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海南岛海域的海浪以风浪为主，涌浪少于风浪。每年4—9月以西南浪为主，10月至次年3月以东北浪为主。东北季风期海浪较大，西南季风期海浪较小，但最大波高常出现在夏秋台风季节。沿岸的最多浪向完全被岸形所制约。东寨港是铺前湾深入内陆的部分，因此受波浪影响较微弱。
属于不正规半日潮，潮差不大，潮流流向与港道一致，涨潮流流速达1.3节，落潮流流速达1.5节。根据海口站的实测潮差（110°21′ E，20°12′ N），平均潮差为0.82m，最大潮差为3.31m，海南岛沿岸多年平均潮差逐月变化，海口站逐月均值最大与最小差值在0.2m以内，根据1935—1945年和1948—1952年的资料统计（《海南史志》），海口1—12月的平均潮差分别为0.81m、0.79m、0.78m、0.74m、0.70m、0.77m、0.77m、0.79m、0.75m、0.82m、0.80m、0.83m。根据2019年1月1日至10月30日的每日潮汐记录（海事服务网），统计计算得到东寨港平均高潮位为1.72m，平均低潮位为0.58m，最大潮差为1.57m，平均潮差为1.14m。
不同地形的潮流，其特征有所差异，潮沟中潮流具有驻波性质，潮流呈明显的时间、速度不对称性，因地形变化引起涨潮、落潮优势各异。光滩潮流由涨潮中期、后期的漫滩水流和落潮初期至中期的归槽水流形成，流速与相应潮沟相比较小，流向与区域主流向一致；红树林区潮汐动力主要由涨潮后期潮沟水流经光滩向林内漫溢，及落潮初期经光滩向潮沟排泄形成，林区流速仅为相应潮沟的1/10左右，若林地遭受砍伐，其流速可增至3倍以上，流向亦有改变。
从东寨港红树林区海水温度的观测结果可知，测区全年水温均在17℃以上，年平均水温为（26.7±0.9）℃。平均水温最高月是7月，各观测点平均水温为（33.1±2.1）℃；最低月是11月，为（18.8±1.5）℃。从水温平面分布看，高潮区高于中潮区，中潮区高于低潮区，红树林区高于主河道。各观测点最高温37.0℃和最低温17.0℃都出现在红树林的高潮区。全年水温较高是红树林水域环境的基本特征之一，其为红树林和生物的生长发育提供了良好的条件。
史料记载，1605年琼山大地震之前，铺前港一带所汇入河流被称为三江水，由5条主要河流组成，即东寨河、珠溪河、演州河、三江河（罗雅河）、演丰河。地震后铺前港一带海边发生大片陆地沉陷，使东寨河陷入地震形成的港湾，即如今海南岛伸入内陆最长的港湾——东寨港。
目前珠溪河是东寨港所汇入的最大河流，珠溪河发源于海南省白沙黎族自治县内的南峰山，自东南流向西北，河床窄、流量不大、流程较短且曲流现象明显，在桥坡村附近转折向西流入东寨港。东寨港沿岸尤其是西岸则有许多小型的曲流河分布，包括演丰西河、演丰东河、桃兰溪等，部分河道已沉入海底。每年大约7亿m 3 的水经东寨港后汇入大海，在河流的冲刷作用下，形成适宜红树林生长及繁殖的广阔滩涂沼泽。