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剖检可直接观察鸡只内部的变化，是鸡病诊断的重要手段。死鸡剖检应该越早越好，以免尸体腐败；剖检最好能在实验室或者相对封闭的场所进行，以免病源扩散。
将死鸡浸泡在水中，把羽毛浸透，放在解剖盘中，先把腹壁和两腿之间的皮肤剪开，扒掉皮肤，检查皮下组织和肌肉的变化。然后在腹部横切腹壁，再用剪刀沿着腹壁两侧向前剪断肋骨和胸部肌肉，把整个胸壁揭开，检查腹腔变化。摘除体腔内的器官，进行内脏检查。
检查重点是皮下组织颜色、水肿及出血情况。皮下组织水肿，有蓝绿色黏液，胸肌有灰白色的条纹，可见于硒-维生素E缺乏症。胸部皮下组织和肌肉出血，可见于黄曲霉素中毒。急性禽霍乱有时可见到皮下组织和脂肪有小出血点，鸡传染性法氏囊病也有肌肉出血变化，皮肤型马立克氏发病时，皮肤上有肿瘤。
检查重点是腹腔中腹水、血液渗出物等的量和性状。腹腔中积存血液或凝血块，常见于慢性鸡白痢、脂肪肝等。腹腔中有破碎的鸡蛋黄，或在内脏表面附有淡黄色黏稠的渗出物，可能是大肠杆菌、慢性鸡白痢、禽霍乱及输卵管破裂等。腹腔及内脏器官表面有石灰样的物质沉着，可能是痛风。雏鸡腹腔内有大量黄绿色渗出液，常见于硒-维生素E缺乏症。胸腹腔有出血点，见于败血症。胸腹腔中有针头及小米粒大小的灰白色或淡黄色结节，则可见于黄曲霉菌病。
鼻腔渗出物增多可见于鸡传染性鼻炎、鸡毒支原体病，也见于禽霍乱和禽流感。气管内有伪膜，为黏膜型鸡痘；有大量奶油样或干酪样渗出物，可见于鸡传染性喉气管炎和新城疫。管壁肥厚，黏液增多，见于新城疫、鸡传染性支气管炎、鸡传染性鼻炎和鸡毒支原体病。雏鸡肺有黄色小结节，见于曲霉菌性肺炎；雏鸡白痢时，肺有白色病灶，其他器官也有坏死结节；禽霍乱时，可见到两侧性肺炎，肺呈灰红色；肺表面有纤维素，常见于鸡大肠杆菌病。气囊壁肥厚，有干酪样渗出物，见于鸡毒支原体病、鸡传染性鼻炎等；气囊壁附有纤维素性渗出物，常见于鸡大肠杆菌病；肺气囊有卵黄样渗出物，为鸡传染性鼻炎的病变。
食管、嗉囊有散在小结，为维生素缺乏症。腺胃黏膜出血，多见于新城疫和禽流感；马立克氏病发生时见有肿瘤。肌胃角质层表面溃疡，在成鸡多见于饲料中鱼粉和铜含量太高，雏鸡常见于营养不良；创伤，常见于异物刺穿；萎缩，发生于慢性疾病及日粮中缺少粗饲料。肠胃变化检查重点是胃肠道黏膜、内容物的变化及寄生虫等。腺胃乳头出血，肌胃角质膜下出血，腺胃与肌胃交接处溃疡，是新城疫的特征性病变。小肠黏膜深红色，有出血点，表面有多量黏性渗出物，常见于急性禽霍乱、新城疫等。盲肠肿大，肠壁黏膜深红色，肠腔中含有血液或血色内容物，多见于鸡球虫病。盲肠壁肥厚，内含黄色豆腐渣样的物质，可能是鸡盲肠肝炎。盲肠扁桃体肿大出血，可见于新城疫。法氏囊肿大，黏膜出血，内有污黄色豆腐渣样物，多见于传染性法氏囊病。
检查心脏内、外颜色，有无肿瘤，心包积液多少和有无粘连。心内、外膜和心冠脂肪有出血斑点可见于急性禽霍乱、新城疫、禽流感等急性传染病，磺胺类药物中毒也可见此症状。心冠脂肪组织变成透明的胶冻样，可见马立克氏病、禽白血病、慢性禽副伤寒和寄生虫病。心包内积存大量淡黄色液体，混有片状凝块，可见于禽霍乱、禽伤寒等。心脏变形，有肿瘤结节，常见于马立克氏病。心肌坏死灶，见于雏鸡白痢、李氏杆菌病等。
检查肝脾体积大小、软硬、颜色、有无出血、肿大、坏死灶等。肝脾肿大，色泽变浅，表面有灰白色斑纹或肿瘤结节，常见于马立克氏病和鸡淋巴细胞性白血病。肝表面有散在、点状、灰白色坏死灶，见于包涵体肝炎、鸡白痢、禽霍乱、禽结核病等。肝脏肿大，呈铜绿色，多见于慢性禽伤寒。肝黄色、硬化，表面粗糙不平，可见于黄曲霉中毒。肝包膜肥厚并有渗出物附着，可见于肝硬变、鸡大肠杆菌病和鸡组织滴虫病。
脾脏有大的白色结节，见于鸡急性马立克氏病及鸡的淋巴细胞性白血病和鸡结核；脾脏有散在微细白点，见于鸡白痢、结核；脾脏包膜肥厚伴有渗出物附着及腹腔有炎症和肿瘤时，见于鸡的卵黄性腹膜炎和马立克氏病。
肾显著肿大，见于马立克氏病和淋巴细胞性白血病及肾型传染性支气管炎；肾内有白色微细结晶沉着，见于尿酸盐沉积；输尿管膨大，出现白色结石，多为中毒、痛风等疾病所致。雏鸡胰脏坏死，发生于硒-维生素E缺乏症。
产蛋鸡感染沙门氏菌后，卵巢发炎、变形或萎缩；卵巢肿大，见于马立克氏病和淋巴细胞性白血病。输卵管内充满渗出物，常见于禽沙门氏菌病、鸡大肠杆菌病；肌肉麻痹或局部扭转会使输卵管充塞半干状蛋块；输卵管萎缩则见于鸡传染性支气管炎和减蛋综合征。睾丸萎缩、有小脓肿，则见于鸡白痢。
法氏囊增大并带有出血和水肿，发生于传染性法氏囊病；马立克氏病可使法氏囊萎缩；发生淋巴细胞性白血病时，法氏囊常常有稀疏的肿瘤。
小脑出血、软化，多发生于幼雏的维生素E缺乏症；外周神经肿胀，见于马立克氏病。