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元气在中医理论上指的是生命之气。人体所产生的元气通过各种渠道发散于五脏六腑后可以分为宗气、营气、卫气及五脏六腑之气。人的元气秉承了父母先天精气，后天又由水谷之气濡润、自然界清气滋养，并随自然之气的变化而变化。人体元气是由元精（父母之精）所化生，出于脑。人的生命是由父（精子）和母（卵子）结合而成，胚胎形成之后首先生脑，“脑为真气之所聚”（《类经》）。真气即原气，先天之精构筑的脑就是“原气之所系”（《难经》）。《灵枢·天年》曰：“人之始生……以母为基，以父为楯。”“人始生，先成精，精成而脑髓生。”（《灵枢·经脉》）《素问·刺法论》明确指出“气生于脑”。从中医学角度来看，人类的遗传物质是元精，元精化生元气，元气化生元神。“元，始也、初也、根也。”元始之精、元始之气、元始之神就是先天之精、先天之气、先天之神。元精是构成人体脏腑组织最基本的物质基础，是人体生命物质的本源，它的特性决定着人体脏腑组织的形态结构。元气以元精为物质基础，具有生命活力，它是推动人体生、长、壮、老生命进程的原动力，元气的特性就是程序性地推进人体生、长、壮、老的生命过程。
元神一语本出道家，《老子》称为“谷神”。元，有本始之义，属道家术语，中医学借用之，是对先天禀赋的表达，由禀受于父母的先天之精所化之神，则为元神。如《灵枢·本神》说：“故生之来谓之精，两精相搏谓之神。”宋代张伯端说：“元神乃先天以来一点灵光也。”父母之生殖之精相搏而生成的元精藏于肾，是“以先天之体论，则精生气，气生神”（《理虚元鉴》）。脑主先天元神之说始于道家，《道藏·谷神不死论》说“头有九宫，上应九天，中间中宫，谓之泥丸，又曰黄庭，又曰昆仑，又名天谷，其名颇多，乃元神所住之宫”。李时珍将此说引入中医学，提出“脑为元神之府”之论。脑为元神所藏之处，自然为元神所汇聚之处，即所谓“脑为髓之海，真气之所聚”（《重广补注黄帝内经素问》）。脑中元精充、元气足，则元神安，元神安，则能统领元精、元气，推动和调控人体的生长发育，并为后天生命活动的内在调控之本原动力。如《云笈七签·元气论》说：“脑实则神全，神全则气全，气全则形全，形全则百关调于内，八邪消于外。”元精藏于肾，化髓而充脑，故称“脑为髓海”。《医学衷中参西录》说：“脑为髓海……究其本源，实由肾中真阴真阳之气，酝酿化合而成，沿督脉上升而贯注于脑。”肾精为脑髓之化生本源，脑髓为元神化生之本源，脑主元神而实为肾命作用的外延，脑为肾命之使而应归于肾之生理系统中。综上所述，元神既为元气的功能体现，又能调节和控制元气的运动和作用。