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水稻菌核秆腐病在广东早稻、晚稻均有发生，一般晚稻受害重于早稻，主要为害稻株基部，致茎秆腐烂，故称秆腐病，属真菌病害。以菌核在稻桩、稻草中越冬，特别是稻桩内数量最多，菌核随病组织落入土中，翻耕灌水时漂浮水面，插秧后附着于稻株近水面的叶鞘上，在适宜的温、湿度条件下，菌核萌发产生菌丝，直接从叶鞘表面或伤口侵入，在叶鞘组织内蔓延扩展，引发病害。在大田中，此病通常在分蘖期开始发生，孕穗以后病情逐渐加重，抽穗期至乳熟期发展最快，受害也最严重。病重时可致植株倒伏，增加秕谷率，千粒重下降，米质变差。一般减产10%～25%，严重的损失50%以上。
近水面叶鞘上产生不规则形病斑，表面产生稀疏浅灰色霉层，茎秆受害使基部成段变黑软腐，后变成白色腐朽，剥开茎秆，病秆内有大量黑色菌核，容易造成植株倒伏（图1-15、图1-16）。
图1-15 水稻茎秆内形成的菌核
图1-16 茎秆变成白色腐朽
病菌生长发育的温度为11～35℃，以25～30℃最为适宜。日光对病菌有抑制作用，阴雨、高湿天气则有利于病害发生流行。
（1）消灭越冬菌源。病菌的菌核一般越近稻茎基部数量越多，所以发生严重田块可采取齐泥割稻，冬季结合治螟犁田过冬，可以减少田间越冬菌核。
（2）加强肥水管理。在施肥方面要施足基肥，看苗施好追肥和壮尾肥，既要防止施肥过量，也要防止后期脱肥早衰而诱发此病。
（3）选用高产抗病品种。目前虽未发现免疫和高抗品种，但品种之间抗病性有明显差别，因此，在病区因地制宜地选种高产抗病良种是防治此病的一项有效措施。
在水稻孕穗期和破口期，每亩选用24%噻呋酰胺悬浮剂15～20mL、30%苯甲·丙环唑乳油15～20mL、20%井冈霉素可湿性粉剂45～60g或250g/L吡唑醚菌酯乳油24mL对水45kg喷雾。