂带在第四纪活动强烈，控制了新生代盆地的发育和第四纪火山活动的范围，其活动时代至少可达晚更新世，可能在全新世继续活动，并与马袅-铺前断裂带共同控制了1605年琼山大地震。
东寨港的海岸地貌主要是红树林潮滩，潮滩宽度一般为1～2km，部分为3～4km；由泥质粉砂和粉砂质砂组成，滩面较稳定。海底地貌主要有潮汐通道与深槽，是进入港内红树林区的主要通道。东寨港西半部的潮汐通道长达6km，东半部的潮汐通道与进出铺前港的深槽连接长达11km，水深1～2m。深槽主要发育在铺前湾中南部，向铺前镇和东寨港内继续延伸，长达5km，宽300～400m（以2m等深线为界），水深2～8m，该深槽成为进出铺前港各种吨位船只的主要通道。